R软件作图命令汇总.docx

R软件作图命令汇总.docx

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R软件作图命令汇总

setwd（）：

设定R软件当前工作目录。

getwd（）：

查看R软件当前工作目录。

list.files（）:

查看当前目录下文件。

file.show（）:

显示文件。

file.access（）:

查看文件是否可读可写。

file.create（）:

创建一个文件。

例如：

file.create（“D:

/lesong.xls”）.

dir.create（）:

创建一个目录。

例如：

dir.create（D:

/lesong）.

file.remove（）:

删除一个文件。

File.choose（）:

选择一个文件。

读数据函数read.table（）主要参数解释：

read.table（file,header=FALSE,sep="",quote=""'",

          dec=".",row.names,col.names,

          as.is=!

stringsAsFactors,

          na.strings="NA",colClasses=NA,nrows=-1,

          skip=0,check.names=TRUE,fill=!

blank.lines.skip,

          strip.white=FALSE,blank.lines.skip=TRUE,

          comment.char="#",

          allowEscapes=FALSE,flush=FALSE,

          stringsAsFactors=default.stringsAsFactors（）,

          fileEncoding="",encoding="unknown"）

header:

逻辑参数。

指定是否文件第一行为变量名。

na.strings:

指定缺失文字。

skip:

指定读数据跳过的行数。

nrows:

指定数据读入最大的行数。

dec：

指定小数点记号。

sep：

指定数据分割字符。

row.names与col.names:

赋予数据行名和列名。

读入数据其他相关函数：

readLines（）:

按行读入数据文件。

类似perl读数据方式。

scan（）:

将数据读作一行向量形式。

read.delim（"educ_scores.txt"）:

读入文本文件（制表符分隔）。

read.csv（"educ_scores1.csv"）：

读入CSV（逗号分割）。

readBin（）:

读入二进制数据。

readChar（）:

读入字符型数据。

attach（）:

把数据框的变量链接到内存中.

一般作图函数plot（）主要参数解释：

plot（x,y=NULL,type="p", xlim=NULL,ylim=NULL,

    log="",main=NULL,sub=NULL,xlab=NULL,ylab=NULL,

    ann=par（"ann"）,axes=TRUE,frame.plot=axes,

    panel.first=NULL,panel.last=NULL,asp=NA,...）

type:

设置图形类型。

具体为：

type=“p“            点图

type=“l“             线图

type=“b“            点和线

type=“c“            去掉点只有线段

type=“o“            线穿过点

type=“h“            从各点到x轴的垂线段

type=“s“            基于左侧值的阶段图

type=“S“            基于右侧值的阶段图

type=“n“            只有轴，没有具体图形

xlim和ylim:

设置图形x轴与y轴的范围。

比如xlim（0,30）.

log：

数据取对数。

main:

设置图形的上标题。

比如说：

main=”Genomicsanalysis”

sub:

设置图形的小标题。

比如说：

sub=”anothertitle”.

ann:

逻辑参数。

设置是否将系统默认的图形标签显示出来。

比如：

ann=F.

lty:

设置线的类型。

比如：

lty=4.

xlab和ylab：

设置x轴与y轴的lable。

比如xlab=”sampleone”.

frame.plot:

逻辑参数。

设置图形是否输出外框。

比如：

frame.plot=F.

axes:

逻辑参数。

设置图形是否显示x轴和y轴。

比如：

axes=F.

asp:

设置图形屏幕高宽比（y/x）.

lwd:

设置线条的粗细。

比如：

lwd=4.

bg:

设置数据点的填充颜色。

比如：

bg=”pink”.

col:

设置数据点的外圈颜色。

比如：

col=”blue”.

cex:

设置数据点的大小。

比如：

cex=2.7。

pch:

设置数据点的形状。

具体为：

∙pch=19:

solidcircle,

∙pch=20:

bullet（smallersolidcircle,2/3thesizeof19）,

∙pch=21:

filledcircle,

∙pch=22:

filledsquare,

∙pch=23:

filleddiamond,

∙pch=24:

filledtrianglepoint-up,

∙pch=25:

filledtrianglepointdown.

add：

逻辑参数。

设置图形是否重合。

font.main与font.sub：

设置上标题和小标题的字体格式。

col.main与col.sub:

设置上标题和小标题的字体颜色。

实例演习：

使用给定数据（testfile.txt）用R软件作出以下图形并保存为PDF格式和jpg格式。

参考程序：

setwd（'E:

/'）  

file=read.table（'testfile.txt'）

attach（file）

jpeg（file='plotone.jpg'）

plot（V1,V2,type='l',xlim=c（30,75）,frame.plot=F,lwd=2,

    xlab='横坐标',ylab='纵坐标',main='PLOTONE',sub='2010/3/12',

    col='pink',font.main=9,col.main=4,font.sub=9,col.sub='red'）

dev.off（）

pdf（file='plotone.pdf'）

plot（V1,V2,type='l',xlim=c（30,75）,frame.plot=F,lwd=2,

    xlab='横坐标',ylab='纵坐标',main='PLOTONE',sub='2010/3/12',

    col='pink',font.main=9,col.main=4,font.sub=9,col.sub='red'）

dev.off（）

饼图函数pie（）主要参数解释：

pie（x,labels=names（x）,edges=200,radius=0.8,

   clockwise=FALSE,init.angle=if（clockwise）90else0,

   density=NULL,angle=45,col=NULL,border=NULL,

lty=NULL,main=NULL,...）

x:

指定作饼图的数据。

labels:

设置各个分割区的标签。

edges:

设置多边形的边数（圆的轮廓是具有很多边的多边形近似）。

radius:

设置饼图的半径。

特别是在字符标签过长的情况。

clockwise:

逻辑参数。

设置饼图是否顺时针作出分割区。

init.angle:

设置开始画分割区的角度。

即对饼图进行旋转。

density:

底纹的密度。

默认值为NULL。

angle：

设置底纹的斜率。

col:

设置各个分割区的填充颜色。

main：

设置饼图的总标题。

实例演习：

本年度某商品在中国的销售额占其总销售额的12%，在美国为30%，在日本为16%，在欧洲为26%，在台湾为4%，在其他地区为16%。

用饼图描述以上数据，作出以下饼图：

参考程序：

pie.sales<-c（0.12,0.3,0.26,0.16,0.04,0.12）

names（pie.sales）<-c（"China","USA",

   "Japanese","Europe","Taiwan","Others"）

pdf（file='plottwo.pdf'）

pie（pie.sales,

   col=c（"purple","violetred1","green3","cornsilk","cyan","white"）,

   main='PLot Two',sub='2010/3/12',col.main=4,col.sub='red'）

dev.off（）

直方图函数hist（）主要参数解释：

hist（x,breaks="Sturges",

    freq=NULL,probability=!

freq,

    include.lowest=TRUE,right=TRUE,

    density=NULL,angle=45,col=NULL,border=NULL,

    main=paste（"Histogramof",xname）,

    xlim=range（breaks）,ylim=NULL,

    xlab=xname,ylab,

    axes=TRUE,plot=TRUE,labels=FALSE,

    nclass=NULL,...）

x：

作直方图所需的数据。

breaks:

用一个向量指定各个单元格的断点；用单个值指定单元格个数；用字符串命名的算法来计算单元格的数量；用函数计算单元格的数量。

density:

底纹的密度。

默认值为NULL。

angle：

设置底纹的斜率。

col:

设置各个条形的填充颜色。

border：

设置条形的轮廓颜色。

axes:

逻辑参数。

设置图形是否显示x轴与y轴。

比如：

axes=F

main：

设置直方图的主标题。

xlim和ylim:

设置图形x轴与y轴的范围。

labels:

在各个条形上面添加标签。

plot:

逻辑参数。

设置是否画出直方图或者只输出各项作图参数。

xlab和ylab：

设置x轴与y轴的lable。

实例演习：

使用R软件自带数据文件islands，作出以下直方图：

参考程序：

hist（sqrt（islands）,breaks=12,col="lightblue",border="pink"）

条图函数barplot（）主要参数解释：

barplot（height,width=1,space=NULL,

       names.arg=NULL,legend.text=NULL,beside=FALSE,

       horiz=FALSE,density=NULL,angle=45,

       col=NULL,border=par（"fg"）,

       main=NULL,sub=NULL,xlab=NULL,ylab=NULL,

       xlim=NULL,ylim=NULL,xpd=TRUE,log="",

       axes=TRUE,axisnames=TRUE,

       cex.axis=par（"cex.axis"）,cex.names=par（"cex.axis"）,

       inside=TRUE,plot=TRUE,axis.lty=0,offset=0,

       add=FALSE,args.legend=NULL,...）

density:

底纹的密度。

默认值为NULL。

angle：

设置底纹的斜率。

xlim和ylim:

设置图形x轴与y轴的范围。

xlab和ylab：

设置x轴与y轴的lable。

axes:

逻辑参数。

设置图形是否显示x轴或y轴。

plot:

逻辑参数。

设置是否显示条形图。

beside:

逻辑参数。

如果FALSE，那么将绘画堆叠式的条形；如果是TRUE，将绘画并列式条形。

cex.axis:

设置坐标轴数值的膨胀率。

比如cex.axis=1.5。

cex.names:

设置条形标签（barlabels）的膨胀率。

比如cex.axis=1.5.

col:

设置条形底纹或者填充颜色。

border：

设置条形边缘颜色。

如果设置为NA，则消除了边缘。

width：

设置条形的宽度。

axis.lty:

设置x轴的类型（类似lty）。

默认axis.lty=0.

names.arg:

设置条形标签（barlabels）。

horiz：

逻辑参数。

设置图形是水平或是垂直。

space：

设置各个条形间的宽度。

相当于各个条形宽度的一部分。

axisnames：

逻辑参数。

设置是否显示条形标签。

实例演习：

使用R软件自带数据VADeaths，作出以下图形：

参考程序：

barplot（VADeaths,beside=TRUE,

       col=c（"lightblue","mistyrose","lightcyan",

               "lavender","cornsilk"）,

       legend=rownames（VADeaths）,ylim=c（0,100））

title（main="DeathRatesinVirginia",font.main=4）

图例函数legend（）主要参数解释：

legend（x,y=NULL,legend,fill=NULL,col=par（"col"）,

      border="black",lty,lwd,pch,

      angle=45,density=NULL,bty="o",bg=par（"bg"）,

      box.lwd=par（"lwd"）,box.lty=par（"lty"）,box.col=par（"fg"）,

      pt.bg=NA,cex=1,pt.cex=cex,pt.lwd=lwd,

      xjust=0,yjust=1,x.intersp=1,y.intersp=1,

      adj=c（0,0.5）,text.width=NULL,text.col=par（"col"）,

      merge=do.lines&&has.pch,trace=FALSE,

      plot=TRUE,ncol=1,horiz=FALSE,title=NULL,

      inset=0,xpd,title.col=text.col）

x和y:

设置图例在图片上的位置。

title：

设置图例标题。

（在图例盒子里）。

title.col：

设置图例标题的颜色。

text.col:

设置图例中文本文字的颜色。

比如说：

text.col=’red’。

text.width:

设置图例文本文字的宽度。

宽度比例与x轴相关。

trace：

逻辑参数。

如果设置为TRUE，那么显示出函数计算过程。

fill:

设置一个填充了指定颜色的盒子放在文本旁边。

border：

指定该盒子的边缘颜色。

lty与lwd：

设置图例中线条的类型以及粗细。

density与angle:

设置图例中小盒子的底纹密度和角度。

bty:

设置图例盒子的类型。

只能选择o或者n。

bg：

设置图例盒子的背景颜色。

box.lty/box.lwd/box.col：

设置图例盒子边缘线类型，粗细，颜色。

pt.bg：

设置图例中点的背景颜色。

pt.cex：

设置点的膨胀率。

pt.lwd：

设置点的边缘线的粗细。

xjust与yjust:

上下调整图例的位置。

x.intersp与y.intersp：

设置图例盒子空间大小。

ncol:

设置图例显示的列数。

horiz:

设置水平方式显示图例。

默认为垂直方式显示。

实例演习：

使用R程序可以作出以下图形（自己尝试调整参数改变图形）：

参考程序：

x<-0:

64/64

y<-sin（3*pi*x）

plot（x,y,type="l",col="blue",

    main="pointswithbg&legend（*,pt.bg）"）

points（x,y,pch=21,bg="pink"）

legend（.4,1,c（"sin（cx）",'cos（c,x）','tan（c,x）'）,pch=21,pt.bg="green",lty=1,col="blue",

      text.col='red',text.width=0.3,title='Legend',

      bty='o',x.intersp=0.2,merge=T）

作图其他相关函数（具体参数使用查看帮助文档）：

abline（）:

在原有的图上加直线。

points（）:

在原有的图上加点。

lines（）:

在原有的图上加线。

arrows（）:

在原有的图上加带箭头的线。

text（）:

在原来的图上某坐标位置上加文本标签。

title（）:

给原有的图形添加标题。

legend（）:

在原有的图形上加图例。

frame（）与plot.new（）:

建立新的图形窗口。

heat.colors（ ）/rainbow（ ）/gray.colors（ ）:

作图颜色函数。

在同一张图片上作多个图可以用：

op=par（mfrow=c（2,2））  par（op）

保存图形可以使用savePlot（）/png（）/jpeg（）/bmp（）/tiff（）等函数。

比如：

jpeg（‘file=lesong.jpg’）plot（…）  dev.off（）

op=par（bg=’pink’）;par（op）:

设置图片参数。

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