生物菌肥226剖析.docx
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生物菌肥226剖析
微生物肥料的研究进展及产业现状
1微生物肥料概述
1.1微生物肥料的定义
简称菌肥，又称微生物接种剂。
它是由具有特殊效能的微生物经过发酵（人工培制）而成的，含有大量有益微生物，施入土壤后，或能固定空气中的氮素，或能活化土壤中的养分，改善植物的营养环境，或在微生物的生命活动过程中，产生活性物质，刺激植物生长的特定微生物制品。
微生物肥料中有效活菌的数量是微生物肥料质量的重要标准之一，必须符合农业部相关质量标准。
1.2微生物肥料的种类
目前微生物肥料分为微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥三类：
（1）微生物菌剂：
是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂。
它具有直接或间接改良土壤，恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用。
其特点是菌数高、用量少，使用各种功能菌种，产品品种多；适用对象广；涉及试验设计、效果评价的参数与指标也多样。
主要有9个品种：
根瘤菌剂、固氮菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂（秸秆、粪便等）、促生菌剂、复合菌剂、菌根菌剂和生物修复菌剂（农药残留降解、克服作物重茬）。
产品剂型分为液体、粉剂和颗粒型；适用范围：
作物、土壤；秸秆（腐熟剂）、农残种类（修复剂）。
例如：
有机物料腐熟剂就是能加速各种有机物料（农作物秸秆、畜禽粪便等）腐熟的微生物活体制剂，产品的技术指标符合《农用微生物菌剂》（GB20287-2006）或农业行业标准《有机物料腐熟剂》（NY609-2002）。
其产品中菌种的要求及其组合应使用可产纤维素酶、半纤维素酶和木质素酶的功能菌种，常由不少于3种的功能菌组成。
应以产品加速（促进）秸秆的腐解进行效果评价。
目前将有机物料的腐熟菌剂的适用范围分为：
农作物秸秆（秸秆腐熟菌剂）、禽畜粪便（禽畜粪便腐熟菌剂）和试用两者（农作物秸秆、禽畜粪便）。
（2）复合微生物肥料：
是指特定微生物与营养成分（氮磷钾等）复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品；粉剂和颗粒剂型产品中的氮磷钾总含量不高于25%，在6%-25%范围内；液体剂型产品在4%以上。
其特点是含有功能菌、氮磷钾养分和有机载体组成；平衡肥料的速效与长效供给需求。
达到“化肥速效、有机肥长效、微生物肥料促效与转化”的综合效果。
（3）生物有机肥：
是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
其特点是在优质的有机肥（腐熟后）中，再添加（二次添加）功能微生物。
1.3微生物肥料的作用与功效
施用微生物肥料旨在改善土壤营养状况，增加植物营养元素供应，产生植物激素促进植物生长和减轻植物病害等。
概括起来主要有5个方面的作用：
（1）增加土壤肥力。
肥料中的固氮菌可以增加土壤中的氮元素的含量，硅酸盐类微生物可以将土壤中难溶态的磷、钾降解成可被农作物吸收利用的状态，从而改善作物生长时土壤环境中营养元素的供应状况，同时增加土壤中有机质含量，提高土壤肥力。
（2）产生植物激素促进植物生长。
许多微生物能够产生植物激素，如生长素、吲哚乙酸、赤霉素等，可以刺激和调节作物的生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
如“5406”放线菌生物肥，不但有拮抗病原菌防病壮菌的作用，还能分泌细胞分裂素促进作物的生长。
（3）对有害微生物的生物防治。
一方面微生物肥料中含有某一类拮抗菌，可以抑制病原菌的生长；另一方面，接种的微生物在根际大量生长繁殖，作为优势菌限制其他病原微生物的繁殖机会，从而起到了减轻植物病害的作用。
（4）协助植物吸收营养。
VA菌根是一种土壤真菌，可以与多种植物根共生，其菌丝能够伸出根部很远，可以吸收更多的营养供给植物吸收利用，其中对磷的吸收最为明显，另外，对锌、铜、钙等也有加强吸收的作用。
（5）减少化肥使用量，降低成本。
使用微生物肥料能够适量减少化肥的用量，另外微生物肥料所消耗的能源要少，成本更低，有利于生态环境保护。
1.4微生物肥料的作用机制
目前人们对微生物肥料中有益促生菌的认识已经到了基因组学、蛋白质组学、细胞学以及植物与环境互作的关系上，对于促生菌的作用机制主要包括：
诱导植物产生生长激素、产嗜铁素提高土壤中铁活性、提高土壤中可溶性氮、磷、钾以及增强植物对病原菌和环境胁迫的抗性和忍耐力等。
对于根际促生菌的作用机理综合起来可以分为促进植物生长机制和生物防治机制。
1.4.1促进植物生长的机制
植物根际促生菌对植物生长的促进作用主要是通过对植物生长进行调节和促进植物营养发挥作用的。
植物生长的调节作用主要是指根际促生菌产生的植物激素（如生长素、细胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素等）促进植物对营养元素的吸收、自身的生长发育和对植物的其他生命活动进行调节。
另外，有些根际促生菌可以产生1-羧基-1-氨基环丙烷脱氨酶来降解乙烯的前提物质l-羧基-1-氨基环丙烷，从而降低植物激素乙烯的水平，进而抑制乙烯对植物的三重反应，促进植物根和茎的伸长、生长，提高养分的吸收，促进植物的生长。
根际促生菌对植物营养的促进主要包括解磷、解钾、固氮和产生铁载体。
根际促生菌有些可以产生一些有机酸溶解土壤中不溶性磷，从而增加土壤中可吸收磷的供应，有些硅酸盐类细菌能够分解硅酸盐和铝硅酸盐，将难溶性的钾转变成可溶状态供植物吸收。
此外，很多的促生菌都能产生固氮酶，可以将氮气转化为氨，为植物提高氮素营养。
还有一些促生菌产生铁载体瞄，溶解并结合土壤中的铁元素供给植物细胞利用，从而促进植物的生长。
1.4.2生物防治机制
微生物肥料中有益促生菌不仅能够促进植物的生长、增加作物的产量，还能够提高植物的防病能力。
根际促生菌作为生物防治剂防治植物病原菌主要是从5个方面进行的：
（1）有些拮抗菌通过产生抗生素来抑制病原微生物在植物周围的生长繁殖，从而保护植物的健康生长。
（2）某些促生菌在植物的根系或者种子周围有很强的定殖能力，抢占了适合病原菌生长的位点，有效的利用了根围的营养和根系分泌物，减少了病原菌的营养物质，阻止了病原菌的生长。
（3）多数促生菌可以通过诱导植物本身的系统抗病性产生对病原菌的抵抗能力。
（4）大多数的促生菌能够产生嗜铁素来吸收土壤中微量的铁元素，形成铁一嗜铁素复合体，使病原菌缺铁而无法生存。
（5）一些促生菌能够产生低分子代物质如氢氰酸、萎蔫酸等抑制病原真菌生长，或者合成一些酶类来消灭或者抑制真菌的生长。
微生物肥料中促生菌对植物生长的促生作用和生物防治作用不是单独发挥作用，两者相辅相成共同发挥作用，并且有时一种菌可能会有多种功能。
在实际应用中可以根据需要进行组合来起到防治植物病原菌和促进植物生长的作用。
1.5微生物肥料的生产条件与方式
按照《农用微生物菌剂生产技术规程》（NY/T883-2004）,微生物肥料生产条件包括5个主要生产技术环节，分别是菌种保存与选用、菌种的发酵增殖扩繁、产品后处理（混拌、烘干、造粒）；产品包装（分装机）；产品质量检验等。
其生产方式有3种：
（1）液体发酵生产方式。
此方式适合细菌类和酵母菌等单细胞微生物的扩繁；要三级发酵，种子罐（一级）、放大罐（二级）和生产罐（三级），生产效率高，自动化程度高，质量可控，但投资较大，主要设备包括：
发酵罐、空气过滤设备、热动力设备等。
采用此方式生产液体剂型产品，一般将发酵罐出来的发酵液（经检验菌含量合格，杂菌率在标准要求控制值下），添加保护剂或其它可与微生物共存的物质，在洁净条件下分装；生产粉剂产品，在发酵液中加入适宜的经灭菌吸附剂载体，用混拌设备均匀混合后分装；生产颗粒剂型产品，需要在不破坏微生物菌体的条件下（尤其是温度），通过圆盘等设备造粒。
（2）固体发酵生产方式。
适合真菌和多数的放线菌的扩繁；设备简单，投资小，产品保质期长，但生产周期长，效率和自动化程度低；可在发酵床、发酵房、发酵桶中中进行。
要求能调控温度（加热装置）和通气。
固体发酵后，直接分装或经粉碎后装袋，或造粒成颗粒剂型产品。
发酵原料的灭菌和需要大量的劳动力是限制其大规模发展的原因。
（3）液固两相发酵。
适合多数的真菌和放线菌产品的扩繁；先进行液体发酵后，再将其接种到固体基质中发酵。
液体发酵的目的是为后续的固体发酵提供扩繁菌种，因此液体发酵一般只采用一级发酵。
要求生产者掌握液体发酵和固体发酵技术。
1.6微生物肥料的施用方法
微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥、沟施或穴施等。
微生物肥料的施用方法比化肥、有机肥要严格，因此要注意：
一是避免长期放置，开袋后尽量一次用完。
微生物肥料的主要成分之一是活菌体，存放时间过长会影响微生物的活性，并且包装袋打开后其它细菌就可能浸入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其施用效果。
二是避免在高温干旱条件下施用。
高温和干旱会影响微生物菌群的生存和繁殖，不能使肥料发挥其良好的作用。
三是避免与未腐熟的农家肥或过酸碱的肥料混合施用。
这两种肥料会因为温度或酸碱度而影响微生物肥料的正常效果。
四是避免与农药同时施用。
化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。
1.7微生物肥料的应用效果
国内多点试验结果表明，微生物肥料在不同作物和农业条件下增产15%～19%。
综合分析了我国自1989年以来，微生物肥料（根瘤菌肥料除外）在提高农产品产量和改良品质方面的应用效果，表明微生物肥料与化肥、有机肥等混合施用，比传统施肥增产的报道占95%，其中增产幅度超过5%的报道占87.4%，超过10%的占56.6%。
微生物肥料的平均增产率分别为：
菌根菌类（22.3%）、复合微生物肥料（21.2%）、固氮菌类（14.7%）、光合细菌类（13.6%）和解钾菌（12.2%）。
山东省农科院在2004年至2012年的实验结果也表明，微生物肥料在比农民习惯化肥减少1/4-1/2条件下，蔬菜、小麦、花生等作物的平均增产率为14.68%-8.25%和17.5%。
国外20世纪70年代末和80年代初，一些国家对固氮细菌和解磷细菌进行了田间试验，结果各异，对其作用还有相当大的争议。
但在固氮螺菌与禾本科作物联合共生的研究中取得了一定的进展，在许多国家作为接种剂使用。
以色列1979-1986年在40个点上对玉米、小麦、高粱等进行接种试验，增产15%～20%。
总结20年来世界上一些国家的田间试验数据表明，固氮螺菌接种在土壤和气候不同的地区可以提高作物的产量，在60%～70%的试验中可增产5%～30%。
它们促进生长的主要机制是能生产能促进作物生长的物质，能促进根毛的密度和长度以及侧根出现的频率和根的表面积。
总结国内大量的研究文献，我们发现，目前微生物肥料在禾谷类作物上的应用最多，其次是油料、蔬菜和纤维类作物，较少的是烟草、茶、中草药植物等。
不同作物因为生理特点、生长环境、管理方式等的不同使得微生物肥料对不同作物的增产效果差异较大。
具体表现如下：
（1）在粮食作物上的应用
微生物肥料在水稻、小麦、玉米等的应用较多，并且都取得了较好的效果。
鲁杰等在水稻上的研究表明，施用施倍得生物有机肥可以大大减少氮肥的使用量，并且能提高水稻的饱满千粒重、混合千粒重和成熟率。
魏峰等等利用几种不同的微生物肥料在小麦上进行施用，研究效果表明，微生物肥料能够有效的抑制病原菌的繁殖，促进根系生长，肥效长，后期作用明显，能增加有效穗数量，提高千粒重，加快后期干物质的积累，增加产量。
刘生战等的研究也表明，基施生物菌肥能有效的降低株高、增加穗长、穗粒数，提高千粒重。
陈爱梅等在玉米上的研究表明，微生物肥料与常规的化肥混合使用，不仅能够提高产量和经济效应，还能够养地，因此建议在生产中使用微生物肥料。
（2）在蔬菜及经济作物上的应用
微生物肥料在蔬菜上研究和应用的最为广泛，在白菜、黄瓜、玉米、番茄、大豆、辣椒、苦瓜、卷心菜等种植中施用效果显著。
试验表明，微生物肥料能促进黄瓜的发育，降低黄瓜病害的发生，显著提高黄瓜的净光合强度、雌花节率、坐果率、前期产量、总产量，改善产品口味，且能降低硝酸盐含量。
孔跃等在小油菜上进行施用生物有机肥、有机无机配合施肥、三元肥的田间对比试验，结果显示施用有机肥的小油菜中硝酸盐和亚硝酸盐的含量比对照减少了36.17％和21.77％，并且能够提高土壤的肥力。
谢永萍等对烟草的研究表明，使用烟草专用微生物肥料能促进烟草生长，可提高产量5．7％～23．3％，增加上中等烟率2．1％～6．1％，同时还能提高烟叶内在品质、增加烟草的抗逆性，改善杂气和刺激性。
另外，微生物肥料能够促进棉籽发芽、棉苗根系的生长和发育，增强棉苗的抗逆性，减少蕾铃脱落率，增加铃重，增产增收。
（3）在果树上的应用
微生物肥料在果树上的应用研究近年来也取得较大的进展。
何明莉等在苹果、桃、葡萄等多种果树施入酵素菌豆粕生物有机肥后，果树树势有所增强，产量明显高于对照，并且对果实的品质影响明显，果实总糖、可溶性固形物含量、硬度均高于对照组。
李玉华等对新疆库尔勒香梨的试验表明，在常规施肥的基础上增施微生物肥料，产量可以提高2.56～4.24t／hm，增产10.47％～17.33％，另外还可降低果实的硬度和酸度，减小果核，增进品质。
微生物肥料不仅能提高产量、增进品质，对增强抗病性也有显著效果。
凌宁等用西瓜专用的微生物肥料对防治西瓜枯萎病的研究表明，在育苗和移栽时使用微生物肥料能够有效的防治西瓜枯萎病的发生，克服西瓜连作障碍。
2我国微生物肥料产业现状
我国微生物肥料的研究、生产和应用已有70多年的历史，可追溯到上世纪40年代，最早开始研究应用的是大豆根瘤菌剂和花生根瘤菌剂。
近年来，我国微生物肥料行业发展迅猛，无论微生物肥料产品的种类和总产量，还是其应用面积都有了快速的增加，已逐渐成为肥料家族中的重要成员。
截至2012年底为止，我国微生物肥料产业基本形成，主要表现在：
（1）全国微生物肥料企业约有850多家，遍布我国的30个省、自治区、直辖市；年产量超过900万t；全国从事微生物肥料生产的人员5万多人；年产值能达到150亿元以上。
（2）产品种类众多。
在农业部登记的产品种类有11个，包括固氮菌剂、根瘤菌菌剂、硅酸盐菌剂、溶磷菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂、内生菌根菌剂、生物修复菌剂及复合微生物肥料和生物有机肥类产品。
从1996年国家将微生物肥料产品纳入登记管理范畴，至今已有1790个产品取得农业部的登记证，其中有800多个产品转为正式登记。
（3）生物肥料使用菌种种类不断扩大。
所使用的菌种早已不限于根瘤菌，即使是根瘤菌种类也达十几种，其他还有诸如各种自生、联合固氮微生物、纤维素分解菌、乳酸菌、光合细菌、PGPR菌株等。
据统计，目前使用菌种已达到150多种，包括细菌、真菌、放线菌等种类。
（4）使用效果逐渐被农民等使用者认可。
微生物肥料的应用效果不仅表现为产量增加还表现在改善产品品质、减少化肥使用量、降低病（虫）害发生率、保护农田生态环境等方面，微生物肥料的使用效果已被农民等使用者认可，应用面积在逐年扩大。
（5）质量意识开始深入人心，质检体系初步形成。
农业部于1996年将微生物肥料纳入国家检验登记管理范畴，对微生物肥料的生产、销售、应用、宣传等方面进行监管，促进了微生物肥料产品质量的提高。
农业部微生物肥料质检中心已举办了18期标准和技术培训班，面向省级土肥质检机构及生产企业，初步构建了部#省#企业的三级质检体系.
（6）微生物肥料标准体系建设基本建成，产品的生产应用及其质量监督有据可依。
在各方面的支持下，经过10多年的工作，我国的微生物肥料标准框架基本建成。
其标志是构建了由通用标准、使用菌种安全标准、产品标准、方法标准和技术规程5个层面21个标准组成的我国微生物肥料标准体系框架，这为微生物肥料行业的健康发展提供了强有力的技术支撑。
（7）微生物肥料产品进出口日趋活跃，已步入世界经济全球化轨道。
目前有20余个境外产品进入我国市场，并在国内进行了试验，已有20多个产品获得登记证。
随着经济全球化进程的加快，将有更多的外国产品进入中国的农资市场。
同时，我国也有一些产品出口到澳大利亚、日本、美国、匈牙利、波兰、泰国等国家和地区。
（8）国家产业政策对行业的发展给予了一定的重视和支持，在科研资金支持力度和产业化示范项目建设上的立项都是空前的。
近年来，国家相继出台一些扶持生物产业发展的政策和措施，微生物肥料生产企业将迎来一个非常好的发展机会。
3我国微生物肥料产业存在的主要问题
（1）基础研究落后于生产实践。
微生物肥料应用于生产中已经有几十年的时间了，但是还存在许多不明确、未解决的问题。
目前很多研究仅仅集中在某一类功能菌的菌株分离和大田试验方面，对于自然界中广泛存在的其他菌株缺乏基础研究，例如，对于根瘤菌的固氮作用研究较多，有些方面已达到分子水平，但是对于自生固氮菌、解磷、硅酸盐类细菌及其他促生菌等还缺乏深入研究。
另外，对于微生物肥料中功能微生物本身的特性、作用机制、功能基因、在土壤与根际的定殖机理和存活繁殖动态等也缺乏深入研究。
（2）菌种效能不稳定且单一。
微生物肥料的核心就是菌株。
目前微生物肥料使用菌种比较单一且细菌肥较多，而细菌具有较强的自发突变性，在菌株繁殖传代过程中往往造成菌株特性的减弱甚至消失，加之位于质粒上的基因不稳定使得很多优良基因容易丢失，所以很多的细菌肥料在研发和试验的时候具有较好效果，但是在推广使用过程中往往产生效果降低的现象。
在工厂化生产中，普遍缺乏菌株，菌种资源匮乏，很多产品中经常是使用相同的菌株。
并且其中活菌数量少，杂菌较多、有效期短。
产品中的菌种针对性不强。
微生物肥料具有不同地区的生态适应性，因此必须深入研究其施用的土壤条件、作物类型、耕作方式、施用方法、施用量以及与之相应的化肥施用状况等，有针对性地筛选功能菌种，这样才能保证微生物肥料施用的有效性。
虽然目前微生物肥料产品中使用的菌种已有150种之多，但大多数企业依然使用传统的固氮、解磷、解钾细菌，并且多是以芽胞杆菌为主。
另外，有些未经鉴定的有害菌株流入生产环节，带来安全隐患。
（3）价格高，质量不稳定，市场风险大。
微生物肥料不能完全替代传统化肥，只是后者的有益补充，促进作物更高效的吸收利用化肥。
而微生物肥料产品价格普遍偏高（与同养分浓度的化肥产品相比，高出50%甚至100%以上），这使得微生物肥料在种植收益较低的粮食作物领域并不占有优势。
此外，在生产工艺和产品定位层面，微生物肥料是最为混乱的新型肥料市场之一。
主要表现在：
一，产品中所用的微生物分类地位不明；二，微生物肥料中需要加入大量基质（即载体），但究竟是基质还是特定微生物起到肥效作用，目前尚无定论；三，微生物容易产生变异，经过长期使用，不断的传代，会失去某些优良性状而产生退化现象；四，目前微生物肥料没有统一的检测方法，特别是对菌种的测定、活菌数量的检测，费时、费力、精确度不高，影响误差因素较多。
上述问题使得微生物肥料的行业风险极易被放大，尤其是对于在技术相对领先的企业，将面临假冒伪劣产品的恶性竞争。
（4）企业规模小，产品在肥料行业中所占比重低。
虽然我国目前的微生物肥料生产企业已有850多家，截至2012年底，全国已获得国家批准登记的微生物肥料已达1000多个,但是全国实际上微肥生产厂家已超过2000多家。
多为中小型企业，生产规模多数偏小，菌剂类企业年产量一般在几百吨左右，超过上千吨的厂家屈指可数;而菌肥类企业年产量多在，0.5～1万t左右，少数企业能达到4～5万t，只有个别企业达到10万t以上。
菌种质量差、肥效低、品种有限。
为农民认识和选用微生物肥料这一新型肥料品种形成重重障碍。
目前微生物肥料年产量虽然较前几年有了较大的提高，但在整个肥料行业中所占比重仅为2%左右，行业中还没有涌现出知名或旗舰型的企业。
4微生物肥料产业的发展机遇
《国家中长期科学和技术发展规划纲（2006/2020）》（以下简称《纲要》）已将生物技术作为科技发展的5个战略重点之一。
自2008年以来，与微生物肥料相关的生物产业无论是国家政策，还是产业化专项，均是有史以来力度最大、涉及面最广的时期，为我国微生物肥料发展提供了极其良好的机遇。
政策层面有2009年6月颁布的《促进生物产业加快发展的若干政策》（国办发［2009］45号）和有机肥（生物有机肥）产品免征增值税的通知（财税［2008］56号）;产业化项目有《绿色农用生物产品高技术产业化专项》（发改办高技［2009］536号）、《国家高技术产业化示范工程项目》（发改委）和《中小企业创新基金》（科技部）等。
另外在《国家土壤有机质提升试点补贴项目》（农业部）中的大部分资金用于政府采购腐熟菌剂和根瘤菌剂，提供给农民使用，促进了这类产品的研发与生产。
为贯彻落实《决定》和全面推进我国生物技术与产业的快速发展，科技部于2011年12月15日发布了《“十二五”生物技术发展规划》，将生物肥料产业纳入其发展规划之中。
农业部于2011年12月26日发布《农业科技发展“十二五”规划》，在文中的“重大关键技术攻关”中提出，开展畜禽废弃物高效处理利用和有机肥、微生物肥高效安全生产技术研究。
2011年10月，国家发展改革委、科技部等5部委研究提出了《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2011年度）》，在《指南》中确定了当前优先发展的信息、生物、新材料、现代农业等十大产业中的137项高技术产业化重点领域。
其中，列出了现代农业18项，“新型高效生物肥料”为其一，并提出了14项迫切需要发展的新技术和新产品。
国务院2012年12月29日印发了《生物产业发展规划》（国发［2012］65号），其中将微生物肥料和制剂列入生物农业绿色种植和生物环保技术的重要产品，因此发展包括生物肥料在内的农用微生物产品具有广阔应用前景。
此外，国家从“十二五”以来加大了对微生物肥料科研方面的支持力度，与农业相关的科研院校科研人员也在从事有关微生物肥料作用机理等方面的研究。
随着微生物肥料科研方面研究的深入，必将为微生物肥料的发展提供强有力的理论和技术支撑。
5微生物肥料的产业化方向
（1）选育性能优良菌株是微生物肥料功效的核心。
采用现代高通量和常规菌种筛选技术，并结合现代基因工程技术手段，筛选培育具有营养促生、腐熟转化、降解修复等功能的优良菌株，是研制一批有节肥增产、改良土壤和提高品质等高效多功能、安全实用的微生物肥料产品的基础和关键。
重点是筛选可提供作物固氯（根瘤菌）、解磷（AM真菌等）、解钾功能的微生物菌种，减轻和克服作物病害与连作障碍的新资源，以及修复土壤和分解腐熟有机物料的功能菌群。
在此基础上开发新的应用范围更广的微生物肥料品种、剂型及系列产品，以满足不同地区不同作物对微生物肥料的要求。
这是对微生物肥料的研究和开发提出的方向和目标，也是微生物肥料产业发展的核心环节和推动力。
（2）改进生产工艺和设备，提高产品质量。
微生物肥料的生产是一种高新技术，从菌种选育直至成品检验、包装和贮运，以及菌种间的有效组合，都需要高新技术。
目前，部分微生物肥料生产企业设备简陋，生产工艺落后，导致生产的微生物肥料产品还存在着有效菌数含量低，含水率高，肥料硬度不够，破碎率高等质量问题。
因此，要采用现代发酵工程和先进设备，应用保护剂和新的包装材料进行生产，才能为市场提供优质的微生物肥料，促进我国微生物肥料产业化的发展。
另外，在菌肥类产品生产中，要以有关微生物的特性为基础，对菌种进行科学合理的组合，使组合后的微生物肥料功效更明显。
（3）加强对微生物肥料应用的推广和宣传工作。
第一，企业要和有关农业部门联合，进行必要的试验示范，让消费者亲眼看到施用微生物肥料的效果，从心理上和行动上接受微生物肥料;第二，要大力宣传微生物肥料的作用，进一步提高消费者对微生物肥料的认识;第三，要根据肥料中微生物的种类和特性宣传该肥料的适应范围、用途、施用条件和施用方法，克服消费者施用微生物肥料的盲目性;第四，纠正消费者对微生物肥料的误解和偏见，维护微生物肥料的声誉。
微生物肥料本身所含的养分很少，不能满足作物对养分的需求，还需使用一定量的化肥和有机肥。
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