Phylip中文使用说明文档格式.docx

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比如，你用Dnadist得到了距离矩阵（outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就能区别两次的结果了。

程序

重抽样工具

该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。

这些样本在后继的分析中作为一个序列对文件，要设置选项M（usemultipledatasets）。

Seqboot 

生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。

距离方法：

顺序使用这些程序。

首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。

接着这个矩阵被fitch、kitsch或neighbor程序转换为树。

Dandist和protdist程序的输出文件是outfile。

在运行fitch、kitsch或neighbor前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。

fitch、kitsch和neighbor的输出文件是out。

Dnadist 

DNA距离矩阵计算器

Protdist 

蛋白质距离矩阵计算器

Fitch 

没有分子时钟的Fitch-Margoliash树

Kitsch 

有分子时钟的Fitch-Margoliash树

Neighbor 

Neighbor-Joining和UPGMA树

基于字符的方法

这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是out。

Dnapars 

DNA简约法

Dnapenny 

DNA简约法usingbranch-and-bound

Dnaml 

DNA最大似然，无分子时钟

Dnamlk 

DNA最大似然，有分子时钟

Protpars 

蛋白质简约法

Proml 

蛋白质最大似然法

画树

这些程序可画newick格式的树。

如，danml程序生成的树。

Drawgram和drawtree生成文件为plotfile，而retree生成outtree。

Drawgram 

画有根树

Drawtree 

画无根树

Retree 

interactivetree-rearrangement

一致树

用多重树构建一致树。

如，dnapars可生成多重树，可用consense程序来汇总。

Bootstrap的结果也由它来汇总为一棵majorityruletree。

Consense 

drawsconsensustreesfrommultipletrees

树的距离

计算多个树间的基于拓朴结构的距离。

该方法可用来比较不同分析方法的结果。

Treedist 

计算树拓朴结构间的距离

Example距离法

一．获取序列

一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FASTA格式。

用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。

二、多序列比对

目前一般应用CLASTALX进行，注意输出格式选用PHY格式。

生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。

在clusterx中，生成的phylip文件的序列名称被截断成10字符，所以命名时注意要让树中出现什么名字。

三、构建进化树

N-J法建树

依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。

具体步骤如下：

（1）打开seqboot.exe

Seqboot首先检查该程序所在文件夹中是否有infile文件。

如果没有找到infile，它就会提示你输入序列比对文件。

输入文件名：

输入你用CLASTALX生成的PHY文件（*.phy）。

J选项有三种条件可以选择，分别是Bootstrap、Jackknife和Permute。

在此选择BootStrap

R为bootstrap的次数，R选项让使用者输入重复的replicate数目。

所谓replicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。

根据多序列中所含的序列的数目的不同可以选取不同的，常用100或者1000。

（设你输入的值为M，即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为100或者1000）

当我们设置好条件后，键入Y按回车。

得到一个文件outfile，这个文件包括了1000个replicate。

输入Randomnumberseedoddnumber:

（4N+1）（eg:

1、5、9…）

改好了y

得到outfile（在phylip文件夹内）

改名为seqbootoutfile

（2）打开Dnadist.EXE

输入seqbootoutfile

得到dnadist的菜单

NucleicacidsequenceDistanceMatrixprogram,version3.66

Settingsforthisrun:

DDistance（F84,Kimura,Jukes-Cantor,LogDet）?

F84

GGammadistributedratesacrosssites?

No

TTransition/transversionratio?

2.0

COnecategoryofsubstitutionrates?

Yes

WUseweightsforsites?

FUseempiricalbasefrequencies?

LFormofdistancematrix?

Square

MAnalyzemultipledatasets?

IInputsequencesinterleaved?

0Terminaltype（IBMPC,ANSI,none）?

ANSI

1PrintoutthedataatstartofrunNo

2PrintindicationsofprogressofrunYes

Ytoaccepttheseortypetheletterforonetochange

输入d按回车将循环得到不同的进化模式（一般不选）

输入m修改M值，再按D，然后输入1000（M值对应前面BootStrap中的重复数值）

y

改名为dnadistoutfile

（3）打开Neighboor.EXE

输入dnadistoutfile

菜单

Neighbor-Joining/UPGMAmethodversion3.66

NNeighbor-joiningorUPGMAtree?

Neighbor-joining

OOutgrouproot?

No,useasoutgroupspecies1

LLower-triangulardatamatrix?

RUpper-triangulardatamatrix?

SSubreplicates?

JRandomizeinputorderofspecies?

No.Useinputorder

3PrintouttreeYes

4Writeouttreesontotreefile?

选项J，设置随即分布

选项O是让使用者设定一个序列作为outgroup，这个不选，在后期用treeview或者mega打开再选择。

输入m，修改M=1000（M值）

按Y

得到out（在phylip文件夹内）

改outtree为neighborouttree，outfile改为neighboroutfile

（4）打开consense.exe

输入neighborouttree

Outfile可以改为*.txt文件，用记事本打开阅读。

outtree可改为njouttree

想用treeview看到树图的bootstrap值必须用consense做出的outtree

（5）打开drawgram.exe（有根）或者drawtree.exe（无根）（这一步也可以不做）

该程序首先寻找文件fontfile，如果找不到它（如果你没有把字体文件之一改为fontfile的话），它会提示输入一个字体文件。

输入font1。

P选择图像输出格式

W对应的最终画图设备改为MS-windowsbitmap。

它还要要求你输入树的维数，比如说2000*2000。

Y按回车。

Drawgram打开一个新的窗口，你可以看到一棵树，如果你满意这个结果，选择file菜单中的plot。

在当前文件夹中出现一个plotfile文件。

如果你将它重命名为plot，就可用图形工具将它打开了。

四、进化树编辑和阅读

outtree可改为*.tre文件，直接双击在treeview里看；

也可以不改文件扩展名，直接用treeview、PHYLODRAW、NJPLOT等软件打开编辑。

TREEVIEW可以显示BOOTSTRAN值，序列较多（60条以上）的时候打开直接显示有明显的重叠，可以在打印预览中显示，或输出为EMFWMF图片文件看，但是序列较多时BOOTSTRAN值的显示位置比较乱，和序列名称有重叠。

PHYLODRAW的编辑功能较强，可以自由调节X、Y轴的长度。

输出格式为BMP、PS格式。

缺点是不能直接显示BOOTSTRAN值，包括打开TREEVIEW输出的NEX文件，而且输出的BMP文件不全，类似截屏文件，可以用PHOTOSHOP进行拼接合成，添加BOOTSTRAN值和注解符号等。

据说也可以将PS文件用记事本打开，改变其中的字号，然后通过ADOBE　DISTRILLOR将PS转化为PDF，就可以解决问题。

如果发现还有重叠，可以再次改变PS文件中的字号大小，直到合适为止。

NJPLOT可以显示BOOTSTRAN值和分值长度。

但是不能调节图片X、Y轴的长度。

也可以用CLASTALX中的BOOTSTRANN-JTREE法生成进化树，TREE菜单输出格式选项（OUTPUTFORMATOPTION）中的BOOTSTRANLABELSON选NODE（节点）。

在treeview里，选择tree菜单,然后把showinternaledgelables的选项打勾了，直接打开生成的文件bootstrap的值就可以显示出来

建MP,ML树将Dnadist和Neighboot两步分修别改为Dnapars和Dnaml，两步变作一步，其余步骤相同。

蛋白质距离法构建N-J树

蛋白质构建树软件使用步骤

DNA构建树软件使用步骤