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R中包的操作.docx

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R中包的操作.docx

R中包的操作

R语言中包的操作

1.列出包所在库的路径

.libPaths（）

[1]"C:

/ProgramFiles/R/R-3.0.2/library"　　　　

列出一个特定包的安装路径：

a<-.libPaths（"maps"）;a

2.安装包，括号里面包的名称要加英文引号，在列出的CRAN镜像站点列表中选择一个进行下载，我一般选的是China（Hefei）

install.packages（"packagesname"）

例如,install.packages（"ggplot2"）

R包的指定位置安装：

install.packages（"包名字",lib="安装目录",repos="包所在的网址））

nstall.packages（"packagesname",lib=D:

\\......,repos=）

R包指定安装位置引用：

使用.libPaths（）函数添加包路径：

.libPaths（"myLibPath"）;

library（"mypackage"）

通过以上2步，就可以调用安装在myLibPath路径下的mypackage；

3.包的载入library（）或require（），安装完包后，需要加载才能使用其中的函数，此时括号中不使用引号。

两者的不同之处在于library（）载入之后不返回任何信息，而require（）载入后则会返回TRUE，因此require（）适合用于程序的书写。

例如

library（ggplto2）

>require（foreign）

Loadingrequiredpackage:

foreign

> is.logical（require（foreign））

[1]TRUE

4.包的更新

update.packages（）

5.包的帮助信息格式如下，可以查看包中的函数以及说明

help（package="ggplot2"）

6.查看本地的包

6.1查看默认加载的包，忽略基本的包

getOption（"defaultPackages"）

>getOption（"defaultPackages"）

[1]"datasets""utils""grDevices""graphics""stats""methods"

[7]"ggplot2"

6.2查看当前已经加载过的包

（.packages（））

[1]"ggplot2""stats""graphics""grDevices""utils""datasets""methods""base"

6.3要显示所有可用的包

（.packages（all.available=TRUE））

>（.packages（all.available=TRUE））

[1]"abind""agricolae""aplpack""base""bitops"

[6]"boot""car""caTools""class""cluster"

[11]"codetools""colorRamps""colorspace""compiler""datasets"

[16]"Defaults""devtools""dichromat""digest""doBy"

[21]"e1071""effects""ellipse""evaluate""foreign"

[26]"formatR""Formula""gdata""ggplot2""ggthemes"

[31]"gmodels""gplots""graphics""grDevices""grid"

[36]"gtable""gtools""highr""Hmisc""httr"

[41]"KernSmooth""knitr""labeling""lattice""latticeExtra"

[46]"leaps""lme4""lmtest""LSD""manipulate"

[51]"markdown""MASS""Matrix""matrixcalc""memoise"

[56]"methods""mgcv""minqa""multcomp""munsell"

[61]"mvtnorm""nlme""nnet""nortest""parallel"

[66]"pixmap""plyr""proto""psych""quantmod"

[71]"Rcmdr""RColorBrewer""Rcpp""RcppEigen""RCurl"

[76]"relimp""reshape2""rgl""rJava""RODBC"

[81]"rpart""rstudio""samplesize""sandwich""scales"

[86]"schoolmath""sciplot""sem""spatial""splines"

[91]"stats""stats4""stringr""survival""tcltk"

[96]"tcltk2""TH.data""tools""TTR""utils"

[101]"VennDiagram""whisker""XLConnect""xts""zoo"

7.卸载包detach（），这是library（）的反向操作，此操作主要是为了避免某些包中的函数名称相同，造成冲突，注意与library（）的参数不同，detach（）参数为detach（package:

包的名称）,library（包的名称）。

例如

>library（ggplot2）#加载包

>（.packages（））#列出当前已经加载的包

[1]"ggplot2""stats""graphics""grDevices""utils""datasets"

[7]"methods""base"

>detach（package:

ggplot2）#卸载ggplot2包

>（.packages（））#列出当前已经加载的包

[1]"stats""graphics""grDevices""utils""datasets""methods"

[7]"base"

8．自定义启动时候的加载包

如果需要长期使用某个包的话，每次开启都需要输入library（），比较麻烦，因此可以让R启动时自动加载某些包。

在R的安装目录/etc/Rprofile.site加入下载语句：

例如让R启动时自动加载ggplot2包

local（{old<-getOption（"defaultPackages"）

options（defaultPackages=c（old,"ggplot2"））}）

9.在文章中引用R软件包，例如引用ggplot2包：

citation（package="ggplot2"）

Tociteggplot2inpublications,pleaseuse:

H.Wickham.ggplot2:

elegantgraphicsfordataanalysis.SpringerNew

York,2009.

ABibTeXentryforLaTeXusersis

@Book{,

author={HadleyWickham},

title={ggplot2:

elegantgraphicsfordataanalysis},

publisher={SpringerNewYork},

year={2009},

isbn={978-0-387-98140-6},

url={http:

//had.co.nz/ggplot2/book},

}

10.总结操作常用的命令：

查看已安装的包：

library（）search（）:

安装好后，可以用来检验。

installed.packages（）installed.packages（）[1:

5,]

安装一个新包：

install.packages（"packagesname"）

更改包的默认安装路径：

默认路径目录为library.

install.packages（"packagesname"，lib="yourpath"）

默认包的安装路径：

自定义一个安装包，并让第三方包都安在此目录下：

添加包的搜索路：

.libPaths（c（path1,path2））

.libPaths（c（"D:

/ProgramFiles/R/R-3/library","D:

/ProgramFiles/R/Rpackages"））

去年自定义包的搜索路径：

.libPaths（c（"D:

/ProgramFiles/R/R-3/library"））

卸载一个已安装的包：

（删除）

remove.packages（"packagesname"）

临时关闭一个包：

（不被访问）

detach（"package:

names",unload=TRUE）

相似包有冲突函数：

（建议使用命名空间。

如mgcv有一个冲突函数）

mgcv:

functionname

查看包的版本：

installed.packages（）

packageVersion（"snow"）

参见：

来源于：

http:

//www.ats.ucla.edu/stat/r/faq/packages.htm

HowcanImanageRpackages?

Risastatisticalsoftwaremadeupofmanyuser-writtenpackages.ThebaseversionofRthatisdownloadedallowstheusertogetstartedinR,butanyoneperformingdataanalysiswillquicklyexhaustthecapabilitiesofbaseRandneedtoinstalladditionalpackages.HerearesomebasiccommandsformanagingRpackages.

WhichpackagesdoIalreadyhave?

Toseewhatpackagesareinstalled,usethe installed.packages（） command.Thiswillreturnamatrixwitharowforeachpackagethathasbeeninstalled.Below,welookatthefirst5rowsofthismatrix.

installed.packages（）[1:

5,]

PackageLibPathVersionPriority

base"base""C:

/PROGRA~1/r/R-211~1.1/library""2.11.1""base"

boot"boot""C:

/PROGRA~1/r/R-211~1.1/library""1.2-42""recommended"

car"car""C:

/PROGRA~1/r/R-211~1.1/library""2.0-2"NA

class"class""C:

/PROGRA~1/r/R-211~1.1/library""7.3-2""recommended"

cluster"cluster""C:

/PROGRA~1/r/R-211~1.1/library""1.12.3""recommended"

DependsImportsLinkingTo

baseNANANA

boot"R（>=2.9.0）,graphics,stats"NANA

car"R（>=2.1.1）,stats,graphics,MASS,nnet,survival"NANA

class"R（>=2.5.0）,stats,utils""MASS"NA

cluster"R（>=2.9.0）,stats,graphics,utils"NANA

SuggestsEnhancesOS_typeLicenseBuilt

baseNANANA"PartofR2.11.1""2.11.1"

boot"survival"NANA"Unlimited""2.11.1"

car"alr3,leaps,lmtest,sandwich,mgcv,rgl"NANA"GPL（>=2）""2.11.1"

classNANANA"GPL-2|GPL-3""2.11.1"

clusterNANANA"GPL（>=2）""2.11.1"

Fromthisoutput,wewillfirstfocusonthe Package and Priority columns.The Package columngivesthenameofthepackageandthe Priority columnindicateswhatisneededtousefunctionsfromthepackage.

∙If Priority is"base",thenthepackageisalreadyinstalledandloaded,soallofitsfunctionsareavailableuponopeningR.

∙If Priority is"recommended",thenthepackagewasinstalledwithbaseR,butnotloaded.Beforeusingthecommandsfromthispackage,theuserwillhavetoloaditwiththe library command, e.g. library（boot）.

∙If Priority isNA,thenthepackagewasinstalledbytheuser,butnotloaded.Beforeusingthecommandsfromthispackage,theuserwillhavetoloaditwiththe library command,i.e., library（car）.

HaveIinstalledaspecificpackage?

Sometimes,youmightwanttoknowifyouhavealreadyinstalledaspecificpackage.Let'ssaywewanttocheckifwehaveinstalledthepackage"boot".Insteadofcheckingtheentirelistofinstalledpackages,wecandothefollowing.

a<-installed.packages（）

packages<-a[,1]

is.element（"boot",packages）

[1]TRUE

HowcanIaddordeletepackages?

Anypackagethatdoesnotappearintheinstalledpackagesmatrixmustbeinstalledandloadedbeforeitsfunctionscanbeused.Apackagecanbeinstalledusing install.packages（""）.Apackagecanberemovedusing remove.packages（""）.

Whatpackagesareavailable?

ThelistofavailableRpackagesisconstantlygrowing.Theactuallistcanbeobtainedusing available.packages（）.Thisreturnsamatrixwitharowforeachpackage.

p<-available.packages（）

dim（p）

[1]255312

p[1:

5,]

PackageVersionPriorityDependsImports

ACCLMA"ACCLMA""1.0"NANANA

ADGofTest"ADGofTest""0.1"NANANA

AER"AER""1.1-7"NA"R（>=2.5.0）,stats,car（>=2.0-1）,Formula（>=0.2-0）,\nlmtest,sandwich,strucchange,survival,zoo""stats"

AGSDest"AGSDest""1.0"NA"ldbounds"NA

AICcmodavg"AICcmodavg""1.11"NANANA

LinkingTo

ACCLMANA

ADGofTestNA

AERNA

AGSDestNA

AICcmodavgNA

Suggests

ACCLMANA

ADGofTestNA

AER"boot,dynlm,effects,foreign,ineq,KernSmooth,lattice,\nMASS,mlogit,nlme,nnet,np,plm,pscl,quantreg,ROCR,\nsampleSelection,scatterplot3d,systemfit,rgl,truncreg,\ntseries,urca"

AGSDestNA

AICcmodavg"lme4,MASS,nlme,nnet"

EnhancesOS_typeLicenseFileRepository

ACCLMANANA"GPL-2"NA"http: