ubuntu下并行安装lammps教程需联网超简单 亲测成功适合小白Word文档格式.docx

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Password:

#输入密码，回车

root@lqjunzi:

/home/lqjunzi##可以看到最前面的用户名已经由lqjunzi变成啦root，而后面的~$也变成了#，#是在root下操作的标志

3.下载lammps安装包，下载后的安装包默认在/home/lqjunzi/Downloads目录下，这里的lqjunzi是安装系统时的用户名，习惯的将下载后的lammps-stable.tar.gz复制至/home/lqjunzi/sw目录下（完全可以不复制，就在Downloads下操作，只是个人习惯，如不移动则后面操作目录相应改变）

/home/lqjunzi#mkdirsw#在/home/lqjunzi目录下建立sw文件夹

/home/lqjunzi#cdDownloads#进入Downloads文件夹

/home/lqjunzi/Downloads#cplammps-stable.tar.gz../sw#复制到vm目录下，文件名在输入的时候可以输入lamm后按table键，会自动补全剩余文件名，简化输入

/home/lqjunzi/Downloads#cd../sw#进入sw目录

/home/lqjunzi/sw#gunziplammps-stable.tar.gz#解压

/home/lqjunzi/sw#tarxvflammps-stable.tar#解压

/home/lqjunzi/sw#ls#显示该文件夹下的文件/文件夹。

发现一个lammps-14Mayxxx之类的文件夹

/home/lqjunzi/sw#mvlammps-14Mayxxxlmp#将解压后的文件夹命名为lmp，方便操作，这里lammps-14Mayxxx可能会因为你下载的软件不同（lammps经常更新）而不同

/home/lqjunzi/sw#cdlmp/src/MAKE/MACHINES#进入该文件夹

/home/lqjunzi/sw/lmp/src/MAKE/MACHINES#ls#显示该文件夹下的文件/文件夹。

看到存在一个Makefile.ubuntu文件，这就是编译lammps所需要的文件，文件内容付在教程最后，其他教程中都需要改这个文件，然而对于新手来说很容易出错，通过查看手册发现根本不需要对这个文件进行修改，这就避免了出错。

/home/lqjunzi/sw/lmp/src/MAKE/MACHINES#geditMakefile.ubuntu#打开这个文件，这一步与安装无关，只是为了说明为什么要装下面那几个packages，但建议打开阅读一遍，并结合手册，看有没有需要更改的地方，我就是看了手册以后发现这个文件根本不用修改，而我查到的很多教程都需要修改，修改就容易出错，当然对于非ubuntu系统就不一定了，这里不作讨论。

可以看到需要安装几个packages才能安装

4.安装必要packages，依次输入并执行以下命令，时间根据电脑配置和网速不同，几分钟一般，以下为安装必要packages指令，不再一一解释。

apt-getinstallbuild-essential

apt-getinstallg++

apt-getinstallmpi-default-bin

apt-getinstallmpi-default-dev

apt-getinstalllibfftw3-dev

apt-getinstalllibjpeg-dev

apt-getinstalllibpng12-dev

#如果上述packages安装过程中出现依赖关系错误，就执行apt-get-finstall语句，然后再次安装（我安装的时候没出现问题）

5.编译

cd../..#回到/home/lqjunzi/sw/lmp/src/目录

makeclean-all#先清理一下

makeubuntu#开始编译，时间很长，十几分钟大约，没提示错误的话就是成功了

ls#检查编译结果，如果编译成功在/home/lqjunzi/sw/lmp/src/下会生成一个lmp_ubuntu文件，如下图所示。

6.运行例子,以friction为例

cplmp_ubuntu../examples/friction/#将lmp_ubuntu复制到../examples/friction/文件夹下

mvlmp_ubuntulmp#改名，方便操作

./lmp<

in.friction#运行

运行结果

生成的log文件

以上就是教程全部内容，祝安装成功！

下面是Makefile.ubuntu的文件内容和我安装时所查的linux基本操作命令（都是复制的别人的，没有标出处，见谅。

内容不是很全，太基础的没放，且格式很乱，将就着看吧，希望能有所帮助）。

Makefile.ubuntu文件内容：

#ubuntu=UbuntuLinuxbox,g++,openmpi,FFTW3

#youhavetoinstallthepackagesg++,mpi-default-bin,mpi-default-dev,

#libfftw3-dev,libjpeg-devandlibpng12-devtocompileLAMMPSwiththis

#makefile

SHELL=/bin/sh

#---------------------------------------------------------------------

#compiler/linkersettings

#specifyflagsandlibrariesneededforyourcompiler

CC=mpic++

CCFLAGS=-g-O3#-Wunused

SHFLAGS=-fPIC

DEPFLAGS=-M

LINK=mpic++

LINKFLAGS=-g-O3

LIB=

SIZE=size

ARCHIVE=ar

ARFLAGS=-rc

SHLIBFLAGS=-shared

#LAMMPS-specificsettings,allOPTIONAL

#specifysettingsforLAMMPSfeaturesyouwilluse

#ifyouchangeany-Dsetting,dofullre-compileafter"

makeclean"

#LAMMPSifdefsettings

#seepossiblesettingsinSection2.2（step4）ofmanual

LMP_INC=-DLAMMPS_GZIP-DLAMMPS_JPEG-DLAMMPS_PNG-DLAMMPS_FFMPEG

#MPIlibrary

#seediscussioninSection2.2（step5）ofmanual

#MPIwrappercompiler/linkercanprovidethisinfo

#canpointtodummyMPIlibraryinsrc/STUBSasinMakefile.serial

#use-DMPICHandOMPIsettingsinINCtoavoidC++libconflicts

#INC=pathformpi.h,MPIcompilersettings

#PATH=pathforMPIlibrary

#LIB=nameofMPIlibrary

MPI_INC=

MPI_PATH=

MPI_LIB=

#FFTlibrary

#seediscussioninSection2.2（step6）ofmanaul

#canbeleftblanktouseprovidedKISSFFTlibrary

#INC=-DFFTsetting,e.g.-DFFT_FFTW,FFTcompilersettings

#PATH=pathforFFTlibrary

#LIB=nameofFFTlibrary

FFT_INC=-DFFT_FFTW3

FFT_PATH=

FFT_LIB=-lfftw3

#JPEGand/orPNGlibrary

#seediscussioninSection2.2（step7）ofmanual

#onlyneededif-DLAMMPS_JPEGor-DLAMMPS_PNGlistedwithLMP_INC

#INC=path（s）forjpeglib.hand/orpng.h

#PATH=path（s）forJPEGlibraryand/orPNGlibrary

#LIB=name（s）ofJPEGlibraryand/orPNGlibrary

JPG_INC=

JPG_PATH=

JPG_LIB=-ljpeg-lpng

#buildrulesanddependencies

#donoteditthissection

includeMakefile.package.settings

includeMakefile.package

EXTRA_INC=$（LMP_INC）$（PKG_INC）$（MPI_INC）$（FFT_INC）$（JPG_INC）$（PKG_SYSINC）

EXTRA_PATH=$（PKG_PATH）$（MPI_PATH）$（FFT_PATH）$（JPG_PATH）$（PKG_SYSPATH）

EXTRA_LIB=$（PKG_LIB）$（MPI_LIB）$（FFT_LIB）$（JPG_LIB）$（PKG_SYSLIB）

EXTRA_CPP_DEPENDS=$（PKG_CPP_DEPENDS）

EXTRA_LINK_DEPENDS=$（PKG_LINK_DEPENDS）

#Pathtosrcfiles

vpath%.cpp..

vpath%.h..

#Linktarget

$（EXE）:

$（OBJ）$（EXTRA_LINK_DEPENDS）

$（LINK）$（LINKFLAGS）$（EXTRA_PATH）$（OBJ）$（EXTRA_LIB）$（LIB）-o$（EXE）

$（SIZE）$（EXE）

#Librarytargets

lib:

$（ARCHIVE）$（ARFLAGS）$（EXE）$（OBJ）

shlib:

$（CC）$（CCFLAGS）$（SHFLAGS）$（SHLIBFLAGS）$（EXTRA_PATH）-o$（EXE）\

$（OBJ）$（EXTRA_LIB）$（LIB）

#Compilationrules

%.o:

%.cpp$（EXTRA_CPP_DEPENDS）

$（CC）$（CCFLAGS）$（SHFLAGS）$（EXTRA_INC）-c$<

%.d:

$（CC）$（CCFLAGS）$（EXTRA_INC）$（DEPFLAGS）$<

>

$@

%.cu$（EXTRA_CPP_DEPENDS）

#Individualdependencies

depend:

fastdep.exe$（SRC）

@./fastdep.exe$（EXTRA_INC）--$^>

.depend||exit1

fastdep.exe:

../DEPEND/fastdep.c

cc-O-o$@$<

sinclude.depend

以下是没有整理的基本linux命令汇总：

sudopasswdroot创建初始root密码

~$sudopasswdroot

已成功更新密码

~$

解压

gunzipmpich2-1.3.1.tar.gz

tarxvfmpich2-1.3.1.tar

新建文件夹

1如果你要在那里建一个叫test的文件夹

输入cd/home回车就到了home目录

输入mkdirtest就可以了

2如果在文件夹里添加（就是创建）一个文件例如a.txt

输入touchtest/a.txt回车

3删除rm-rftest/回车

删除文件/夹

rm-removefilesordirectories

Bydefault,rmdoesnotremovedirectories.Usethe--recursive（-ror-R）optiontoremoveeachlisteddirectory,too,alongwithallofitscontents.

-r,-R,--recursiveremovedirectoriesandtheircontentsrecursively

-d,--dirremoveemptydirectories

Toremoveafilewhosenamestartswitha'

-'

forexample'

-foo'

useoneofthesecommands:

rm---foo

rm./-foo

检查下自己的机器是否已经安装c和fortran编译器。

Linux一般有gcc，g++，gfortran和intel的fortran,可以用whichg++和whichgfortran查看是否存在安装目录。

这里用ubuntu源里的g++和gfortran，保证联网的情况下用以下命令：

sudoapt-getinstallbuild-essential

sudoapt-getinstallg++

sudoapt-getinstallgfortran

安装软件

apt-get常用实例

apt-cachesearchpackagename搜索包

apt-cacheshowpackagename获取包的相关信息，如说明、大小、版本等

apt-getinstallpackagename安装包

apt-getinstallpackagename--reinstall重新安装包

apt-get-finstall修复安装”-f=–fix-missing”

apt-getremovepackagename删除包

apt-getremovepackagename--purge删除包，包括删除配置文件等

apt-getupdate更新源

apt-getupgrade更新已安装的包

apt-getdist-upgrade升级系统

apt-getdselect-upgrade使用dselect升级

apt-cachedependspackagename了解使用依赖

apt-cacherdependspackagename是查看该包被哪些包依赖

apt-getbuild-deppackagename安装相关的编译环境

apt-getsourcepackagename下载该包的源代码

apt-getclean清理无用的包

apt-getautoclean清理无用的包

apt-getcheck检查是否有损坏的依赖

root@lqjunzi-Lenovo-G400s:

/home/lqjunzi/sw/lmp/examples/friction#./lmp<

in.friction

您需要管理员权限来安装一个.deb文件。

打开终端后，输入：

sudodpkg-ipackage_file.deb

要卸载一个.deb文件，在您的软件包管理器中取消选中它。

或者在终端中，输入:

sudodpkg-rpackage_name

dpkg是一个Debian的一个命令行工具，它可以用来安装、删除、构建和管理Debian的软件包。

下面是它的一些命令解释：

1）安装软件

命令行：

dpkg-i<

.debfilename>

示例：

dpkg-iavg71flm_r28-1_i386.deb

2）安装一个目录下面所有的软件包

dpkg-R

dpkg-R/usr/local/src

3）释放软件包，但是不进行配置

dpkg–unpackpackage_file如果和-R一起使用，参数可以是一个目录

dpkg–unpackavg71flm_r28-1_i386.deb

4）重新配置和释放软件包

dpkg–configurepackage_file

如果和-a一起使用，将配置所有没有配置的软件包

dpkg–configureavg71flm_r28-1_i386.deb

5）删除软件包（保留其配置信息）

dpkg-r

dpkg-ravg71flm

6）替代软件包的信息

dpkg–update-avail<

Packages-file>

7）合并软件包信息

dpkg–merge-avail<

8）从软件包里面读取软件的信息

dpkg-Apackage_file

9）删除一个包（包括配置信息）

dpkg-P

10）丢失所有的Uninstall的软件包信息

dpkg–forget-old-unavail

11）删除软件包的Avaliable信息

dpkg–clear-avail

12）查找只有部分安装的软件包信息

dpkg-C

13）比较同一个包的不同版本之间的差别

dpkg–compare-versionsver1opver2

14）显示帮助信息

dpkg–help

15）显示dpkg的Licence

dpkg–licence（or）dpkg–license

16）显示dpkg的版本号

dpkg–version

17）建立一个deb文件

dpkg-bdirec×

y[filename]

18）显示一个Deb文件的目录

dpkg-cfilename

19）显示一个Deb的说明

dpkg-Ifilename[control-file]

20）搜索Deb包

dpkg-lpackage-name-pattern

dpkg-Ivim

21）显示所有已经安装的Deb包，同时显示版本号以及简短说明

dpkg-l

22）报告指定包的状态信息

dpkg-spackage-name

dpkg-s