pubmed使用全攻略doc.docx

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pubmed使用全攻略doc

PubMed概述

PubMed简单检索技巧

PubMed检索类型

如何处理检索结果

PubMed高级检索技巧

谈MeSHBrowser（医学主题词浏览器）

如何获取全文

期刊浏览器、引文匹配器及其他浏览器的使用

ClinicalQueries（临床问题）

谈Limits用法

History,Clipboard功能键介绍

相关PubMed文章链接（RelatedPubMedArticlesLink）

保存，打印及其他

PubMed检索小技巧

PubMed使用指南

点击http:

//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/就可以立刻进入PubMed的界面并开始享受PubMed所给你带来的无穷便利。

PubMed是美国国家医学图书馆（NLM）所属的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。

PubMed覆盖了全世界70多个国家4300多种主要生物医学期刊的摘要和部分全文。

其覆盖的时间段也非常长，早的可以追溯到20世纪60年代，最新文献有时还没有正式出版。

进入PubMed的主界面后，首先映入我们眼帘的就是页面上的"一框五键"（检索框，Limit键,Preview/Index键,History键，Clipboard键和Details键）。

这是PubMed的核心部分。

大部分工作，我们只要利用这"一框五键"即可完成。

在主界面的左侧框（如左图），有：

。

JournalBrowser期刊浏览

。

MeShBrowser可以用它来分层流览MeSH表

。

SingleCitationMatcher输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。

。

BatchCitutionMatcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。

。

ClinicalQueries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：

治疗、诊断、病原学与预后。

。

OldPubMed（使用旧式的PubMed查询方式）

。

OrderDocuments可以使用户在当地得到文献的全文，但这是要收费的，至于如何免费获得文献全文，我将在后面的有关章节中详述。

。

GratefulMed是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。

GratefulMed也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。

。

ConsumerHealth提供与MEDLINEplus的链接，MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。

。

ClinicalAlerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。

利用左侧框的这些服务，我们能够获得功能更加强大的检索和非常有用的服务。

很多人用了几年的PubMed，还是只知道在检索框里输入一个关键字，然后按一下"Go"按钮这样一种单一原始的检索方式。

虽然有一半左右的情况，这样的操作就足以得到令人满意的信息，但对于另一半情况，就没有那么幸运了，要么你真正所需的信息湮没在大量纷繁芜杂的"无用"信息中，要么你只得到了大量有用信息的冰山一角。

PUBMED简单检索技巧

在地址栏内键入http:

//www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/或是http:

//www.PubMed.gov/后，就进入了PUBMED检索系统主页。

在靠近页面上部的地方，首先映入我们眼帘的，即是供我们输入所需查询内容的检索框。

在检索框中输入查询词，然后单击"go"按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。

在检索框前面，你还可以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库以外，可供选择的还有：

PROTEIN,STRUCTURE,POPSET等等。

在这里提供以下建议仅供读者参考：

1.明确你索要检索的关键概念及词语，即关键字；

2.考虑到关键字的类似说法，即有可能出现的同义词；

3.通过限定DATES,STUDYGROUP等，精炼你的检索范围；

4.多向有经验的人求教，因为不同专业背景以及个人差异，都有可能形成不同的方法和技巧。

5.通过布尔（BOOLEAN）运算来提高你的效率

最常用的三种布尔运算即是AND,OR,和NOT。

（1）AND提供的运算方式即不管所输入的两个关键词语所出现的位置在哪，只要他们都出现在索引文章的某一处，就将其列出。

（2）而OR则是将出现至少一个关键词的文章列出，这种运算在想将相似主题的文章罗列在一起时，十分有效。

（3）NOT运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分除去。

但是在使用的时候要特别注意，会有可能将一些你所需要的文章漏掉。

比如当你的检索词为LEADPOISONINGNOTCHILDREN时，除了会删除掉那些仅讨论儿童的文章，同时也会删去那些同时讨论儿童及其他年龄组的文章。

PUBMED检索类型

通常我们所要查询的单词类型大致可以分为：

词语（主题）检索这时我们在PubMed主页的检索框中键入的是英文单词或短语（大写或小写均可）。

然后回车或点击"Go"，PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索，并将检索结果直接显示在主页下方。

例如：

键入"vitaminccommoncold"后回车或点击"Go"，PubMed开始检索并将检索结果显示出来。

著者检索当我们所要查询的是著作者时，在检索框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：

"著者姓空格名字首字母缩写"，例如smithja，然后回车或点击Go，系统会自动到著者字段去检索，并显示检索结果。

刊名检索在检索框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号，例如：

molecularbiologyofthecell,或molbiolcell,或1059-1524，然后回车或点击Go,系统将在刊名字段检索，并显示检索结果。

日期或日期范围检索可以在检索框中键入日期或日期范围，然后回车或点击Go，系统会按日期段检索，并将符合条件的记录予以显示。

日期的录入格式为YYYY/MM/DD；如：

1999/09/08；也可以不录月份和日子，如：

2000或1999/12。

检索期刊子集（辑）检索的格式为：

检索词ANDjsubseta,如：

neoplasmANDjsubseta。

可供检索的期刊子库有3种：

AbridgedIndexMedicus（有120种重要核心期刊）、Dental和Nursing。

分别使用jsubseta,jsubsetd,jsubsetn进行限定。

检索带文摘的记录检索的格式为：

检索词ANDhasabstract,如：

livercancerANDhasabstract。

要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE记录中没有文摘。

布尔逻辑检索PubMed系统允许使用布尔逻辑检索，只要在检索框中键入布尔逻辑运算符（AND，OR或NOT）。

具体使用时要注意的问题，详见上第3点所述。

如何处理检索结果

当你点击GO或回车后，PubMed将会自动运行检索命令，在屏幕的下方显示出符合检索要求的项目，并且在查询框内保留原检索词。

此时要注意的是符合检索要求的项目是以SUMMARY（简要格式）显示出来的，就是列出作者，文章题目，以及文章来源的一些信息。

在DISPLAY键后还可以选择别的显示格式，点击DISPLAY键后，系统按所选格式全部检索结果。

如果只需要显示其中一部分记录，则需点击该记录左边的查询框，使标记后，再点击Display键；如果只需显示一条记录，则可直接点击该记录中的作者姓名超链接，系统会自动显示该记录的文摘格式。

还有一点，系统所设定的默认值为每页显示20条选项，这点可以在SHOW后的下拉菜单处选择。

如果选中所感兴趣的内容，即可进行保存，打印等等操作。

PubMed系统允许最多可保存5000条记录。

要保存全部检索结果时，打开Summary下拉菜单选择其中一种格式，然后点击Save键；要保存特定记录时，点击记录左边的选择框予以标记后，再点击Save键。

使用浏览器的打印功能，即可把感兴趣的内容打印出来。

系统允许每页最多显示500条记录。

如果想打印成文本格式，请先点击Text键，然后再打印。

PUBMED高级检索技巧

为了使得检索更为准确，高效，可以充分利用PubMed所提供的高级检索功能。

在进入PubMed首页之后，在检索框的下方，有PubMed所提供的五个重要的功能按钮，即Limits按钮,Preview/Index按钮,History按钮,Clipboard按钮,及Details按钮。

1.Limits按钮

当你单击Limits按钮后可以进行以下设定：

将搜索范围设定在一个特定的域。

将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。

也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型（如综述）。

设定只搜索包含摘要的文献。

设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。

设定搜索范围为PubMed数据库的某一子数据库（如AbridgedIndexMedicus或AIDS相关的条目）。

例如在AllFields域选择下拉菜单里，你可以把搜索词限定在一个特定的域，缺省设置是所有的域；打开下拉菜单就可以选择所需的域名了。

又如"Onlyitemswithabstracts"指只检索那些有文摘的记录（1975年前出版的文章的记录中没有文摘）

2．Preview/Index按钮

在按下Preview/Index按钮之后，可以进行的设定有：

在显示条目之前显示所查到的文献数。

随时通过增加查询单词来修改查询方案。

在特定的搜索域中向方案里加入查询词。

从Index中查看并选择词语来修改查询方案。

在你修改查询时查看方案。

Preview（预览）使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文献数。

使用时，在输入框中键入搜索词，然后单击Preview，PubMed返回的信息是条目的数量。

Index（索引）使用此功能,可以从特定域中选择以索引的单词，并把他们加入查询方案之中;可以查看某一个特定搜索域中词语列表；也可以使用布尔运算符来建立一个查询方案。

3．History按钮

History（历史记录）历史记录中保存的是你所有的查询方案与查询结果，只有当你运行了一次查询之后，History中才有内容。

History屏幕将会显示：

你的查询方案、查询时间、查询到的文献数量。

Preview显示的是历史记录中最近的三条记录，而使用History可以看到最近100次的查询结果。

一旦查询数量超过100，PubMed会将最早的查询除去，加进最新的一次查询。

如果两次查询内容相同，PubMed会将头一次的去除。

4．Clipboard按钮

剪贴板可以帮助你保存或查看在一个或多个查询中选择的条目，然后就可以打印、保存、订购剪切板中的内容了。

将条目左边的复选框选中，单击"Addtoclipboard"就可以将其加入剪切板中。

当点击ClearHistory可以将History中的所有内容清除。

剪切板中最大的储存数是500条。

而放在剪切板中的内容如果在一小时内没有任何操作，将会自动消失。

5．Details按钮

Details是用于帮助你查看PubMed的检索策略。

即在提问框中键入的检索词被PubMed自动地转换成了那些词，并使用了什么样的检索规则和检索语法。

此外，使用Details键可以对检索策略进行编辑，然后再一次检索。

在PubMedQuery框内显示的是PubMed实际使用的检索策略和语法。

该框下有四个区域：

Result区显示检索结果的记录总数，点击这个数字，可回到检索结果显示屏；Translation区显示检索词转换的详细情况；Database区显示检索的数据库；UserQuery区显示用户键入的检索词或检索式。

要对检索策略进行编辑可直接点击PubMedQuery框中的检索策略，将其增加、删除或修改后点击Search键。

除了以上五个主要功能键以外，利用PubMed提供的其他一些功能，如MeSH等，也可以在很大一部分程度上提高我们的检索效率。

谈MeSHBrowser（医学主题词浏览器）

MeSH其实是MedicalSubjectHeadings的缩略词，即医学主题词，是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。

NIH的工作人员按MeSH词表规定，浏览生物医学期刊全文后标引出每篇文献中的MeSH主题词，其中论述文献中心的主题词称主要主题词（majortopicheadings），论述主题某一方面的内容的词称为副主题词。

如果你希望使用医学主题词进行检索，可以从PubMed首页上点击PubMedServices下方的MeSHBrowser即可进入以下界面。

如果需要的话，你可以选择Detaileddisplay。

在这里，检索系统将显示详细的内容，可选择特定的副主题词，也可进行主要主题词或单个主题词检索，其选项如下：

（1）Addthesearchtothefollowingsubheadings：

点击副主题词前的方框，表示选中该副主题词，可连续选择多个词，它们之间的逻辑关系为OR。

（2）RestrictSearchtoMajorTopicheadingsonly：

若将检出结果限定在主要主题词（MajorTopicHeading）则可提高查准率。

（3）DoNotExplodethisterm：

系统要检索某一主题词时，会自动扩展检索（Explode），即将该主题词的下位词一并检出。

如果只需检索单个主题词，可点击此按钮。

完成上述选项后，点击"Add"按钮，稍后在下一屏CurrentQuery的方框中将显示所选的主题词。

然后，再在MeSH浏览器内输入bone,按检索按钮，系统会告诉你bone不是一个主题词，但它会自动将其转换成主题词BoneandBones,同样，其下方也会显示出其定义及在树状等级结构中的位置。

你一样可以选择Detaileddisplay以便进行更为精细的选择，选择完成后，点击"Add"按钮，则进入下面的界面。

这时，你只需点击PubMedSearch按钮即开始检索，查询出用这两个主题词为关键字以及所选择的相应逻辑关系的文献检索结果。

总而言之，主题词检索法虽然稍嫌繁琐，但其检索结果的准确性高，遗漏率低，是最佳的检索方法，一旦熟练掌握，将使得我们的检索工作事半功倍。

如何获取全文

PubMed真正向公众（public）免费开放的只是摘要部分，而绝大部分文章都没有全文提供。

当然，最省事最直截了当的做法是在PubMed上花钱购买，但高昂的价格使很多医学工作者只好望而却步。

其实，只要掌握一些技巧，还是有可能获得一些文章的全文的。

一、PubMed

PubMed上约有5％的文献是可以免费看到全文的，通常这些文献的左上角会有一个FreeFullText的小标记。

你只要点击这个图标，系统就自动链接入该文献的全文。

但有两点值得注意的是，第一，很多时候，这个图标在PubMed处于显示简要（summary）状态下并不出现，而只有在选择显示摘要（abstract）时才出现。

因此，如果你不只是泛泛浏览，而希望看到全文的话，我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要（abstract）状态。

第二，有些时候，小图标上仅标着FullText，而并没有Free字样，但仍然可以链接入全文，你不妨试一试。

二、免费提供全文的期刊

有些期刊会提供全文免费检索。

比如著名的美国Science（科学）杂志，使在中国大陆的读者都可以在网上免费看到Science的全文。

方法如下：

（1）先登录Science网址:

http:

//intl.sciencemag.org。

（2）点击中间那个SEARCH按钮，就进入查询页了。

你可以选择简单检索还是复杂检索。

（3）输入您要找的关键词（不一定是MESH标准主题词），再点击search就可以了。

（4）找出文章后，点击标题后的FullText，就可以浏览原文了。

除了Science，其他一些期刊如美国科学院院报（PNAS），Genetics等都可以在网上获取全文，甚至能够下载文献的pdf格式，这样就和真正在期刊上的排版形式一模一样了。

一般而言，那些相应期刊的网址是以org为域名的，往往提供免费的全文。

例如上面提到的两家期刊的网址就分别是：

www.pnas.org；www.genetics.org。

这里，我特别推荐一个提供免费全文的网站HighWirePress。

该网站号称拥有地球上最大最全的免费的科学文献全文数据库。

输入网址http:

//intl.highwire.org/即可登录该网站，首页即列出几个生物医学相关栏目，包括：

1、生命科学（包含：

生物化学，细胞和分子生物学/微生物学与病毒学/免疫与免疫学/神经科学与神经生物学/生理学/植物学/其他生命科学/）

2、医学（包含：

心血管医学/临床医学/精神病学与心理学/医学研究/）

3、自然科学

以及其他科学栏目。

你可以在这些栏目中选择自己需要的期刊。

然后，你需要重点看一下该期刊后面的的说明信息，尤其是提供免费全文的方式，如freeISSUES是在多长时间内可以享受免费索取原文，从5年到一个月不等。

而freeTRIAL是在限定时间内，可以免费提供原文。

至于freeSITE则是可以完全免费获取全文的站点。

当然，你也可以在检索框内输入关键字，然后点击首页右上方的Searchalljournals，你就可以在所有的224种期刊里查找文献了。

不过由于所检索到的结果仅仅局限于这200多种期刊，因此你一定要记住绝对不能用此网站来代替PubMed，来了解所研究课题的最新进展。

我个人的建议是，先在PubMed上检索，而仅以HighWirePress作为获取全文的一个途径而已。

三、利用一些高校图书馆网站

国内一些高等院校，尤其是一些名牌高校的图书馆经常和国外一些大的出版商签订协议，支付不菲的费用，从而可以检索并看到所有由这些出版商出版的期刊的全文。

你可以就近到这些高校的图书馆的电子检索厅去检索，或者链接到大学图书馆的网站（如复旦大学图书馆的网址是）,然后通过该网站的链接进入相应的检索系统。

可惜的是，从公众网到教育网之间的传输效率太低，很有可能等它等到你心痛，网页还是犹抱琵琶半遮面。

四、FreeMedicalJournals

与HighWirePress相似，该网站也提供了免费各种可能搜集到的全文期刊的列表。

网址是在这里，除了英文期刊，你还能检索到一些小语种的期刊全文。

方法是在这个网站的左面是导航条，点击"OtherLanguages"，里面有：

法语、德语、加泰罗尼亚语、荷兰语、希腊语、意大利语、挪威语、土耳其语、西班牙语和葡萄牙语等等。

五、向作者索要

你可以根据作者的Email地址给作者去封信，最好是向第一作者而不是通信作者要全文，只要到PubMed上显示出文献摘要，上面亦包括作者的单位，然后从google上找到该单位网址，从网站上通常就不难查找到作者的通信方法。

六、作者主页

有些作者会在他们的个人主页或实验室主页上放上所发表论文的全文。

当然，尽管在网络化生存的世界里，也不要忘记最传统的办法，即到图书馆、资料室去查阅期刊文献。

期刊浏览器、引文匹配器及其他浏览器的使用

在PubMed首页PubMedServices下方，点击JournalBrowser按钮即进入期刊浏览器的界面。

在检索框中你可输入刊名全称、MEDLINE的期刊缩写或国际标准期刊号（ISSN），然后点击"Go"按钮，便可获得上述信息。

此外通过journalswithlinkstofull-textwebsites，便可链接入所有与PubMed建立链接的生物医学期刊列表。

这一期刊列表不断更新，目前约有两千六百多种，每一期刊后面列出其相应的MEDLINE标准缩写形式，这在当你发表文章列参考文献时还是很有用的。

后面还可链接入期刊的全文，只是大多是收费的。

同样在PubMed首页PubMedServices下方，还有SingleCitationMatcher（引文匹配器）和BatchCitationMatcher。

在查找文献的过程中，如果只记得某篇文献所发表的期刊和作者，但不太清楚它具体的标题，或是隐约记得标题中的某个词和作者等等。

这时候用复杂检索模式去搜索，但通常不容易准确定位，而如果用CitationMatcher（引文匹配器）一切就可迎刃而解了。

在CitationMatcher界面中对应的框内输入所知道的信息，不知道的就空在那儿，然后按"search"按钮就可以迅速得到结果，很少会有出入。

需要特别说明的是，作者姓名的格式一定要符合标准，否则将会检索不到结果。

此外，如输入Smithj将会同时检索出Smithja,Smithjb,Smithjc等等作者的文献，如果出现这种情况的话，你应该把Smithj置于引号中，即"Smithj"，然后再进行检索就可以避免这种偏差了。

此外，当你要投稿时，一定会需要整理参考文献，使之格式符合相应期刊的要求，一篇长的论文往往可能有数十篇参考文献，如果你手工输入的话，不仅费时费力，而且极易出错，在PubMed的引文匹配器，你只需随意输入已知的信息，便可以迅速获得文献的刊名、出版日期、卷、期、页次、著者等，而且都是标准格式，只需拷贝粘贴过来就可以了。

ClinicalQueries（临床问题）

这是专门为临床医生设计的搜索引擎，在ClinicalQueries的主页上列有临床医生常用的类目，如therapy（治疗）、diagnosis（诊断）etiology、（病因）和prognosis（预后）。

检索的方法并没有什么特殊的，只需在检索框内输入检索词，然后点击上述类目即可。

ClinicalQueries提供Sensitivity（检出相关文献）和Specificity（检出密切相关文献）两种检索方式。

需要特别说明的是，ClinicalQueries利用内在的滤器使其检索结果更加贴近临床的需要，包括临床的诊疗等。

但如果你需要查阅的并不仅仅局限于临床，也包括基础研究，就不应该使用这个检索引擎。

精确导航系统--谈Limits用法

从一个拥有上千万篇文献的检索引擎上去查找某些文献，就好像是大海捞针。

而PubMed所提供的种种功能、服务，目的正是为了方便能够尽可能快速准确的查找到所需要的文献。

Limits就是其中一个非常重要的功能键。

在PubMed首页上的特征栏上，单击"Limits"按钮，进入Limits设置界面，在这里，你可以限制你的文献检索结果，包括年龄组、性别、人类或动物学、文献的语种、文献类型以及出版日期等等。

你还可以进行设定使检索只在某一特定的数据库子集内进行，例如艾滋病相关文献或护理学期刊等等。

显而易见的是，如果能够熟练的使用Limits功能，将会使你迅速找到目的文献，具备大海捞针的本领。

在详细介绍Limits之前，需要说明一点的是，必须确定在Limits按钮前面的方框内已经打上