DNASTAR使用说明.docx

DNASTAR使用说明.docx

《DNASTAR使用说明.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《DNASTAR使用说明.docx（65页珍藏版）》请在冰点文库上搜索。

DNASTAR使用说明

DNASTAR使用说明

中文应用说明书

目次

DNAStar的安装与进级……………………………………………….….6

EditSeq的应用方法……………………………………………………….7

打开已有序列

查找开放读框

DNA序列翻译

遗传暗码选择应用

遗传暗码修改

序列的反向互补及反向转换

BLAST检索

序列信息查看

序列校读

序列的储存与输出

GeneQuest的应用方法……………………………………………………12

打开已有分析文件

GeneQuest的DNA分析方法

用分析方法操作

方法参数改变

成果展现优化

Feature注释

BLAST检索

EntrezDatabase检索

GeneQuest的其他特点

储存分析文件

MapDraw的应用方法………………………………………………………18

新酶切图制造

过泸器类型

应用频率过泸器

应用手动过泸器

应用过泸器一览表

应用MustCutHere/Don’tCutHere调色板对象

酶信息显示

环形展现

ORF图

显示择选

储存，退出

MegAlign的应用方法…………………………………………………….23

创建队列文件

序列设置

PairwiseAlignment

应用DotPlotMethod

多序列比较

PhylogeneticTree查看

查看队列申报

Decorations/Consensi

MegAlign文件储存

PrimerSelect的应用方法……………………….….………………….28

创建PrimerSelect文件

定义引物特点

查找引物对

扫瞄其他的引物信息

按特点对引物分类

引物长度改变

在引物中引入突变

设计新引物

应用寡核苷酸订购表格

储存PrimerSelect文件

Protean的应用方法…………………………………………..…………34

创建蛋白质分析文件

Protean’s蛋白质分析方法

应用分析方法

方法参数改变

优化成果显示

应用蛋白酶消化与SDSPAGE

Feature注释

BLAST检索

二级构造仿照

展现滴定曲线

储存分析文件

SeqManII的应用方法………………………………………….…………39

输入序列片段

Pre-AssemblyOptions操作

检查修整的数据

序列装配

查看范畴和构建成果

去除抵触碱基和缺口

手动修改序列末尾

文件储存与序列输出

DNAStar的安装与进级

假如您往常差不多安装了Lasergene同时今朝有进级和办事接洽，您就能够经由过程英特网来进级您现有的版本，各类模块（module）差不多上以自解压情势储备的，你能够选择性的下载安装。

必备前提

您的用户名和会员号是必须的，能够在安装盘上找到。

法度榜样进级

备份您已有的Lasergene，找到您要进级的履行法度榜样，并把它转移到备份的文件夹中。

找到windows软件（Windows95/98/NTSoftware.），就能够下载您想要的模块了。

模块下载完毕今后，双击文件将其解紧缩完毕。

看到“Applicationname”hasbeenupdated.说明进级完毕。

软件安装

本节介绍若何从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene。

留意安装是尽量封闭所有其它法度榜样以包管安装顺利进行。

必备前提

一张小我的Lasergene安装盘；

一张Lasergene软件光碟；

足够的硬盘空间和内存：

至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。

从光盘安装Lasergene

插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则显现下面的窗口，点击连续则显现安装窗口。

随后一次显现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击Next，直至完成安装。

EditSeq的应用方法

EditSeq是能够或许灵敏、精确地输入，同时修改DNA或蛋白质序列对象。

每个EditSeq文件都能够分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中心的一部分里是评论，底部是序列的注释。

EditSeq能读取大年夜部分的序列格局——包含FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格局。

你能够应用菜单敕令或拖拽方法输入序列文件。

别的，序列也许经由过程应用键盘输入，或者从其他处所复制、粘贴获得。

经Entrez或BLAST检索获得的序列能够直截了当从因特网或企业内部互联网办事器下载。

序列被打开后，EditSeq能应用标准或者指定的遗传暗码进行翻译，或者反翻译，查找开放读框，还能够进行扫瞄校订。

别的，EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格局输出序列。

打开已有序列

我们从用苹果运算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开端。

假设序列的末尾有载体序列污染。

我们在用EditSeq打开序列的同时，用SetEnds敕令去除5’和3’污染序列。

●从文件菜单（FILEMENU），选择Open。

●

打开文件夹“DemoSequences”单击选定序列“TETHIS21”。

●单击位于对话框右下角的SetEnds按钮。

SetEnds被打开（如右）。

●在5’框和3’框中键入50和850，点击OK。

单击Open打开序列。

当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。

经由过程“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。

SetEnds选择在全部Lasergene应用法度榜样中都能够应用。

查找开放读框

在这入门的一部分中，我们将确信序列中最大年夜的ORF，并翻译它。

●从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会显现右边的对话框。

●单击FindNext查找第一个ORF的地位。

●连续点击FindNext直到你把ORF的地位选定在地位183-455。

ORF的坐标会涌现在EditSeq窗口的顶端邻近。

DNA序列翻译

这一节中我们介绍若何翻译我们的ORF，只是任何序列中的读框内部分都能够用下面的方法进行翻译。

假如你的选择是在三联码的读框内，三联码指导棒显示为实心黑线（如左图）。

假如你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。

●选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择翻译（Translate）。

●翻译的蛋白质序列涌现在一个新的不决名窗口中（如右图）。

它是应用标准的遗传暗码翻译的。

应用其它遗传暗码

依照你的序列的来源，你能够选择应用非标准的遗传暗码进行翻译等操作。

在这节中，我们将标准的遗传暗码转换成CiliateMacronuclear暗码。

●从GOODIESMENU菜单选择GeneticCodes打开，子菜单显示如下。

●单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传暗码的转换，EditSeq现在应用的确实是CiliateMacronuclear的遗传暗码。

●

同样能够将遗传暗码转换为其它类型。

遗传暗码的编辑

这一节中我们修改CiliateMacronuclear的遗传暗码。

●从GOODIESMENU菜单选择EditSelectedCode。

这将打开右面的窗口，窗口显示遗传暗码是如何翻译DNA和RNA序列的。

●如以DNA情势展现暗码，点击DNA按钮。

●编辑时，单击任何要编辑的暗码，从其今朝的地位拖到新氨基酸对应的地位则可。

●如应用不合的启始暗码子，单击SetStarts按钮。

第二的遗传暗码窗就会被打开，能够进行肇端暗码子选择。

●单击任何氨基酸（或者codon地位），该暗码子就会变成绿色，同时旁边显现一个箭头，它就被设定为肇端暗码子了。

如要去除，只需单击它即可。

如不储存，则单击撤消；如要储存，单击储存为。

序列的反向互补及反向转换

下面的步调能够用于反向测定的序列的精确输入。

●选定序列。

●从GOODIESMENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），或者把序列倒置过来（ReverseSequence）敕令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。

BLAST检索

下面我们将在NCBI的BLAST办事器上对TETHIS21序列进行类似性比较。

留意为了进行BLAST查找必须包管因特网的连接。

假如你没有连接因特网，跃过这部分，连续下一部分。

●选定序，或者从EDIT菜单中选择SelectAll。

●

从收集检索菜单（NETSEARCHMENU），选择BLAST查找。

BLAST对话框就会显现。

●法度榜样默认为blastn，数据库默认是nr，参数转换请参照赞助。

●单击OK开端查找。

●BLAST成果窗最上边的3钮被用来打开，或者储存检索到的序列，或者让你明白得更多的有关信息。

下面我们从用“CreateDocument”钮来打开评分最高的5序列开端：

●单击CreateDocument。

一个小的对话框显现。

●在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。

单击下拉菜单，选顶端（Top）。

并在右面的文本框中写入5。

●单击OK，EditSeq主动查对余外序列。

假如EditSeq提示至少2序列是同一个，请点击OK。

EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开一个零丁的EditSeq窗口。

下面我们用“BatchSave”钮将3-10序列储存为EditSeq文件：

●选定从顶端起第3个序列。

单击BatchSave。

小的灰色的对话框显现。

●单击下拉菜单，选Next。

并在右面的文本框中写入8。

●点击SetLocation，显示文件夹对话框。

●选定你要储存序列的地位。

单击OK回到灰色的对话框。

●单击OK储存序列，文件扩大为“.seq”。

鄙人载过程时代，EditSeq主动查对反复的序列。

假如EditSeq提示至少2序列是同一个，请点击OK。

●除非你收到缺点信息，不然能够认为你的序列差不多成功下载。

最后我们能够应用“LaunchBrowser”钮查看序列的具体信息

●

选定序列。

●选择LaunchBrowser。

●你的收集扫瞄器将打开右面的窗口。

序列信息查看

现在我们要应用EditSeq菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。

●选定序列的一部分。

假如你倒是欲望全选序列，从EDITMENU菜单，选择SelectAll。

●

从GOODIESMENU菜单，选DNAStatistics。

就会显现右面的窗口，显示序列信息。

序列校读

在我们进修储存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能

这功能能赞助你校订测序胶中的错读。

●选定序列。

●单击校订发音图标（序列窗口底部张开的嘴），或者从SPEECHMENU，选Proof-ReadSequence。

●电子的音声就会开端朗读所选的序列。

（注：

假如你听不见任何声音，检查你的运算机的喇叭是否差不多打开。

）

●要改变音声read-back的速度，从SPEECHMENU菜单，选择FasterorSlower。

●要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECHMENU菜单，选择Proof-ReadSequence。

序列的储存与输出

起首创建一个用于储存的序列。

从文件菜单，选New中的NewDNA，或者NewProtein。

●将序列写入显现的窗口。

●假如你输入不法字符，运算机会发出警告。

然后，我们将序列储存为EditSeq文件：

●从文件菜单，选Save。

●选定储存地位。

●给序列定名。

●单击储存则可。

以GenBank或GCG格局储存序列：

●从文件菜单，选Export。

●选定储存地位。

●为sequence（s）选格局。

●给sequence（s）定名。

●单击储存则可。

以FASTA格局储存序列：

●从文件菜单，选Export（1个序列），或者ExportAllAsOne（多个序列）。

当应用ExportAllAsOne的时刻，假如DNA和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列类型与你储存的类型是一致的。

EditSeq仅仅将写入的序列储存为FASTA格局。

●选定储存地位。

●选FASTA格局。

●给sequence（s）定名。

●单击储存则可。

GeneQuest的应用方法

GeneQuest能够赞助你发明和注释DNA序列中的基因，并赞助您操作生物学所关怀的DNA的其他feature：

包含ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、反复序列、限制性内且酶酶切位点等。

经由过程应用“methods”到序列，序列的feature能够以图形的情势展现出来。

你能够在序列上注释任何你发明的feature。

和其它的Lasergene应用法度榜样一样，GeneQuest也供给整合的BLAST和Entrez查找功能。

GeneQuest能直截了当打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。

其他格局的序列文件也能够应用EditSeq改为DNASTAR格局。

假如你明白Genbank序列的登录号或名称，你能够直截了当打开序列。

别的，你还能够在Entrez数据库进行序列查找和输入。

打开已有分析文件

在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“NematodeR01H10.”进行操作。

●从文件菜单，选择Open打开一个和右边类似的窗口。

●在苹果运算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。

在Windows上，从文件类型菜单（FilesofType）的中选择GeneQuestDocuments。

●

用文件治理体系打开名为“DemoSequences.”的文件夹。

双击NematodeR01H10，就能够打开下面的窗口。

GeneQuest的DNA分析方法

打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。

应用方法后，成果的图形显示能够赞助你明白得序列上感爱好的features。

打开序列后，你会发明只有几种方法应用后的成果展现在窗口内。

鄙人一部分中，我们将进修若何把其它方法用于我们序列的分析。

●Title——给文件取名。

●Ruler——在文件中参加标尺。

●Sequence——显示文件中的序列。

●Patterns-Matrix——方法的运算参数。

●Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。

●Patterns-Type-InPatterns——应用键盘输入运算所需的Pattern参数。

●Repeats-InvertedRepeats——查找反向反复序列。

●Repeats-DyadRepeats——查找Dyad反复和palindromes。

●Repeats-DirectRepeats——查找正向反复序列。

●GeneFinding-DNAFinder————在打开的DNA序列中查找指定DNA序列。

分别显示公理连和反义连的查找成果。

●GeneFinding-ProteinFinder——在打开的蛋白质序列中查找指定DNA序列的翻译序列。

显示成果为全部6个读框。

●Enzymes-RestrictionMap——用DNASTAR酶目次中的酶分析打开的序列，并以图形方法展现。

●CodingPrediction-Borodovsky——用Borodovsky’sMarkov方法来辨认潜在的基因编码区，并以图形方法展现。

●CodingPrediction-StartsStopsORFs——依照指定的ORFs的最小长度，查找可能的开放读框，能够选择是否须要肇端暗码子。

读框的启始和中断点分别展现。

●CodingPrediction—LocalCompositionalComplexity——依照Shannon信息学道理查找有基因编码提示信息的区域。

●BaseContents-BaseDistribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的频率、分布，以及AT和gc分布区域。

●BentDNA-BendingIndex——DNA折叠推测。

用分析方法操作

调用新的GeneQuest方法的步调是：

从MoreMethods中选择方法，参加方法帘（methodcurtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取成果放入分析界面（assaysurface）即可（见右图）。

在本节中，我们应用BentDNA-BendingIndex方法进行分析。

●从ANALYSISMENU选择ShowAvailableMethods能够打创方法帘，也能够经由过程拖动分析界面左上角的小环的打创方法帘。

方法帘中包含差不多用于分析的全部方法。

●你将留意到方法帘没有BentDNA-BendingIndexmethod。

在方法帘的顶端，点击MoreMethods打开一个下拉菜单，个中尤能够用于分析的所有方法，点击BentDNA-BendingIndexmethod，该方法就进入了方法帘。

●

若查看方法帘中的方法是否差不多被应用，点击其右边的三角形。

假如图标前稀有字注解该方法差不多应用，数字表示应用的次数。

因为我们还没有应用BentDNA-BendingIndex，因此点击三角形，会发明图标前没稀有字。

●点击白色彩的地位去除对图标的选择。

●单击选定“BendRegion,”，将其拖到分析界面，开释鼠标。

序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的情势显示出来。

方法参数改变

下面我们改变方法的参数，然后将分析成果与参数改变前的成果进行比较。

●反复前面的操作，在方法帘中参加一个新的BentDNA-BendingIndex，并把它拖如分析界面。

现在你应当有2个完全一样的折叠区分析成果。

●双击方法帘中任何一个成果，将打开一个参数对话框。

●改变弧长度参数为30，单击OK。

分析界面上就会显现依照此参数运算获得的成果。

（注：

假如你再次拖入新的方法时，参数的改变会主动应用到新的方法上）。

成果展现优化

●组合或移动展现的成果：

单击位于GeneQuest窗口左侧的调色板对象中的的选择器（手图标），在分析界面中能够随便拖动任何展现的成果到任何地位。

●改变方法格局：

单击目标选择器（手图标），能够选择分析界面上的任何方法。

从OPTIONSMENU菜单选择LineColor，打开彩色选择子菜单。

选定色彩后，方法标题和成果显示都将变成那个色彩。

别的，你能够用类似的指令进行操作：

LineWeight、FillColorandFillPattern。

●去除方法：

单击选择方法帘中显示的方法，用退位或删除键去除应用的方法即可。

留意任何你除掉落的方法差不多上能从Methodsmenu菜单再一次被应用。

注释Features

当你用Genbank输入序列时，序列中标注的Features会主动转换为图形敕令显示在方法帘中。

这些Features能够象任何其余方法那样拖到分析界面上显示。

GeneQuest也许可你为你的DNA序列制造新Features：

●单击位于GeneQuest窗口的左侧的调色板对象（箭图标）。

●然后点击选定2641-4257的InformativeRegion。

●

点击调色板对象（铅笔图标），或者从SITES&FEATURESMENU选择NewFeatur，打开一个FeatureEditor对话框（如右图）

●你打开FeatureEditor时，起首进入Location设定。

点击“Inforegion”进入Titlebox，点击“SegmentA”进入SegmentNamebox，接着，在对话框的底部选择标题和区段名字的地位。

●点击Description按钮进入新的FeatureEditor窗口。

假如你情愿，能够在note中对Feature做标注，在key种选择Feature的种类。

●点击Style按钮进入最后的FeatureEditor窗口，选择字型，大年夜小和色彩，以及你爱好图型用于新建的feature。

●点击OK封闭FeatureEditor窗口。

一个图形化展现的“Inforegion”就会涌现在分析窗口的底部。

下面我们把新建的feature与别的一个feature整合起来。

●单击调色板对象（箭图标）。

选定你刚做好的feature，单击对象调色板对象上的（链图标）。

●然后点击名为“R01H10.4——CDS.”的feature，再点击连接（链图标）。

●如许你的“Inforegion”featur将连续作为没有接洽的方法而存在，然则，它的拷贝将作为R01H10.4featur的一部分显现。

BLAST检索

GeneQuest为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库长进行类似性检索供给2不合的方法。

BLASTSelection指令许可你应用序列的任何一部分进行检索。

BLASTORF须要你起首选择序列的ORF，然后他就能够主动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。

在这一节中，我们用BLAST在NCBI上检索与NematodeR01H10类似的序列。

留意必须包管您的运算机与因特网相连。

不然，跃过这一部分。

●单击范畴选择器调色板对象（箭图标）。

●如同在右边被显示的那样，单击任何“R01H10.5”的feature。

留意现在选定的仅仅是外显子部分（exons），内含子部分被主动去除。

●从收集检索菜单，选BLASTSelection。

会显现左面的BLAST对话框。

●

不做参数改变，如许，法度榜样是blastn，数据库是nr。

●单击赞成开端查找。

●在BLAST成果窗口中选择一个检索成果。

●单击PutInDocument。

储存对话窗将打开。

●选定储存地位，并定名。

单击储存。

●你选的序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线主动涌现在分析界面的底部。

垂直的竖线显示BLAST成果的地位。

●能够选择Zoomin/OUT来放大年夜或缩小视野。

直到你能清晰地查看序列。

●其他按钮与EditSeq中介绍的功能雷同。

EntrezDatabase检索

GeneQuest许可你在因特网或企业内部互联网的Entez数据库长进行检索。

检索到的成果能够输入GeneQuest（或者EditSeq），或者储存为序列文件。

在这一节中，我们将检索与狨视觉色素（visualpigmentinmarmosets）序列有关的序列，然后进修GeneQuest或EditSeq是若何打开个中的一个序列的。

●从收集检索菜单（NETSEARCHMENU），选择新正文查找（NewTextSearch）来打开EntrezQuery窗口（如右）。

●

在文本框中敲入“visualpigment.”。

●从默认为“AllFields”的下拉菜单中选择“TextWord.”。

●用鼠标从右面再拖入一个检索框（NewTerm）。

●在文本框中敲入“Callithrix”，从“NewFields”菜单中选“Organism”。

●单击查找。

查找成果显现于EntrezResults窗口（如下）。

●双击任何EntrezResults窗口里的序列，就能够查看其具体信息。