分子生物学常用基本词汇表.docx

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分子生物学常用基本词汇表

英文名词

中文名词

解释

A（Adenine）

腺嘌呤

作为碱基的两种嘌呤中的一种。

activesite

活化位点

蛋白质三维表面催化作用发生的区域。

alignment

比对

为了确定两个同源核酸或蛋白质序列的累计差异而进行的配对称为比对。

alignmentofalignments

比对的比对

即比对的对象不是简单的序列，而是序列的比对。

alleles

等位基因

一个基因的不同版本。

alphacarbon

α碳

在氨基酸中与侧链（R-基团）相连的中心碳原子。

alternativesplicing

可变剪接

从一个单独的hnRNA生成两个或多个mRNA分子的过程。

aminoterminus（N-terminal）

氨基端（N端）

在一个多肽中，具有自由氨基的分子端，对应于基因的5'-端。

anti-parallel

反向平行

表示相反的方向；在双链DNA中，这意味着如果一条链是5'到3'的，则其互补链方向是3'到5'的。

basepair

碱基对

（1）在双链DNA中嘌呤和嘧啶之间的相互作用（特别指A和T之间，G和C之间）；

（2）双链DNA序列长度的基本单位。

betaturns

β转角

在反向平行的β折叠片中，当β链反转方向的时候蛋白质部形成的U型结构

Bioinformatics

生物信息学

应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。

Biocomputing

生物计算

本书中特指用计算机技术分析和处理生物分子数据。

BasicLocalAlignmentSearchTool（Blast）

基本的局部比对搜索工具（Blast）

一种常用的序列数据库搜索工具。

blottingandhybridization

印迹和杂交

将分子（通常是核酸分子）从凝胶转移到膜上，接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进行洗脱的过程。

bootstraptest

自举检验

对置信程度进行量化的检验。

branchandboundmethod

分支约束法

一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。

branches

分支

在系统发生树中，通过分支连接两个节点。

C（Cytosine）

胞嘧啶

作为碱基的两种嘧啶中的一种。

CAATbox

CAAT盒

大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式为C-A-A-T，通常出现在转录起始位点上游80个核苷酸的地方。

许多因子可以与CAAT盒结合。

carboxyterminus

羧基端

在多肽链中，含有羧酸基团（—COOH）的分子端，对应于基因的3'-端。

cDNA（ComplementaryDNA）

cDNA（互补DNA）

通过逆转录酶从RNA模板合成的DNA。

cDNAlibrary

cDNA文库

从mRNA序列中产生的所有DNA序列的集合。

这种类型的文库只包含编码蛋白质的DNA（基因）。

centraldogma

中心法则

从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（DNA?

RNA?

protein）。

character

特征

在系统发生树中，具有有限状态数的特征。

chargedaminoacid

带电氨基酸

在一定的生物pH值下，带有正电或负电的氨基酸。

chromatin

染色质

在真核生物细胞核部由大量DNA以及与此相关的组蛋白组成的近似均匀混合物。

chromosome

染色体

在原核生物，包含一个细胞基因组的DNA分子称为染色体。

在真核生物中，与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。

clone

克隆

无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。

cloning

克隆

在类染色体载体中插入特定的DNA一段，使得它们可以在活细胞中得以保存并复制。

Codingsequence

编码序列

DNA序列中为蛋白质编码的部分。

Codon

密码子

基因编码部分的三核苷酸组合，对应于一个特定的氨基酸。

Complementary

互补的

（1）通过氢键连接的核苷酸对（G和C;A和T;A和U）；

（2）核苷酸链的反向平行对。

ComputationalMolecularBiology

计算分子生物学

主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析工具。

conformation

构象

蛋白质的空间构象。

consensussequence

一致序列

在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列

conservedsequence

保守序列

在进化过程中基本保持不变的核酸与蛋白质序列，它们往往与特定的功能相对应。

Contig

连续交叠群

基因组测序过程中将许多短的序列片段成很长的连续片段。

convergentevolution

趋同进化

指相似基因型或表型性状的独立进化。

例如，眼睛在各种生物体（如哺乳动物、软体动物以及昆虫）中独立进化，结构各异。

corefold

核心折叠

构成蛋白质空间形状的基本模式。

CpGisland

CpG岛

在哺乳类动物基因组中的一个500bp到3000bp的区域，该区域中的二核苷酸CpG的含量比其他区域的正常水平要高。

通常，与此相关的是真核生物管家基因的启动子区域。

crystal

晶体

由分子的规则排列组成的固体结构。

degeneracy

简并性

指某些氨基酸可以被一个以上的三联密码子编码的特性。

denaturedprotein

变性蛋白质

指蛋白质因为受热作用或者去污剂或尿素等化学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的结果。

deoxyribonucleicacid（DNA）

脱氧核糖核酸（DNA）

由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体，其核苷酸含有脱氧糖基。

DNA是遗传的分子基础。

dipeptide

二肽

由一个肽键连成的两个氨基酸。

disulfidebond

二硫键

二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之间形成的化学键。

DNA

参见脱氧核糖核酸。

domain

域（结构域）

指蛋白质结构中相对独立的、具有特定功能的空间区域。

dotplot

点阵图

对两条序列进行图形化比较的方法。

图形中的一系列的斜线对应于序列相似的区域。

dynamicprogramming

动态规划

一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的子问题，然后利用部分计算解得到最终答案。

enhancer

增强子

可以与真核转录因子特异性结合的DNA序列片段。

增强子序列可以在任何一个方向上起到逐渐增加转录水平的作用。

enzyme

酶

一种生物催化剂（通常是蛋白质），能通过降低活化能使特定的化学反应可以更快地进行。

EST（Expressedsequencetags）

EST表达序列标签

从cDNA的5'或3'端获取的短的DNA片段。

euchromatin

常染色质

指真核生物中组蛋白高度甲基化（乙酰化？

）并且DNA低度甲基化的开放染色质。

exhaustivesearch

穷举搜索

对问题所有可能的解进行评估。

exon

外显子

一个hnRNA分子的各个部分，它们被剪接后连在一起形成mRNA。

expressionprofile

表达谱

基因在不同时空的表达模式。

family

家族

在整个长度围有多于50％的氨基酸序列相同的蛋白质称为一个家族。

fold

折叠

通常和术语“结构模体”有近似的含义，但是特别暗示在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域。

fourfolddegeneratesite

四重简并位点

指那些改变一个核苷酸为任何其它三个中的一个都对核糖体将氨基酸插入到蛋白质没有影响的密码子位点。

G（Guanine）

G（鸟嘌呤）

两种嘌呤中的一种。

gappenalty

空位罚分

为了减少序列比对中出现的空位，对空位进行减分的操作。

gaps

空位

在两个具有共同祖先序列的比对中，为了反映插入或删除所引入的一个或一些破折号。

GCcontent

GC含量

在DNA序列中，核苷酸G、C的组成相对于A、T的比例。

gelelectrophoresis

凝胶电泳

指在电场的作用下，使带电分子穿过聚丙烯酰胺、淀粉或者琼脂糖凝胶，从而根据其大小和带电性进行分离的过程。

gene

基因

DNA或RNA中，代表特定功能的某一段核苷酸序列；一种遗传的功能单元，它控制着一个或多个性状的传递和表达。

genecontent

基因容

一个基因组所包含的所有基因称为该基因组的基因容。

geneexpression

基因表达

利用存储在DNA中的信息来合成RNA分子，进而生成相应蛋白质的过程。

geneidentification

基因识别

利用各种方法识别基因组中的基因序列。

geneontology

基因本体论

关于基因和蛋白质知识的标准词汇，是今后实现各种与基因相关数据的统一、进行数据转换、开展数据挖掘的基础。

geneorder

基因次序

基因在染色体上的排列顺序。

genetree

基因树

基于同源基因分析得到的系统发生树。

geneticmap

遗传图谱

以具有多态性的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图谱。

genome

基因组

一个生物体全部遗传物质的总和。

genomics

基因组学

研究基因组序列，研究序列与功能的关系，研究基因组中所包含的遗传信息。

genomiclibrary

基因文库

包含有基因组DNA插入的克隆片段集合。

genotype

基因型

一个个体或群体全部或部分的基因组成。

globalalignment

全局比对

在全局围对两条序列进行比对打分的方法。

GU-AGrule

GU－AG规则

这是一条与真核生物蛋白质编码基因相关的规则，说的是RNA含子序列5'端的起始两个核苷酸总是5'-GU-3'，并且其3'端的最后两个核苷酸总是5'-AG-3'。

hairpinturn

发夹环

在RNA链中自身反转允许形成分子碱基配对的位置。

Hashtable

Hash表

一种数据结构，可以存储多个数值；不像矩阵要用整型索引获取存在其中的数，hash表可以用任何类型的值（包括字符串）作为索引。

HiddenMarkovModels（HMM）

隐马尔柯夫模型（HMM）

在序列分析中常用的一种数学模型。

heterochromatin

异染色质

指转录停滞、紧密包裹着的染色质；和高度DNA甲基化以及低度的组蛋白乙酰化有关。

heuristicmethods

启发式方法

反复试验，利用经验解决问题的一种方法。

homologs

同源序列

具有公共祖先的序列。

horizontalgenetransfer

基因水平转移

基因从一个物种传递到另一个物种的过程。

虽然病原体和转座子通常被疑似为导致它的原因，但是基因这种运动的机制仍然未知。

HumanGenomeProject,HGP

人类基因组计划

通过全球合作，绘制人类基因组的全部序列图谱。

housekeepinggene

管家基因

发育过程中在任何时间、在任何器官都高度表达的基因。

H-P（hydrophobic-polar）model

H-P（疏水极性）模型

以固定半径的单个原子表示蛋白质中的一个氨基酸残基的简单网格模型。

hydrogenbonding

氢键

由于极性共价键的作用，使得电荷作用发生轻微分离而形成的分子相互作用。

hydrophilic

亲水的

很容易在水性溶剂中溶解；字面上理解，就是和水易处的。

hydrophobic

疏水的

难以和水分子相互作用，字面上就是厌水的。

hydrophobicaminoacid

疏水氨基酸

含有一个全部由碳和氢组成的R基团的氨基酸；它不可能和水分子形成氢键

hydrophobiccollapse

疏水折叠

将一个多肽链折叠成一个压缩的构象，从而使疏水残基远离溶剂的过程，简单的说，是由疏水作用而引起的肽链折叠。

indel

插入或删除

插入或删除。

inferredancestor25

推断祖先

通过系统发生树推断而得到的祖先。

inferredtree

推断树

对三个或三个以上的同源序列的系统发生关系的描述，是它们真正关系的一个近似。

informative

有信息（位点）

在简约性分析中的提供有用信息位点；与此对应的是无信息位点。

ingroup

群（或部物种）

一个物种或一个分歧不大的物种系列；与此相对应的是外群。

Inhibitor

抑制剂

任何可以降低酶促反应速度的物质。

initiationcomplex

起始复合物

一系列自身相互作用的转录因子形成复合体，作用与一个基因的启动子区域，从而促进基因的转录启动。

initiator（Inr）sequence

起始序列

真核基因中与转录起始位点密切相关的核苷酸；在人类中，该一致序列是5'-YYCARR-3'。

insertionsequence

插入序列

指除了自身转座需要外不再包含有任何信息的转座子元件；当被插入到一个基因中，它将破坏其正常的结构以及基因的功能。

internalnode

部节点

在一棵系统发生树中，不对应真正数据的节点，这样的节点代表两个或多个独立家系的公共祖先。

intrinsicterminator

固有终止子

在原核生物中终止转录的特殊信号；指在新转录的RNA中可以形成二级结构的核苷酸序列，其后跟随一串尿嘧啶。

intron

含子

在剪切时被切除的部序列；出现在真核基因的初级转录物（hnRNAs）中，而不是在mRNA中。

isochores

等值区

在真核基因组中具有相似碱基比例的区域。

junkDNA

垃圾DNA

没有意义的DNA序列；也指那些目前还不知道其作用的序列。

kilobase（kb）

千碱基

DNA序列的长度单位，1000个碱基为1kb。

leadcompound

先导化合物

指在药物设计中一个可行的候选分子。

LINE

长散布（核）元件。

linkagemap

连锁图谱

见“遗传图谱”。

localalignment

局部比对

一种寻找匹配子序列的序列比对方法。

lockandkeyapproach

锁-钥方法

两个对接分子的构象被固定的对接方法。

logoddsmatrix

对数几率矩阵

矩阵元素是每一个字符替换概率的对数的矩阵。

matchscore

匹配得分

序列比较算法对相同字符匹配设置的得分。

maximumlikelihoodapproach

最大似然法

指在一系列的序列比对中，考虑每一个字符被替代的概率的一种系统发生学方法；也是一种基于纯统计的系统发生重建方法。

methylation

甲基化

一个甲基（—CH3）附着在一个核苷酸的含氮碱基或者蛋白质上。

microarray

微阵列

在一个固体基片上的已知位置固定了DNA探针的有序阵列。

microsatellite

微卫星

在基因组中很多非常短的核酸序列出现的区域，例如串接出现5'-CA-3'的重复序列；通常在个体间变化很大。

MIAME（theminimuminformationaboutamicroarrayexperiment）

微阵列实验的最小信息

为了实现微阵列数据共享和交流而制定的数据存储标准。

minisatellite

小卫星

指在基因组中长度从5个碱基对到几十个碱基对重复序列串连出现的区域；在个体间变化可能很大。

mismatchscore

失配打分

在一个比对算法中，对于不相同的字符被比对时所赋予的罚分。

molecularclock

分子钟

这是一个有争议性的假设，指对于所有的进化谱系，任何一段给定的DNA序列以相同的速率突变。

molecularclones

分子克隆

指一段DNA序列的多数相同拷贝，一般地在例如质粒或病毒等载体中进行，使得它们可以在细菌培养物中生存并传播。

moleculargraphics

分子图形学

分子图形学是进行分子模型化的一项重要技术，由于分子图形学和其它计算化学方法的相互结合，使得分子模型化方法取得成功。

molecularmodeling

分子模型化

分子模型化是利用计算机模拟分子结构、研究分子之间相互作用的一种技术。

MonteCarloalgorithm

MonteCarlo算法

一种尝试复杂问题的各种可能解的方法，例如将能量最小作为评价一般解的方法。

motif

序列模式

指核酸或者蛋白质序列中具有保守性的序列片段。

multiplesequencealignment

多重序列比对

三个或更多条序列的比对。

mutation

突变

由于DNA复制或者修复错误导致核苷酸序列发生的变化；严格地讲，通过选择性过滤在物种代间发生的变化。

nativestructure

天然结构

在一个活细胞，特定的蛋白质通常折叠成的唯一结构。

naturalselection（selection）

自然选择

个体间由于适应性的差异而形成的基因传给子代的差异现象；导致等位基因频率改变的进化。

nearestneighborclassifier