PCR实验室SOP.docx

1、PCR实验室SOP【】ABI 7500型核酸扩增荧光检测仪使用、维护、校准程序-LAB-SOP-FZSW-011分 子 生 物 操 作 手 册版 本 号：B修 订 号：0文件标题：ABI 7500型核酸扩增荧光检测仪使用、维护、校准程序发布日期：文件编号：LAB-SOP-FZSW-011生效日期： 编 写 人：审核人：发布部门：中心主任：批 准 人：其 他：页 码：第 1 页 ， 共 4页1.目的：确保ABI7500仪器的正确使用及正常运行2.适用范围：美国应用生物系统公司生产的ABI7500实时荧光定量PCR仪3.运行环境：电源：推荐配备合适的UPS或稳压器。 通风：仪器的通风应该没有阻挡。

2、温度：推荐实验室配备空调，温度应该控制在1030之间。 湿度：20-80%；对于潮湿的省份，推荐实验室配备除湿机。 空间：易于操作，安全。4.操作程序：4.1开关机程序： 开机顺序：先开电脑，待电脑完全启动后再开启定量PCR仪主机，等主机面板上的绿灯亮后即可打开ABI7500系统软件，进行实验。关机顺序：确认实验已经结束后，首先关闭ABI7500系统软件，然后关掉定量PCR仪主机的电源，最后关闭电脑。4.2 创建绝对定量反应板文件：4.2.1依次选择 Start Programs Applied Biosystems 7500 Applied Biosystems 7500 SDS Softw

3、are ( )，以启动 SDS 软件;或在桌面双击Applied Biosystems 7500 SDS Software ( )图标。4.2.2选择 File （文件） New （新建）。4.2.3在 New Document Wizard （新建文件向导）窗口中，从 Assay （实验）下拉列表中选择Absolute Quantification (Standard Curve)（绝对定量，标准曲线）。接受 Container（反应板类型）与 Template （模板）字段中的默认设置（即分别为 96-Well Clear（空白96 孔板）与 Blank Document （空白反应板）。

4、4.2.4在 Default Plate Name （默认反应板名）字段中输入反应板文件名，或接受默认文件名。4.2.5单击 Next （下一步 ）。4.2.6选择要添加到反应板文件的探针。A）单击以选择一个探针。（按住 Ctrl 键单击可选择多个探针。） 如果在 Detector Manager （探针管理器）列表中未列出探针，请创建探针。B）单击 Add （添加 ）。探针即被添加到反应板文件。C）单击 Next （下一步 ）。4.2.7为每个反应孔指定探针与任务。A）单击一个反应孔（或对于重复选择一组反应孔）以选取它（们）。B）单击探针名，为反应孔选定探针。C）单击 Task （任务）栏的

5、下边，以指定探针任务。D）为包含标准样本的反应孔输入量值。E）单击 Use （使用）。所选反应孔中显示探针任务与颜色。F）单击 Finish （完成）。SDS 软件即创建反应板文件。分 子 生 物 操 作 手 册版 本 号：B修 订 号：0文件标题：ABI 7500型核酸扩增荧光检测仪使用、维护、校准程序发布日期： 文件编号：LAB-SOP-FZSW-011生效日期： 编 写 人：审核人：发布部门：中心主任：批 准 人：其 他：页 码：第 2 页 ， 共 4页4.2.8输入样本名。A）单击 或选择 View （视图） Well Inspector （反应孔设定）。B）单击一个反应孔或拖动鼠标选

6、取多个重复反应孔。C）输入样本名。D）如果必要，更改 Passive Reference （阳性参比荧光）设置。（默认情况下，选择 ROX 荧光。）E）重复步骤 b 至 d，直到您为反应板上的所有反应孔均指定好样本名与阳性参比荧光。4.2.9在 Setup （设定）选项卡上，检查并核对每个反应孔的信息。4.3设置热循环条件并开始运行反应板4.3.1选择 Instrument （仪器）选项卡。默认情况下，显示两步法反转录- 聚合酶链反应 (RT-PCR) 方法中 PCR 步骤的标准 PCR条件。4.3.2 验证以下各项：A）如果您使用两步法 RT-PCR 则已设置默认的 PCR 热循环条件。B）

7、如果您使用“中山大学达安基因股份”的试剂 请按以下循环条件设置：93 2分钟1个循环；93 45秒55 60秒40个循环。C）Sample Volume （样本体积）为 50 L。D）9600 Emulation 选项选取。4.3.3选择 File （文件） Save As （另存为），为绝对定量反应板文件输入一个文件名，然后单击 Save （保存）。4.3.4将反应板装入仪器中。4.3.5单击 Start （开始）。在仪器运行 PCR 程序期间， Instrument （仪器）选项卡上会显示实时状态信息，并报告荧光信号强度。程序运行结束后，状态值与按钮变为灰色，而且 Analysis （分析

8、）按钮 ( ) 变为可用状态，并显示信息提示您程序是否成功运行。程序运行期间生成的所有数据都保存到步骤4.3.3 中指定的绝对定量反应板文件中。4.4 设置分析参数4.4.1选择 Amplification Plot （扩增图谱）选项卡，然后从 Data （数据）下拉列表中选择Delta Rn vs Cycle （Rn 随循环变化）。4.4.2选择要在图谱上显示的反应孔。（如果不作选择，图谱将显示为空白。）4.4.3从 Detector （探针）下拉列表中，选择一个探针。SDS 软件显示所选探针与反应孔的图谱。4.4.4为探针设置基线。1）在 Analysis Settings （分析设置）下

9、边，选择 Manual Baseline （手动设置基线）。2）在 Start (cycle) （开始循环）与 End(cycle) （结束循环）字段中输入相应的值，确保扩增曲线的增长从 End Cycle（结束循环）值之后的循环处开始。4.4.5为探针设置阈值。1）在 Analysis Settings （分析设置）下边，选择 Manual Ct （手动 Ct）。2）用鼠标拖动阈值设置条，直到阈值位于： 背景的上边分 子 生 物 操 作 手 册版 本 号：B修 订 号：0文件标题：ABI 7500型核酸扩增荧光检测仪使用、维护、校准程序发布日期： 文件编号：LAB-SOP-FZSW-011生

10、效日期： 编 写 人：审核人：发布部门：中心主任：批 准 人：其 他：页 码：第 3 页 ， 共 4页 扩增曲线的平台期与线性增长期的下边 扩增曲线的指数增长期之内SDS 软件调整阈值，并于分析之后在Threshold （阈值）字段中显示此值。4.4.6重复步骤 4.4.3 至4.4. 4，为实验分析中的所有剩余探针设置适当的基线与阈值。4.4.7单击 Analysis （分析） Analyze （执行分析），以使用调整后的基线与阈值设置重新分析数据。4.5 分析并查看绝对定量数据4.5.1 Plate （反应板）选项卡：显示每个反应孔的结果数据，包括： 每个反应孔的样本名、探针任务与颜色。

11、计算值 - 量值（默认值）、Rn 或 Ct。选择Analysis （分析） Display （显示）以选择要显示的值。4.5.2 Spectra （光谱）选项卡：显示所选反应孔的荧光光谱。 用鼠标指针点击并拖动 Cycle （循环）滑块上的指示器，可查看每一循环的光谱。 Cycle # （循环次数）文本框中显示滑块指示器的当前位置。4.5.3 Component （成分）选项卡：显示整个 PCR 运行期间所选反应孔的每种荧光的完整光谱表现。每次只能显示第一个选取的反应孔。4.5.4 Amplification Plot （扩增图谱）选项卡：在三个 Amplification Plot （扩增图

12、谱）上，您可查看特定样本的扩增后荧光信号读取情况。 Amplification Plot （扩增图谱）上显示所选反应孔中的所有样本。 Rn vs. Cycle (Linear) （Rn 随循环变化，线性）视图：显示校正后报告荧光强度 (Rn) 荧光随循环变化的曲线。您可通过此图来识别与检查不规则扩增。 Rn vs.Cycle (Log) （Rn 随循环变化，对数）视图：显示荧光 (Rn) 随循环数变化的曲线。您可通过此图来识别与检查不规则扩增 Ct vs. Well Position （Ct 值与反应孔位置关系）视图：显示阈值循环 (CT) 与反应孔位置的关系变化图。您可通过此图查找探针数据设

13、置中不当设置的极端值。4.5.5 Standard Curve （标准曲线）：显示指定为标准的样本标准曲线。SDS 软件根据此标准曲线推断并计算出未知样本的量。4.5.6 Report （报告）：以表格方式显示所选反应孔的数据。报告中的数据栏取决于正运行的实验分析类型。对于绝对定量实验分析，可能包括以下数据栏：Well （反应孔）、Sample Name （样本名）、Detector （探针）、Task （任务）、Ct、StdDev Ct （Ct 值标准偏差）、Qty（数量）、Mean Qty（平均数量）与StdDev Qty （标准偏差数量）。Qty （数量）栏中的值根据样本的标准曲线推断并

14、计算得出。在 Report Settings （报告设置）对话框中可设置报告显示格式与打印方式。5.仪器维护保养5.1 每星期维护任务 归档或备份 SDS 反应板文件 使用不脱毛的布块擦拭仪器表面5.2 每月维护任务： 执行背景校正 执行计算机硬盘碎片整理程序分 子 生 物 操 作 手 册版 本 号：B修 订 号：0文件标题：ABI 7500型核酸扩增荧光检测仪使用、维护、校准程序发布日期：文件编号：LAB-SOP-FZSW-011生效日期：编 写 人：审核人：发布部门：中心主任：批 准 人：其 他：页 码：第 4 页 ， 共 4页5.3 半年维护任务： 执行纯荧光校正 执行目标区 (ROI)

15、 校正5.4 其它维护任务：需要时执行以下维护任务，以解决遇到的问题： 去除样本块中的污染物 更换卤素灯 更换仪器保险丝6.常见的故障与处理6.1没有标准曲线： 在设置样本信息时，在类型中没有设置为 在设置样本信息中的 内没有填入数值6.2没有扩增曲线： PCR设置参数错误，只收集了一个循环的信号 硬盘休眠，没有收集循环的信号6.3基线下滑：修改基线范围为10-20，重新分析。6.4扩增曲线断裂：减小基线终点，至CT值前4个循环，重新分析数据。6.5直线扩增曲线：探针部分降解7.校准：ABI7500基因扩增检测仪校准工作需由专业工程师进行，每年校正一次，另外以实验判断仪器校准状态也可为何时进行

16、仪器校准提供信息。通过对室内质控图的分析，及时发现系统误差的出现。经过分析排除了试剂与人员误差后，应进行仪器状态校验实验：7.1 使用标准化试剂作为校验试剂，分别计算标准曲线的斜率、截距、相关性的控制限。7.3 每年由专业人员进行上述实验，仪器若搬动或配套仪器（如UPS等）的变动亦需进行上述实验，观察标准曲线的三个参数是否处在控制范围与103标准品是否检出。7.4 当104标准品未检出、标准曲线的三个参数超出控制范围或仅出现后者时，先排除实验的人员、试剂因素，再重复实验。如结果依然，联系厂家进行仪器校准。7.5 当仅有104标准品未检出时，检查实验全过程。再次上机检测104标准品两枚。如仍未检出，则联系厂家进行仪器校准。7.6 仪器经过校准后，重复该实验，结果归入仪器档案。