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基因工程考试
基因工程考试复习
名词解释
1.基因工程是指将一种或多种生物体(供体)的基因或基因组提取出来,或者人工合成的基因,按照人们的愿望,进行严密的设计,经过体外加工重组,通过一定的方法,转移到另一种生物体(受体)的细胞内,使之能在受体细胞遗传并获得新的遗传性状的技术.
2.质粒:
一类存在于细菌或真核细胞中,独立于染色体之外能自主复制的裸露的双连环状(少数为线状和RNA)DNA分子,是与细菌或真核细胞共生的遗传成分。
3.PCR技术:
是一种通过模拟体内DNA的复制方式,在体外两种分别与基因两端不同DNA链互补的特异引物,经聚合酶酶促作用下选择性地将DNA某个特殊区域快速扩增出来的技术
4.不对称PCR:
用不等量的一对引物(非限制性引物与限制性引物),PCR扩增后产生大量的单链DNA。
5.反向PCR:
一种简单的扩增已知序列周边未知序列的方法,根据已知片段两端的序列设计引物,可将邻近的DNA片段扩增出来
注:
一种用于指数式扩增位于一个已知DNA区段的PCR法
6.巣式PCR:
方法由两轮PCR扩增和利用两套引物对所组成,在第一轮扩增中,使用一对引物产生扩曾产物,然后用一对内引物对第一轮扩增的产物进行第二轮扩增,用于DNA及RNA病毒的检测。
7.基因定点诱变:
是指在DNA序列中的某一特定位点上进行碱基的改变从而获得突变基因的操作技术。
(体外特异性改变某个碱基的技术)
8.盒式诱变:
是利用一段人工合成的具有突变序列的寡核苷酸片段取代野生型基因中的相应序列获得数量众多的突变体。
9.探针:
一小段单链DNA或者RNA片段(大约是20到500bp),用于检测与其互补的核酸序列,只有同特异性目标产生很强的相互作用和对其相互作用的产物进行有效检测的分子
10.放射自显影:
利用放射性同位素所发射出来的带电离子(α或β粒子)作用于感光材料的卤化银晶体,从而产生潜影,用显影液显示这种潜影,成为可见的“像”。
11.限制性内切核酸酶:
识别并切割特异的双链DNA序列的一种内切核酸酶
12.星号活性:
某些条件下,一种特异性识别顺序的限制性内切酶,在酶切同一种DNA片段时会产生新的酶切微位点而得到不同的酶切片段,这种酶活性则称星号活性。
13.物理图谱:
限制性内切酶切割位点之间距离和顺序的图谱,是进行DNA分析和基因组织结构研究的基础
14.接头:
一类由人工合成的一头具有某种限制酶粘性末端,另一头为平末端的特殊的双链寡核苷酸短片段。
15.衔接物:
是指用化学法合成的一段由10~12个核苷酸组成具有一个或数个限制酶识别位点的平末端的双链寡核苷酸短片段。
16.Klenow大片段:
DNA聚合酶
在枯草杆菌蛋白酶下生成大片段和小片段,,大片段即为klenow片段,是具有3’—5’核酸外切酶活性及聚合酶活性
17.T7DNA聚合酶:
与Klenow一样,但比Klenow的3’-5’外切酶活性高1000倍,合成能力最强,可以合成数千个核苷酸(经修饰切除3'--5'外切活性,可作为测序酶)
18.载体:
运载外源基因进入宿主细胞,并在宿主细胞内进行复制和表达的DNA分子
19.穿梭载体:
具有不同复制起点和选择标记的,可在两种寄主细胞中自主复制或整合到宿主基因组中的载体
20.质粒的迁移:
有一些非接合型质粒在接合型质粒的帮助下,从一个细胞转移到另一个细胞的作用称之为质粒的迁移性。
21.结合型质粒:
自我转移性质粒,除含有自我复制基因外,还带有一套控制细菌配对和质粒接合转移的基因
22.非接合型质粒:
只能在一种寄主细胞内生存的质粒
23.质粒的不相容性:
在没有选择压力的情况下,两种亲缘关系密切的不同质粒是不能在同一宿主细胞中稳定共存的,这一现象称为不亲和性或者不相容性。
24.插入失活:
在一个基因位点中插入外源DNA片段,而使该基因活性丧失的效应
25.MCS(多克隆位点):
由许多限制酶切位点组成,往往是人工合成的一段供外源基因的插入部位的DNA序列
26.体外包装:
在离体条件下,用噬菌体或病毒蛋白质包裹噬菌体或病毒的裸核酸组装成有感染性的噬菌体或病毒颗粒的过程
27.Conjugation结合:
受体DNA通过性须从一个细胞转移到另一个细胞的作用
28.Transformation转化:
重组质粒DNA分子通过于膜蛋白结合进入受体细胞,并在受体细胞中稳定表达的过程。
29.Transfection转染:
将重组的λ噬菌体DNA分子直接导入受体细胞内的过程。
30.Transduction转导:
通过的λ噬菌体颗粒感染宿主细胞,将外源DNA分子导入受体细胞内并稳定遗传的过程
31.COS细胞:
是来源于非洲绿猴肾的细胞系。
主要用来做基因的瞬时表达,因为它在转染后的瞬时表达量较别的细胞系(如CHO,HEK等)要高得多
32.柯斯质粒载体cosmid:
人工构建的含有λ噬菌体的粘性末端和质粒复制子的特殊类型的质粒载体.
33.cossite(cos位点):
λDNA分子两端粘性末端结合形成的双链区域
34.噬粒:
由部分质粒载体和单链噬菌体载体组成的具有双功能的新型载体系统有两个ori,一个来自质粒,一个来自单链噬菌体。
注:
在有辅助噬菌体同时侵染时,产生重组DNA单链拷贝,也可以产生双链DNA
35.TA克隆:
将特殊的T载体与3,-末端带有A尾的PCR产物以TA互补连接的方式进行克隆
36.基因库(genepool):
特定生物体全基因组的集合。
(天然存在)
37.基因文库(genelibraryorgenebank):
某生物DNA片段群体与载体分子重组,重组后转化宿主细胞,转化细胞在选择培养基上生长出的单个菌落(或噬菌斑)(或成活细胞)即为一个DNA片段的克隆。
全部DNA片段克隆的集合体即为该生物的基因文库。
38.cDNA文库(cDNAlibrary):
是指某生物某一发育时期所转录的mRNA经反转录形成的cDNA片段与某种载体连接而成的克隆的集合体。
39.基因组文库(genomiclibrary):
是指将某生物的全部基因组DNA切割成一定的DNA片段克隆到某种载体上而形成的集合。
40.EST(表达序列标签):
基因序列中一段特异标记或表征该基因的序列,通常它含有足够的结构信息以显示该基因与其他基因的差异,长度一般在100-500kb
41.图位克隆:
利用目的基因在染色体的位置进行基因克隆的一种方法
42.感受态细胞(competentcells):
处于能吸收周围环境中DNA分子的生理状态的细胞。
43.转化率:
每微克DNA在最佳转化条件下进入受体细胞的分子数或每微克载体DNA转化后受体细胞接纳DNA的个数,即克隆数
44.选择标记基因:
为了检测转基因是否成功整合到植物细胞或组织依附于目的基因的功能基因,最常见的标记是抗生素抗性。
45.报告基因:
编码产物能够被快速测定,常用来用判断外源基因是否成功导入并检测其表达活性的一类特殊的功能基因。
46.T-DNA:
指从农杆菌Ti质粒中切出的,能转移并稳定整合到植物基因组中的一段长30kb的DNA序列。
47.反义RNA技术:
利用人工合成或重组与靶基因互补的一段反义DNA或RNA片段,特异性地与靶序列结合,达到封闭目的基因表达的一种技术
48.转基因动物:
指用实验导入的方法将外源基因在染色体基因内稳定整合并能稳定表达和遗传的一类动物(包括基因敲除的动物)。
49.基因治疗(genetheraphy):
将外源正常基因导入靶细胞,以纠正或补偿因基因缺陷和异常引起的疾病以达到治疗的目的。
50.共转染:
在磷酸钙沉淀物中,两个物理上毫无联系的DNA分子混合物往往能侵染同一个细胞产生共转染的现象。
51.基因沉默(genesilence):
外源基因存在于生物体内,并未丢失或损伤,但该基因不表达或表达量极低的现象。
52.包涵体:
在一定条件下,外源基因的表达产物在大肠杆菌中积累并致密地集中在一起形成无膜的裸露结构,这种结构称为包涵体。
53.融合蛋白(fusionprotein):
将两个或多个基因的编码区首尾连接,由同一调控序列控制构成的基因表达产物。
54.分子伴侣:
指一类在序列上没有相关性但有共同功能的蛋白质,它们在细胞内帮助其他含多肽的结构完成正确的组装,而且在组装完毕后与之分离,不构成这些蛋白质结构执行功能时的组份。
55.基因打靶(genetargeting):
利用细胞染色体DNA可与外源性DNA同源序列发生同源重组的性质,以定向修饰改造染色体上某一基因的技术叫基因打靶。
其理论基础就是基因
同源重组。
56.反转录PCR:
以mRNA为模板,经逆转录酶作用获得与mRNA互补的DNA链,即cDNA,然后以为cDNA模板进行PCR扩增反应
第一章
1.基因工程是指将一种或多种生物体(供体)的基因或基因组提取出来,或者人工合成的基因,按照人们的愿望,进行严密的设计,经过体外加工重组,通过一定的方法,转移到另一种生物体(受体)的细胞内,使之能在受体细胞遗传并获得新的遗传性状的技术.
2.基因工程三要素:
供体受体载体
3.基因工程的操作步骤:
切→接→转→检
4.基因工程研究的内容:
基因的分离与克隆转化体的筛选[书本]:
(GE克隆载体的研究
载体的选择与构建外源基因整合和表达的检测GE受体系统的研究
基因转化受体系统的建立外源基因在细胞中的表达调控目的基因的研究
基因转化技术外源基因的遗传GE工具酶的研究
GE新技术的的研究)
5.基因工程诞生的理论基础及技术基础
1)理论基础
20世纪40年代,确定了遗传信息的携带者是DNA而不是pro,从而明确了遗传物质的基础问题。
50年代,DNA双链和DNA结构的双螺旋模型和DNA半保留复制机理解答了DNA的自我复制和遗传信息传递问题。
50年代末和60年代,相继提出了中心法则和操纵子学说,并成功破译了遗传密码,从而阐明了基因遗传信息的流向和表达方式。
2)技术基础
限制性核酸内切酶的发现
DNA连接酶的发现
GE载体的发现
转化(导入)方法
基因表达
6如何正确看待基因工程(正反两方面)
虽然GE解决了生产生活中的一些问题,如:
红色GE:
指的是医疗部门的GE,涉及的基因改造的细菌产生的基因药物如胰岛素。
白色GE:
包括环境微生物学,环境技术和其他技术或工业应用。
绿色GE:
在农业上的应用,用在作物育种的主要重点是植物的不敏感的害虫和疾病。
但是基因工程的安全性引起了强烈的关注和质疑:
(1)用于筛选的标记基因或报告基因是否会对人畜有害,同时导致病原菌抗药性的提高。
(2)抗除草剂基因会不会使转基因植物变成不可控制的杂草,或漂移到杂草上使杂草泛滥。
(3)外源基因插入的位置效应是否会引起有害的沉默基因的表达。
(4)转基因动物是否会演变成对人类有极大威胁的新物种。
(5)基因治疗是否对人体的正常功能产生不良影响
第二章
1.DNA:
基因组,质粒DNA,噬菌体
2.原核基因组DNA提取方法:
苯酚氯仿抽提法,各物质作用:
(1)苯酚:
使蛋白质变性,从而使DNA与蛋白质分开水溶性
(2)氯仿:
降低DNA在有机相的溶解度
(3)异戊醇:
可以降低表面张力,从而减少气泡产生。
另外,异戊醇有助于分相,使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有机溶剂相维持稳定。
(4)单价阳离子:
中和DNA分子的负电荷,减少DNA分子之间的同性电荷相斥力,而易于聚集沉淀
(5)乙醇:
沉淀DNA
3.DNA沉淀的两种方法的优缺点:
(1)异丙醇优点:
需体积小,速度快,适于浓度低、体积大的DNA样品沉淀。
一般不需
低温长时间放置。
缺点:
易使盐类、蔗糖与DNA共沉淀.异丙醇难以挥发除去。
所以,最后用
70%乙醇漂洗数次。
(2)乙醇优点:
对盐类沉淀少,沉淀中所含迹量乙醇易挥发除去,不影响以后实验。
缺点:
需要量大,一般要求低温操作。
4.DNA纯度的测定DNA在260纳米处有最大吸收峰,但蛋白质核酸的主要污染源在280nm处有最大吸收峰,A260/A280适合纯度测定。
纯DNA=A260/A280=1.8
纯RNA=A260/A280=2.0
低于1.8含苯酚或蛋白质,高于1.8含RNA和单核苷酸。
5.DNA样品浓度的测定方法
a,在琼脂凝胶上用荧光染料进行标准比对。
b,利用分光光度计测吸收值。
A260.
浓度=50µg/mlxA260xdilution(稀释倍数).
6.DNA纯化的方法:
a氯化铯-溴化乙锭密度梯度离心法(CsCl-EB)适合纯化大剂量DNA。
b阴离子交换层析法
c琼脂糖凝胶电泳洗脱法,适合小剂量DNA的纯化和酶切DNA片段的回收纯化。
d基因纯试剂盒
e正丁醇或异戊醇抽提
7.植物组织中DNA的提取CTAB的作用:
CTAB[十六烷基三甲基溴化铵]是一种阳离子去污剂,可溶解细胞膜,它能与核酸形成不溶的复合物,在高盐溶液[0.7mol/LNaCl]中是可溶的,当降低盐溶液的浓度到一定程度[0.3mol/LNaCl]时从溶液中沉淀。
当CTAB被加入到植物细胞提取液中时,核酸-CTAB混合物就能够沉淀出来,经过离心,沉淀混合物聚集在离心管的底部,而碳水化合物、蛋白质以及其他杂质仍然保留在悬液中。
接下来,将混合物溶解于1mol/LNaCl溶液,使CTAB与核酸分离。
这样,核酸就能够利用乙醇沉淀进行浓缩,利用核糖核酸酶处理去除RNA。
8.动物组织中DNA的提取SDS的作用:
1 溶解膜蛋白及脂肪,从而使细胞膜破裂;
2 溶解核膜和核小体,使其解聚,将核酸释放出来;
3 对RNase、Dnase有一定的抑制作用;
4 SDS能够与蛋白质结合形成R1-O-SO3-…R2+-蛋白质复合物,使蛋白质变性沉淀
9.质粒DNA提取的两种方法及原理:
(1)氯化铯-EtBr密度梯度离心法:
是根据“在细胞裂解及DNA分离过程中,大分子质量的细菌染色体DNA易发生断裂形成相应的线性片段,而质粒DNA则由于其分子质量较小、结构紧密,仍能保持完整的状态”这种差别建立的纯化质粒DNA的技术。
原理:
当将含有溴化乙锭EtBr的氯化铯溶液加到清亮的大肠杆菌裂解液中时,溴化乙锭通过嵌入碱基之间而与DNA结合,并因此导致双螺旋结构发生解旋反应。
线性的或开环的DNA分子,如大肠杆菌染色体DNA片段,可结合大量的EtBr分子,直至达到饱和(每个碱基对大约结合一个溴化乙锭分子)。
而像质粒这样的共价闭合环状的DNA(cccDNA)分子,由于在闭环质粒DNA中引入超螺旋单位,超螺旋度大为增加,从而阻止了溴化乙锭分子的继续嵌入,EtBr分子的结合数量相对较少。
由于染料的结合量有所差别,线状和闭环DNA分子在含有饱和量溴化乙锭的氯化铯中的浮力密度也有所不同。
在DNA-EtBr复合物中,结合的EtBr分子数量越来越多,其密度也就越低。
通过氯化铯密度梯度离心之后,根据它们的不同密度,就会平衡在不同位置。
取出DNA,用异丙醇抽提溴化乙锭,再用缓冲液透析除去残余氯化铯,最后用两倍体积冷乙醇沉淀,就得到了纯化的质粒DNA。
(2)碱变性法:
提取质粒利用的是共价闭合环状质粒DNA与线状的染色体DNA片段在拓扑学上的差异来分离它们。
在pH值介于12.0-12.5这个狭窄的范围内,线状的DNA双螺旋结构解开变性,在这样的条件下,共价闭环质粒DNA的氢键虽然断裂,但两条互补链彼此依然相互盘绕而紧密地结合在一起。
当加入pH4.8的醋酸钾高盐缓冲液使pH降低后,共价闭合环状的质粒DNA的两条互补链迅速而准确地复性,而线状的染色体DNA的两条互补链彼此已完全分开,不能迅速而准确地复性,它们缠绕形成网状结构。
通过离心,线状的染色体DNA与不稳定的大分子RNA、蛋白质-SDS复合物等一起沉淀下来,而闭合环状质粒DNA却留在上清液中。
10.核酸杂交类型:
A转移印迹
southren杂交:
检测DNA
Northren杂交:
检测RNA
Western杂交:
检测蛋白质
B点印迹、狭缝印迹[dotblotting/slotblotting]
C原位杂交[insituhybridization]
11.质粒:
一类存在于细菌或真核细胞中,独立于染色体之外能自主复制的裸露的双连环状(少数为线状和RNA)DNA分子,是与细菌或真核细胞共生的遗传成分。
12.质粒的构型,及不同构型的大小迁移顺序
绝大多数质粒是环状双链,其分子具有3种不同的构型:
1)当其两条多核苷酸链均保持着完整的环状构型时,成为共价闭合环形DNA,即cccDNA。
这样的DNA通常呈现超螺旋的SC构型。
2)如果两条多核苷酸链中只有一条保持着完整的环状结构,另一条出现一至数个缺口时,称为开环DNA(ocDNA),此即OC构型。
3)若质粒DNA经过适当的限制酶切割后,发生双链断裂而成线性分子(L-DNA),通称L构型。
在正常的电泳条件下,不同构型的质粒DNA,尽管分子质量相同,但是仍然具有不同的电泳迁移率,其大小顺序为:
cccDNA(scDNA)>L-DNA(线性DNA)>OC-DNA>D-DNA(二聚体DNA)>T-DNA(三聚体DNA)。
13常用电泳缓冲液种类及特点
TAE
50×
242gTris
57.1ml冰乙酸
100ml0.5mol/LEDTA(pH8.0)
双链DNA分子的泳动速率比另两者快10%,超螺旋在其中电泳时更符合实际分子质量,回收DNA片段时首选,大片段分离效果好,缓冲容量小,过夜电泳不可选用。
TBE
5×
54gTris
27.5硼酸
20mol0.5mol/LEDTApH8.0
小片段(<1kb)分离效果好,回收率差,不宜用于回收电泳。
缓冲容量大,过夜电泳适合
TPE
10×
108gTris
15.5ml磷酸(85%,1.679g/ml)
40ml0.5mol/LEDTApH8.0
磷酸盐的浓度偏高,容易使DNA沉淀,也不适合回收电泳,缓冲容量大,过夜电泳适合
14.电泳缓冲液组成及其作用
类型
6×缓冲液
储存温度
0.25%溴酚蓝
4℃
0.25%二甲苯氰FF
40%蔗糖水溶液
0.25%溴酚蓝
室温
0.25%二甲苯氰FF
15%聚蔗糖水溶液
0.25%溴酚蓝
4℃
0.25%二甲苯氰FF
30%甘油水溶液
作用:
(1)增加样品密度,确保DNA均匀沉入加样孔中;
(2)在电泳中形成肉眼可见的指示带,预测核酸电泳速度和位置;
(3)使样品呈色,使加样操作更方便。
15.聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离物质原理(三个效应)
不连续电泳凝胶采用两层或3层性质不同的凝胶(样品胶,浓缩胶和分离胶)重叠起来会用,前两种胶的缓冲液、PH和孔径大小完全一样,不同的是浓缩胶中无样品。
分离胶的孔径较小,PH也不同,能使能读较低的各组分在电泳过程中浓缩成层,从而提高分辨率。
第一三个不连续:
凝胶孔径的不连续
缓冲液离子组成及各层凝胶ph的不连续
在电场中形成的电位梯度的不连续
第二不连续系统中的三种物理效应
电荷效应酶蛋白按其所带电荷的种类及数量,在电荷作用下向一定的电极及一定的速度移动。
分子筛效应相对分子质量或构型不同的蛋白质通过一定孔径的分离胶时,所受摩擦不同,受阻程度不同,表现出不同的迁移率
浓缩效应使待分开样品中的各组分在浓缩胶中被压缩成层。
16.基因的化学合成方法:
人工合成的短DNA片段5’末端为OH,而天然的DNA5’末端为—P.
(磷酸二酯法、磷酸三酯法、固相亚磷酸三酯法)
注:
了解固相亚磷酸三酯法过程
17.基因组装方法:
全片段酶促链接法:
例如:
α—干扰素和牛视紫红质基团。
酶促填充法:
18.PCR技术:
是一种通过模拟体内DNA的复制方式,在体外两种分别与基因两端不同DNA链互补的特异引物,经聚合酶酶促作用下选择性地将DNA某个特殊区域快速扩增出来的技术
19.PCR原理是:
以DNA的一条链为模板,在有RNA引物、4种脱氧核苷酸(dNTP)时,和DNA聚合酶的条件下,在引物所结合的位置向3’方向合成新的互补链。
其反应以双链DNA的变性、退火、延伸为一个循环。
经过多次循环(25-30次),便目标DNA片段得以大量扩增。
由于每一次循环所产生的新链均可成为新的模板用于下一轮循环,故PCR产物以指数方式增加。
20.PCR组成成分,标准的PCR反应体系:
10×扩增缓冲液 10ul
4种dNTP混合物 各200umol/L
引物 各10~100pmol
模板DNA 0.1~2ug
TaqDNA聚合酶 2.5u
Mg2+ 1.5mmol/L
加双或三蒸水至 100ul
21.PCR引物设计原则
①引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
②引物不能形成二级结构。
③引物长度一般在15~30碱基之间。
④G+C含量在40%~60%之间。
⑤碱基要随机分布。
⑥引物自身不能有连续4个碱基的互补。
⑦引物之间不能有连续4个碱基的互补。
⑧引物5′端可以修饰。
⑨引物3′端不可修饰。
⑩引物3′端要避开密码子的第3位。
22.给目的DNA序列,设计引物?
例题:
目的DNA:
5’-ATGGGAAGCTGCTGTTACCTCCGCACTTCGGAC-----------------CTCCTAAGACACTCTCTACAG-3’
上游序列:
5’-ATGGGAAGCTGCTGTTACCTC-3’G+C=11/21=52%
下游序列:
5’-CTGTAGAGAGTGTCTTAGGAG-3’G+C=10/21=48%
23.华莱式定律:
Tm=4℃(G+C)+2℃(A+T)
例题:
TACCTAGGTTGACCATCTACTAA
Tm=2°Cx(A+T)+4°Cx(G+C)=28°C+36°C=64°C
24.不对称PCR是用不等量的一对引物(非限制性引物与限制性引物),PCR扩增后产生大量的单链DNA。
25.反向PCR:
一种简单的扩增已知序列周边未知序列的方法,根据已知片段两端的序列设计引物,可将邻近的DNA片段扩增出来
26.巣式PCR:
方法由两轮PCR扩增和利用两套引物对所组成,在第一轮扩增中,使用一对外引物产生扩增产物,然后用一对内引物对第一轮扩增的产物进行第二轮扩增,用于DNA及RNA病毒的检测。
27.基因定点诱变:
是指在DNA序列中的某一特定位点上进行碱基的改变从而获得突变基因的操作技术。
(体外特异性改变某个碱基的技术)
28.盒式诱变:
是利用一段人工合成的具有突变序列的寡核苷酸片段取代野生型基因中的相应序列获得数量众多的突变体。
29.硫代磷酸定点诱变原理:
已知一些限制性内切酶不能切割硫代磷酸DNA分子,在异源双链DNA分子制备时加入硫代核苷酸,使之渗入突变链中,然后用前述酶切割,并用外切酶局部消化后,进行聚合反应,从而产生具有定点突变的异源双链DNA
30.kunkel定点诱变原理
诱变之前将复制型的MB噬菌体转化到dut和ung双缺陷型菌株中生长,dut突变导致dutp水平升,ung突变则会使尿嘧啶取代DNA链中的胸腺嘧啶,因此,从dut-ung-大肠杆菌寄主中制备MB单链DNA模板含有