华大医学肿瘤常规产品介绍PPT格式课件下载.pptx

1、/research.nhgri.nih.gov/bic/12,遗传性乳腺癌/卵巢癌基因检测BRCA1/2 基因,遗传性,巢检,乳腺癌/卵,癌基因,测,BRCA1/2基因突变存在于：,5%10%的乳腺癌,10%20%的卵巢癌,40%45%的遗传性乳腺癌患者,80%的乳腺癌和卵巢癌高发家族患者,Data from：N Engl J Med.1997;336:1401-1408；Nat Genet,2006.38（8）:p.873-5.,图：BRCA突变基因携带者的患病风险表：BRCA1/2基因突变携带者相关肿瘤患病风险,Genetic/Familial High-Risk Assessment:B

2、reast and Ovarian Version 1.2014 NCCN.org,遗传性乳腺癌/卵巢癌基因检测,2基因检测BRCA1BRCA2,21基因检测BRCA1,BRCA2,CHEK2,PALB2,BRIP1,TP53,PTEN,STK11,CDH1,ATM,BARD1,MLH1,MRE11,MSH2,MSH6,MUTYH,NBN,PMS1,PMS2,RAD50,RAD51C,在50岁之前确诊的乳腺癌或卵巢癌患者及亲属男性乳腺癌患者及亲属；双侧乳癌患者及亲属 同时患有乳腺癌和卵巢癌的患者及亲属三阴癌患者及亲属,适用人群,遗传性乳腺癌/卵巢癌基因检测,16,真实案例,Pr Y.-J.BI

3、GNON,bil BC（55）OC（57）,BC（34）OC（36）,BC（53）BC（30）,BC（55）OC（65）,BC（28）Ovariectomy?,家族基因检测结果,Sanger 验证,患者,control,乳腺癌预防措施,产前诊断,PGD,化学预防,手术预防,生殖细胞保存,乳腺切除90%,卵巢切除96%,口服避孕药60%,他莫西芬53%,18岁开始，每月进行乳腺自检；25岁开始，每年或每半年进行一次临床乳腺检查；25a-29岁，推荐每年进行乳腺磁共振成像（MRI）检测，如无条件进行MRI检测，则每年进行 一次乳腺X线检查；30-75岁，每年进行一次乳腺X线检查或乳腺磁共振成像（M

4、RI）；75岁之后，根据受检者个人情况进行监测管理。,遗传性结直肠癌,25%的结直肠癌（CRC）是有遗传背景的，最主要的为HNPCC、FAP。遗传性非息肉病性结直肠癌（HNPCC）由错配修复基因（MMR）的突变导致，包括 MLH1、MSH2、MSH6、PMS2等。上述基因有一个发生突变，则一生患CRC的概 率是80%。家族性腺瘤性息肉病（FAP）是常染色体显性遗传病，由APC基因（5q21）突变导致，约占所有CRC的1%；FAP患者一生发生CRC的概率是100%，平均发病年龄在39 岁左右。,图：MMR突变基因携带者的患病风险18,NCCN临床实践指南提出：所有的CRC患者都应该询问家族史，疑

5、似遗传性CRC的应当进行相应遗传学检测，并采 用更严密的筛查及不同的治疗手段。国家卫生部公布的医疗机构临床检测项目目录：遗传性非息肉病性结直肠癌的基因突变检测（hMLH1、hMSH2、PMS1、PMS2基因突变检测）大肠癌易感基因的基因检测（APC基因突变检测）,19,遗传性结直肠癌基因检测,遗传性结直肠癌基因检测产品,14基因检测APC,AXIN2,EPCAM,MLH1,MLH3,MSH2,MSH6,MUTYH,PMS1,PMS2,STK11,PTEN,SMAD4,BMPR1A检测适用人群：确诊为HNPCC或FAP的患者及亲属 亲属为APC或MMR突变基因的携带者50岁之前确诊为结直肠癌的患

6、者及亲属有结肠息肉或有结直肠癌家族史的患者及亲属20,遗传性肿,检测产品,瘤panel基因,检测适用人群：肿瘤患者肿瘤患者亲属及健康人群参考权威文献报道以及相关肿瘤变异数据库,体显性遗传方式传递,一般按常染色,，常为双侧性或多发,发病年龄较早,性的特点。,利用目标区域捕获与高通量测序技术，对检测基因的全 部外显子和剪切位点进行测序，并结合生物信息分析，获取该区域的基因突变信息。22,技术流程介绍,检测技术介绍,24,致病位点变异Sanger验证,BRCA2 8545_8548delAAGG,Control,BC-009,检测技术介绍,检测技术介,绍,准,确,性评估为100%,注：1.法国46份

7、样本来自Jean Perrin Cancer Comprehensive Center，对7份阳性样本，双方检测结 果完全一致，且BGI在其中一份样本中多检测到一个BRCA1 Dup EX1-23的变异，经确认为真实变异；2.美国某药企12份盲测样本结果均与Myriad genetics（BRCA专利拥有者）检测结果完全一致；3.马来西亚47份样本中6份CNV盲测样本，全部检测到，并且双方检测结果完全一致。,华大技术特点,26,项目开展流程,高通量测序,数据分析 报 告解读,亲属验证,发送报告,文库制备质控QC检测富集度质控,下机数据质控,DNA质量质控,解读规范化流程,双人复核,医院就诊,样

8、本采集,DNA提取,先证者DNA目标 区域捕获,Sanger，QPCR阳性验证*,遗传咨询与生 活指导,专业团队,*Sanger、QPCR阳性验证：是针对NGS结果为阳性的样本进行验证，其中 QPCR仅针对CNV结果进行验证。,数据库及解读工具,频率参考数据库：dbSNP，1000G，Local database,突变数据库：基因蛋白信息数据库：NCBI，Uniprot命名：网站：检索引擎：,报告内容,样本信息检测信息检测结果结果说明阳性结果阴性结果 未明结果建议附录遗传性乳腺癌卵巢癌BRCA1、BRCA2基因检测报告（报告咨询团队：P_）,变异类型,Class5:致病突变（Pathogeni

9、c）Class4:疑似致病突变（Likely Pathogenic）Class3:临床意义未明突变（Variants of Unknown Clinical Significance）Class2:疑似良性突变（likely NonPathogenic）Class1:良性多态性（Benign）分类规则：遗传性肿瘤突变临床意义分类规则.xlsx,华大医学遗传咨询团队,1人,3人,4人,50人,肿瘤常规用药指导基因检测,治疗篇,肿瘤 常规治疗,手术,放疗,常规化疗靶向治疗,肿瘤常规治疗方法,手术、放疗、化疗、靶向等手段的综合治疗模式,是当今及未来发展方向,肿瘤治疗常见现象,同癌种病人使用同种治疗方

10、法，疗效差异较大。,研究证明：肿瘤患者对肿瘤药物的敏感性及其毒副作用，与个体的基因型密切相关。,基因与药物的关系,有效 无害,有效 有害,无效 无害,无效 有害,基因检测指导临床患者分类，“因人而异”的个体化治疗,基因检测,药物1,药物2,药物3,基因检测,避免以人试药或以药试人针对患者一周内筛选出最佳治疗药物 提高药物疗效抓住最佳治疗时机 节约大笔治疗费用,基因检测指导个体化治疗,疾 病 严 重 程 度,时间,选药,换药,再换药,个体化治疗的优势,适合的药物,疗效监测,确诊确诊+靶标检测,传统治疗,个体化治疗,华大医学提供全方位检测服务,化疗产品类,肿瘤化疗用药指导12项基因检测,1,2,肿

11、瘤常规化疗用药 指导基因检测,3,靶向产品类肿瘤常规靶向用药 指导基因检测,4,综合产品类肿瘤常规用药 指导套餐,华大医学提供全方位检测服务,化疗产品类,肿瘤化疗用药指导12项基因检测,1,2,肿瘤常规化疗用药 指导基因检测,3,靶向产品类肿瘤常规靶向用药 指导基因检测,4,综合产品类肿瘤常规用药 指导套餐,嘌呤嘧啶,核苷酸,DNA,RNA,蛋白质,酶类微管,化疗药物的药理机制,抑制核苷酸合成代谢,干扰微管蛋白,抗微管类药：紫杉类、长春碱类,干扰DNA复制,抗代谢类药：吉西他滨、甲氨 蝶呤、5-FU、卡培他滨烷化剂：环磷酰胺拓扑异构酶抑制剂：伊立替康 其他类：铂类化合物,干扰转录过程,蒽环类：

12、表柔比星,抗雌激素类药：他莫西芬、来曲唑和阿那曲唑,常规化疗药物优缺点,“敌我不分”：消灭癌细胞 的同时也会损伤正常的细胞毒副作用大个体疗效差异大,不足,优点,应用广泛,价格较便宜，易获取,肿瘤患者对化疗药物的敏感性及其毒副作用，与个体的基因型密切相关。通过基因检测能帮助肿瘤病人选择更加安全有效的药物,基因检测,化疗药物,基因与药物的关系,伊立替康用于治疗成人晚期/转移性大肠癌患者的治疗，对小细 胞和非小细胞肺癌及宫颈癌和卵巢癌亦有疗效。,临床使用伊立替康最大的担忧：毒副作用严重的3-4级中性粒细胞减少及腹泻，有致死的风险,基因检测在化疗药物中的临床应用,UGT1A1多态性影响伊立替康的毒副作

13、用,如图一项对转移性结直肠癌患者进行的研究结果显示：在使用伊立替康治疗 的患者中，UGT1A1野生型患者的毒副反应远低于UGT1A1突变型患者。/www.hsa.gov.sg/publish/hsaportal/en/health_products_regulation/safety_inf ormation/product_safety_alerts/safety_alerts_2010/association_between.html,UGT1A1临床检测意义,UGT1A1基因多态性检测可降低临床盲目使用伊立替康产生毒副作用的风险2005年，美国FDA要求在伊立替康药品标签上加入警示，建议

14、患者在使用伊立替康前 先检测是否带有UGT1A1基因的多态性的情况。,产品一、肿瘤常规化疗用药指导基因检测,检测内容,检测技术,临床意义,样本类型,化疗用药 指导,12种常见肿瘤化疗 药物相关基因检测,适用人群所有需要化疗治疗 的肿瘤患者,sanger测序法 技术优势：金标准质谱法（MALDI-TOF-MS）技术优势：高灵敏度，高准确性,预测疗效毒副作用,5个工作日,检测周期,外周血DNA,肿瘤常规化疗用药,指导基因检测列,表,华大医学提供12个药物的检测服务，包括总共10个基因，13个位点。*药物表示FDA建议用药前进行该基因检测；其他药物为PharmGKB数据库建议进行 该基因检测。,肿瘤

15、常规化疗用药指导基因检测列表,检测依据,FDA批准多种化疗药物在使用前，需要进行相关基因的检测，如卡培 他滨、伊立替康和5-FU等。,PharmGKB（http:/www.pharmgkb.org/index.jsp）是一个对人类个 体基因中存在的差异如何导致个体对药物反应差异进行研究的全球性研究联盟，目前，该数据库中包含有15188个基因与4654种药物和4067种 疾病的相互作用资料。,检测方案选择,单个药物治疗方案检测方案：化疗药物单项检测多种药物组合治疗方案或首选药物疗效不佳，欲 换药?检测方案：化疗用药指导12项,产品二、肿瘤化疗用药指导12项基因检测,检测内容,临床意义,样本类型,

16、化疗用药 指导12项,一次性检测12种常用肿瘤 化疗药物相关的10个基因,适用人群所有需要化疗治疗 的肿瘤患者检测技术sanger测序法,质谱法（MALDI-TOF-MS）,预测疗效及毒副作用化疗药物基因检测基本套餐,5个工作日,检测周期,外周血DNA,化疗12项检测项目与临床用药结合,化疗12项检测项目与临床用药结合,化疗12项产品特性,直接测序：,金标准质谱法：高灵敏度 高特异性,药物基因 覆盖多价格实惠,报告简单易 于解读专业解读手 册,精准,高性价比,解读方便,报告模板,解读手册,华大医学提供全方位检测服务,化疗产品类,肿瘤化疗用药指导12项基因检测,1,2,肿瘤常规化疗用药 指导基因

17、检测,3,靶向产品类肿瘤常规靶向用药 指导基因检测,4,综合产品类肿瘤常规用药 指导套餐,靶向药物特点及临床指导依据,药物特点：特异作用于肿瘤细胞具有药效显著、副作用少的特点对靶点有依赖性，必须先对患者做靶点分析，才能确定患者能否用药,临床指导依据：NCCN肿瘤学临床实践指南美国食品与药物管理局（FDA）,吉非替尼、厄洛替尼相关基因检测,FDA要求对拟采用易瑞沙、特罗凯等EGFR-TKI治疗的患者,进行EGFR基因突变检测NCCN非小细胞肺癌临床指南：EGFR基因突变，尤其是外显子19缺失，外显子21突变（L861Q）及外 显子18突变（G719S），肿瘤对酪氨酸抑制剂（TKIs）的敏感度有重

18、 要关系。EGFR和KRAS突变在肺癌患者中互相排斥。TKI治疗耐药与KRAS突变及特定的获得性EGFR突变（如T790M）有关。,主要用于治疗非小细胞肺癌（NSCLC）,西妥昔单抗、帕尼单抗相关基因检测,主要用于治疗结直肠癌、肺癌、胃癌等,主要用于治疗结直肠癌等FDA要求使用西妥昔单抗、帕尼单抗治疗结直肠癌前，必 须进行KRAS基因检测NCCN结直肠癌临床实践指南：西妥昔单抗、帕尼单抗可改善结直肠癌的结局西妥昔单抗、帕尼单抗选择用于治疗KRAS野生型结直肠癌V600E BRAF突变预示转移性结直肠癌患者预后不良,1：EGFR E18/19/21突变接受吉非替尼治疗获益显著,The Oncol

19、ogist.2007;12:90-98.,实例：EGFR基因突变与EGFR-TKI的疗效,2：EGFR E20突变患者对吉非替尼治疗耐药,N Engl J Med.2008;359:366-77.,检测技术,检测内容,检测周期,适用人群,Sanger测序测序中的金标准临床意义 疗效预测 耐药预测,5个工作日,样本类型 新鲜组织 石蜡样本,需要常规靶向治疗 的肿瘤患者,产品三、肿瘤常规靶向用药指导基因检测,靶向药物 检测,7种常用肿瘤靶向 药物相关的5个基因,肿瘤常规靶向用药指导基因检测列表,华大医学提供全方位检测服务,化疗产品类,肿瘤化疗用药指导12项基因检测,1,2,肿瘤常规化疗用药 指导基

20、因检测,3,靶向产品类肿瘤常规靶向用药 指导基因检测,4,综合产品类肿瘤常规用药 指导套餐,患者：王先生临床诊断：非小细胞肺癌蜡,样本：石,组织切片，抗凝血,真实案例,根据检测结果，提出可参考的治疗方案：,真实案例,检测流程,肿瘤个体化诊疗基因检测（Oseq-T）,治疗篇,肿瘤个体化治疗,以肺癌为例，肺癌临床用药基因检测情况目前已经批准的用于肺癌靶向药物共 6 种，其中涉 及到共 7 个基因EGFR,KRAS,BRAF,EML4-ALK,ROS1,HER2,ALK，而如果要全面了解药物疗效，其中涉及到的基因多 达 30 多种。以易瑞沙为例常规检测EGFR/KRAS 基因的热点变异。但与药效相关

21、基因除了 EGFR/KRAS 外，还包括BRAF/PTEN/PIK3CA/HER2/EML4-ALK/MET 等基因。,88种 抗 癌 药 物,所 有 实 体 瘤,癌症12条信号,Oseq-T设计理念,化疗药物,靶向药物,产品介绍：个体化治疗基因检测（Oseq）,Oseq:采用新一代目标区域捕获结合高通量测序技术对目前肿瘤相关的12条信号通路的508个基因进行一次性全 面解读。包含化疗药物27种，已经获FDA批准靶向药物33种以及正在进行临床III/IV试验药物28种。依据患者特异性的遗传变异信息，结合临床基因组学及药物基因组学，为患者选择最合适的药物，指导制 定更完善的治疗方案，最大程度的满

22、足患者对治疗的个性化需求。,个体化用 药指导,产品内容,高通量测序基于目标区域捕获+高通量测序，一次性检测508个基因 的7708个外显子、78个内含子。,用药解析包含化疗药物27种，已经获FDA批准靶向药物33种以及 正在进行临床III/IV试验药物28种。个体化治疗,Gly CATAsp,突变检测对肿瘤组织特异性的SNV,Indel,CNV,SV进行变异检 测。,标准品验证,利用35份标准品：包含105个常见点突变,频率范围1%-33%，对于5%突变，检出率100%；1%突变，检出率为97.2%61个indels突变,频率范围1%-33%。对于10%突变，检出率100%；1%突变，检出率为

23、96.7%。此外还包括8个常见 融合，2个拷贝变异，检出率为100%。,SNV,Inde l,与其,他平台一致性评估,挑选,其他,43份经,方法（Sanger，质谱，FISH等）验证的阳性样本（54个位点）进行高通,评估,序，,量测,NGS与其他平台的一致性，结果显示该方法与常规方法一致性达100%，,显示该方法临床使用安全可靠，同时可以一次性检测多个癌症相关的基因，具有更好,的优势。同时挑选105个高通量检测的结果进行Sanger及质谱验证，验证率达96.2%，详细结果见 下表：,测试样本,传统测序方法与Oseq的比较：,技术优势,Oseq 优势：1.检测全面全面分析肿瘤相关基因，避免传统方

24、法检测基因单一、位点不全面，导致用药疗效预 测不准确及可选药物少的局限性高性价比在样本量有限的情况下，一次获取多种药物疗效预测，避免单个药物检测的不足，有 效节约检测费用及治疗时间,Oseq解读数据库,四 案例分享：Case 1,患者疾病：血管内皮肉瘤，多处转 移,药物方案：阿瓦斯汀（贝伐单抗）治疗效果：疗效显著检测结果：NRAS Q61R,临床研究显示，NRAS基因61号密码 子突变可能是贝伐单抗为基础治疗的 有效标记物。,案例分享：Case 2,患者疾病：三阴性乳腺癌检测结果：,EGFR BRCA1,p.Leu858Arg p.Ile1680Asn,Report药物推荐：EGFR-TKIP

25、ARP 抑制剂,样本要求,关于华大医学,华大基因，拥有世界最大基因组测绘设备和能力的机构,新一代测序平台 服务产品涵盖动植 物、微生物、海洋 等多个领域 BGISEQ1000 BGISEQ100Illumina HiSeqTM 2000Applied Biosystems SOLiDTM 4SystemRoche GS FLX PlatformIon Torrent,3730 测序平台 采用最新的光路 系统设计，结合 更优化的试剂组 合和全自动化操 作流程，在提高 产率、提高数据 质量的同时最大 限度的降低试剂 的消耗。ABI3730 xl,基因分型平台 在分析人类疾病 相关位点与结构 变异以

26、及动植物 农艺性状相关位点上有广泛应用。Illumina iScan Sequenom MassARRAY iPLEX Gold,全基因组酶切图 谱平台快速定位序列位置，已广泛应用 于比较基因组学 分析发现突变基 因、辅助高通量 测序的数据组装 以及菌株分型。OpGen Argus Optical Mapping System,蛋白质谱平台 实现对动植物、微生物等进行大 规模的蛋白质组 学研究。应用领 域涉及营养学、药学、临床研究、法医毒理学、食 品安全分析、环 境监测等等。,信息技术平台 提供服务包括 云存储、云计,算、数据交付、,生物信息培训 和咨询等。,技术平台,87,全球布点,美洲华大,日本华大,欧洲华大,香港华大,上海华大,武汉华大,深圳华大（总部）,资质与认证,至14年6月，共发表857篇学术文章，144篇 CNNS文章，其中118篇发表于Nature系列18篇 发表于Science系列，6篇发表于Cell系列。,科研成就,Thanks!,