系统发育分析实验MEGAWord文档下载推荐.docx

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（1）安装软件

下载MEGA5程序,按照默认将程序安装到自己的计算机。

（2）生成多条序列比对文件

点击开始－MEGA5－MEGA，启动程序。

点击Align图标-Edit/BuildaAlignment，出现对话框有三个选项（Figure2）。

如果你手头有比对好的mas格式的文件，选择第２个选项Openasavedalignmentsession,否则,选择１（创建新的比对）或3（从文件输入序列）。

这里我们先选择第一个选项,点击OK。

然后出现对话框，询问你的序列类型，如果是核酸序列，点击DNA。

如果是蛋白质序列，选择Protein。

如果不输入序列，选择Cancel（Figure3）。

选择DNA（或Protein），出现新窗口AlignmentExplorer,点主菜单Data-open-retrievesequencesfromfile。

输入要比对的序列

选择序列文件（所有序列fasta格式，保存到一个文本文件txt中，改扩展名为.fas）,打开，文件中的序列出现在窗口中（Figure5）。

比对结果页面

点击Data-ExportAlignment-MEGAFormat，保存比对结果。

然后点击Data-ExitAlnExplorer，程序询问是否要要保存现在的比对结果，已经保存过，点击否。

（3）进化树构建

点击主菜单File-OpenaFile/session，选择刚保存的meg文件（Figure10），主窗口出现所选择文件的图标。

Figure10选择多条序列比对结果文件

Figure11选择成功后的页面

点击phylogeny图标，选择建树方法，共有五种方法可供选择：

MLE,NJ,ME,UPGMA,MP。

选择其中的一种（Figure12）。

Figure12选择建树方法

出现窗口询问是否用刚激活的数据进行建树，点击Yes（Figure13）。

出现建树参数界面（Figure14），黄色的部分参数都可以根据情况进行更改，选择的建树方法不同，参数选择界面会有所不同。

Figure13序列选择页面

Figure14建树参数选择

若询问序列类型时选择Protein，则Figure14中的SubstitutionsType选择Aminoacid。

点击Compute，进行分析，稍等片刻，出现构建好的进化树（Figure15）。

Figure15生成进化树

MEGA生成的树可以直接复制、粘贴，不需截图软件处理（Figure16）。

Figure16保存进化树图片到剪贴板

点击Figure16中View-Tree/BranchStyle-Radiation，可将Rectangular保存为无根图。

（4）再用其它四种方法进行进化树构建，步骤基本相同。

三、作业

利用前面实习搜索到的五个以上物种的直系同源核酸和蛋白质序列，用MEGA软件提供的五种建树方法分别构建进化树，简要说明操作步骤，分析核酸和蛋白质序列采用不同建树方法得到；

的进化树有何异同。

作业：

直系同源核酸序列（Orthologousnucleicacidsequence）：

>

Homogi|71834858|ref|NM_001030050.1|Homosapienskallikrein-relatedpeptidase3（KLK3）,transcriptvariant6,mRNA

Gorillagi|426391900|ref|XM_004062255.1|PREDICTED:

Gorillagorillagorillakunitz-typeproteaseinhibitor3-like（LOC101143605）,mRNA

Scrofagi|47523115|ref|NM_213871.1|Susscrofaplasmintrypsininhibitor（UPTI）,mRNA

Rattusgi|57114321|ref|NM_001008881.1|Rattusnorvegicusserinepeptidaseinhibitor,Kunitztype5（Spint5p）,mRNA

Oryctolagusgi|291411216|ref|XM_002721843.1|PREDICTED:

Oryctolaguscuniculuscationictrypsinogen-like（LOC100339353）,mRNA

直系同源蛋白质序列（Orthologousproteinsequence）：

直系同源核酸序列建树：

1.ML法：

由系统发育树可以看出，Oryctolagus和Scrofa的亲缘关系较近，Homo和Gorilla亲缘关系较近，Scrofa除了与Oryctolagus亲缘关系较近外，与其他物种的亲缘关系均较远。

其中，Oryctolagus和Scrofa的亲缘关系最近。

2.NJ法：

由系统发育树可以看出，NJ方法建树与ML方法结果基本类似。

Rattus和Gorilla的亲缘关系较近，Oryctolagus和Scrofa的亲缘关系较近，Scrofa除了与Oryctolagus亲缘关系较近外，与其他物种的亲缘关系均较远。

3.ME法：

由系统发育树可以看出ME方法建树与NJ方法建树结果一致。

4.UPGMA法：

由系统发育树可以看出UPGMA方法建树结果与其他方法建树结果差异较大。

Rattus和Gorilla的亲缘关系较近，Oryctolagus和Scrofa的亲缘关系较近。

Gorilla除了与Rattus亲缘关系较近外，与其他物种亲缘关系较远。

5.MP法：

直系同源蛋白质序列建树：

由系统发育树可以看出，Oryctolagus和Homo的亲缘关系较近，Gorilla和Scrofa的亲缘关系较近，Oryctolagus除了与Homo亲缘关系较近外，与其他物种的亲缘关系均较远。

其中，Oryctolagus和Homo亲缘关系最近。

由系统发育树可以看出ML方法建树与NJ方法建树结果一致。

由系统发育树可以看出ME方法建树结果与NJ，ML方法建树结果基本一致。

由系统发育树可以看出，Scrofa和Homo的亲缘关系较近，Rattus和Gorilla亲缘关系较近，Homo除了与Scrofa亲缘关系较近外，与其他物种的亲缘关系均较远。

其中，Scrofa和Homo的亲缘关系最近。

此法不能做无根树。

建树方法差异分析：

同源直系核酸序列构建系统发育树差异较大，而同源直系蛋白质序列构建的系统发育树差异较小。

各种建树方法中，ME方法和NJ方法构建的系统发育树较为类似。

UPGMA方法与其他方法差异较大。

ML是通过概率计算来找到最能反映一组序列中变异的系统树，它采用标准的概率模型分析序列中的各种变异。

NJ用一个自下而上的聚类方法创建表现型树，该法要求知识的分类（例如，物种或序列），以形成树群每对之间的距离。

UPGMA采用序列的聚类算法，使用群集与未加权对组法对集团与算术平均构建距离树，是构造树最简单的方法。