LSF简易使用手册.docx

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LSF简易使用手册

LSF简易使用手册

（2011-02-2214:

28:

19）

LSF（LoadSharingFacility）是由platform公司开发的分布资源管理工具。

它用来调度、监视、分析联网计算机的负载，可以对Cluster机群的资源统一调度和监控。

一LSF使用方法

1、设置环境变量：

用户使用LSF前，应设置相应的环境变量：

csh用户，登录系统后执行

source/export/lsf/conf/cshrc.lsf

bash用户，登录系统后执行

./export/lsf/conf/profile.lsf

用户也可写入.cshrc或.bashrc，则登录后就能设置相应的环境变量。

2、提交作业

LSF使用bsub命令来提交作业。

bsub命令常见用法如下：

bsub–nz–qQUENAME–iinputfile–ooutputfileCOMMAND

其中z代表了提交作业需要的cpu数，–q指定作业提交到的队列，

创建时间：

2006-12-1215:

54:

001

如果不采用–q选项，系统把作业提交到默认作业队列（作业队列详细介绍请看下一节）。

inputfile代表程序需要读入的文件名（例如namelist等），outputfile代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。

COMMAND是用户要运行的程序。

（1）对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名

例如，对一个运行时间12小时内完成的串行作业mytest，提交方式为：

bsub–n1–qQS_Norm–omytest.out./mytest

（2）对于并行作业COMMAND为“–ampich_gmmpirun.lsf程序名”

因为并行作业必须用到MyriNET库，所以提交的时候必须使用

–ampich_gmmpirun.lsf

例如对于一个12个小时内完成，使用16个cpu的并行作业mytest，提交方式为：

bsub–n16–qQN_Norm–omytest.out–ampich_gmmpirun.lsf./mytest

目前，系统规定每个用户最多只能使用16个cpu。

3、使用脚本提交作业

bsub命令可以使用输入脚本多次提交具有相同参数的作业，格式为：

创建时间：

2006-12-1215:

54:

002

#BSUB–nZ#BSUB–qQUENAME#BSUB–oOUTPUTFILECOMMAND

该脚本的参数与命令行

“bsub–nZ–qQUENAME–ooutputfileCOMMAND”参数相同。

提交时为bsub<脚本名

例如要提交一个12小时内完成，需要16个cpu的并行作业mytest，可以编写作业脚本bsub.scriptfile

#BSUB–n16

#BSUB–qQN_Norm

#BSUB–omytest.out

–ampich_gmmpirun.lsf./mytest

作业提交方法为：

bsub

二、LSF队列状况

LSF分了如下几个作业组：

1、长时间并行作业组（LSF管理）

（1）QL_Norm队列创建时间：

2006-12-1215:

54:

003

该队列用于运行长时间并行作业，作业不限执行时间。

作业规模限制为：

最多使用16个CPU。

2、串行作业组（LSF管理）

（1）QS_Norm队列该队列用于串行短时间作业，最长作业执行时间为12小时。

（2）QS_Long该队列专用于长时间串行作业，作业不限执行时间。

3、短时间并行作业组（LSF管理）

（1）QN_Norm队列该队列用于运行短时间并行作业，最长作业执行时间为12小时。

（2）QN_Debug队列

该队列用于调试或试算，最长作业执行时间为5分钟。

请用户根据自己的需求，选择适当的作业组进行作业提交。

附：

队列命名潜规则

新的队列命名遵循一定的潜规则，下面详细解释队列名中各字母的含义：

QL_Norm：

Q代表ques；L代表long，表示该队列运行长时间并行作业；

QN_Norm：

Q代表ques；N代表normal，表示该队列运行短时间

并行作业；

QS_Norm：

Q代表ques；S代表serial，表示该队列运行短时间串行作业；

QS_Long：

Q代表ques；S代表serial，表示该队列运行串行作业；Long表示长时间运行；（同中科院网络中心深腾6800）

三查看作业状态和删除作业等

几个常用的指令：

bjobs检查提交作业状态

bjobs

bjobs-w

bjobs–r显示正在运行的作业

bjobs–a显示正在运行的和最近完成的作业

bjobs-p显示等待运行的作业和等待原因

bjobs–s显示正在挂起的作业和挂起的原因

bjobs-l显示该作业的所有信息

bhist显示最近完成作业或正在运行作业的历史情况

bhist

bkill删除不需要的作业

bkill

bkill–r

bpeek当作业正在运行时显示它的标准输出，监视作业运行

bpeek

bques显示队列信息

bques

bques–l

bhosts显示各节点作业相关情况

bhosts

bhosts

lsload显示各节点负载信息

lsload

lsload

lshosts处理各节点静态资源信息

lshosts

lshosts

作业提交（命令行方式）

l队列设置（bques命令查看）：

Parallel：

此队列有64个节点，计算网络是infiniband（40G），每个节点有12个计算核心，24G内存；适合跨节点并行计算。

smp_high：

此队列有40个节点，计算网络是以太网，每个节点有12个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。

smp：

此队列有48个节点，计算网络是以太网，每个节点有8个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。

l应用设置（bapp命令查看）：

amber

g03

gaussian（g09）

gromacs

ms

l脚本范例

Amber（把下面内容编写成脚本）

#BSUB-qsmp（选择队列）

#BSUB-appamber（应用）

#BSUB-o%J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）

#BSUB-o%J.err（错误输出文件，以作业号为文件名）

#BSUB-aopenmpi（编译器）

#BSUB-n8（计算核心的数量）

mpirun.lsfsander.MPI-O-imin_2ojn.in-omin_2ojn.out-p2ojn.top-c2ojn.crd

-rmin_2ojn.rst-infmin_2ojn.inf

G03（把下面内容编写成脚本）

#BSUB-qsmp（选择队列）

#BSUB-appg03（应用）

#BSUB-k"/lustre/home/wangxj60"（保存断点，作业停了可以继续运行）

#BSUB-o%J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）

#BSUB-n8（计算核心的数量）

g031reo6T-

3.gjf

G09（把下面内容编写成脚本）

#BSUB-qsmp_high（选择队列）

#BSUB-appgaussian（应用）

#BSUB-o%J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）

#BSUB-e%J.err（错误输出文件，以作业号为文件名）

#BSUB-n12（计算核心的数量）

#BSUB-R"span[hosts=1]"（12个计算核心在一台机器上）

g09TS3-4_

Gromacs（把下面内容编写成脚本）

#BSUB-qparallel（选择队列）

#BSUB-appgromacs（应用）

#BSUB-aintelmpi（MPI）

#BSUB-o%J.out（结果输出文件，以作业号为文件名）

#BSUB-e%J.err（错误输出文件，以作业号为文件名）

#BSUB-n12（计算核心的数量）

#BSUB-R"span[ptile=6]"（每个节点用6个计算核心）

mpirun.lsfmdrun-v-smd.tpr-cmd.gro-emd.edr-omd.trr-gmd.log

MS

5.5（把下面内容编写成脚本）

#!

/bin/sh

#BSUB-qparallel

#BSUB-appms

#BSUB-o%J.out

#BSUB-e%J.err

#BSUB-n12

#BSUB-R"span[ptile=6]"

#BSUB-R"rusage[mslic=1]"（判断模块license是否被占用）

/home/msi/Accelrys/MS55_IB/etc/DMol3/bin/RunDMol

3.sh-np2A

或者

/home/MS55/Accelrys/etc/DMol3/bin/RunDMol

3.sh-np2A

Fluent（把下面内容编写成脚本）

#!

/bin/sh

#BSUB-qparallel

#BSUB-appfluent

#BSUB-o%J.out

#BSUB-e%J.err

#BSUB-n12

fluent3d-itest.jou-t8-gIB网络）（（不限网络）

Matlab（把下面内容编写成脚本）

#!

/bin/sh

#BSUB-qparallel

#BSUB-appmatlab

#BSUB-o%J.out

#BSUB-e%J.err

#BSUB-n1

matlab-nodisplay-rexample（example--->example.m文件）

并行程序（自编）

自己编写程序提交方式,在配置文件中添加：

source/home/apps/intel/ictce/

4.0.

0.020/ictvars.sh

脚本样例：

#BSUB-qsmp

#BSUB-n8

#BSUB-o%J.out

#BSUB-e%J.err

#BSUB-aintelmpi

mpirun.lsf./并行可执行文件

作业提交

bsub<脚本名