MPICH2的安装过程.docx

MPICH2的安装过程.docx

《MPICH2的安装过程.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《MPICH2的安装过程.docx（20页珍藏版）》请在冰点文库上搜索。

MPICH2的安装过程

MPICH2的安装过程

经测试MPICH2的性能非常优越：

具有方便的管理操作实现对多核的支持（推荐）

From:

MPICH2软件包的安装

MPICH2是与MPI-2相对应的MPICH实现版本，包含了MPI-2相对于MPI-1扩充后的一些功能，比如动态任务管理，并行I/O等。

当前最新版本是MPICH2-1.0.2.

（1）    下载MPICH2源程序包mpich2-1.0.2p1.tar.gz（http:

//www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich2/）。

（2）    解压源程序包到当前目录下：

tarzxfmpich2-1.0.2p1.tar.gz,此时会得到一个名为mpich2-1.0的子文件夹。

（3）    创建一个安装目录（比如/home/transim/mpich2,默认为/usr/local/bin），为了以后使用方便，可以将此安装目录共享到其他所有将要运行mpich2的节点机上；否则就需要分别在其他机器上安装mpich2。

如果不创建安装目录，则在下面的configure步骤中会自动创建安装目录。

（4）    选择一个编译目录，最好将编译目录与源代码目录分离开，以便能保持一个干净的源代码用来在其他机器上重新安装。

比如将源代码拷贝到/tmp/mpich2下。

（5）    配置MPICH2,指定安装目录，并在编译目录下运行configure脚本。

如：

cd/tmp/mpich2

./configure–prefix=/home/transim/mpich22>&1|teeconfigure.log

（6）编译链接MPICH2：

make2>1&|teemake.log

（1）安装MPICH2：

makeinstall2>1&|teeinstall.log

（2）将安装目录中子目录bin加入到环境变量PATH中：

setenvPATH/home/transim/mpich2/bin:

$PATH    （csh或tcsh）

exportPATH=/home/transim/mpich2/bin:

$PATH    （bash或sh）

用以下命令检查安装是否成功：

whichmpd

whichmpicc

whichmpiexec

whichmpirun

所有以上的命令都应该指向安装目录的bin子目录。

此外，如果没有用NFS来共享安装目录，则需要将bin子目录拷贝到其他每台机器上。

（9）与MPICH不同的是，MPICH2使用一个外部进程管理器来启动MPI任务，默认管理器为MPD。

为了安全考虑，MPD需要搜索用户主目录下的文件.mpd.conf，文件中包含：

secretword=,其中secretword应该是一个只有用户知道的字符串（最好不要与用户密码相同），将此文件权限设置为只有所有者可读及可写。

（10）用以下命令检查测试MPICH2在本机是否已正确安装并可以启动：

Mpd&  （启动mpd）

Mpdtrace  （输出应该是本机机器名）

Mpdallexit  （退出mpd）

  （11）  在mpd下运行非mpi程序测试：

mpd&

mpiexec–n1/bin/hostname    （输出本机机器名）

mpdallexit

（12）配置所有机器，使用机器间采用rsh或ssh互相访问时不需要输入密码。

配置完后可用以下命令进行测试：

sshhostnamedate    或    rshhostnamedate

（13）使用mpd.hosts文件来启动文件所列机器上的mpd：

mpdboot–n-fmpd.hosts

在以上命令行中所要启动的机器数量必须小于等于mpd.hosts文件中所列的机器数，即使同一台机器名在文件中出现多次，默认情况下在每台机器上只启动一个mpd。

在各台机器启动mpd后，运行mpdtrace，应该输出每台机器的机器名称。

若不能启动所有机器上的mpd，可采用手动方法来启动，方法如下：

在本地机器上运行：

mpd&          （启动本地mpd守护进程）

mpdtrace–l      （输出本地mpd守护进程的主机名及端口号）

然后登录到其他机器，运行：

mpd–h-p&

hostname及port都为刚才输出的本地机器名及端口号。

可以用mpdtrace命令检查哪些机器已经加入到mpd环中。

（14）用mpdtrace命令检查是否所有机器都已启动mpd，然后用mpdringtest命令测试在环中传递一个消息，如：

mpdringtest100

mpdringtest1000

（15）有环中测试运行多进程任务：

mpdrun–nhostname

其中number不一定非要等于机器数。

（16）用mpiexec命令运行MPI任务，可以用程序包自带的cpi例子：

mpiexec–n5cpi

关于mpiexec命令更多选项可运行mpiexec--help来查看。

MPI2与MPI1的不同之处：

原来在MPI1中configure命令的一些选项参数在MPI2中必须用环境变量的形式来定义，比如选项参数-cc＝必须改为setenvcc。

原来在MPICH1中不以--enable或--with开关的选项参数在MPICH2中都要定义成环境变量的形式。

此外，在进程管理器的处理及通信设备的选择上也有所不同。

MPICH2中的进程管理器

在MPICH2中用一种叫做PMI的接口将MPICH2的代码库与进程管理器分离开来，有三种进程管理器可供选择：

mpd,smpd及gforker。

mpd是默认的进程管理器，它由一个守护进程环组成。

smpd支持windows和linux版本，它是在windows版本的MPICH2中所唯一包含的进程管理器。

gforker在一台单独的机器上启动所有的进程，对调试程序及共享存储的多处理器主机上较有用。

Configure命令中的两个选项参数：

--enable-thread=multiple  （使用多线程）

--enable-cxx      （使用c++语言绑定）

--enable-timing=none/all/runtime  （定义是否加入计时功能）

MPICH2中程序的编译与链接

在MPICH2中，C、C＋＋、FORTRAN77、FORTRAN90对应的默认编译命令分别是mpicc、mpicxx、mpif77、mpif90,可以通过设置MPICH_CC、MPICH_CXX、MPI_F77、MPICH_F90的值来指定编译器。

由于在stdio.h及mpi的C＋＋接口中都定义了SEEK_SET,SEEK_CUR,SEEK_END,所以在编译采用mpi的c++程序时会出错，解决方法是在源代码中，#include之前取消以下宏定义：

＃undefSEEK_SET

＃undefSEEK_CUR

＃undefSEEK_END

另一种方法就是在命令行中加入：

-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK选项。

MPICH2中程序的调试

可以在mpiexec命令中加入-gdb选项来使用调试器gdb调试程序，用-gdba选项来将一个正在运行的程序附加到调试器中。

若使用totalview来调试程序，需要使用选项参数-tv。

MPICH2Release1.0.5（README）

MPICH2Release1.0.5

MPICH2isanall-newimplementationofMPIfromthegroupatArgonneNationalLaboratory.  ItsharesmanygoalswiththeoriginalMPICHbutnoactualcode.  Itisaportable,high-performanceimplementationoftheentireMPI-2standard.  ThisreleasehasallMPI-2functionsandfeaturesrequiredbythestandardwiththeexceptionofsupportforthe

"external32"portableI/Oformat.

Thedistributionhasbeentestedbyusonavarietyofmachinesinourownenvironments.Ifyouhaveproblems,pleasereportthemto[email]mpich2-maint@mcs.anl.gov[/email].

ThisREADMEfileshouldcontainenoughinformationtogetyoustartedwithMPICH2.  Moreextensiveinstallationanduserguidescanbefoundinthedoc/installguide/install.pdfanddoc/userguide/user.pdffilesrespectively.  AdditionalinformationregardingthecontentsofthereleasecanbefoundattheendofthisREADMEunder"StatusofMPI-2

FeaturesinMPICH2",intheCHANGESfileinthetop-leveldirectory,andintheRELEASE_NOTESfile,wherecertainrestrictionsaredetailed.

Finally,theMPICH2website,http:

//www.mcs.anl.gov/mpi/mpich2,containsinformationonbugfixesandnewreleases.

 WindowsusersshouldseethefileREADME.windowsinthisdirectory.

GettingStarted

===============

Thefollowinginstructionstakeyouthroughasequenceofstepstogetthedefaultconfiguration（TCPcommunication,MPDprocessmanagement）ofMPICH2upandrunning.  Alternateconfigurationoptionsaredescribedlater,inthesection"Alternativeconfigurations".  

1.  Youwillneedthefollowingprerequisites.

  -Thistarfilempich2-1.0.5.tar.gz

  -ACcompiler（gccissufficient）

  -AFortrancompilerifFortranapplicationsaretobeused（g77is

    sufficient）

  -AC++compilerfortheC++MPIbindings（g++issufficient）

  -Python2.2orlater（forthedefaultMPDprocessmanager）

  -IfaFortran90compilerisfound,bydefaultMPICH2willattempttobuildabasicMPImodule.  ThismodulecontainstheMPIroutinesthatdonotcontain"choice"arguments;i.e.,themoduledoesnotcontainanyofthecommunicationroutines,suchasMPI_Send,thatcantakeargumentsofdifferenttype.  Youmaystillusethoseroutines,however,theMPImoduledoesnotcontaininterfacespecificationsforthem.IfyouhavetroublewiththeconfigurationstepanddonotneedFortran90,configurewith--disable-f90.

  Configurewillcheckfortheseprerequisitesandtrytoworkarounddeficienciesifpossible.  （Ifyoudon'thaveFortran,youwillstillbeabletouseMPICH2,justnotwithFortranapplications.）

2.  Unpackthetarfileandgotothetopleveldirectory:

    tarxfzmpich2.tar.gz

    cdmpich2-1.0.5

  Ifyourtardoesn'tacceptthezoption,use

    gunzipmpich2.tar.gz

    tarxfmpich2.tar

    cdmpich2-1.0.5

3.  Chooseaninstallationdirectory（thedefaultis/usr/local/bin）:

    mkdir/home/you/mpich2-install

  Itwillbemostconvenientifthisdirectoryissharedbyallofthemachineswhereyouintendtorunprocesses.  Ifnot,youwillhavetoduplicateitontheothermachinesafterinstallation.

4.  ConfigureMPICH2,specifyingtheinstallationdirectory:

    ./configure-prefix=/home/you/mpich2-install|&teeconfigure.log

  （Onshanditsderivatives,use"2>&1|teeconfigure.log"insteadof"|&teeconfigure.log"）.  Otherconfigureoptionsaredescribedbelow.  YoumightalsoprefertodoaVPATHbuild（seebelow）.

  Checktheconfigure.logfiletomakesureeverythingwentwill.Problemsshouldbeself-explanatory,butifnot,sentconfigure.logto[email]mpich2-maint@mcs.anl.gov[/email].

5.  BuildMPICH2:

    make|&teemake.log

  Thisstepshouldsucceediftherewerenoproblemswiththe

  precedingstep.  Checkmake.log.  Iftherewereproblems,send

  make.logto[email]mpich2-maint@mcs.anl.gov[/email].

6.  InstalltheMPICH2commands:

    makeinstall|&teeinstall.log

  Thisstepcollectsallrequiredexecutablesandscriptsinthebin

  subdirectoryofthedirectoryspecifiedbytheprefixargumentto

  configure.

7.  Addthebinsubdirectoryoftheinstallationdirectorytoyourpath:

  forcshandtcsh:

    setenvPATH/home/you/mpich2-install/bin:

$PATH

  forbashandsh:

    exportPATH=/home/you/mpich2-install/bin:

$PATH

  Checkthateverythingisinorderatthispointbydoing

    whichmpd

    whichmpiexec

    whichmpirun

  Allshouldrefertothecommandsinthebinsubdirectoryofyour

  installdirectory.  Itisatthispointthatyouwillneedto

  duplicatethisdirectoryonyourothermachinesifitisnot

  inasharedfilesystemsuchasNFS.

8.  MPICH2,unlikeMPICH,usesanexternalprocessmanagerforscalable

  startupoflargeMPIjobs.  Thedefaultprocessmanageriscalled

  MPD,whichisaringofdaemonsonthemachineswhereyouwillrun

  yourMPIprograms.  Inthenextfewsteps,youwillgethisringup

  andtested.  MoredetailsoninteractingwithMPDcanbefoundin

  theREADMEfileinmpich2-1.0.5/src/pm/mpd,suchashowtolist

  runningjobs,kill,suspend,orotherwisesignalthem,andhowto

  debugprogramswith"mpiexec-gdb".

  IfyouhaveproblemsgettingtheMPDringestablished,seethe

  InstallationGuideforinstructionsonhowtodiagnoseproblems

  withyoursystemconfigurationthatmaybepreventingit.  Also

  seethatguideifyouplantorunMPDasrootonbehalfofusers.

  PleasebeawarethatwedonotrecommendrunningMPDasrootuntil

  youhavedonetestingtomakesurethatalliswell.

  Beginbyplacinginyourhomedirectoryafilenamed.mpd.conf

  （/etc/mpd.confifroot）,containingtheline

    secretword=

  whereisastringknownonlytoyourself.  Itshould

  NOTbeyournormalUnixpassword.  Makethisfilereadableand

  writableonlybyyou:

    chmod600.mpd.conf

9.  Thefirstsanitycheckconsistsofbringinguparingofonempdon

  thelocalmachine,testingonempdcommand,andbringingthe"ring"

  down.

    mpd&

    mpdtrace

    mpdallexit

  Theoutputofmpdtraceshouldbethehostnameofthemachineyouare

  runningon.  Thempdallexitcausesthempddaemontoexit.

  Ifyouhaveproblemsgettingthempdringestablished,see