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医学信息数据库检索指南5

医学信息数据库检索指南—5

国外医学期刊全文数据库

一、OVID系统

OVID公司是世界著名的数据库提供商,目前已包涵医学、生物等多领域数据库上百个,如临床各科专著及教科书(Book@Ovid)、循证医学(EBM)、MEDLINE、EMBASE以及医学期刊全文数据库(journals@OvidfullText)等。

后者集中了上千种重要的医学期刊,其中最早的可回溯至1993年,我校目前可使用的全文期刊有200余种(详见图书馆期刊目录)。

(一)OVID系统的优点

1.有基本、高级两种检索操作界面,图形界面直观易学;

2.有关键词、著者、篇名词等多条检索途径;

3.有多种检索结果的输出方式,可以选择打印、拷备或E-mail方式;

4.可进行多库同时检索;

5.所有数据库用同一检索程序并相互链接。

图1OVID系统数据库选择界面

(二)使用方法

使用OVID全文期刊,可直接点击数据库名称进入,还可通过其它数据库如MEDLINE记录中的“FullText”(全文链接)。

1.检索界面

⑴基本检索界面:

图2OVID基本检索界面

通过点击Basic图标或在检索登录时选择Basic可进入基本检索界面(图2)。

该界面分为上、中、下三区。

上区有3个检索图标,分别表示高级检索(Advanced)、转换数据库(ChangeDatabase)、退出系统(Logoff),点击后分别可以进入相应界面。

中区有关键词(Keywords)、著者(Author)两个检索词输入框,用户可以在其中一个或两个输入检索词。

下区是检索条件限制选择项,根据数据库的不同而有不同的选择内容:

如最新记录(DailyUpdate)、全文记录(OvidFullTextAvailable),原始论文(OriginalArticles),综述文献记录(ReviewArticles),文摘记录(ArticleswithAbstract),出版年(PublicationYear)等。

⑵高级检索界面:

高级检索界面(图3)是OVID系统默认的检索界面,当用户进入时,如不选择检索方式(Mode)则直接进入该界面。

共分为四个区:

上区为检索图标,共有10个。

分别为著者(Author)、篇名词(Title)、期刊(Journal)、检索字段(SearchFields)、期刊浏览(BrowseJournals)、联合检索(Combine)、限制(Limit)、基本检索(Basic)、数据库转换(ChangeDatabase)和退出(Logoff),点击任一图标均可进入相应界面。

第二区位于检索图标与检索框之间,为检索史和检索结果显示区。

不仅显示了检索式、检索条数,还有结果显示标识(Display),点击后可显示检出的题录等内容。

表格下方有存储检索结果(SaveSearches)、存储检索史(SaveSearchHistory)和删除检索结果(DeletedSearchs)三个功能选项。

第三区即检索区,,可在此区输入框中输入检索词进行检索。

虽然只有一个关键词检索框,但并不意味此界面只有关键词检索功能,因其可输入任一字段的内容或检索式进行检索。

如输入“ZhangJH.AU”可检索该著者的所有文献。

图3OVID高级检索界面

最后一区为检索限制区,同基本检索界面相似,选择后即可对检索结果进行限制。

2.主要检索途径

用户根据检索要求可点击检索界面上区的不同图标,选择不同的检索途径。

⑴关键词途径(Keyword)

是系统默认的检索方式。

所谓“关键词”实际包括了篇名词、文摘词及文本词等。

使用该途径检索文献,范围广泛,检索全面,不易漏检。

检索时只需在检索框中输入检索词即可。

OVID系统也支持命令(Commands)检索,通过输入检索运算式进行检索,其操作运算符有布尔逻辑算符、截词符和位置符:

布尔逻辑符(AND,OR,NOT)的使用:

可直接连接检索词或检索表中的顺序号数字,如“lungcancerandtherapy”或2and3(2或3为检索式序号,见图3);

截词符($):

如查有关肝癌的文献,输入“livercancer$”,可查出所有包括livercancer,livercancers等记录;

位置符(ADJ):

可插在两个检索词之间使用,表示检索结果中含有的两个检索词必须相邻。

如检索急性白血病的文献,可输入检索式“AcuteADJLeukemia”;如在ADJ后加数字,则表示两词相邻的单词数,如输入“AcuteADJ3leukemia”,则可检出所有类型的急性白血病,如:

Acutelymphoblasticleukemia(急性淋巴性白血病);AcuteGranulocyticleukemia(急性髓细胞性白血病)等。

例1:

如检索肺癌治疗方面的全文文献:

点击图书馆主页中的“OVID医学全文数据库”可进入其主页(),输入ID地址、密码,在下一页中点击Continue,进入了OVID系统的数据库选择页面,选择“journals@ovid.fulltext”进入医学期刊全文数据库的高级检索界面(系统默认)。

(图3);

在关键词输入框中输入检索词”lungcancer”,点击PerformSearch,可检出所有文摘和篇名中包括”lungcancer”的文献12597篇;

选择检索限制区中的”OVIDFullTextAvailable”后,再点击PerformSearch,可检出上述结果中包括”lungcancer”的全文文献3208篇;

④在检索输入框中再输入检索词“therap$”,点击后查出所有和治疗有关的文献335587篇;

将上述

式和

式结果用“AND”连接,检索式“2AND3”,获得文献2046篇;

点击检索结果“2046”后的Display,可浏览检出文献的题录内容(见图8);

点击文献题录下的文献全文(OvidFullText)链接,可显示某篇文献的全文(见图9)。

⑵著者途径(Author)

点击”Author”图标进入著者检索途径。

只需按系统要求以“姓在前,名在后,姓是全称,名是缩写”的规则在著者检索框中输入欲检著者的姓名,即可查出所需文献。

如检索我校乔健天教授的文献,可直接输入“Qiaojt”,即可获得所需文献。

⑶篇名词途径(Title)

如需检索位于文献标题中的词汇,可点击”Tilie”图标进入检索界面,在篇名词检索框中输入检索词即可查出所需文献。

如需检索“CD48”的文献,可在输入框中输入“CD48”,即可得到文献篇名中有该词的全部文献。

⑷期刊名检索(Journal)

输入期刊名称(全部或部分,但不用缩写),点击PerformSearch,在出现的按字顺排列的刊名表中选择所要期刊,点击PerformSearch,就可获得该刊上的全文文献;

⑸期刊浏览(BrowseJournals)

用户可以不同的方式进行浏览:

刊名字顺或学科分类。

Ovid系统将收录的全部期刊分为临床医学(ClinicalMedicine)、行为与社会科学(Behavioral&SocialScience)、生命科学(Lifescience)、护理(Nursing)、物理学与工程(PhysicalScience&Engineering)等多个大类,其下又可分为若干细类。

点击任一类目中的链接,不仅可以得知某学科期刊的收录情况,还可获得期刊目录及文献全文(见图4、图5);

⑹联合检索(Combine)

指布尔逻辑算符的组配检索,可通过点击”Combine”图标进入该检索界面,检索时只需点击所选择的检索式,然后确定逻辑算符的种类即可。

也可直接在检索框中输入检索式进行组配。

(见例1)

图4期刊浏览界面(按主题类目)

⑺检索限定(Limit)

对检索历史栏内选定的检索式或检索词进行各种限定。

如限定检索结果为带摘要的文献、全文、文献发表年、文献类型等。

在检索框下第四区也可直接选择限制内容,如限制检索结果在OVID全文数据库、最新记录、综述文献、有文摘、一定的出版年限等。

图5麻醉学收录期刊细目

图6检索限制界面

例2:

检索近年有关肾衰的系统性综述文章及专著

1点击journals@ovid.fulltext,进入医学期刊全文数据库的高级检索界面,在其检索框中输入“Kidneyfailure”,点击PerformSearch,检索结果为1571篇;

2点击“Limit"图标,进入限制检索界面,系统默认最新检索记录;

3选择“PublicationTypes”进行限制,点击其中的“BookorMediaReviews”,检索年限为1998年至2003年;检出符合检索课题的相关文献4篇(图7);

4浏览检索结果并下载:

点击“Display”按纽,显示检出的综述文献题录,点击每一题录下的“OvidFullText”,则显示每篇文献的全文。

图7检索结果显示

3.下载方法

OVID系统为用户提供了多种下载方式:

打印(PrintPreview):

通过打印机可直接将全文打印下来。

但文章内的图片、表格需放大后单独处理。

一般多使用“文件”菜单中的“打印”命令。

拷贝(SaveArticleText):

将文献内容保存在硬盘或软盘上。

下拉文件菜单,选择另存为,指定保存盘及文件名;也可直接从文章右侧兰色表格中的下

图8检索结果(题录)显示

载方式OUTPUT中,选择拷贝文献命令SAVEARTICLETEXT进行保存。

图9OVID系统全文格式

电子邮件(EmailArticleText):

直接将全文以E-mail的形式发至个人邮箱中。

点击文中下载方式中的EMAILARTICLETEXT,输入E-mail地址后,即可发送该文。

 

三、BIOSIS数据库

(一)概况

BIOSISPreviews是世界生命科学研究领域中收录文献最多,覆盖面最广的数据库。

除了收录生物学、植物学、动物学、微生物学文献外,还收录生物相关领域如医学、药理学、生态学以及生化学、生物物理学、生物工程学、免疫学、遗传学等内容。

文献来自5,500种以上的专业期刊、图书、会议摘要及论文等。

包括美国《BiologicalAbstracts》(1969topresent),BiologicalAbstracts/RRM(1980topresent)andBioResearchIndex(1969to1979).三种手工检索工具的全部内容。

(二)特点

1.收录全,内容多;

2.使用OVID检索系统,界面统一,使用方便;

3.提供检索术语转换索引和字段检索等。

(三)检索方法

1.基本检索:

方法同OVID其它数据库,可选择使用关键词(Keyword)、著者(Author)、篇名词(Title)、期刊名(Journal)等检索途径(图5)。

在输入框中输入检索词后,系统自动提供相关主题词,供用户选择(图6);

图5BIOSIS高级检索界面

2.字段(File)检索:

BIOSIS提供约50个字段,其中许多字段可以检索(表1):

例1:

检索有关人类免疫缺陷病毒(HIV)的综述文献和图书:

在输入框中输入“HIV”,点击”Performseach”,进入主题词选择界面(图6);

选择“HIV”,点击“Continue”,获得文献3263篇,上述步骤也可以检索式“HIV.sh.”代替(图5);

点击输入框下的检索限制”ReviewArticles”,获得HIV综述文献227篇;

输入检索式“Book.pt.”,获得全部图书记录。

然后将此结果与

的结果进行“AND”运算,获得HIV的全部图书。

表1常用字段检索

字段

全称及意义

检索式举例

AB

Abstract包括BA(76年----)和BA/RRM(85年----)

datamonitoring.ab.

AF

AllSearchableFields所有的可检索字段

Drugabuse.af.

AU

Authors著者索引

Zaret$.au.

BT

BookTitle(English)书名(英文)

hemoparasites.bt.

CB

Chemicals&Biochemicals化合物与生化

rab5analysis.cb.

CY

Country国家名,(包括在著者地址中)

canada.cy.

DS

Diseases疾病名称(包括人、动物、植物)

Myocardialinfarction.ds.

GE

GeopoliticalLocation地理名称

Ivorycoast.ge.

GN

GeneName基因名称

…….gn.

HW

HeadingWord主题词

Gastropoda.hw.

IN

Institution包括在著者、编者和发明者地址中的机构

mcgill.in.

IS

ISSN刊登文献期刊的国际期刊标准号

0021-5171.is.

JN

JournalName期刊名

Journalofvirology.jn.

LG

Languages语种

eng.lg.

MC

MajorConcepts主要概念词

Alliedmedicalsciences.mc.

MF

MeetingInformationv会议题目、地点、日期

jasper.mf.

MQ

Methods&Equipment方法与设备

Scanningelectronmicroscopy.mq.

OR

Organisms生物体

rodentia.or.

PN

PatentNumber包括专利国家的代码和专利号

US24587896.pn.

PT

PublicationType出版类型

meeting.pt.

PY

PublicationYear出版年

1997.py.

SH

SubjectHeadings主题词

echinoderms.sh.

SO

Source包括文献所有的基本信息,如刊名、书名、卷/期、出版年等

journalofvirology.so.

或1992.so.

ST

SuperTaxa上位类目

sarcodina.st.

TN

TaxaNotes包括生物体的常用类目及文献中提及的微生物名

marsupials.tn.

nonvascularplants.tn.

TW

Textword包括篇名词、文摘词、关键词

ultrastructure.tw.

图6OVID提供的相关主题词转换页

3.其它检索方法:

除了上述常用的检索方法外,BIOSIS还有其它检索方法,如使用工具“TREE”。

点击高级检索页上的“TOOLS”图标,选择TREE,在其输入框中输入一个检索词,就会出现与此检索词相关的可检索的其它词类,并在其后的括号中标明下位词数目。

例2:

检索有关心脏病的文献:

⑴点击高级检索页上的TOOL图标;⑵在出现的四个工具中选择“TREE”;⑶在输入框中输入“heartdiseases”;⑷可出现心脏病的相关词(图7),点击检索词前的选择框即可进行选择,如要进行扩展检索,则点击检索词右侧之方框。

选择后,点击“Continue”,检索到相关文献篇;⑸选择下载方式并进行下载。

图7检索词“心脏病”的下位词

(四)下载方法

OVID系统还提供方便的下载方式,在每页文摘的下方都会出现下载方式选择表(图8),其中有题录、字段和格式的不同选择。

用户只需点击不同的内容,即可选择到自己满意的格式。

然后再选择点击图右侧之下载功能键。

为了方便用户,系统还设有结果排序功能。

根据不同的要求,用户可按不同的内容如著者名、刊名、日期等,将结果排序,便于浏览和阅读。

例3:

检索有关HIV的综述文献并下载检索结果:

⑴点击例1中的结果2,点击227篇之后的“Display”,即可显示检出记录的文摘格式,下拉页面即可看到下图(图8);

⑵选择输出记录(Citations):

用户可选择标记的记录、某一页记录、所有记录或某些记录进行下载;

⑶选择输出字段(Filed):

根据自己的实际情况,限定有用的字段,常用篇名、著者、单位、来源、摘要等字段;

⑷选择输出格式(CitationFormat):

根据自己的习惯,选择输出格式。

共有4种方式选择。

⑸为了阅读方便,还可以进行检出结果的排序,可以按时间、著者、刊名等排序。

⑹最后点击右侧的功能键,如打印(PrintPreview)或拷备(Save)等。

 

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