DNAStar中文使用说明书.docx
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DNAStar中文使用说明书
DNAStar中文使用说明书
一、EditSeq
打开已有序列
我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开
“tethis21.seq”开始。
假设序列的末尾有载体序列污染。
我们在用EditSeq打开序列的同时，
用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。
z从文件菜单（），选择Open。
z打开文件夹“DemoSequences”单击选定
单击位于对话框右下角的
序列“TETHIS21”。
zSetEnds按
z，点
钮。
SetEnds被打开（如右）。
在5’框和3’框中键入50和850
击OK。
单击Open打开序列。
当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。
通过“settingends,”
现在你只有最初序列中的801bp的片段。
SetEnds选择在全部
Lasergene应用程序中都可以使用。
2
寻找开放读框
在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。
z从SEARCHMENU找到ORF，点
击打开会出现右边的对话框。
z单击FindNext寻找第一个
ORF的位置。
z继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。
ORF
的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。
DNA序列翻译
这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分
翻译。
如果你的选择是在三联码的读框内，三
联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。
如果
都可以用下面的方法进行
3
你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或
向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。
z选定ORF，从GOODIESMENU
ranslate）。
z翻译的蛋白
菜单中选择翻译
（T
质序列出现在一
个新的未命名窗口中（如右
图）。
它是使用标准的遗传密码翻译的。
4
使用其它遗传密码
根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操
作。
在这节中，我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacronuclear
密码。
z从GOODIESMENU菜单选择GeneticCodes
打开，子菜单显示如左。
z单击“CiliateMacronuclear”就实现了
遗传密码的转换，EditSeq现在使用的就
是CiliateMacronuclear的遗传密码。
z同样可以将遗传密码转换为其它类型。
遗传密码的编辑
这一节中我们修改CiliateMacronuclea
z从GOODIESMENU菜单选
r的遗传密码。
择Edit
z点击DNA
z单击任何要编辑的密码，
z密码子，单击SetStarts按钮。
第二的遗传密码
SelectedCode。
这将打开右面的窗
口，窗口显示遗传密码是怎样翻译
DNA和RNA序列的。
如以DNA形式展示密码，
按钮。
编辑时，
从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。
如使用不同的启始
窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。
5
z就会变成绿色，而且
列的反向互补及反向转换
单击任何氨基酸（或者codon位置），该密码子
旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。
如要去除，只需
单击它即可。
如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。
序
列的正确输入。
ENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），
AST检索
下面的步骤可以用于反向测定的序
z选定序列。
z从GOODIESM
或者把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列
就被翻转互补或翻转过来了。
BL
NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比
z数据库默
下面我们将在
较。
注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。
如果你没有连接
因特网，跳过这部分，继续下一部分。
z选定序，或者从EDIT菜单中选择SelectAll。
z从网络检索菜单（NETSEARCH
MENU），选择BLAST查找。
BLAST
对话框就会出现。
程序默认为blastn，认是nr，参数转换请参照帮助。
z单击OK开始查找。
6
z寻找结果显示为两部
分（如下）。
上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，
下面的部分显示上面部分
具体结果。
有关“score
s网点——http:
//www
一般来说，更主要的score
性。
BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，
或者让你了解更多的有关信息。
选定序列与提交序列（上边序列）比较的
”和“expectation”的详细的信息在NCBI’
.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.——可以找到。
和更低的expectation提示较好的相似
z
z
的对话框出现。
序列。
如果EditSeq提示至少2序
一个单独的EditSeq窗口。
下面
z小的灰色的对话框出
现。
下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开始：
单击CreateDocument。
一个小
z在左上角有一个下拉菜单显示
默认（default）。
单击下拉菜单
框中写入5。
，选顶端（Top）。
并在右面的文本
z单击OK，EditSeq自动查对多余
列是同一个，请点击OK。
EditSeq将从因特网数据库下在单一的序
列，并分别打开
我们用“BatchSave”钮将3-10序列保存为EditSeq文件：
选定从顶端起第3个序列。
单击BatchSave。
7
z单击下拉菜单，选Next。
并在右面的文本框中写入8。
z点击SetLocation，显示文件夹对话框。
选定你z要保存序列的位置。
单击OK回到灰色的对话框。
EditSeq
少2序列是同一个，请
最后我们可以使用“LaunchBrowser”钮查看序列的详细信息
选择Launch
z单击OK保存序列，文件扩展为“.seq”。
在下载过程期间，
自动查对重复的序列。
如果EditSeq提示至
点击OK。
z除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。
z选定序列。
z
Browser。
z你的网络浏览器
将打开右面的窗
口。
序列信息查看
现在我们要使用EditSeq
z果你倒是
希望全选序列，从EDITMENU菜
ctAll。
菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信
息。
选定序列的一部分。
如
单，选择Sele
8
z从GOODIESMENU菜单，选DNAStatistics。
就会出现右面的窗口，
显示序列信息。
序列校读
在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能
这功能能帮助你校正测序胶中的错读。
z（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECHMENU，
选Proof-ReadSequence。
声就会开始朗读所选的序列。
（注：
如果你听不见任何声
CHMENU菜单，选择Fasteror
序列
z选定序列。
单击校对发音图标
z电子的音
音，检查你的计算机的喇叭是否已经打开。
）
z要改变音声read-back的速度，从SPEE
Slower。
z要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECHMENU菜单，选择
Proof-ReadSequence。
的保存与输出
首先创建一个用于保存的序列。
从文件菜单，选New中的NewDNA，或者
NewProtein。
z机会发出警告。
后，我们将序列保存为EditSeq文件：
z将序列写入出现的窗口。
如果你输入非法字符，计算
然
9
z从文件菜单，选Save。
式。
名。
序列），或者ExportAllAsOne（多
ExportAllAsOne的时候，如果DNA和蛋白质文
列类型与你保存的类型是一致的。
列保存为FASTA格式。
z
z选定保存位置。
z给序列命名。
z单击保存则可。
以GenBank或GCG格式保存序列：
z从文件菜单，选Export。
z选定保存位置。
z为sequence（s）选格
z给sequence（s）命
z单击保存则可。
以FASTA格式保存序列：
z从文件菜单，选Export（1个
个序列）。
当使用
件同时存在，激活窗口的序
EditSeq仅仅将写入的序
z选定保存位置。
z选FASTA格式。
z给sequence（s）命名。
单击保存则可。
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二、GeneQuest
GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操
作生物学所关心的DNA的其他feature：
包括ORFS、拼接点连接，转录因
子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。
通过应用“methods”
到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。
你可以在序列上
注释任何你发现的feature。
和其它的Lasergene应用程序一样，
GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。
GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。
其他格式的
序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。
如果你知道Genbank序
列的登录号或名称，你可以直接打开序列。
另外，你还可以在Entrez
数据库进行序列查找和输入。
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打开已有分析文件
在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）
“NematodeR01H10.”进行操作。
z从文件菜单，选择Open打开一
个和右边相似的窗口。
z在苹果计算机上，从Show菜单
中选择GeneQuestDocument文
件。
在Windows上，从文件类型
菜单（FilesofType）的中选择
GeneQuestDocuments。
z用文件管理系统打开名为“DemoSequences.”的文件夹。
双击
NematodeR01H10，就可以打开下面的窗口。
12
GeneQuest的DNA分析方法
趣的features。
打开序列后，你会
示在窗口内。
在下一部分中，我们将
学习如何把其它方法用于我们序列的分析。
z
z列。
z算参数。
z合位点数据库。
zRepeats-InvertedRepeats——寻找反向重复序列。
zRepeats-DyadRepeats——寻找Dyad重复和palindromes。
zRepeats-DirectRepeats——寻找正向重复序列。
zGeneFinding-DNAFinder————在打开的DNA序列中寻找指定
DNA序列。
分别显示正义连和反义连的寻找结果。
zGeneFinding-ProteinFinder——在打开的蛋白质序列中寻找指定
DNA序列的翻译序列。
显示结果为全部6个读框。
zEnzymes-RestrictionMap——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开
的序列，并以图形方式展示。
zCodingPrediction-Borodovsky——用Borodovsky’sMarkov方法
打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。
应用方法后，结果的
图形显示可以帮助你了解序列上感兴
发现只有几种方法应用后的结果展
zTitle——给文件取名。
Ruler——在文件中加入标尺。
Sequence——显示文件中的序
Patterns-Matrix——方法的运
Patterns-Signal——转录因子结
zPatterns-Type-InPatterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参
数。
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来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。
omplexity——根据
有基因编码提示信息的区域。
4种碱基、A+T和G+C的
预测。
用分析方法操作
zCodingPrediction-StartsStopsORFs——根据指定的ORFs的最小
长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。
读框
的启始和中止点分别展示。
zCodingPrediction—LocalCompositionalC
Shannon信息学原理寻找
zBaseContents-BaseDistribution——序列上
频率、分布，以及AT和gc分布区域。
zBentDNA-BendingIndex——DNA折叠
调用新的GeneQuest方法的步骤是：
从MoreMethods中选择方法，加入
的拖取结果放
在本
Ben
z
MENU选择ShowAvailableMethods可以打开方法帘，也可以通过
方法帘（methodcurtain），待方法运行完毕后，选择性
入分析界面
（assaysurface）
即可（见右图）。
节中，我们
使用BentDNA-
dingIndex方
法进行分析。
从
ANALYSIS
14
拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。
方法帘中包括已经用于
z
s打开一个下拉菜单，其中尤可以用于
方法
数字表示应用的次数。
因为
点击三角形，会发
现图标前没有数字。
点击白颜色的位置去除对图标的选择。
方法参数改变
分析的全部方法。
你将注意到方法帘没有BentDNA-BendingIndexmethod。
在方法
帘的顶端，点击MoreMethod
分析的所有方法，点击BentDNA-BendingIndexmethod，该
就进入了方法帘。
z若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。
如
果图标前有数字表明该方法已经使用，
我们还没有应用BentDNA-BendingIndex，所以
z
z单击选定“BendRegion,”，将其拖到分析
界面，释放鼠标。
序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显
示出来。
下面我们改变方法的参数，然后将分析结果与参数改变前的结果进行比
较。
z重复前面的操作，在方法帘中加入一个新的BentDNA-Bending
Index，并把它拖如分析界面。
现在你应该有2个完全一样的折叠区
分析结果。
z任何一个结果，将打开一个参数对话框。
z
双击方法帘中
改变弧长度参数为30，单击OK。
分析界面上就会出现根据此参数计
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算得到的结果。
：
如果你再次拖入新（注的方法时，参数的改变会自动应用到新的方法
上）。
结果展示优化
z组合或移动展示的结果：
单击位于GeneQuest窗口左侧的调色板工
具中的的选择器（手图标），在分析界面中可以随意拖动任何展示
的结果到任何位置。
z改变方法格式：
单击目的选择器（手图标），可以选择分析界面上
的任何方法。
从OPTIONSMENU菜单选择LineColor，打开彩色选
择子菜单。
选定颜色后，方法题目和结果显示都将变成那个颜色。
另外，你可以用类似的指令进行操作：
LineWeight、FillColorand
FillPattern。
去除方法：
单击选择方法帘中显示的方法，用退位或删除键去除应
。
z
用的方法即可
注意任何你除掉的方法都是能从Methodsmenu菜单再一次被使用。
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注释Features
当你用Genbank输入序列时，序列中标注的Features会自动转换为图形
命令显示在方法帘中。
这些Features可以象任何别的方法那样拖到分
析界面上显示。
eneQuest也允许你为你的DNA序列制作新Features：
z单击位于GeneQuest窗口的左侧的调色板工具（箭图标）。
z然后点击选定2641-4257的InformativeRegion。
z点击调色板工具（铅笔图标），或者从SITES&FEATURESMENU
选择NewFeatur，打开一个
FeatureEditor对话框（如
右图）
z你打开FeatureEditor时，
首先进入Location设定。
点
击“Inforegion”进入Titlebox，点击“SegmentA”进入SegmentName
box，接着，在对话框的底部选择标题和区段名字的位置。
z点击Description按钮进入新的FeatureEditor窗口。
如果你愿意，可
以在note中对Feature做标注，在key种选择Feature的种类。
z点击Style按钮进入最后的FeatureEditor窗口，选择字型，大小和颜
色，以及你喜欢图型用于新建的feature。
z点击OK关闭FeatureEditor窗口。
一个图形化展示的“Inforegion”
就会出现在分析窗口的底部。
下面我们把新建的feature与另外一个feature整合起来。
G
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z单击调色板工具（箭图标）。
选定你刚做好的feature，单击工具调
方法而存在，
BLAST检索
色板工具上的（链图标）。
z然后点击名为“R01H10.4——CDS.”的feature，再点击连接（链图
标）。
z这样你的“Inforegion”featur将继续作为没有联系的
但是，它的拷贝将作为R01H10.4featur的一部分出现。
GeneQuest为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库上进行相似
性检索提供2不同的方法。
BLASTSelection指令允许你使用序列的任何
一部分进行检索。
BLASTORF需要你首先选择序列的ORF，然后他就
可以自动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。
在这一节中，我们用
BLAST在NCBI上检索与NematodeR01H10相似的序列。
注意必须保证您的计算机与因特网相连。
否则，跳过这一部分。
z单击范围选择器调色板工具（箭图标）。
z如同在右边被显示的那样，单击任何“R01H10.5”的feature。
注意
此时选定的仅仅
是外显子部分
（exons），内含
子部分被自动去
除。
z从网络检索菜
18
单，选BLASTSelection。
会
z不做参数改变，这样，程序
z开始查找。
索到序列（上
序列）比较的具体结果。
有关"score"和"expectation"的详细的信息
在NCBI's网点
来说，更主要的score
结果窗最上边的4钮被用
来打开，或者保存检索到
的序列，或者让你了解更
多的有关信息。
“PutIn
Document”按钮相当于
blaneFinding-ProteinFinder）
z窗口中选择一个检索结果。
zment。
保存对话窗将打开。
z命名。
单击保存。
z序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线自动出现在分析界
面的底部。
垂直的竖线显示BLAST结果的位置。
出现左面的BLAST对话框。
是blastn，数据库是nr。
单击同意
寻找结果显示为两部分（如下）。
上边的部分是按可能性的顺序显示检
的序列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交
边
--可以找到。
一般
和更低的expectation提示较好的相似性。
BLAST
GeneFinding-DNA
Finder，在打开序列中寻找检索到的序列。
（如果我们使用blastp或
stx，则相当于Ge
在BLAST结果
单击PutInDocu
选定保存位置，并
你选的
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z可以选择Zoomin/OUT来放大或缩小视野。
直到你能清楚地查看序
列。
z其他按钮与EditSeq中介绍的功能相
EntrezDatabase检索
同。
GeneQuest允许你在因特网或企业内部互联网的Entez数据库上进行检
索。
检索到的结果可以输入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存为序
列文件。
在这一节中，我们将检索与狨视觉色素（visualpigmentin
marmosets）序列有关的序列，然后学习GeneQuest或EditSeq是如何打
开其中的一个序列的。
z从网络检索菜单（NETSEARCHMENU），选择新正文查找（New
TextSearch）来打
开EntrezQuery
窗口（如右）。
z在文本框中敲入
“visual
pigment.”。
z从默认为“AllFields”的下拉菜单中选择“TextWord.”。
z用鼠标从右面再拖入一个检索框（NewTerm）。
z在文本框中敲入“Callithrix”，从“NewFields”菜单中选“Organism”。
z单击查找。
查找结果出现于EntrezResults窗口（如下）。
z双击任何EntrezResults窗口里的序列，就可以查看其详细信息。
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如果你想在GeneQuest或EditSeq里打开其中的一个序列：
。
从网络检索菜单，选择用GeneQuest或者EditSeq打开（Openwith
GeneQuest/OpenwithEditSeq）。
z选定文件保存的位置，并给文件取名。
单击同意（视窗），或者保
存（苹果计算机）。
如果你选择以GeneQuest打开文件，GeneQuest将打开文件并且将其默
认的方法自动应用到序列上。
如果你做选择以EditSeq打开文件，Entrez
序列将在主窗口中显示。
GeneQuest的其他特点
z从EntrezResults窗，单击你想打开的序列
z
以RNA折叠形式查看序列的一部分：
zANALYSISMENURNA菜单中选择FoldasRNA命令。
ose凝胶电泳判定大小：
z帘（methodcurtain）。
zs中选择Enzymes-RestrictionMap加入方法帘。
仅仅
表时，所有的酶
选定目的序列，在
序列酶切，模仿aga
升级会员 