生物医药信息学.ppt

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生物医药信息学BiomedicalInformatics,课程主要内容,绪论（文献信息检索基础）中文医学数据库检索英文医学数据库检索引文数据库检索网络信息检索综合检索与利用,学习要求,掌握文献信息检索的基本原理掌握基本检索技能熟悉常用的生物医药数据库能够按照要求进行检索，完成检索报告，并对文献进行初步分析,考核方式：

完成检索报告,考试范围：

检索基本原理基本检索技能检索应用地点：

机房笔试时间：

最后一次课（随堂上机检索）,第一章绪论,问题,什么叫文献检索？

为什么要进行文献检索？

如何进行生物医药文献检索？

第一节、基本概念,知识信息文献,信息Information,指物质存在与运动的方式与状态的表现形式或反映，是现实世界事物的反映它提供了客观世界事物的消息、知识，是事物的普遍属性一般指数据、消息中所包含的意义，它可以使信息中所描述的事件的不肯定性减少Allideas,facts,andimaginativeworksofthemindwhichhavebeencommunicated,recorded,publishedand/ordistributedformallyorinformallyinanyformat.,信息Information,Informationisatermwithmanymeaningsdependingoncontext,butisasarulecloselyrelatedtosuchconceptsasmeaning,knowledge,instruction,communication,representation,andmentalstimulus.Simplystated,informationisamessagereceivedandunderstood.Intermsofdata,itcanbedefinedasacollectionoffactsfromwhichconclusionsmaybedrawn.Therearemanyotheraspectsofinformationsinceitistheknowledgeacquiredthroughstudyorexperienceorinstruction.Butoverall,informationistheresultofprocessing,manipulatingandorganizingdatainawaythataddstotheknowledgeofthepersonreceivingit.http:

/en.wikipedia.org/wiki/Information,a

（1）:

knowledgeobtainedfrominvestigation,study,orinstruction

（2）:

intelligence,news（3）:

facts,datab:

theattributeinherentinandcommunicatedbyoneoftwoormorealternativesequencesorarrangementsofsomething（asnucleotidesinDNAorbinarydigitsinacomputerprogram）thatproducespecificeffectsc

（1）:

asignalorcharacter（asinacommunicationsystemorcomputer）representingdata

（2）:

something（asamessage,experimentaldata,orapicture）whichjustifieschangeinaconstruct（asaplanortheory）thatrepresentsphysicalormentalexperienceoranotherconstructd:

aquantitativemeasureofthecontentofinformation;specifically:

anumericalquantitythatmeasurestheuncertaintyintheoutcomeofanexperimenttobeperformedhttp:

/www.merriam-,Knowledgederivedfromstudy,experience,orinstruction.Knowledgeofspecificeventsorsituationsthathasbeengatheredorreceivedbycommunication;intelligenceornews.Seesynonymsatknowledge.Acollectionoffactsordata:

statisticalinformation.Theactofinformingortheconditionofbeinginformed;communicationofknowledge:

Safetyinstructionsareprovidedfortheinformationofourpassengers.Anumericalmeasureoftheuncertaintyofanexperimentaloutcome.http:

/,信息的基本属性,客观存在性可知性可传递性,知识Knowledge,知识是抽象化的信息知识就是力量知识在不断发展更新知识需要通过学习才能掌握语言的重要性,文献Literature,用一定方式记录在特定载体上，并能起到存储和传播信息和知识作用的一切载体文献是记录有知识的一切载体内容（新/旧；理论/实践；概括/具体）符号（文字/图像/视频）载体（简/帛/纸/胶片/磁盘/光盘）形态（书/期刊/电子书）,检索Retrieval,利用一定工具或系统，按照特定要求，从存储的信息集合（数据库）中找出所需信息的过程。

广义的检索还包括将信息组织成数据库的过程。

第二节、信息资源的类型,一、按照载体类型分类,二、按照出版形态分类,图书Books,参考型（三次文献）字典、词典、年鉴、手册、百科全书等内容精炼、浓缩、可靠阅读型科技专著、教科书、论文集、普及读物等内容全面、系统,国际标准书号,InternationalStandardBookNumber,ISBNISBN7-117-06925-2第一段：

代表国家、地区、语种，如0，1英，2法，3德，4日，7中第二段：

出版者号,由国家或地区ISBN中心分配；第三段：

书名号，由出版者按出版顺序所给第四段：

校验位唯一性、专属性,期刊Periodicals,有固定的名称（刊名）、相对固定的版式、篇幅和内容范围，按一定的卷期号或年月顺序号连续出版每期发表多个作者的多篇文章，内容不重复、新颖信息量大，是最重要的信息源,期刊名称可出现如下字样：

杂志Journal（s）（of）（6542）学报Acta（529）通报Bulletin（918）年刊Annals（131）会刊Proceedings（225）综述（述评）Reviews（1101）进展Progress（Advances,Frontiers）inISSN,最早的期刊（1665）：

PhilosophicalTransactionofRoyalSociety19世纪初叶：

约100种19世纪初叶：

约1000种1900年：

约5000种1967年：

26000种1970年：

约50000种,会议文献（Proceedings）,会议文献一般是指在学术会议上宣读的论文或书面发言。

会议论文集分“会前”和“会后”两大类会前：

（预印本）ProgramandAbstracts（议程及发言摘要）会后：

期刊增刊（专辑）（Specialissue）专题论文集（会议录）连续出版物（或作为丛书之一）科技报告,报道会议消息的期刊：

WorldMeeting（美国）CallsforPapers（美国）ScientificMeetings（美国）InternationalCongressCalendar（比利时）检索学术会议文献的期刊：

USConferencePapersIndexUSIndextoScientificandTechnicalProceedings即ISTPCN中国学术会议文献通报,专利（Patent）,专利文献一般是指发明专利说明书。

在实行专利制度的国家里，发明者为获得专利权，向专门的专利机构递交的阐述发明内容的法律文件，称为专利说明书（Specification）,科技报告（TechnicalReport）,科技报告主要是在“二战”期间迅速发展起来的一种独立的科技文献类型。

著名的科技报告：

AD报告：

ArmedServiceTechnicalInformationAgencyDocumentPB报告：

PublicationBoardNASA报告：

NationalAeronautics&SpaceAdministrationDOE报告：

DepartmentofEnergy,学位论文（Dissertation）,学位论文是指大学毕业生或研究生为取得学位而提出的研究论文它是经过一定审查的原始研究成果,标准（TechnicalStandard）,标准文献一般指技术标准，是一种规范性的技术文件。

标准可分为：

国际标准区域性标准国家标准专业标准企业标准,三、文献级别分类,二次文献即检索工具（第五节专门介绍）,按照加工程度划分：

目录（包括书名、分类、著者、主题目录）题录（包括文献篇名、著者、刊名、年、卷、期、页码、语种等）索引：

文献外部特征+文献内部特征文摘：

研究目的、研究方法、数据、结论等,检索工具的结构,正文部分：

由文献条目组成的，是一次文献的题录或文摘。

索引部分：

由检索标识组成，用以帮助检索者检索文献条目，通常有著者索引、主题索引、关键词索引等。

说明部分：

使用说明等附录部分：

收录范围、主题词表、引用期刊等。

文献按照内容和公开程度分类,白色文献：

一切公开出版物（包括网络信息资源）灰色文献：

半公开的文献（如某些特种文献、实验记录等）黑色文献：

保密的文献,四、生物医药文献的特点,数量庞大，呈知识爆炸的现象全世界每年出版期刊约15万种，图书80万种，其中生物医药类文献在数量上和质量上站各学科之首知识更新加快，半衰期短缩文献资源网络化，信息传播速度加快，有取代传统载体的趋势英文材料占主导地位，约占70%,文献信息检索在科研中的作用,据估计,科研人员1/3左右的时间用于文献检索科研选题：

启迪思维、避免不必要重复研究方案制定：

了解课题的发展历史、现状、动向、别人成功的经验、失败的教训、最大限度地利用别人的成果，在此基础上开展新的探索,研究技术：

查阅最新最有效的研究技术成果鉴定：

判定成果的先进性、科学性和实用性体现论文的创新性和科学性,第三节图书馆文献利用,中国图书馆分类法（“中图法”）,是国家推荐统一使用的分类法，被许多检索工具采用或改编，是我国当代具有代表性的图书分类法，是一个大型的综合性的图书分类法它是根据文献各级类目之间的逻辑关系（如从属关系、并列关系、相关关系、交叉关系等）编排而成的一个逐级展开的排列表由5大基本部类和22个基本大类、简表、详表、通用复分表组成标记符号采用拉丁字母与阿拉伯数字相结合的混合号码制，拉丁字母用来表示大类，其他各级类目则用阿拉伯数字表示,国家图书馆,原北京图书馆亚洲最大资料中心截止2003年底，馆藏文献已达2411万册（件），居世界国家图书馆第五位，并以每年60-70万册（件）的速度增长。

基本部类,基本大类,基本大类,R医药、卫生,R1预防医学、卫生学R2中国医学R3基础医学R4临床医学R5内科学R6外科学R65外科学各论R655胸部外科学R655.1胸壁R655.2胸膜R656腹部外科学R656.1急腹症R656.2腹部疝R656.3腹壁R656.31腹壁炎症R656.32腹壁损伤,R71妇产科学R72儿科学R73肿瘤学R74神经病与精神病学R75皮肤病学与性病学R76耳鼻咽喉科学R77眼科学R78口腔科学R79外国民族医学8特种医学9药学,复分号,为了区别于一般图书，对教材、工具书等，在其分类号后加复分号，如R245-61（针灸辞典），R711-43（妇科学教材）。

对于临床各科（R5-R8），有专门复分表：

01预防、控制和卫生02病理学、病因学03微生物学、免疫学04诊断学05治疗学06并发症07预后08诊疗器械、用具09康复例：

R511.3-05天花治疗学,复分号举例,41教学计划、教学大纲、课程42教学法、教学参考书43教材44习题、试题及解答45教学实验、实习49普及读物5丛书、文集、连续出版物51丛书、文库52全集、选集53论文集532会议录533学位论文、毕业论文54年鉴、年刊,55连续性出版物56政府出版物6参考工具书61名词、术语、词典、百科全书62手册、名录、指南、一览表、年表63产品目录、产品样本、产品说明书64表解、图解、图册、数据、公式、地图65条例、规程、标准66统计资料67参考资料,第四节文献检索系统,一、检索语言,又称检索标识，是根据文献检索需要创造的一种人工语言。

用于描述信息的内部或外部特征的语言用于表达用户信息提问的专门语言是人与信息系统对话的媒介。

自然语言检索标识：

如主题词规范语言检索标识：

如各种代码,检索语言分类,分类语言主题语言,检索语言,描述文献外表特征的语言,题名（书名、篇名）著者姓名号码（序列号、专利号）引文索引,描述文献内容特征的语言,关键词标题词叙词,二、文献信息数据库的检索途径,外部特征篇名途径著者途径序号途径,内部特征关键词途径自由词途径主题词途径分类途径引文途径.,著者途径,用文献的著者、编者、译者的姓名或机构团体名称编制而成的索引按著者姓名字顺编排姓在前，名在后Smith,L.XuQY,分类途径,按照文献的内容在分类体系中的位置作为文献信息检索的途径。

它的检索标志是给定的分类号码国外有：

国际十进分类法杜威法，DDC,关键词途径,是以题目、文摘和正文中出现的具有实质意义的词语作为检索标识，利用关键词索引查找文献的途径如：

程序性细胞死亡；细胞凋亡；细胞凋零,主题词途径,是以主题词为检索标识，利用主题索引查找文献的途径主题词：

经过主题词表规范化的词医学主题词表MeSH副主题词：

对主题词进行限定的规范化的词主题词-副主题词组配在一起使用,其他途径,引文检索（Reference,Citation）机构检索（Affiliation）刊名检索（Journal）默认检索（default）,第五节文献检索工具与检索步骤,一、检索工具的概念与作用,定义：

将所收录的文献按一定的规则编制而成的具有存贮、检索和报道文献线索功能的工具。

功能：

存贮功能检索功能报道功能,编制检索工具的基本过程：

原始文献,描述,文献款目,（题录、文摘）,标引,检索标识,（著者姓名、主题词、关键词、分类号等）,排序,检索工具,作用：

（1）对所收录文献的各种特征给予必要的描述，以形成各种文献款目;

（2）对每条款目进行标引，形成检索标识，以作为排序与检出的依据;（3）将全部款目有序化组织成为一个有机整体，使之易于存取（排序）;（4）编制与提供多种检索手段，以便从各个角度查检文献（检索）。

特点,收录文献的有限性报道文献的时滞性文献标引深度的有限性,二、检索工具的种类,1）按著录形式分为：

（1）题录式

（2）文摘式（3）全文式,1）题录型检索工具,这种类型的文献款目只记录或描述文献的外部特征。

通常有文献名称、著者姓名、来源出处等。

题录型检索工具在名称中常出现“目录”（catalogue）、“索引”（index）等字样。

如：

中文科技资料目录、美国医学索引,文摘是在题录的基础上再加文献的内容摘要构成的文献款目。

文摘型检索工具在名称中常有“文摘”、“abstract”、“digest”、“excerpta”等字样。

如生物学文摘、化学文摘、中国生物医学文摘数据库等,2）文摘型检索工具,3）全文型检索工具,是指计算机检索系统中全文数据库。

如中国学术期刊全文数据库、万方全文数据库、重庆维普全文数据库、ovid全文数据库等,按载体和出版形式分：

（1）书本式

（2）卡片式（3）机读式,按文献收录范围分,综合性检索工具：

如科学引文索引、全国报刊索引等专业性检索工具：

化学文摘和生物学文摘等专题性检索工具：

如中药炮制研究文献目录单一性检索工具：

只收录某一特定类型的文献，如专利文献通报、医药卫生,三、文献检索基本方法与步骤,

（1）常用法a顺查法b倒查法c抽查法

（2）追溯法（3）分段法,1.查全率与查准率的概念查全率是指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与系统文献库中相关文献总量的比率，它反映该系统文献库中实有的相关文献量在多大程度上被检索出来。

查全率R100%漏检率O100%,四、文献检索效果评价,查准率是指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与检出文献总量的比率，它反映每次从该系统文献库中实际检出的全部文献中有多少是相关的。

查准率P100%误检率N100%,如图所示:

P高则R底；R高则P底要取得较好的检索效果应兼顾二者一般：

查全率为6070；查准率为：

4050,R,P,0,检索效率的基本特性,影响查全率的因素,

（1）文献库收录文献不全；索引词汇缺乏控制和专指性；词表结构不完整；词间关系模糊或不正确；标引不详或标引前后不一致；标引人员遗漏了原文的重要概念或用词不当等。

（2）从情报检索来看检索策略过于简单；选词和进行逻辑组配不当；检索途径和方法太少；检索人员业务不熟练和缺乏耐心；检索系统不具备截词功能和反馈功能，检索时不能全面地描述检索要求等。

影响查准率的因素,索引词不能准确描述文献主题和检索要求；组配规则不严密；选词及词间关系不正确；标引过于详尽；组配错误；检索时所用检索词（或检索式）专指度不够，检索面宽于检索要求；检索系统不具备逻辑“非”功能和反馈功能；检索式中允许容纳的词数量有限；截词部位不当，检索式中使用逻辑“或”不当,提高查全率的基本方法,扩大检索课题的目标，使用主要概念，排除次要概念跨库检索逐步扩大检索途径的检索范围取消限定条件降低检索词的专指度，可从词表或检出文献中选一些上位词或相关词补充到检索式外文单词使用截词检索，使用前截词、后截词及中间截词等逐步扩大算符的检索范围，逐步提高查全率的算符依次是：

位置算符w,nw,near逻辑算符and,or,提高查准率的方法,精确确定检索课题的目标,使用专业词汇选择专业检索工具逐步缩小检索途径的检索范围用不太常用的检索途径例如信息类型、语种、地理范围、年代范围、作者或号码作为限定条件提高检索词的专指度，增加或换用下位词和专指度较强的自由词逐步缩小算符的检索范围，逐步提高查分准率的算符依次是：

逻辑算符or,and,位置算符：

near,nw,w,第六节计算机文献检索,一、计算机数据库,事实数据库数值数据库书目数据库全文数据库超文本型数据库,二、计算机检索,光盘检索网络检索,布尔检索,AND（与）、OR（或）、NOT（非）With（邻近度算符，同一字段内）Near（邻近度算符，同一句内）Near#（邻近度算符，相隔不超过#个单词）运算优先级别：

notandnearwithor,OR=（A+B）AND=（A*B）NOT=（A-B）,其他检索技术,提高查全率截词检索扩展检索相关信息反馈检索模糊检索,提高查准率字段限定检索加减检索引号检索,