原创r语言ggplot2误差棒图快速指南数据分析报告论文代码数据Word格式.docx

原创r语言ggplot2误差棒图快速指南数据分析报告论文代码数据Word格式.docx

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-as.factor（df$dose）head（df）##lensuppdose##14.2VC0.5##211.5VC0.5##37.3VC0.5##45.8VC0.5##56.4VC0.5##610.0VC0.5

len:

牙齿长度

dose:

剂量（0.5,1,2）单位是毫克

supp:

支持类型（VCorOJ）

在下面的例子中，我们将绘制每组中牙齿长度的均值。

标准差用来绘制图形中的误差棒。

首先，下面的帮助函数会用来计算每组中兴趣变量的均值和标准差：

#+++++++++++++++++++++++++#Functiontocalculatethemeanandthestandarddeviation#foreachgroup#+++++++++++++++++++++++++#data:

adataframe#varname:

thenameofacolumncontainingthevariable#tobesummariezed#groupnames:

vectorofcolumnnamestobeusedas#groupingvariablesdata_summary<

-function（data,varname,groupnames）{require（plyr）summary_func<

-function（x,col）{c（mean=mean（x[[col]],na.rm=TRUE）,sd=sd（x[[col]],na.rm=TRUE））}data_sum<

-ddply（data,groupnames,.fun=summary_func,varname）data_sum<

-rename（data_sum,c（"

mean"

=varname））return（data_sum）}

统计数据 

df2<

-data_summary（ToothGrowth,varname="

len"

groupnames=c（"

supp"

"

dose"

））#把剂量转换为因子变量df2$dose=as.factor（df2$dose）head（df2）##suppdoselensd##1OJ0.513.234.459709##2OJ122.703.910953##3OJ226.062.655058##4VC0.57.982.746634##5VC116.772.515309##6VC226.144.797731有误差棒的直方图

函数 

geom_errorbar（）可以用来生成误差棒：

library（ggplot2）#Defaultbarplotp<

-ggplot（df2,aes（x=dose,y=len,fill=supp））+geom_bar（stat="

identity"

color="

black"

position=position_dodge（））+geom_errorbar（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd）,width=.2,position=position_dodge（.9））print（p）#Finishedbarplotp+labs（title="

Toothlengthperdose"

x="

Dose（mg）"

y= 

"

Length"

）+theme_classic（）+scale_fill_manual（values=c（'

#999999'

'

#E69F00'

））

​

你可以选择只保留上方的误差棒：

#Keeponlyuppererrorbarsggplot（df2,aes（x=dose,y=len,fill=supp））+geom_bar（stat="

position=position_dodge（））+geom_errorbar（aes（ymin=len,ymax=len+sd）,width=.2,position=position_dodge（.9））

1

有误差棒的线图#Defaultlineplotp<

-ggplot（df2,aes（x=dose,y=len,group=supp,color=supp））+geom_line（）+geom_point（）+geom_errorbar（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd）,width=.2,position=position_dodge（0.05））print（p）#Finishedlineplotp+labs（title="

y="

）+theme_classic（）+scale_color_manual（values=c（'

你也可以使用函数 

geom_pointrange（） 

或 

geom_linerange（） 

替换 

geom_errorbar（）

#Usegeom_pointrangeggplot（df2,aes（x=dose,y=len,group=supp,color=supp））+geom_pointrange（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd））#Usegeom_line（）+geom_pointrange（）ggplot（df2,aes（x=dose,y=len,group=supp,color=supp））+geom_line（）+geom_pointrange（aes（ymin=len-sd,ymax=len+sd））

有均值和误差棒的点图

使用函数 

geom_dotplot（） 

and 

stat_summary（） 

：

Themean+/-SDcanbeadded 

as 

acrossbar,aerrorbarorapointrange:

p<

-ggplot（df,aes（x=dose,y=len））+geom_dotplot（binaxis='

y'

stackdir='

center'

）#usegeom_crossbar（）p+stat_summary（fun.data="

mean_sdl"

fun.args=list（mult=1）,geom="

crossbar"

width=0.5）#Usegeom_errorbar（）p+stat_summary（fun.data=mean_sdl,fun.args=list（mult=1）,geom="

errorbar"

red"

width=0.2）+stat_summary（fun.y=mean,geom="

point"

）#Usegeom_pointrange（）p+stat_summary（fun.data=mean_sdl,fun.args=list（mult=1）,geom="

pointrange"

）