PBSQSUB任务管理命令.docx

PBSQSUB任务管理命令.docx

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PBSQSUB任务管理命令

1、后台提交作业qsub

      语法:

qsub[-adate_time][-Aaccount_string][-epath][-h][-I][-jjoin][-kkeep][-lresource_list][-mmail_options][-nNode_allocation_Method[-Lv1,[v2,[v3,[v4]]]]][-Muser_list][-Nname][-opath][-ppriority][-qpool][-ry|n][-uuser_list][-vvariable_list][-V][script]

      参数:

script参数被省略时，该命令可以从标准输入获得脚本文件名。

      -a间。

格式为[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]。

CC表示世纪，YY表示年（后两位数字），MM表示月（两位数字），DD表示天（两位数字），hh表示小时（两位数字），mm表示分（两位数字），SS表示秒（两位数字）。

如果DD指定的是未来日子，而未指定MM，则MM缺省值为当前月，否则，MM的缺省值为下个月。

如果hhmm指定的未来时间，而未指定DD,则DD的缺省值为当天，否则，DD的缺省值为明天。

如果提交作业时使用该选项，当指定时间还没到时，作业状态显示为”W”。

      -e指定错误输出文件名，格式为[hostname:

]path_home。

Hostname是返回错误输出文件的主机名，path_home是错误输出文件的绝对路径，如果指定了相对路径，则相对用户的主目录。

不使用该选项时，缺省值是在用户主目录下，以“作业名.e作业ID”命名的文件

      -o指定输出文件名，格式为[hostname:

]path_home。

缺省值是在用户主目录下，以“作业名.e作业ID”命名的文件

      -h指定在提交作业时，设置用户级’u’挂起。

如果不指定，则设置挂起类型为’n’,即不挂起。

      -I指定作业以交互方式运行。

      -j指定合并错误输出和实际输出。

如果指定’oe’，则合并到标准输出文件中；如果指定’eo’，则合并到标准错误输出文件中.

      -k指定执行主机是否保留错误输出和实际输出。

如果指定‘o’,则仅保留标准输出；如果指定’e’，则仅保留标准错误输出；如果指定’oe’或‘eo’,则保留标准输出和标准错误输出；如果指定’n’,则不保留任何输出。

      -l指定作业所需要的资源，设定对可消耗资源的限制。

如果不设置，则无限制。

例如：

resource_name[=[value]][,resource_name[=[value]],…]

      LINUX系统可以设置的资源有cput,file,pcput,pmem,pvmem,vmem,walltime,arch,nodes,ncpus等；

      Cput指作业的所有进程使用cpu最长时间；

      File指作业可以建立单个文件大小的最大限制；

      Pcput指作业的单个进程可以使用CPU的最长时间；

      vmem指作业可以使用的物理内存的最大值；

      Pmem指作业的单个进程可以使用的物理内存的最大值；

      Pvmem指作业的单个进程可以使用的虚拟内存的最大值；

      walltime指作业处于运行状态的最长时间；

      arch指定系统管理员所定义的系统结构类型；

      host指定作业运行的主机名；

      nodes指定作业独占使用的结点数目和属性，使用“+”可以连接多种结点的定义。

      结点的属性和主机名或数目之间通过“：

”分隔。

如果不指定结点数，则缺省为1。

结点的属性包括ppn（每个结点上的进程数,缺省为1）和系统管理员设置的属性（如batch、bigmem）

      例如：

请求12个结点，不管其属性

          -lnodes=12

      请求12个属性为batch的结点和14个属性为bigmem的结点

          -lnodes=12:

batch+14:

bigmem

      请求4个结点，每个结点上使用2个CPU

          -lnodes=4:

ppn=2

      software指作业要求的软件包

      -m定义何时给用户发送有关作业的邮件。

可设定的选项有：

         n不发送邮件

         a当作业被批处理系统中断时，发送邮件

         b当作业开始执行时，发送邮件

         e当作业执行结束时，发送邮件

      -M指定发送有关作业信息的邮件用户列表。

格式为user[@host][,user@[host],…]缺省值为提交作业的用户。

      -N指定作业的名字。

缺省值为脚本的名字，如果没有指定脚本，则为STDIN。

      -p指定作业的优先级，优先级的范围是[-1024,+1023]。

缺省值是没有优先级。

      -q指定作业的目的地（结点池），目的地可有三种格式：

             pool

             @server

             pool@server

      -ry|n指定作业是否可重新运行。

指定‘y’时，作业可以重新运行；指定’n’时，作业不能重新运行。

缺省值为’n’。

      -v格式为variable1,variable2,…或variable1=value,variable2=value,…这些变量和其值可以传递到作业中。

      -V指定qsub命令的所有的环境变量都传递到批处理作业中。

          作用:

以脚本文件的形式向批处理服务器提交作业。

          举例:

          运行MPI程序的脚本cpi.ljrs如下：

          #!

/bin/sh

          ###Jobname

          #LJRS-Ntest

          ###Declarejobnon-rerunable

          #LJRS-rn

          ###Outputfiles

          #LJRS-etest.err

          #LJRS-otest.log

          ###Mailtouser

          #LJRS-mae

          ###poolname（small,medium,long,verylong）

          #LJRS-qdque

          ###Numberofnodes（nodepropertyev67wanted）

          #LJRS-lnodes=8:

batch

          #Thisjob’sworkingdirectory

          echoWorkingdirectoryis$LJRS_O_WORKDIR

          cd$LJRS_O_WORKDIR

          echoRunningonhost‘hostname‘

          echoTimeis‘date‘

          echoDirectoryis‘pwd‘

          echoThisjobsrunsonthefollowingprocessors:

          echo‘cat$LJRS_NODEFILE‘

          #Definenumberofprocessors

          NPROCS=‘wc-l<$LJRS_NODEFILE‘

          echoThisjobhasallocated$NPROCSnodes

          #RuntheparallelMPIexecutable“a.out”

          mpirun-v-machinefile$LJRS_NODEFILE-np$NPROCScpi

          1、把脚本文件cpi.ljrs提交到结点池dque中运行。

             $qsubcpi.ljrs

             35.console

             $qstat

             JobidNameUserTimeUseSPool

             35.consolecpizhangxq0:

00:

00Rdque

          2、把脚本作业cpi.ljrs提交到结点池long中运行，并且当作业开始运行时，给用户发送电子邮件。

             $qsub-Plong-mbcpi.ljrs$qstat

            JobidNameUserTimeUseSPool

             36.consolecpizhangxq0Rlong

          3、使用15个结点运行cpi.ljrs，运行时间不能大于2小时，作业占用的内存能大于15mb

             $qsub–lnodes=15,walltime=2:

00:

00,mem=15mbcpi.ljrs

          4、综合考虑CPU、内存、缓冲区、硬盘等因素的使用情况，设置其权值分别为5,4,3,2.

             $qsub–lnodes=5-nsyn–L5,4,3,2cpi.ljrs

          5、使用-I和–l选项在指定的结点上交互式运行作业

             $qsub–I-lnodes=c0101

             运行该命令后,系统将自动切换到c0101的虚拟终端,所有的标准输入和标准输出和标准错误输出均都显示在该终端上.在系统出现”waitingtojobidtostart”时,用户若按^C键,即可中断该交互作业.当该交互作业已经启动后,用户除了交互式运行作业外,还可进行以下操作:

             ~.该命令将使qsub退出，且终止作业。

             ~^Z挂起qsub,作业依然保持运行状态，无任何输入输出。

用户可以在本地shell上提交命令。

             ~^Y部分挂起qsub，因为还可以给作业发送输入，而且接受作业的输出的同时，还可以在本地shell提交命令。

   2、查看状态qstat

      语法：

qstat[-f][-Wsite_specific][job_identifier...|destination...]

           qstat-Q[-f][-Wsite_specific][destination...]

           qstat-B[-f][-Wsite_specific][server_name...]

      参数：

destination可以为pool，@server，pool@server

      作用：

查看作业、结点池和批处理服务器的状态。

命令格式一可以输出所指定作业ID或者结点池中所有作业的状态，命令格式二可以输出每个结点池的状态信息，命令格式三可以输出服务器的状态。

      举例：

      1.显示已经配置的所有结点池状态信息。

          qstat-q

      2.显示已经提交的作业状态信息

          qstat-a

      3.显示指定作业的所有状态信息

          $qstat-f23.console

          mtime=SunApr2819:

54:

482002

          Output_Path=console:

/home/zhangxq/cpi.o23

          Priority=0

          qtime=SunApr2819:

54:

482002

          Rerunable=True

          Resource_List.cput=00:

00:

59

          Resource_List.nodect=2

          Resource_List.nodes=2:

ppn=1

          Variable_List=LJRS_O_HOME=/home/zhangxq,LJRS_O_LANG=en_US

          ……

      4.显示服务器的状态

          $qstat–B

          ServerMaxTotQueRunHldWatTrnExtStatus

          console00000000Active

   3、查询作业qselect

      语法：

qselect[-a[op]date_time][-Aaccount_string][-hold_list][-lresource_list][-Nname][-p[op]priority][-qdestination][-ry|n][-sstates][-uuser_list]

      参数：

op表示某一个作业属性值和选项参数值之间的关系。

如

      .eq.（等于）

      .ne.（不等于）

      .ge.（大于或等于）

      .gt.（大于）

      .le.（小于）

      其它参数含义见qsub命令。

      作用：

列出符合选项要求的作业ID。

这些作业来自于单个服务器。

如果没有任何选项，该命令则列出该用户被授权的服务器上的所有作业。

对那些普通用户来说，该命令只显示该用户所提交的作业。

      举例：

      1.查询用户所提交的作业

          $qsub-qlongcpi.ljrs

          28.console

          $qselect

          25.console

          28.console

      2.查询指定结点池中的作业

          $qstat

          JobidNameUserTimeUseSPool

          25.consolecpizhangxq0Qdque

          29.consolecpizhangxq0Rlong

          $qselect-Pdque

          25.console

      3.查询指定主机上的作业

          $qstat

          JobidNameUserTimeUseSPool

          25.consolecpizhangxq0Qdque

          29.consolecpizhangxq0Rlong

          $qselect-P@console

          25.console

          29.console

   4、挂起作业qhold

      语法：

qhold[-hhold_list]job_identifier…

      作用：

挂起批处理作业。

挂起有三种类型：

普通用户级‘u’、管理员级（操作员级）‘o’、系统级‘s’，缺省值为不挂起‘n’。

用户只能在用户级别挂起自己提交的作业，操作员可以在用户级和操作员级挂起任何作业，系统管理员可以在任何级别上挂起任何作业。

      在执行该命令时，如果作业在运行结点池里排队，那么作业将直接被挂起；如果作业处于运行状态，为了中断作业的执行，必须采取其他办法。

如果被挂起作业的主机系统支持一致点检查或者重新启动，则挂起正在运行作业将引发以下操作：

首先检查作业的一致性，然后释放该作业所占用的资源，最后该作业位于执行结点池中，处于挂起状态；如果被挂起作业的主机系统不支持一致点检查或者重新启动，则仅设置指定的挂起作业类型，而实际上并不能挂起，除非调用qrerun命令重新运行该作业时，该挂起请求才生效。

      举例：

      1.使用普通用户身份挂起作业

         $qhold-hu25.console$qstat

         JobidNameUserTimeUseSPool

         25.consolecpizhangxq0Hdque

      2.以操作员身份挂起作业

         $qhold-ho25

         qhold:

UnauthorizedRequest25.console

         $suroot

         $qhold-ho25

         $qstat

         JobidNameUserTimeUseSPool

         25.consolecpizhangxq0Hdque

   5、释放作业qrls

      语法：

qrls[-hhold_list]job_identifier...

      作用：

释放被挂起的批处理作业。

由于作业的挂起有三种类型：

USER、OPERATOR和SYSTEM。

所以，要释放不同类型的作业挂起，用户就必须具有相应的权限。

缺省为USER级

      举例：

释放在普通用户和操作员级被挂起的作业。

         $qstat

         JobidNameUserTimeUseSPool

         25.consolecpizhangxq0Hdque

         $qrls-huo25

         $qstat

         JobidNameUserTimeUseSPool

         25.consolecpizhangxq0Qdque

   6、重新运行作业qrerun

      语法：

qrerunjob_identifier...

      作用：

重新运行所指定的作业。

      举例：

如果作业允许别重新执行（缺省值是可以重新运行）。

ROOT用户运行该命令，可以终止本次运行，把该作业放入其原来所在的结点池中，重新运行。

          $qrerun27

          qrerun:

UnauthorizedRequest27.console

          $su–root

          $qstat

          JobidNameUserTimeUseSPool

          25.consolecpizhangxq0Qdque

          27.consolecpizhangxq0Rdque

          $qrerun27

          $qstat

          JobidNameUserTimeUseSPool

          25.consolecpizhangxq0Qdque

          27.consolecpizhangxq0Rdque

   7、更改作业属性qalter

      语法：

qalter[-adate_time][-Aaccount_string][-epath][-hhold_list][-jjoin][-kkeep][-lresource_list][-mmail_options][-Muser_list][-Nname][-opath][-ppriority][-rc][-uuser_list]job_identifier...

      参数：

各参数的含义见qsub命令。

      作用：

更改批处理作业的属性。

主要修改所指定作业ID的相关属性（选项表中所列出的属性）。

      举例：

1.更改批处理作业的运行时间属性。

          $qalter-a030925100023.console

      2.更改给用户发送邮件的时间为作业中止和运行结束时

          $qalter–mae23.console

   8、删除作业qdel

      语法：

qdel[-Wdelay|force]job_identifier...

      参数：

-W当指定delay时，表示在删除作业前需要等待的时间（秒）

当指定force时，强制删除该作业。

      作用：

删除批处理作业。

按照命令行中所指定的作业ID的顺序来删除作业。

      举例：

$qstat

          JobidNameUserTimeUseSPool

          22.consolecpizhangxq0Qlong

          $qdel22

   9、给作业发送消息qmsg

      语法：

qmsg[-E][-O]message_stringjob_identifier...

      参数：

-E将消息串写入错误输出文件

           -O将消息串写入输出文件

      作用：

给批处理作业发送消息。

该命令通过给作业的所有者（批处理服务器）发送消息，从而把消息写入作业的输出文件，也就是说，该命令并不是直接把消息写入作业的输出文件。

      举例：

给正在运行的作业发送消息，该消息被写入所指定作业的错误输出文件中。

          $qstat

          JobidNameUserTim