primerpremier5使用详解.docx

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primerpremier5使用详解

primer-premier5-使用详解

2. 安装好以后就会在程序中双击打开。

    开始设计克隆目的基因的引物。

打开后的界面如图。

点FILE---NEW—DNASEQUENCE如图所示。

输入目的基因片段，可以复制后用ctrl+V键拷贝到栏内，后应加数个N以备后续设计时加酶切位点及保护碱基，如图所示。

软件默认引物为二-五个碱基

可将鼠标点在设计框的3端从右向左删除7-9个碱基，保留16-18个配对即可 

在引物的5端加入选好的酶切位点并在其左侧加3个保护碱基，入该图加入HINDIII酶切位点及TTA保护碱基，完成后点analyze，认为可以后点OK。

选中左上角A图标，用鼠标拉动滑块将待选引物放至目的基因末端。

如图，选中EDITPRIMERS图标，开始设计反义链。

从3端删除7－9个碱基同正义链。

将酶切位点加在5端，应将产品目录所示的酶切位点序列从右至左加入（注意不要加反）如图加入BamHI酶切位点及CGC3个保护碱基。

完成后点analyze，认为可以后点OK。

最后分析结果如图，反义链的FALSEPRIMING可以不考虑，RATING表示引物评分也可以不考虑，主要看Tm值正义链和反义链相差不应超过3度。

GC含量不应超过60％

该软件有个缺点，不能保存分析结果，只能选择打印

如果设计RT-PCR检测的引物就如下所示。

同上输入目的基因片段，选SEARCH图标，选择参数，一般选PCRprimers---both—100至250个碱基，引物长短20＋/-2，searchparametere中的参数可以不选，为默认设置。

点OK。

显示满足设计参数的候选结果，点OK. 

点SENES选择正义链，RATING表示引物评分，最好选评分高的。

点ANTI-SENSE,相同方式选择反义链。

整个一队引物评价同目的基因克隆的引物设计相同 

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