DNAStar中文说明书.pdf

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生命经纬DNAStar中文使用说明书DNAStar中文使用说明书编者：

宋晨编者：

宋晨一、EditSeq.2三、MapDraw.23四、MegAlign.32五、PrimerSelect.42六、Protean.54七、SeqManII开始.641生命经纬一、EditSeq一、EditSeq打开已有序列打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。

我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。

假设序列的末尾有载体序列污染。

我们在用EditSeq打开序列的同时，用SetEnds命令去除5和3污染序列。

假设序列的末尾有载体序列污染。

我们在用EditSeq打开序列的同时，用SetEnds命令去除5和3污染序列。

从文件菜单（FILEMENU），选择Open。

打开文件夹“DemoSequences”单击选定单击位于对话框右下角的打开文件夹“DemoSequences”单击选定单击位于对话框右下角的序列“TETHIS21”。

序列“TETHIS21”。

SetEnds按SetEnds按?

，点，点钮。

SetEnds被打开（如右）。

在5框和3框中键入50和850钮。

SetEnds被打开（如右）。

在5框和3框中键入50和850击OK。

单击Open打开序列。

击OK。

单击Open打开序列。

当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。

通过“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。

SetEnds选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。

当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。

通过“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。

SetEnds选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。

2生命经纬寻找开放读框寻找开放读框在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。

在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。

从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会出现右边的对话框。

单击FindNext寻找第一个ORF的位置。

继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。

ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。

继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。

ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。

DNA序列翻译DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分翻译。

如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。

如果这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分翻译。

如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。

如果都可以用下面的方法进行都可以用下面的方法进行3生命经纬你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。

你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。

选定ORF，从GOODIESMENUranslate）。

翻译的蛋白翻译的蛋白菜单中选择翻译（T质序列出现在一菜单中选择翻译（T质序列出现在一个新的未命名窗口中（如右图）。

它是使个新的未命名窗口中（如右图）。

它是使用标准的遗传密码翻译的。

用标准的遗传密码翻译的。

4生命经纬使用其它遗传密码使用其它遗传密码根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。

在这节中，我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacronuclear密码。

根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。

在这节中，我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacronuclear密码。

从GOODIESMENU菜单选择GeneticCodes打开，子菜单显示如左。

单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传密码的转换，EditSeq现在使用的就是CiliateMacronuclear的遗传密码。

同样可以将遗传密码转换为其它类型。

遗传密码的编辑遗传密码的编辑这一节中我们修改CiliateMacronuclea这一节中我们修改CiliateMacronuclea?

从GOODIESMENU菜单选从GOODIESMENU菜单选r的遗传密码。

择Editr的遗传密码。

择Edit?

点击DNA点击DNA?

单击任何要编辑的密码，单击任何要编辑的密码，?

密码子，单击SetStarts按钮。

第二的遗传密码密码子，单击SetStarts按钮。

第二的遗传密码SelectedCode。

这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。

如以DNA形式展示密码，SelectedCode。

这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。

如以DNA形式展示密码，按钮。

编辑时，按钮。

编辑时，从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。

如使用不同的启始从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。

如使用不同的启始窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。

窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。

5生命经纬?

就会变成绿色，而且列的反向互补及反向转换就会变成绿色，而且列的反向互补及反向转换单击任何氨基酸（或者codon位置），该密码子单击任何氨基酸（或者codon位置），该密码子旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。

如要去除，只需单击它即可。

如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。

旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。

如要去除，只需单击它即可。

如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。

序序列的正确输入。

ENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），AST检索列的正确输入。

ENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），AST检索下面的步骤可以用于反向测定的序下面的步骤可以用于反向测定的序?

选定序列。

从GOODIESM从GOODIESM或者把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。

或者把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。

BLBLNCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比?

数据库默数据库默下面我们将在下面我们将在较。

注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。

如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。

较。

注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。

如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。

选定序，或者从EDIT菜单中选择Sel选定序，或者从EDIT菜单中选择SelectAll。

ectAll。

从网络检索菜单（NETSEARCH从网络检索菜单（NETSEARCHMENU），选择BLAST查找。

BLAST对话框就会出现。

程序默认为blastn，MENU），选择BLAST查找。

BLAST对话框就会出现。

程序默认为blastn，认是nr，参数转换请参照帮助。

认是nr，参数转换请参照帮助。

单击OK开始查找。

寻找结果显示为两部寻找结果显示为两部生命经纬分（如下）。

上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分具体结果。

有关“scores网点http:

/www一般来说，更主要的score性。

BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。

分（如下）。

上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分具体结果。

有关“scores网点http:

/www一般来说，更主要的score性。

BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。

选定序列与提交序列（上边序列）比较的”和“expectation”的详细的信息在NCBI.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.可以找到。

和更低的expectation提示较好的相似选定序列与提交序列（上边序列）比较的”和“expectation”的详细的信息在NCBI.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.可以找到。

和更低的expectation提示较好的相似?

的对话框出现。

序列。

如果EditSeq提示至少2序一个单独的EditSeq窗口。

下面的对话框出现。

序列。

如果EditSeq提示至少2序一个单独的EditSeq窗口。

下面?

小的灰色的对话框出现。

下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开始：

单击CreateDocument。

一个小下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开始：

单击CreateDocument。

一个小?

在左上角有一个下拉菜单显示在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。

单击下拉菜单框中写入5。

默认（default）。

单击下拉菜单框中写入5。

，选顶端（Top）。

并在右面的文本，选顶端（Top）。

并在右面的文本?

单击OK，EditSeq自动查对多余列是同一个，请点击OK。

EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开单击OK，EditSeq自动查对多余列是同一个，请点击OK。

EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开我们用“BatchSave”钮将3-10序列保存为EditSeq文件：

选定从顶端起第3个序列。

单击BatchSave。

我们用“BatchSave”钮将3-10序列保存为EditSeq文件：

选定从顶端起第3个序列。

单击BatchSave。

7生命经纬?

单击下拉菜单，选Next。

并在右面的文本框中写入8。

单击下拉菜单，选Next。

并在右面的文本框中写入8。

点击SetLocation，显示文件夹对话框。

选定你点击SetLocation，显示文件夹对话框。

选定你?

要保存序列的位置。

单击OK回到灰色的对话框。

EditSeq少2序列是同一个，请最后我们可以使用“LaunchBrowser”钮查看序列的详细信息要保存序列的位置。

单击OK回到灰色的对话框。

EditSeq少2序列是同一个，请最后我们可以使用“LaunchBrowser”钮查看序列的详细信息选择Launch选择Launch?

单击OK保存序列，文件扩展为“.seq”。

在下载过程期间，单击OK保存序列，文件扩展为“.seq”。

在下载过程期间，自动查对重复的序列。

如果EditSeq提示至自动查对重复的序列。

如果EditSeq提示至点击OK。

点击OK。

除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。

选定序列。

Browser。

你的网络浏览器将打开右面的窗口。

序列信息查看序列信息查看现在我们要使用EditSeq现在我们要使用EditSeq?

果你倒是希望全选序列，从EDITMENU菜ctAll。

菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。

选定序列的一部分。

如息。

选定序列的一部分。

如单，选择Sele单，选择Sele8生命经纬?

从GOODIESMENU菜单，选DNAStatistics。

就会出现右面的窗口，显示序列信息。

从GOODIESMENU菜单，选DNAStatistics。

就会出现右面的窗口，显示序列信息。

序列校读序列校读在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能这功能能帮助你校正测序胶中的错读。

在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能这功能能帮助你校正测序胶中的错读。

（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECHMENU，选Proof-ReadSequence。

声就会开始朗读所选的序列。

（注：

如果你听不见任何声CHMENU菜单，选择Fasteror序列（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECHMENU，选Proof-ReadSequence。

声就会开始朗读所选的序列。

（注：

如果你听不见任何声CHMENU菜单，选择Fasteror序列?

选定序列。

单击校对发音图标选定序列。

单击校对发音图标?

电子的音电子的音音，检查你的计算机的喇叭是否已经打开。

）音，检查你的计算机的喇叭是否已经打开。

）?

要改变音声read-back的速度，从SPEE要改变音声read-back的速度，从SPEESlower。

Slower。

要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECHMENU菜单，选择Proof-ReadSequence。

的保存与输出的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。

从文件菜单，选New中的NewDNA，或者首先创建一个用于保存的序列。

从文件菜单，选New中的NewDNA，或者NewProtein。

NewProtein。

机会发出警告。

后，我们将序列保存为EditSeq文件：

机会发出警告。

后，我们将序列保存为EditSeq文件：

将序列写入出现的窗口。

如果你输入非法字符，计算将序列写入出现的窗口。

如果你输入非法字符，计算然然9生命经纬?

从文件菜单，选Sav从文件菜单，选Save。

式。

名。

序列），或者ExportAllAsOne（多ExportAllAsOne的时候，如果DNA和蛋白质文列类型与你保存的类型是一致的。

列保存为FASTA格式。

e。

式。

名。

序列），或者ExportAllAsOne（多ExportAllAsOne的时候，如果DNA和蛋白质文列类型与你保存的类型是一致的。

列保存为FASTA格式。

选定保存位置。

给序列命名。

单击保存则可。

以GenBank或GCG格式保存序列：

从文件菜单，选Export。

选定保存位置。

为sequence（s）选格为sequence（s）选格?

给sequence（s）命给sequence（s）命?

单击保存则可。

以FASTA格式保存序列：

从文件菜单，选Export（1个从文件菜单，选Export（1个个序列）。

当使用个序列）。

当使用件同时存在，激活窗口的序件同时存在，激活窗口的序EditSeq仅仅将写入的序EditSeq仅仅将写入的序?

选定保存位置。

选FASTA格式。

给sequence（s）命名。

单击保存则可。

给sequence（s）命名。

单击保存则可。

10生命经纬二、GeneQuestGeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：

包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。

通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。

你可以在序列上注释任何你发现的feature。

和其它的Lasergene应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。

GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。

其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。

如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。

另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。

GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：

包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。

通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。

你可以在序列上注释任何你发现的feature。

和其它的Lasergene应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。

GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。

其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。

如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。

另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。

11生命经纬打开已有分析文件打开已有分析文件在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“NematodeR01H10.”进行操作。

在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“NematodeR01H10.”进行操作。

从文件菜单，选择Open打开一个和右边相似的窗口。

在苹果计算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。

在Windows上，从文件类型菜单（FilesofType）的中选择GeneQuestDocuments。

在苹果计算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。

在Windows上，从文件类型菜单（FilesofType）的中选择GeneQuestDocuments。

用文件管理系统打开名为“DemoSequences.”的文件夹。

双击NematodeR01H10，就可以打开下面的窗口。

用文件管理系统打开名为“DemoSequences.”的文件夹。

双击NematodeR01H10，就可以打开下面的窗口。

12生命经纬GeneQuest的DNA分析GeneQuest的DNA分析方法方法趣的趣的features。

打开序列后，你会示在窗口内。

在下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。

打开序列后，你会示在窗口内。

在下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。

列。

算参数。

合位点数据库。

Repeats-InvertedRepeats寻找反向重复序列。

寻找反向重复序列。

Repeats-DyadRepeats寻找寻找Dyad重复和重复和palindromes。

Repeats-DirectRepeats寻找正向重复序列。

寻找正向重复序列。

GeneFinding-DNAFinder在打开的在打开的DNA序列中寻找指定序列中寻找指定DNA序列。

分别显示正义连和反义连的寻找结果。

序列。

分别显示正义连和反义连的寻找结果。

GeneFinding-ProteinFinder在打开的蛋白质序列中寻找指定在打开的蛋白质序列中寻找指定DNA序列的翻译序列。

显示结果为全部序列的翻译序列。

显示结果为全部6个读框。

个读框。

Enzymes-RestrictionMap用用DNASTAR酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。

酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。

CodingPrediction-Borodovsky用用BorodovskysMarkov方法方法打开打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。

应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴文件后，下一步是选择应用方法。

应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴发现只有几种方法应用后的结果展发现只有几种方法应用后的结果展?

Title给文件取名。

给文件取名。

Ruler在文件中加入标尺。

在文件中加入标尺。

Sequence显示文件中的序显示文件中的序Patterns-Matrix方法的运方法的运Patterns-Signal转录因子结转录因子结?

Patterns-Type-InPatterns使用键盘输入运算所需的使用键盘输入运算所需的Pattern参数。

参数。

13生命经纬来识别潜在的基因编码区，来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。

并以图形方式展示。

omplexity根据有基因编码提示信息的区域。

根据有基因编码提示信息的区域。

4种碱基、种碱基、A+T和和G+C的的预测。

预测。

用分析方法操作用分析方法操作?

CodingPrediction-StartsStopsORFs根据指定的根据指定的ORFs的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。

读框的启始和中止点分别展示。

的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。

读框的启始和中止点分别展示。

CodingPredictionLocalCompositionalCShannon信息学原理寻找信息学原理寻找?

BaseContents-BaseDistribution序列上序列上频率、分布，以及频率、分布，以及AT和和gc分布区域。

分布区域。

BentDNA-BendingIndexDNA折叠折叠调用新的调用新的GeneQuest方法的步骤是：

从方法的步骤是：

从MoreMethods中选择方法，加入的拖取结果放在本中选择方法，加入的拖取结果放在本Ben?

MENU选择选择ShowAvailableMethods可以打开方法帘，也可以通过可以打开方法帘，也可以通过方法帘（方法帘（methodcurtain），待方法运行完毕后，选择性），待方法运行完毕后，选择性入分析界面入分析界面（assaysurface）即可（见右图）。

节中，我们即可（见右图）。

节中，我们使用使用BentDNA-dingIndex方方法进行分析。

法进行分析。

从从ANALYSIS14生命经纬拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。

方法帘拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。

方法帘中包括已经用于中包括已经用于?

s打开一个下拉菜单，其中尤可以用于方法数字表示应用的次数。

因为点击三角形，会发现图标前没有数字。

打开一个下拉菜单，其中尤可以用于方法数字表示应用的次数。

因为点击三角形，会发现图标前没有数字。

点击白颜色的位置去除对图标的选择。

方法参数改变方法参数改变分析的全部方法。

分析的全部方法。

你将注意到方法帘没有你将注意到方法帘没有BentDNA-Ben

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