现代分子生物学 课后思考题答案Word格式.docx
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指DNA．
6简述DNA双螺旋结构及其在现代分子生物学发展中的意义
（1）DNA双螺旋是由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成的,多核苷酸的方向由核苷酸间的磷酸二酯键的走向决定，一条是5---3，另一条是3-----5。
（2）DNA双螺旋中脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，构成基本骨架，碱基排列在内侧（3）其两条链上的碱基通过氢键相结合，形成碱基对
意义：
该模型揭示了DNA作为遗传物质的稳定性特征，最有价值的是确认了碱基配对原则，这是DNA复制、转录
和反转录的分子基础，亦是遗传信息传递和表达的分子基础。
该模型的提出是20世纪生命科学的重大突破之一，它奠定了生物化学和分子生物学乃至整个生命科学飞速发展的基石。
7．DNA复制通常采取哪些方式？
①线性DNA双链的复制
将线性复制子转变为环状或多聚分子
在DNA末端形成发夹式结构使分子没有游离末端
在某种蛋白质的介入下，在真正的末端启动复制
②环状DNA双链的复制
Sita型
滚环型
D—环型
8.简述原核生物DNA的复制特点。
（1）复制的起始：
1，DNA双螺旋的解旋DNA在复制时，其双链首先解开，形成复制叉，这是一个有多种蛋白
质和酶参与的复杂过程。
（2）DNA复制的引发：
RNA引物的合成前导链：
DNA双链解开为单链后，由引发酶（RNA聚合酶，Primase）
在5'
→3'
DNA模板上合成一段RNA引物，再由DNA聚合酶从RNA引物3'
端开始合成新的DNA链。
然后以此为起点，进入DNA复制的延伸。
后随链：
后随链的引发过程由引发体（Primosome）来完成。
引发体由6种蛋白组成的引发前体（Preprimosome）和引发酶（Primase）组成。
引发体催化生成滞后链的RNA引物短链，再由DNA聚合酶III作用合成后续DNA，直至遇到下一个引物或冈崎片段为止。
在滞后链上所合成的RNA引物非常短，一般只有3-5个核苷酸。
而且，在同一种生物体细胞中这些引物都具有相似的序列。
所催III聚合酶DNA新生链的合成主要由DNA在原核生物中，冈崎片段与半不连续复制复制的延伸：
）3（
化。
当冈崎片段形成后，DNA聚合酶I通过其5'
→3'
外切酶活性切除冈崎片段上的RNA引物，同时，利用后一个冈
崎片段作为引物由5'
合成DNA。
最后两个冈崎片段由DNA连接酶将其接起来，形成完整的DNA滞后链。
（4）复制的终止：
DNA复制的终止依赖与Tus蛋白（Terminusutilizationsubstance，36kD）和DNA链上特
殊的重复序列Ter（约22bp）。
Tus-ter复合体将阻止DNA解链，等反方向的复制叉到达后停止复制，然后两条链解开。
最后，释放子链DNA，依靠拓扑酶将超螺旋结构引入DNA分子。
9．真核生物DNA的复制在哪些水平上受到调控
①细胞生活周期水平调控（限制点调控）即决定细胞停留在G1期还是进入S期；
②染色体水平调控即决定不同染色体或同一染色体不同部位的复制子按一定顺序在S期起始复制；
③复制子水平调控即决定复制的起始与否。
10．细胞通过哪几种修复系统对DNA损伤进行修复
错配修复、切除修复、重组修复‘、DNA直接修复、SOS系统。
11.什么是转座子？
可分为哪些种类？
DNA的转座，或称移位，是由可移位因子介导的遗传物质重排现象。
转座子（transposon,
Tn）是存在于染色体DNA上可自主复制和移位的基本单位。
转座子分为两大类：
插入序列（IS）和复合型转座子。
（1）插入序列：
插入序列是最简单的转座子，它不含有任何宿主基因。
它们是细菌染色体或质粒DNA的正常组
成部分。
一个细菌细胞常带有少于10个序列。
转座子常常被定为到特定的基因中，造成该基因突变。
（2）复合型转座子：
复合型转座子是一类带有某些抗药性基因（或其他宿主基因）的转座子，其两翼往往是两
个相同或高度同源的IS序列，表明IS序列插入到某个功能基因两端时就可能产生复合转座子。
一旦形成复合转座子，IS序列就不能再单独移动，因为它们的功能被修饰了，只能作为复合体移动。
大部分情况下，这些转座子的转座能力是由IS序列决定和调节的。
除了末端带有IS序列的复合转座子外，还存在一些没有IS序列的，体积庞大的转座子（5000bp以上）——TnA家族。
12请说说插入序列与复合型转座子之间异同。
上的可自主复制和位移的基本单位。
最简单的转座子不含有任何宿主基因而被称为DNA答：
转座子是存在于染色体．
插入序列（IS），他们是细菌染色体或质粒DNA的正常组成部分。
她常常被定位到特定的基团中，造成基因突变。
、
复合式转座子是一类带有某些抗药性基因的转座子，其两翼是相同的或高度同源的IS序列，且IS序列是不能单独移动的只能作为复合体移动而且IS序列也决定和调节转座子的转座能力。
也是有没有IS序列的转座子Tna家族，其两翼带有38bp的倒置重复序列
13.组蛋白上都存在哪些修饰？
其作用是什么？
（P27）
甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化及ADP核糖基化等。
以甲基化（基因激活与沉默）、乙酰化（转录激活，转录延伸，DNA修复拼接复制，染色体组装，基因沉默，信号转导）为主。
影响染色体的结构和功能、基因的表达和沉默。
第三章生物信息的传递（上）---从DNA到RNA
1，什么是编码链？
什么是模版链？
与mRNA序列相同的那条DNA链称为编码链（或有意义链）；
另一条根据碱基互补原则指导mRNA合成DNA链称为模版链（或反义链）。
2，简述RNA转录的概念及其基本过程。
RNA转录：
以DNA中的一条单链为模板，游离碱基为原料，在DNA依赖的RNA聚合酶催化下合成RNA链的过程。
基本过程：
模版识别—转录开始—转录延伸—转录终止。
3，大肠杆菌的RNA聚合酶有哪些组成成分？
各个亚基的作用如何？
大肠杆菌的RNA聚合酶由2个α亚基、一个β亚基、一个β'
亚基和一个ω亚基组成的核心酶，加上一个σ亚基后则成为聚合酶全酶。
α亚基肯能与核心酶的组装及启动子的识别有关，并参与RNA聚合酶和部分调节因子的相互作用；
β亚基和β'
亚基组成了聚合酶的催化中心，β亚基能与模版DNA、新生RNA链及核苷酸底物相结合。
4，什么是封闭复合物、开放复合物以及三元复合物？
模版的识别阶段，聚合酶与启动子可逆性结合形成封闭性复合物；
封闭性复合物形成后，此时，DNA链仍然处于双链状态，伴随着DNA构象的重大变化，封闭性复合物转化为开放复合物；
开放复合物与最初的两个NTP相结合并在这两个核苷酸之间形成磷酸二脂键后即转变成包括RNA聚合酶、DNA和新生RNA的三元复合物。
5，简述σ因子的作用。
1，σ因子的作用是负责模版链的选择和转录的起始，它是酶的别构效应物，使酶专一性识别模版上的启动子；
2，σ因子可以极大的提高RNA聚合酶对启动子区DNA序列的亲和力；
3，σ因子还能使RNA聚合酶与模版DNA上非特异性位点结合常数降低。
6，什么是Pribnowbox？
它的保守序列是什么？
pribnowbox是原核生物中中央大约位于转录起始位点上游10bp处的TATA区，所以又称作-10区。
它的保守序列是TATAAT。
7，什么是上升突变？
什么是下降突变？
上升突变：
细菌中常见的启动自突变之一，突变导致Pribnow区共同序列的同一性增加；
下降突变：
细菌中常见的启动子突变之一，突变导致结构基因的转录水平大大降低，如Pribnow区从TATAAT变成AATAAT。
9，大肠杆菌的终止子有哪两大类？
请分别介绍一下它们的结构特点。
大肠杆菌的终止子可以分为不依赖于p因子和依赖于p因子两大类。
不依赖于p因子的终止子结构特点：
1，位于位点上游一般存在一个富含GC碱基的二重对称区，由这段DNA转录产生的RNA容易形成发卡式结构。
2，在终止位点前面有一端由4—8个A组成的序列，所以转录产物的3'
端为寡聚U。
依赖于p因子的终止子的结构特点：
10，真核生物的原始转录产物必须经过哪些加工才能成为成熟的mRNA，以用作蛋白质合成的模版。
1，装上5′端帽子；
2，装上3′端多聚A尾巴；
3，剪接：
将mRNA前体上的居间顺序切除，再将被隔开的蛋白质编码区连接起来。
剪接过程是由细胞核小分子RNA参与完成的，被切除的居间顺序形成套索形；
4，修饰：
mRNA分子内的某些部位常存在N6-甲基腺苷，它是由甲基化酶催化产生的，也是在转录后加工时修饰的。
12，什么是RNA编辑？
其生物学意义是什么？
RNA编辑是指某些RNA特别是mRNA前体经过插入、删除或取代一些核苷酸残疾等操作，导致DNA所编码的遗传信息的改变，使得经过RNA编辑的mRNA序列发生了不同于模版的DAN的变化。
生物学意义：
1，校正作用，有些基因在突变的途中丢失的遗传信息可能通过RNA的编辑得以恢复；
2，调控翻译，通过编辑可以构建或去除其实密码子和终止密码子，是基因表达调控的一种方式；
3，扩充遗传信息，能使基因产物获得心得结构核功能，有利于生物的进化。
13，核酶具有哪些结构特点？
核酶的结构特点：
核酶的锤头结构特点是：
三个茎区形成局部的双链结构；
其中含13个保守的核苷酸，N代表既是遗传物质RNA，核酶是继反转录现象之后对中心法则的有一个重要的修正，说明1生物学意义：
任何核苷酸；
又是酶；
2，核酶的发现为生命起源的研究提供了新思路—--也许曾经存在以RNA为基础的原始生命。
第四章生物信息的传递（下）----从mRNA到蛋白质
1，遗传密码有哪些特征？
1，密码的连续性，密码之间无间断也没有重叠；
2，密码的简并性，许多氨基酸都有多个密码子；
3，密码的通用性和特殊性，遗传密码无论在体内还是在体外，无论是对病毒、细菌、动物还是植物而言都是通用的，但是也有少数例外；
4，密码子和反密码子的相互作用。
2，有几种终止密码子？
它们的序列和别名分别是什么？
3种，UAA、UAG和UGA，别名是无意义密码。
3，简述摆动学说。
1966年，Crick根据立体化学原理提出摆动学说，解释了反密码子中某些稀有成分的配对。
摆动学说认为，在密码子与反密码子的配对中，前两对严格遵守碱基配对原则，第三对碱基有一定的自由度，可以“摆动”，因而使某些tRNA可以识别1个以上的密码子。
认为除A-U、G-C配对外，还有非标准配对，I-A、I-C、I-U，并强调密码子的5'
端第1、2个碱基严格遵循标准配对，而第3个碱基可以非标准配对，具有一定程度的摆动灵活性。
4，tRNA在组成和结构上有哪些特点？
中含有稀有碱基,除ACGU外还含有双氢尿嘧啶、假尿嘧啶等；
分子形成茎环节构；
分子末端有氨基酸接纳茎；
分子序列中很有反密码子。
6，什么是SD序列？
其功能是什么？
SD序列是指信使核糖核酸（mRNA）翻译起点上游与原核16S核糖体RNA或真核18SrRNA3′端富含嘧啶的7核苷酸序列互补的富含嘌呤的3～7个核苷酸序列（AGGAGG），是核糖体小亚基与mRNA结合并形成正确的前起始复合体的一段序列。
功能：
SD序列对mRNA的翻译起重要作用。
7，核糖体有哪些活性中心？
核糖体包括多个活性中心，即mRNA结合部位、结合或接受AA-tRNA部位，结合或接受肽酰-tRNA部位，肽基转移部位及形成肽键的部位，此外还有负责肽链延伸的各种延伸因子的结合位点。
9，链霉素为什么能够抑制蛋白质的合成？
链霉素是是一种氨基葡萄糖型抗生素，分子式C21H39N7O12，可以多种方式抑制原核生物核糖体，能干扰fMet-tRNA与核糖体的结合，从而阻止蛋白质合成的正确起始，也会导致mRNA的错读。
10，什么是信号肽？
它在序列组成上有什么特点？
有什么功能？
绝大部分被运入内质网腔的蛋白质都带有一个信号肽，该序列常常位于蛋白质的氨基端，长度一般都在13-16个残基，有如下三个特征：
1，一般带有10-15个疏水残基；
2，在靠近该序列N端常常带有一个或者数个带正电荷的氨基酸；
3，在其C端靠近蛋白酶切割位点处常常带有数个极性氨基酸。
完整的信号肽是保证蛋白质转运的必要条件。
11，简述叶绿体蛋白质的跨膜运输机制。
1，活性蛋白水解酶位于叶绿体基质内；
2，叶绿体膜能够特异性的与叶绿体蛋白的前体结合；
3，叶绿体蛋白质前体内可降解序列因植物和蛋白质种类不同而表现出明显的差异；
12，蛋白质有哪些翻译后的加工修饰？
1、氨基端和羧基端的修饰；
2.共价修饰：
磷酸化、糖基化、羟基化、二硫键的形成；
3.亚基的聚合；
4.水解断链，切除新生肽中非功能片段。
13，什么是核定位序列？
其主要功能是什么？
核定位序列：
蛋白质的一个结构域，通常为一短的氨基酸序列，它能与入核载体相互作用，使蛋白能被运进细胞核。
在绝大多数多细胞真核生物中，每当细胞发生分裂时，核膜被破坏，等到细胞分类完成后，核膜被重新建成，分散在细胞内的核蛋白必须被重新运入核内，为了核蛋白的重复定位，这些蛋白质中的信号肽----被称为核定位序列。
14.什么是核信号序列，其序列组成有哪些特点？
主要功能是什么？
存在于核蛋白中，引导核蛋白出核的序列，称为出核信号序列（NES）。
经典的NES序列是由疏水性氨基酸尤其是亮氨酸和异亮氨酸富集的区域构成。
经典的NES大多为CRM1依赖性。
它能够被出核因子识别并结合，从而携带该蛋白出核。
16．增强子具有哪些特点？
（1）增强相邻启动子的转录；
（2）两个方向都能起作用；
（3）位于相邻启动子的上游或下游都能起作用；
）具有细胞类型的特异性。
5（）在远距离外也能起作用；
4（．
1.说出分子克隆的主要改进过程
试述基因克隆载体进化过程。
①pSC101质粒载体，第一个基因克隆载体
②ColE1质粒载体，松弛型复制控制的多拷贝质粒
③pBR322质粒载体，具有较小的分子量（4363bp）。
能携带6-8kb的外源DNA片段，操作较为便利
④pUC质粒载体，具有更小的分子量和更高的拷贝数
⑤pGEM-3Z质粒，编码有一个氨苄青霉素抗性基因和一个lacZ'
基因
⑥穿梭质粒载体，由人工构建的具有原核和真核两种不同复制起点和选择标记，可在不同的寄主细胞内存活和复制的质粒载体
⑦pBluescript噬菌粒载体，一类从pUC载体派生而来的噬菌粒载体
2.试述PCR扩增的原理和步骤。
原理：
首先将双链DNA分子在临近沸点的温度下加热分离成两条单链DNA分子，DNA聚合酶以单链DNA为模板并利
用反应混合物中的四种脱氧核苷三磷酸、合适的Mg2+浓度和实验中提供的引物序列合成新生的DNA分子。
步骤：
①将含有待扩增DNA样品的反应混合物放置在高温（>
94℃）环境下加热1分钟，使双链DNA变性，形成单
链模板DNA
②降低反应温度（退火，约50℃），约1分钟，使寡核苷酸引物与两条单链模板DNA结合在靶DNA区段两端的互补序列位置上
③将反应混合物的温度上升到72℃左右保温1-数分钟，在DNA聚合酶的作用下，从引物的3'
-端加入脱氧核苷三磷酸，并沿着模板分子按5'
方向延伸，合成新生DNA互补链
3.筛选基因文库主要有哪些方法
核酸杂交法：
其以广泛的适用性和快速性成为基因文库筛选中最常用方法之一。
PCR筛选法：
有很强的通用性，操作简单，但前提是已知足够的序列信息并获得基因特异性引物。
免疫筛选法：
基于抗体特异性结合原理，即使实验中靶基因的序列完全未知，只要有针对该
基因产物的抗体，也能筛选。
4.基因定点突变的原理
定点突变是重组DNA进化的基础，该方法通过改变基因特定位点核苷酸序列来改变所编码的氨基酸序列，常用于研究某个氨基酸残基对蛋白质的结构、催化活性以及结合配体能力的影响。
．
1.基因敲除
又称基因打靶，通过外源DNA与染色体DNA之间的同源重组，进行精确的定点修饰和基因改造，具有专一性强、染色体DNA可与目的片段共同稳定遗传等特点
方法：
高等动物基因敲除技术，植物基因敲除技术
2.什么是完全基因敲除和条件基因敲除。
①完全基因敲除：
是指通过同源重组法完全消除细胞或者动物个体中的靶基因活性；
②条件基因敲除：
是指通过定位重组系统实现特定时间和空间的基因敲除。
4.免疫共沉淀CoIP的原理和过程。
该技术的核心是通过抗体来特异性识别候选蛋白。
首先将靶蛋白的抗体通过亲和反应连接到固体基质上，再将可能与靶蛋白发生相互作用的待筛选蛋白加入反应体系中，用低离心力沉淀或微膜过滤法在固体基质和抗体的共同作用下将蛋白质复合物沉淀到试管的底部或微膜上。
如果靶蛋白质与待筛选蛋白质发生了相互作用，那么这个待筛选蛋白质就通过靶蛋白与抗体和固体基质相互作用而被分离出来。
酵母菌单双杂交系统的基本原理和作用。
酵母菌单杂交系统基本原理：
首先将已知的特定顺式作用元件构建到最基本启动子的上游，把报告基因连接到Pmin下游。
然后将编码待测转录因子cDNA与已知酵母转录激活结构域融合表达载体倒导入酵母细胞，该基因产物如果能够与顺式作用元件相结合，就能激发Pmin启动子，是报告基因得到表达。
作用：
酵母单杂交系统主要被用于确定某DNA分子与某个蛋白质之间是否存在相互作用，用于分离编码结合于特定顺式调控元件或其他DNA位点的功能蛋白编码基因，验证反式转录调控因子的DNA结合结构域，准确定位参与特定蛋白质结合的核苷酸序列。
酵母双杂交系统巧妙的利用真核生物转录调控因子的组件式结构特征，因为这些蛋白往往由两个或两个以上相互独立的结构域构成。
其中DNA结合结构域（BD）和转录激活结构域（AD）是转录激活因子发挥功能所必需的。
单独的BD能与特定基因的启动区结合，但不能激活基因的转录，而由不同转录调控因子的BD和AD所形成的杂合蛋白却能行使激活转录的功能。
1.说出经典遗传学和现代遗传学的异同。
经典遗传学认为基因是一个最小的单位，不能分割，既是结构单位又是功能单位。
现代基因概念：
基因是DNA分子上带有遗传信息的特定核苷酸序列区段；
基因由重组子、突变子序列构成，重组子是DNA重组的最小交换单位，突变子是基因突变的最小单位，重组子和突变子都是一个核苷酸对碱基对；
基因决定。
某一性状表现，可以包含多个功能单位（顺反子）．
真核原核的比较
5，比较原核与真核的核糖体组成。
1，真核细胞中的核糖体数量多余原核；
2，真核细胞中核糖体RNA占细胞中总RNA的量少于原核；
3，原核生物的核糖体通过与mRNA的相互作用，被固定在核基因组上，真核生物的核糖体则直接或间接的与细胞骨架有关联或者与内质网膜结构相连；
4，原核生物核糖体由约RNA占2/3及1/3的蛋白组成，真核生物核糖体中RNA占3/5，蛋白质占2/5。
1．比较真核生物与原核生物转录起始的第一步有什么不同。
原核生物中，具有特异识别能力的σ亚基识别转录起始点上游的启动字同源序列，这样可以使
全酶与启动子序列结合力增加，形成闭合的二元起始复合物。
关键的作用时RNA聚合酶与DNA的相互作用。
真核生物中，当含TBP的转录因子与DNA相互作用时，其它转录因子也结合上来，形成起始复合体，这一复合物在于
RNA聚合酶结合，因此主要是RNA与蛋白质之间的作用。
5.原核生物DNA具有哪些不同于真核生物DNA的特征？
①结构简练原核DNA分子的绝大部分是用来编码蛋白质，只有非常小的一部分不转录，这与真核DNA的冗余现象不同。
②存在转录单元原核生物DNA序列中功能相关的RNA和蛋白质基因，往往丛集在基因组的一个或几个特定部位，形成功能单元或转录单元，它们可被一起转录为含多个mRNA的分子，称为多顺反子mRNA。
③有重叠基因重叠基因，即同一段DNA能携带两种不同蛋白质信息。
主要有以下几种情况①一个基因完全在另一个基因里面②部分重叠③两个基因只有一个碱基对是重叠的
15．列举原核生物同真核生物转录的差异
原核生物
真核生物
聚合酶、一种1RNA
1、三种RNA聚合酶
、不同启动子具相当大的同源性2．
、不同启动子的差异大2
3、聚合酶直接与启动子结合
3、聚合酶通过转录因子相互作用进行结合
4、没有增强子
4、有增强子
5、转录作用的终止由在几个多聚U前面形成茎环
5、转录的终止是靠转录过程特殊的核
酸内切酶切割的序列介导
的启动子位于被转录的序列之中6、聚合酶III
6、启动子通常位于基因的上游
、转录单位只含一基因7
7、转录单位常常含有多基因
期中考过的
2.．解释在DNA复制过程中，后随链是怎样合成的。
DNA聚合酶只能朝5'
方向合成DNA，后随链不能像前导链一样一直进行合成。
后随链是以大量独立片段（冈崎片段）合成的，每个片段都以5'
方向合成，这些片段最后由连接酶连接在一起。
每个片段独立引发、聚合、连接。
8，简述原核生物和真核生物mRNA的区别。
1，原核生物mRNA常以多顺反子的形式存在。
真核生物mRNA一般以单顺反
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