【原创】R语言逻辑回归NRI、IDI 指标比较案例 附代码数据.docx

【原创】R语言逻辑回归NRI、IDI 指标比较案例 附代码数据.docx

《【原创】R语言逻辑回归NRI、IDI 指标比较案例 附代码数据.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《【原创】R语言逻辑回归NRI、IDI 指标比较案例 附代码数据.docx（7页珍藏版）》请在冰点文库上搜索。

【原创】附代码数据

有问题到淘宝找“大数据部落”就可以了

逻辑回归NRI、IDI指标比较案例

head（data）

##是否复发术前PSACAPRA-S评分725.2261014.161328.55

##1

0

3

2

2

2

1

##2

0

3

2

2

3

1

##3

0

1

1

1

3

1

##4

0

2

2

2

1

2

##5

0

2

2

1

1

2

##6

0

2

2

1

2

1

三个logistic回归模型与只有PSA+CAPRAscore基础模型

加入了725,1014和1328，分别建立了三个logistic回归模型，分别比较NRI、IDI指标。

原始模型

logitMod<-glm（是否复发~术前PSA+`CAPRA-S评分`,data=data,family=binomial（link="logit"））summary（logitMod）

DevianceResiduals:

Min 1Q Median 3Q Max

-1.8076-1.0169-0.4592 0.7041 2.1457

Coefficients:

EstimateStd.ErrorzvaluePr（>|z|）

（Intercept） -4.0032 0.9489-4.2192.45e-05***

术前PSA 0.1481 0.3991 0.3710.710537

`CAPRA-S评分` 1.6585 0.4641 3.5740.000352***

---

Signif.codes:

0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1

（Dispersionparameterforbinomialfamilytakentobe1）

Nulldeviance:

131.85on98degreesoffreedomResidualdeviance:

106.78on96degreesoffreedomAIC:

112.78

NumberofFisherScoringiterations:

4

725.226

logitMod1<-glm（是否复发~术前PSA+`CAPRA-S评分`+`725.226`,data=data,family=binomial（link="logit"））summary（logitMod1）

DevianceResiduals:

Min 1Q Median 3Q Max

-1.7219-0.8988 -0.4221 0.7178 2.8554

Coefficients:

EstimateStd.ErrorzvaluePr（>|z|）

（Intercept） -7.1845 1.4842 -4.8411.29e-06***

术前PSA -0.2366 0.4501 -0.5260.599055

`CAPRA-S评分` 1.9122 0.5452 3.5070.000453***

`725.226` 1.6861 0.4451 3.7880.000152***

---

Signif.codes:

0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1

（Dispersionparameterforbinomialfamilytakentobe1）

Nulldeviance:

131.851on98degreesoffreedomResidualdeviance:

88.256on95degreesoffreedomAIC:

96.256

NumberofFisherScoringiterations:

5

1014.16

#1014.16

logitMod2<-glm（是否复发~术前PSA+`CAPRA-S评分`+`1014.16`,data=data,family=binomial（link="logit"））summary（logitMod2）

DevianceResiduals:

Min 1Q Median 3Q Max

-1.7453-0.5387 -0.4765 0.7288 2.6769

Coefficients:

EstimateStd.ErrorzvaluePr（>|z|）

（Intercept） -0.9433 1.2427 -0.7590.447792

术前PSA 0.0903 0.4575 0.1970.843530

`CAPRA-S评分` 1.6073 0.5108 3.1470.001650**

`1014.16` -1.4363 0.4010-3.5820.000341***

---

Signif.codes:

0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1

（Dispersionparameterforbinomialfamilytakentobe1）

Nulldeviance:

131.851on98degreesoffreedomResidualdeviance:

90.939on95degreesoffreedomAIC:

98.939

NumberofFisherScoringiterations:

5

1328.55

#logitMod3<-glm（是否复发~术前PSA+`CAPRA-S评分`+`1328.55`,data=data,family=binomial（link="logit"））

summary（logitMod3）

DevianceResiduals:

Min 1Q Median 3Q Max

-1.7580-0.7114 -0.4417 0.6742 2.7821

Coefficients:

EstimateStd.ErrorzvaluePr（>|z|）

（Intercept） -7.4556 1.4946 -4.9886.09e-07***

术前PSA

0.1220

0.4851

0.2510.801475

`CAPRA-S评分`

1.5707

0.5431

2.8920.003824**

`1328.55`

1.7919

0.4662

3.8440.000121***

---

Signif.codes:

0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1

（Dispersionparameterforbinomialfamilytakentobe1）

Nulldeviance:

131.851on98degreesoffreedomResidualdeviance:

86.712on95degreesoffreedomAIC:

94.712

NumberofFisherScoringiterations:

5

与725.226模型比较的NRI、IDI

Reclassificationtable

Outcome:

absent

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

57

1

2

[0.5,1]

0

3

0

Outcome:

present

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

13

10

43

[0.5,1]

3

12

20

CombinedData

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

70

11

14

[0.5,1]

3

15

17

NRI（Categorical）[95%CI]:

0.1678[-0.0115-0.3472];p-value:

0.06667

NRI（Continuous）[95%CI]:

0.9422[0.5822-1.3022];p-value:

0

IDI[95%CI]:

0.1584[0.0812-0.2356];p-value:

6e-05

1014.16的NRI、IDI

Reclassificationtable

Outcome:

absent

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

56

2

3

[0.5,1]

1

2

33

Outcome:

present

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

12

11

48

[0.5,1]

2

13

13

CombinedData

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

68

13

16

[0.5,1]

3

15

17

NRI（Categorical）[95%CI]:

0.2204[0.0416-0.3993];p-value:

0.01571

NRI（Continuous）[95%CI]:

0.4107[0.0161-0.8053];p-value:

0.04135

IDI[95%CI]:

0.1459[0.0713-0.2206];p-value:

0.00013

1328.55的NRI、IDI

Reclassificationtable

Outcome:

absent

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

57

1

2

[0.5,1]

1

2

33

Outcome:

present

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

14

9

39

[0.5,1]

1

14

7

CombinedData

UpdatedModel

InitialModel[0,0.5）[0.5,1]%reclassified

[0,0.5）

71

10

12

[0.5,1]

2

16

11

NRI（Categorical）[95%CI]:

0.2105[0.055-0.3661];p-value:

0.00797

NRI（Continuous）[95%CI]:

0.679[0.3019-1.0562];p-value:

0.00042

IDI[95%CI]:

0.1753[0.0969-0.2538];p-value:

1e-05