生物信息学数据库NCBI的检索与利用.pdf

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/www.embl-heidelberg.de美国生物技术信息中心的GenBankhttp:

/www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/日本国立遗传研究所的DDBJhttp:

/www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html核酸序列数据库核酸序列数据库生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用国际上最权威的核酸序列数据库国际上最权威的核酸序列数据库国际核酸序列数据库国际核酸序列数据库合作组织合作组织数据每天交换数据每天交换Accessionnumber、序列数据和注解相同、序列数据和注解相同生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用SWISS-PROT蛋白质序列数据库http:

/www.expasy.ch/sprot/sprot-top.htmlPIR蛋白质序列信息资源库http:

/pir.georgetown.edu/PROSITEhttp:

/au.expasy.org/prosite/NCBI蛋白质数据库http:

/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库EuropeanBioinformaticsInstituteSwissInstituteofBioinformaticsProteinInformationResourceTheUniversalProteinResourcehttp:

/www.uniprot.org/生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用PDB蛋白质数据仓库（ProteinDataBank）http:

/www.rcsb.org/pdb/SCOP蛋白质结构分类数据库（Structuralclassificationofproteins）http:

/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/蛋白质结构数据库蛋白质结构数据库生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用蛋白质数据库蛋白质数据库ExpertProteinAnalysisSystemhttp:

/au.expasy.org/生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用基因组学数据库基因组学数据库主要内容：

基因组结构、基因单位、基因组图谱等（遗传图、叠连群图、放射杂交图等）分布：

由各国基因组研究中心组建，分布在世界各地的信息中心、研究机构。

代表性的基因组学数据库有：

人类基因组数据库GDBhttp:

/www.gdb.org中国水稻基因组数据库http:

/生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用截至2009-10-10共收录了5865个物种的基因组信息，其中病毒类2276个，真核生物2117个，细菌1310个，古生菌84个，类病毒40个，质粒38个共收录基因组信息11080条真核生物EntrezMapView生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用概述概述Entrez检索平台检索平台GenBankPubmed（PubMed/MeSH/GoPubMed）MyNCBIBlastNCBI生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用NationalCenterforBiotechnologyInformationNCBI是美国国立卫生研究院（NIH）的美国国立医学图书馆（NLM）的一个分支。

1988年国立生物技术信息中心（NCBI）成立。

WhatdoesNCBIdo?

conductsresearchincomputationalbiology,developssoftwaretoolsforanalyzinggenomedata,anddisseminatesbiomedicalinformation-allforthebetterunderstandingofmolecularprocessesaffectinghumanhealthanddisease.生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用NCBI-Entrez检索平台词间默认逻辑关系为词间默认逻辑关系为AND短语检索加引号“”短语检索加引号“”;使用的逻辑运算符有使用的逻辑运算符有AND、OR和和NOT;支持截词检索支持截词检索,截词符用截词符用*表示表示生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用序列存取号序列存取号基因定义基因定义数据库标识符（数据库标识符（GIGI）GenBank信息来源：

信息来源：

gb_GenBankemb_EMBLdbj_DDBJsp_SWISS-PROTpdb_ProteinDatabasepir_PIRprf_PRFref_RefSeq生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用物种来源物种来源特性特性专业评论专业评论座位号座位号PLN子库子库:

plant,fungal,algal生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用蛋白质序列蛋白质序列碱基序列碱基序列序列开始标志序列开始标志序列终止标志序列终止标志生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用字段字段含义含义解释解释LOCUSIdentifier序列名称、性质描述ACCESSIONAccessionnumber序列接受号DEFINITIONDescription序列定义KEYWORDSKeywords关键词SOURCEOrganism（species）来源种属ORGANISMOrganism（classification）来源分类REFERENCEReferencenumber参文条目AUTHORSReferenceauthors参文作者TITLEReferencetitle参文题目JOURNALReferencelocation参文出处COMMENTSDatabasecross-reference交叉索引MEDLINEMedlinenumberMEDLINE号FEATURESFeaturetableheaderdata序列性质表头数据BASECOUNT碱基数目ORIGIN序列开始标志/Terminationline序列终止标志GenBank的主要字段及其含义的主要字段及其含义生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用检索字段限制检索字段限制分子类型选择分子类型选择基因位置限定基因位置限定序列片段限定序列片段限定数据更新数据更新日期限定日期限定检索框检索框/功能键功能键信息来源信息来源生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用PubMed生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用允许用户根据不同的数据库，进行特殊字段的检索生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用点击History可以浏览检索历史，并能进行组配检索生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用MeSH生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用PubMedgoPubMedhttp:

/检索助手检索助手NCBISearchToolbar生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用GoPubMed生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用MyNCBIWhatIsMyNCBI?

GettingStartedSavingandManagingSearchesCollectionsMyBibliographyUsingPreferencesWorkingwithFiltersUsingMyNCBItoSetUpLinkOutOtherResourcesatMyNCBITutorialsMySavedData生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用MyNCBI-WhatIsMyNCBI&GettingStartedAtoolthatretainsuserinformationandpreferencestoprovidecustomizedservices.Itallowsyoutosavesearches,selectfilteringoptions,andsetupautomaticsearchesthataresentbye-mail.SetupaMyNCBIaccount生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用MyNCBISavingandManagingSearchesSavingaSearchinMyNCBISettingUpAutomaticE-mailUpdatesRunningSavedSearchesandCheckingforNewResultsSortingSearchesDeletingaSearch生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用SavingaSearchinMyNCBIValidate要先确认邮箱Note:

YourMyNCBIaccountwillnotsendemailtoanyemailaddressthathasnotbeenvalidated.Thismeansthatautomaticupdatesforsavedsearcheswillnotbeemailed.So,itisimportanttowatchforthisemailandrespondtoit.SettingUpAutomaticE-mailUpdates生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用RunningSavedSearchesandCheckingforNewResultsSortingSearchesDeletingaSearch生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用MyNCBIUsingPreferences生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用MyNCBIWorkingwithFilters生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用BLASTAssembledGenomesBasicBLASTSpecializedBLASTBlast-BasicLocalAlignmentSearchTool生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用Blast-BLASTAssembledGenomes生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用生物信息学数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用的检索与利用BitBit分值：

分值越分值：

分值越高，比对越好高，比对越好EE值：

序列比对的统计值：

序列比对的统计学显著性指标。

学显著性指标。

EE值越值越低，则比对就更有可能低，则比对就更有可能具有显著性。

具有显著性。

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