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1847年，洪秀全再次赴桂平，首次称“朕”，经人指引与冯云山会合。
洪秀全开始不断神化自己十年前的“奇梦”，开始批判孔子。
1848年，冯云山被捕，洪秀全前往广州，希望向两广总督耆英求情饶过冯云山。
洪秀全未见到耆英，但拜上帝会会员买通官府，冯云山获释，被遣返回乡。
洪秀全和冯云山都不在桂平期间，烧炭工杨秀清“天父附体”、佃农萧朝贵“天兄附体”，到洪秀全又回到紫荆山时，“附体”被洪秀全承认。
1849年，洪秀全又回乡，其父去世，以上帝教仪轨办丧事，不久其妻怀孕。
（按当时规矩，丁忧期间需要禁欲）
1849年末，洪秀全又回到紫荆山，随着石达开和韦昌辉等地主的加入，拜上帝会越发壮大，1850年，洪秀全宣布清朝统治者为“清妖”，着手武装反清。
洪秀全建立“圣库”，没收信众私产，将男女信众分别编入男营、女营，“须天国成功之日，男女才能相聚”，而他自己却一面厉行男女分营禁欲，一面接连纳妾。
洪秀全又派人接其家人——包括自己襁褓中的儿子洪天贵——到紫荆山，冯云山的两个儿子也被接来，但冯家其他人则被洪秀全留在家乡，最终在1854年的时候他们与数万名被怀疑是太平天国同党的无辜者全部被时任两广总督的叶名琛下令处决。
洪秀全黄袍加身，下紫荆山往金田村，冯云山借鉴《周礼》组织军队，遭杨秀清萧朝贵排斥。
1851年1月，拜上帝会在金田与清军发生战斗，太平天国战争爆发。
3月，洪秀全宣布建立太平天国，以1851年为太平天国元年。
1851年夏，当洪秀全仍在金田一带和清军拉锯时，广东信宜的拜上帝会占领了郁林（今广西玉林），欲北上与洪秀全会合，被清军击退。
洪秀全决定放弃金田，攻取防备空虚的永安城（今广西蒙山）。
在永安，洪秀全自称天王（万岁之主），封杨秀清、萧朝贵、冯云山、韦昌辉、石达开为东、西、南、北、翼王（九、八、七、六、五千岁），五王归东王节制，推行天历（冯云山制定的新历法）。
1852年4月，太平军趁夜色突破清军在永安的重围，重新进入大瑶山，不久突然出现在广西首府桂林城下。
太平军围攻桂林33天而不可破，却在漓江上拦截了大量货船，不仅物资得到补充，并且建立起了水军。
此时清军担心太平军回师向南，在桂林南面布下重兵。
不料洪秀全却突然撤围北上，攻取防备空虚的兴安——此地是连通湘漓二水的灵渠所在。
1852年6月，太平军经过全州时，冯云山被清军大炮打伤，不久去世。
太平军在全州城北的蓑衣渡遭到江忠源率领的湖南团练军阻击，这是太平军第一次和团练交战。
太平军大败，进入湖南，占领道州（今湖南道县）。
太平军与清军在湘南周旋数月，1852年9月，太平军兵临湖南首府长沙城下，12月萧朝贵受重伤，经多方医救仍未能治愈，直到死萧朝贵都没有再“天兄附体”。
太平军驻军长沙城西湘江上的橘子洲，把在桂林那套故伎重演，在劫得大量船只物资后撤围北上，军事建制和策略趋于完善。
太平军在1852年末先后攻克汉阳与汉口，由于武昌守军拆毁民房修筑工事激起民愤，百姓转而同情太平军。
做大
1853年1月12日，太平军攻克武昌，打开大牢释放囚徒，掠夺财物收入“圣库”，对长江上的船家放宽男女分营和去辫披发的政策。
1853年2月，太平军已有50万人，他们撤离武汉，水陆并进，于3月抵达南京。
此时的太平军已有数十万人和大量火器，他们炸开南京城墙，一拥而上，大败清军，夺取南京。
同年，英法联军和俄国在克里米亚开战，战争持续到1856年，以英法联军胜利告终，期间列强无暇东顾，一致宣布对太平天国战争保持中立。
1853年，正在丁母忧的曾国藩在父亲曾麟书和好友郭嵩焘力劝下，决定出山兴办团练，不用绿营和八旗，在家乡湖南建立新军，以儒家道德意识形态组织军队，赏罚分明，严格军纪，曾国藩教育部队的《爱民歌》被视为《三大纪律八项注意》的前身。
一开始，曾国藩与绿营和地方官多有矛盾，只得转向士绅而筹款建立陆军和水军。
胡林翼、左宗棠、彭玉麟也组织团练镇压太平军，湘军形成。
1853年3月29日洪秀全改南京为天京，定都于此，改、创文字，禁止商贸，隔离男女。
太平天国开展人口普查，许多人为避免被充入太平军而躲进山林。
一些人甚至在水中投毒或组织推翻太平天国。
一些天主教徒发现太平天国与自己的信仰并没有什么相同之处，拒绝改信，然太平军竟冲进教堂，捣毁十字架，将其充军。
1854年甚至有六千多人想向城外清军打开城门，因清军将领疑心有诈而失败。
洪秀全和诸王在南京建起雄伟的宫殿，天王府于当年底毁于大火，洪秀全下令重建，召来更多工匠重建，极尽奢华。
原本保持中立的英法美三国在太平天国遇挫，但仍幻想基督教体制在中国之建成。
1853年秋，太平军一部自南京北伐，直抵天津以南十里，被僧格林沁击退，而主力则西征安徽、湖北。
在武昌，太平军又分兵两路，石达开进军湖南，连续击败曾国藩，曾国藩退守长沙，跳河自杀未遂，湖南官场也有人提出将曾国藩撤职。
但石达开久攻长沙不下，于是于1854年7月东进江西，长沙解围，曾国藩地位得到巩固。
不久曾国藩夺回武昌，咸丰大喜，大学士端华进谏：
“曾国藩以匹夫之身，一呼而万人从，恐非国家之福”，咸丰不予理睬。
1855年，江西除南昌为曾国藩固守外，其余均被太平军攻占。
江西官员同样瞧不起曾国藩，曾国藩二度自杀未遂，直到1856年太平天国杨秀清内乱和1857年石达开出走后，曾国藩才得以喘息。
彼时，太平天国的几王之中，只有石达开还在前线。
洪秀全幽居深宫，沉迷酒色，嫔妃有88名之众，杨秀清趁机架空洪秀全。
1854年，太平天国颁布《天朝田亩制度》这一具有浓厚小农思想和乌托邦性质——实际上最后也没有真正执行——的文件，为了提高妇女劳动强度，下令禁止妇女缠足。
杨秀清“天父附体”，杀掉数位与妻子同床的高官，斥责洪秀全蛮横放纵，杖责洪秀全。
此外，杨秀清把司法权归于自己，改变洪秀全滥杀的政策。
杨秀清还提出允许女信徒每月“探家”一次，但被洪秀全否决。
杨秀清专权激起韦昌辉不满，洪秀全一面册封杨秀清为“圣神风”（holyghost，今谓圣灵），一面密谋除之。
杨秀清构建了一个弟兄四人组成的“家庭”——长兄耶稣，二弟洪秀全，四弟杨秀清，三弟或是冯云山，或是洪秀全之子洪天贵（1861年改名洪天贵福）。
1854年6月，英国船只“响尾蛇”号抵达南京，前来与太平军洽谈芜湖煤炭事宜，被阻于城外。
英国人致信杨秀清，向他提了30个问题，涉及军队、法律、关税、入教仪式、“圣库”、男女分营等，并质疑洪秀全为何自封“耶稣之弟”和杨秀清的“天父附体”与“圣神风”称号。
杨秀清一一回答，并向英国人提了50个问题，指“英国拜上帝已久”，问上帝及耶稣外貌、衣着、家庭等等。
英国人煞有介事地组织“宗教会议”，搬出《圣经》，逐条查阅，一一回答。
结尾直言不讳：
“我们绝不相信你们这种意义的教条，而只相信《旧约》《新约》的启示！
你们查考《圣经》，给我作见证的就是这经！
内乱
1854年7月，杨秀清又一次“天父附体”，首次提出“天父天兄圣旨（即‘附体’时说的话）无错”，而洪秀全的成文经书却有待质疑。
1855年，杨秀清卧病在床，但仍指挥太平军在江苏获胜，撤销夫妻同房禁令。
1855年10月桐城战败后，太平军无望再取湖南。
杨秀清将石达开、韦昌辉等人全部派到前线，洪秀全身边无人，杨秀清借机提出自己也要“万岁”，洪秀全假装答应，暗中联络石达开和韦昌辉。
9月，韦昌辉回到南京，决定不等石达开，率军突袭杨秀清，杨秀清被杀。
洪秀全、韦昌辉大开杀戒，石达开劝阻未果，担心自己也被杀掉，遂连夜出逃，韦昌辉将石达开家人全部杀掉。
石达开召集各路人马十余万人重返南京，要求洪秀全杀掉韦昌辉，而此时韦昌辉也图谋囚禁洪秀全。
洪秀全遂诱杀韦昌辉，迎回石达开。
此后，洪秀全越发多疑，他一面不断封赏死去的杨秀清、冯云山、萧朝贵的后代，一面认定只有自己洪家人可堪倚重。
洪秀全封其兄洪仁发、洪仁达为安王、福王，将石达开由翼王升为义王，石达开拒绝，洪秀全遂封石达开为“圣神风”。
洪仁发、洪仁达庸碌无能，只知掣肘（chè
zhǒu）石达开，石达开郁郁寡欢，一人独居，不接受口信，凡事白天以文书请示，夜晚批示，由侍从贴到王府外墙。
1856年12月，左宗棠夺回武昌。
1857年夏，石达开负气离开南京，带走忠于其的部队继续西征，从此再没有踏回天京半步。
而此时清政府同样困难，华北捻军做大，清政府与英国再起战端，因此镇压太平天国运动只能由南方将领自行其是。
深宫中的洪秀全终日与侍从宫女为伴，定下宫中琐碎的规章，这些规章散见于洪秀全为此所写的五百首絮絮叨叨的诗文之中，芝麻小事足以让洪秀全大为光火，侍从宫女动辄得咎，被杀者众。
洪秀全还在《圣经》与太平天国理念不和之处劳心费力，以拙劣的文字游戏的方式修改《圣经》。
1857年冬，曾国藩因父亲去世回乡丁忧，但不到一年即被咸丰“夺情”，重新任用指挥湘军。
1859年，石达开再入湖南，在安徽、江西作战的湘军——他们的家人和田产都在湖南老家——人心浮动，纷纷要求回乡，曾国藩以“江西是湖南后院”为由，拒绝调主力回湖南。
石达开在湖南没有斩获，于是进入广西，出贵州，进四川。
咸丰令曾国藩率军前往四川，曾国藩回复称四川路途遥远，且并非主要，其他人也上奏希望曾国藩留在江西，咸丰同意曾国藩要求。
同年，曾国藩之弟曾国华战死。
1856年，清政府逮捕当时悬挂英国国旗的广州走私船——“亚罗”号的水手，认为《南京条约》过于苛刻的香港总督要求对清政府宣战，英国首相巴麦尊派额尔金伯爵赴中国与清政府谈判。
1857年，清英关系继续恶化，由额尔金率领的英军在广州俘获两广总督叶名琛，而后继续北上，法国也因“西林教案”（又称“马神甫事件”，但法国实际上也不满清政府对贸易的杯葛）对清政府宣战，美俄宣布中立。
英法联军于1858年5月攻陷大沽口，迫使清政府与四国谈判并签署《天津条约》。
1858年11月，额尔金经南京前往武汉，洪秀全惊叹于额尔金的“武功”，致信笼络，但信还没送到额尔金就已离开南京，前往武昌会见湖北巡抚胡林翼。
12月，额尔金在返回途中再经南京，收到洪秀全信，无动于衷。
1859年，额尔金的弟弟卜鲁斯率军再攻大沽口，为僧格林沁击退。
英国首相巴麦尊不顾法国反对，艰难说服国会，再次向清政府宣战。
卜鲁斯认为如果洪秀全接受肯《天津条约》，英国就可以正式承认太平天国的合法地位。
转折
1859年4月，洪仁玕由香港抵达南京，洪秀全大喜，封其为干王，不久后，李秀成——这位烧炭工出身的太平天国唯一戴眼镜的高官——此前他立下赫赫战功，因而嫉妒洪仁玕后来居上——被封为忠王，二人被洪秀全委以重任。
洪仁玕发布《资政新篇》，提出在宗教、外交、法律、工商、采矿、交通、教育等方面的改革。
彼时南京四周都有清军，主要集中在扬州的江北大营和南京南郊的江南大营。
洪仁玕提出派英王陈玉成和侍王李世贤率军绕过清军袭击杭州。
江南大营的清军被迫回援杭州，此时已达到目的的太平军又回到南京，集中兵力出击江北，大败清军。
1860年，李秀成先攻克苏州，再进军上海，英美军队保持观望状态并与洪仁玕接触。
额尔金率英法联军抵达上海，继续北上直指大沽口，卜鲁斯留驻上海。
此时卜鲁斯在英国外交官威妥玛的劝说下已经对太平天国疑心重重，英国驻上海领事、对太平天国较友好的密迪乐收到李秀成和洪仁玕的信件，转交给卜鲁斯，但卜鲁斯拒绝拆开那两封其实是太平天国纡尊降贵想与英国结好的信。
英军对太平天国放弃中立，炮轰太平军，美国人华尔组建洋枪队，成员以中国人为主，配给洋枪。
洪仁玕以李秀成的名义（当时李秀成已放弃了同英国人合作的期望，但洪仁玕地位在他之上，他只能服从）再次致信英军，向其施压，李秀成退兵。
此时，额尔金已攻破大沽口，溯白河（今称海河）而上，迅速占领天津，清政府同意在通州谈判，派出冒牌的谈判代表。
额尔金怒不可遏，而因“消遣”了洋人而沾沾自喜的咸丰终于派出正式代表——怡亲王载垣，但同时也派僧格林沁伏击前来谈判的额尔金一行。
清政府与额尔金在谈判到就英国人是否要向咸丰磕头一事时无法达成一致，僧格林沁把英法外交官抓回北京，施以重刑后放回，额尔金下令进攻北京，咸丰君臣慌忙逃到承德避暑山庄，英法联军大肆抢掠、火烧圆明园。
1860年，在江北、江南大营先后失利之际，咸丰任命曾国藩为兵部尚书、两江总督，总揽苏、皖、赣三省事务。
曾国藩派其弟曾国荃攻打被陈玉成占领的安徽首府安庆，而自己在祁门（今安徽省黄山市祁门县）扎营。
北京告急，咸丰下令调曾国藩一部分兵力北上，曾国藩上奏“请皇上自择一将”北上增援，实际上以拖待变，咸丰的回复还未传到，曾国藩就获知了北京失陷的消息，表示“痛心疾首，懊悔万分”，上书反对与英法联军签订“城下之盟”。
洪秀全闻额尔金焚圆明园，义愤填膺，企图北伐，为李秀成阻止。
洪仁玕会见容闳——中国第一位真正意义上的留学生，邀请他加入太平天国。
容闳意不在此，当他拿到在太平天国境内的通行证以使他将太平天国控制区的茶叶低价买入、带回清政府控制区高价卖出时，他便辞别洪仁玕了。
1860年12月，恭亲王奕訢与额尔金在北京签订比《天津条约》更苛刻的《中英新约》（即《北京条约》）。
同年，清政府与俄国签订《瑷珲条约》，割让北方大片领土。
额尔金告诉清政府，当时已经是英国驻华公使的卜鲁斯更看好太平军。
洪仁玕再次强调太平天国反满复汉的立场，甚至不惜搬出周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹这些儒家学者来大谈“华夷之辨”。
英法联军火烧圆明园的恶行在西方遭到一片挞伐，雨果直斥“文明就是这样被野蛮的对待？
！
”——不是因为雨果和其他西方人士同情清政府，而是由于他们可惜艺术。
奕訢请咸丰回京时，咸丰已经病重，但又担心奕訢有二心，遂以“不愿见到洋人”为托辞拒绝，并且不许奕訢离开北京。
咸丰对奕訢允许外国公使驻扎北京并成立总理衙门非常不满，奕訢上书：
“攘外必先安内”，奕訢和曾国藩经过慎重考虑，同意与洋枪队合作。
1860年11月，陈玉成率军攻克武昌和安庆之间的黄州（今湖北黄冈），李世贤攻克休宁（今安徽省黄山市休宁县），扼曾国藩进出通道，而李秀成则率主力直指祁门。
此时曾国藩的部队主力已调到休宁，祁门只有曾国藩带三千人留守，曾国藩在惊慌中写下遗书，但李秀成并不知曾国藩的兵力分布，遂率军避祁门而前往湖北，准备攻打武昌。
李秀成在赣北招到数十万投奔者，行军速度变慢，以至于在陈玉成攻下汉口后，李秀成并未如约与陈玉成在武昌会合。
陈玉成的部队孤立无援，而且左宗棠在武昌附近集结重兵，等李秀成赶到武昌时，陈玉成已退守黄州，李秀成调转兵锋，经江西进入浙江。
陈玉成回师安庆，包围正在围城的曾国荃所部，但陈玉成所部又被更外围的湘军（这部分湘军由满人多隆阿指挥）包围。
洪仁玕率军抵达桐城（位于安庆市北部），准备支援安庆。
陈玉成中多隆阿埋伏，所部被打散，洪仁玕被召回南京，安庆太平军统一由陈玉成指挥。
衰败
1861年4月，李世贤攻克景德镇，曾国藩军队断粮且陷入重重包围，曾国藩再写遗书，嘱其子：
“尔曹唯当勉力读书，不要做官从军”。
7月，左宗棠收复景德镇，曾国藩稍得喘息，上书奕訢，让他向洋人施压，停止通过长江上的商船向安庆供粮。
北京西北天空划过彗星，引发恐慌，8月，咸丰驾崩。
9月，曾国藩下令向安庆发动总攻，重新夺回安庆。
北京出现日月同升，五星（金木水火土）一线的异象，曾国藩解为中兴之兆。
咸丰临终前指定端华、肃顺等八人为顾命大臣，辅佐自己6岁的儿子载淳——日后的同治帝——直至其成年，两宫太后慈安和慈禧拥有否决权。
八大臣很快就发现和顺到略显木讷的慈安很好说话，但慈禧则想自行其是。
在承德，慈禧与她的小叔子兼妹夫、日后的光绪帝的生父醇亲王奕譞秘密会面，并和奕訢搭上关系。
10月，两宫抢在八大臣之前回京，联合奕訢发动政变逮捕八大臣，端华、肃顺、载垣被杀，其他人被流放，奕訢被任命为首席军机大臣。
为了抵消安庆失陷对士气的打击，洪仁玕声称咸丰的早逝、他幼小儿子的继位以及继而发生的政变，都说明清朝气数已尽。
陈玉成被洪秀全革职，退守庐州（今安徽舒城），派扶王陈得才、遵王赖文光等征豫陕，多隆阿继续进军，陈玉成的企图落空，陷入重围。
洪秀全将大儿子洪天贵福提为第二把手，宣布奏折不需再经洪仁玕而达其手，外交也不再由洪仁玕分管。
洪秀全越来越疑神疑鬼，下令南京所有店铺停业，不从者一律处决。
1861年3月，反对奴隶制的共和党人林肯就任美国总统，南方蓄奴州宣布成立邦联，南北战争爆发，4月，林肯下令封锁南方所有出海港口，中美两国同时爆发内战使英国贸易体系大大受损，但是因为英美关系比中英关系紧密得多，所以英国国会大改完全不同于对太平天国战争的冷漠态度，宣布承认南方邦联的“合法交战国”地位，巴麦尊更企图借此策动美国一分为二，削弱当时日益崛起的美国——其实力比清政府和太平天国加起来还要强大——对英国的威胁。
1860年12月，李秀成攻克杭州，洪秀全向英国承诺1861年内不攻打上海，1861年12月，李秀成攻克宁波。
处境依然严峻的曾国藩派李鸿章到安徽腹地的合肥一带征兵（那里也是李鸿章的家乡），派曾国荃回湖南征兵。
击败顾命八大臣而掌权的慈禧和奕訢认识到必须依靠曾国藩才能平定太平天国的叛乱，于是任命曾国藩为大学士，将浙江也交给他管理，并欣然应允曾国藩提议左宗棠任浙江巡抚、李鸿章任江苏巡抚的请求。
1862年1月，李秀成在上海郊区集结重兵，不料天降暴雪、气温陡降，衣着单薄的太平军在严寒中无法行动。
华尔开始帮助清军反击太平军并取胜，为了不破坏美国（林肯政府）的中立立场，华尔加入中国籍，洋枪队改名常胜军，更深地卷入到太平天国战争中。
曾国藩在安庆集结军队，由曾国荃率领，兵临南京城下（曾国荃想抢到攻陷南京的第一功），李鸿章率淮军，乘船（由李鸿章向洋人租借）前往上海（彼时属于江苏）。
巴麦尊趁英国国会休会期对太平天国宣战，任命阿斯本为指挥官，遭到反对党迪斯雷利的谴责。
曾国藩在慎重考虑后同意向英国采购舰船，英国人为清朝设计了绿底、黄线对角交叉、中央有只黄龙的海军旗帜。
1862年5月，清军一鼓作气，在洋人帮助下收复宁波，陈玉成也在寿州（今安徽寿县）被俘后被处死。
马克思断定太平天国“只知破坏，难成气候”。
此时，饱受太平军之苦的江南百姓也开始组织反太平天国的起义。
夏季，上海涌入150万难民，卫生条件恶劣致使霍乱爆发，上海近二十万人死于霍乱。
霍乱随人流传染，肆虐天津和北京，湘军和太平军内部也爆发严重疫情——左宗棠所部有五成士兵患病，曾国荃所部高达七成，疫情直到冬天才解除。
覆灭
1862年秋，李秀成、李世贤纠集数十万大军合围曾国荃未果，曾国藩召在湖南的长子曾纪泽到安庆大营，曾国藩之弟曾国葆染上伤寒去世。
华尔在宁波附近被太平军杀死，法国人仿效常胜军组建常捷军，常胜军的美国指挥官白齐文劫掠上海激起李鸿章不满，也令卜鲁斯难堪，1863年春，英国人戈登接管常胜军。
奕訢会见美国（林肯政府）驻华公使蒲安臣，蒲安臣表示“两国都有叛军在南方作乱”，暗示美国将支持清政府，作为交换，奕訢致信李鸿章，提议重新由白齐文掌管常胜军，李鸿章婉拒。
白齐文投靠太平军，曾国藩就此致信李鸿章称洋人雇佣兵不可靠，并抱怨常胜军迟迟不去援助曾国荃，但曾国藩也不想让洋人抢走攻占南京的第一功。
1863年夏，容闳和曾国藩会面，应曾国藩要求前往美国采购武器。
阿斯本抵达上海，发现清军并不情愿让英国人帮助他们。
奕訢提出将这支“水师”收编，水手由山东人担任，炮兵由湖南人担任，海军陆战队由满人担任，曾国藩则提出整支水师以湘军和淮军为主体进行混编。
奕訢考虑到八旗和绿营战斗力很弱，同意曾国藩的建议，阿斯本愤愤地返回英国。
1863年，洪秀全解除洪仁玕全部职务，李秀成进军安徽，企图分散曾国藩的注意力，但军队困在安徽的洪水中，弹尽粮绝。
1863年6月，远征直到大渡河的石达开向清军投降，旋即被杀。
面对曾国荃对南京越来越猛烈的进攻，李秀成回师南京，但接着又被拖入在杭州与左宗棠和在常州与李鸿章的战斗中。
1863年7月，美国战局在林肯政府正式宣布废奴和格兰特率军攻陷葛底斯堡后出现转折，北方开始居于上风。
英国宣布在美国内战中保持中立，不再支持南方，这也推动英国国会倾向在太平天国问题上采取同样对策。
11月，李鸿章率淮军和常胜军抵达苏州，其时苏州的太平军由慕王谭绍光指挥，副将纳王郜永宽秘密与戈登议和，杀死谭绍光，李鸿章攻克苏州。
李鸿章认为郜永宽是投机者，不除则日后必为祸害，下令处决郜永宽，戈登对此不满，纠集在上海的各国领事发表声明谴责李鸿章，此后洋人基本不再参与太平天国战争。
战场的失利使洪秀全精神恍惚，他封了一百多个王，以至于当时已是太平天国二把手的他的14岁儿子洪天贵福都弄不清诸王的称号。
饥荒加剧，据曾国藩日记记述，1863年下半年，“猪肉价格由三十文一斤涨到一百二十文一斤”。
十年的混战给曾经富庶的江南造成了沉重打击，中外历史学家估计死亡人数自六千万到一亿不等，直到1953年新中国成立后第一次人口普查时，江南人口还未恢复太平天国战争之前的水平。
1864年1月，洪仁玕先被委以“辅佐幼天王”的重任，继而被派往太湖为南京筹粮，途中为清军阻隔，只得躲进湖州的山林中。
江北的太平军也在陈玉成死后群龙无首，基本被荡平。
李秀成劝洪秀全放弃南京，转战江西，被洪秀全驳回。
3月，左宗棠攻克杭州，残余太平军逃到湖州投奔洪仁玕。
1864年春，曾国荃率清军挖掘了30多条通向南京的地道，占领南京周围所有制高点，太平军向地道灌水，而清军则以风箱向内鼓入毒气。
曾国藩为避嫌，让李鸿章率军与曾国荃合力攻打南京，李鸿章知道曾国荃不希望其辛苦拼杀得到的战果为外人瓜分，于是托辞不去。
1864年5月，洪秀全病倒，6月去世，一名宫女用尸布裹起遗体，草草埋在天王府中，洪天贵福继位。
7月，曾国藩下令点燃南京地道里的炸药，城墙被炸开，清军蜂拥而上，太平军放火，南京陷入一片火海，喊杀震天。
曾国藩命人剖开洪秀全棺材，确认洪秀全已死。
曾国藩进入南京，在奏章中夸大太平天国的力量和湘军的功绩，慈禧闻讯，喜极而泣，重赏全体平叛人员。
李秀成逃出南京后三日被俘，以为洪天贵福已死，其实洪天贵福逃过一劫，投奔在湖州的洪仁玕。
与八个月后结束的南北战争——北方代表格兰特接受南方代表爱德华·
李的投降，后者安度晚年——迥异，曾国藩亲自主持对李秀成的审问，审查口供，删去对湘军不利的部分，旋即杀掉李秀成，以避免其向清政府告曾国藩的状。
1864年8月，洪仁玕和洪天贵福逃出湖州，10月，洪仁玕、洪天贵福先后被捕，不久被处决。
1864年8月，曾国藩下令裁湘入淮，数十万湘军拿着优厚的津贴回乡，曾国藩以生病为由请求致仕，并要求曾国荃一同致仕，拿着慈禧赏赐的高爵后禄退隐家乡。
慈禧认为曾国藩既无反心，又堪重用，不予批准，又调曾国藩统领淮军平定捻军叛乱。
1868年，曾国藩调任直隶总督，马新贻接任两江总督，实际上，此时慈禧已得知湘军进入南京后太平天国还有大量财物，而曾国藩对此隐瞒不报，秘密授意马新贻查清此事。
1870年，“天津教案”发生，曾国藩忧心自己成为“叶名琛第二
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