VASP经典学习教程有用文档格式.docx
《VASP经典学习教程有用文档格式.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《VASP经典学习教程有用文档格式.docx（34页珍藏版）》请在冰点文库上搜索。
mv：
移动文件；
pwd：
显示当前路径。
rmINCARrma*（删除以a开头的所有文件）
rm-rfabc（强制删除文件abc）
tar：
解压缩文件。
压缩文件？
？
rar
1.1.5系统信息
df：
分区占用大小。
df-h
du：
各级目录的大小。
top：
运行的任务。
psax：
查看详细任务。
kill：
杀死任务。
kill12058〔杀死PID为12058的任务〕
PID为top命令的第一列数字。
第二章SSH软件使用
2.1软件界面
SSH界面
SSHtransfer
2.2SSHtransfer的应用
2.2.1文件传输
从本地文件中，把所需的计算文件直接拖到效劳器中。
一般就是VASP计算的四个文件INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR。
2.2.2简单应用
在右侧文件夹中可以直接构建文件夹，删除文件，修改文件。
从SSH要cd到某个文件夹下时，可先从SSHtransfer进入，直接复制路径栏，可快速进入。
第三章VASP的四个输入文件
3.1INCAR
SYSTEM=name
ENCUT=400
PREC=Medium
EDIFF=5E-4
EDIFFG=-0.1
GGA=91
VOSKWN=1!
磁性计算
ISYM=0!
对称0无1有
LREAL=.FALSE.!
倒空间
ISPIN=2!
2磁性计算1不进展
ISTART=0!
0初次计算，1再次计算
ICHARG=2!
2构造原子密度
ISMEAR=2!
-5半导体；
DOS静态计算0；
原胞较大，k点小于4，单个原子，小分子；
12金属体系。
SIGMA=0.1
IBRION=2!
1DIIS,2CG,5频率，3过渡态
ISIF=2!
2构造优化，3晶胞优化
NSW=200!
离子运动步数
POTIM=0.05!
步长
NELMIN=4!
最小迭代次数
NELM=200!
最多迭代次数
LWAVE=.FALSE.!
不输出波函数
LCHARG=.FALSE.!
不输出密度函数
3.2KPOINTS
对于外表
surface
M
551
000
对于分子和原子
atomormolcular
1
Rec
0001
3.3POSCAR
CH4在Co100外表Top位的吸附!
（名称）
1.0
5.01200008390.00000000000.0000000000
0.00000000005.01200008390.0000000000
0.00000000000.000000000015.3159999847
CoHC
1641
S
Direct
0.0000000000.0000000000.108070001TTT
0.0000000000.0000000000.333149999TTT
0.2500000000.2500000000.000000000FFF
0.2500100140.2500000000.225119993TTT
0.5000000000.0000000000.108060002TTT
0.5000000000.0000000000.333149999TTT
0.7500000000.2500000000.000000000FFF
0.7499899860.2500000000.225119993TTT
0.0000000000.5000000000.108070001TTT
0.0000000000.5000000000.333139986TTT
0.2500000000.7500000000.000000000FFF
0.2500100140.7500000000.225130007TTT
0.5000000000.5000000000.108070001TTT
0.5000000000.5000000000.333149999TTT
0.7500000000.7500000000.000000000FFF
0.7499899860.7500000000.225119993TTT
0.5000799890.5014299750.451510012TTT
0.2928200070.5022199750.546630025TTT
0.6018900280.6809200050.546850026TTT
0.6020900010.3238700030.547209978TTT
0.4992400110.5021299720.523060024TTT
3.4POTCAR
从赝势库中找到所需元素的赝势文件，命名规那么为：
POTCAR-C（元素）。
把这几个文件放到一个文件夹下，按照前面POSCAR中的元素顺序合并在一起。
命令为：
catPOTCAR-CoPOTCAR-HPOTCAR-C>
POTCAR
第四章实例
CO+H－CHOCu（100）
4.1模型的构建
过程：
首先通过MS构建好所需模型，导出为*.cif格式；
导入到Vesta程序中，输出为*.vasp。
根据前面所讲的POSCAR格式修改，得到所需文件。
图解：
1.创立MS文件：
2.导入Cu晶胞
3.导出为Cif格式
翻开File---export，保存类型为*.cif，保存在指定位置。
4.通过Vesta导出为*.vasp
直接把Cu.cif拖到vesta程序中，翻开File---ExportData...，保存类型为*.vasp，保存在指定位置。
5.用写字板翻开Cu.vasp
根据所需要求修改Cu.vasp，这里不需要修改。
在吸附外表时那么需要固定，见3.3。
CIFfile
3.61470007900.00000000000.0000000000
0.00000000003.61470007900.0000000000
0.00000000000.00000000003.6147000790
Cu
4
0.0000000000.0000000000.000000000
0.0000000000.5000000000.500000000
0.5000000000.0000000000.500000000
0.5000000000.5000000000.000000000
4.2VASP计算
4.2.1参数测试〔VASP〕参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。
是都要验证吗？
还是只要验证其中一些？
一、检验赝势的好坏：
赝势的好坏这里是特意举例铜原子的吧？
还是算铜的晶胞时只用算一下一个铜原子的就行?
〔一〕方法：
对单个原子进展计算；
〔二〕要求：
1、对称性和自旋极化均采用默认值；
2、ENCUT要足够大；
3、原胞的大小要足够大，一般设置为15Å
足矣，对某些元素还可以取得更小一些。
〔三〕以计算单个Cu原子为例：
1、INCAR文件：
SYSTEM=Cuatom
ENCUT=450.00eV
NELMDL=5
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
2、POSCAR文件：
atom
10.00
1.000.000.00
0.001.000.00
0.000.001.00
Cu
0.50.50.5
3、KPOINTS文件：
Automatic
Gamma
111
4、POTCAR文件：
〔略〕
〔四〕计算任务执行方法：
输入：
mpirun-np4vasp>
log&
〔五〕赝势好的判断标准：
计算得到的OUTCAR文件中的“energywithoutentropy〞能量值在-0.001～-0.01eV之间。
命令：
grep'
energywithoutentropy'
OUTCAR|tail-1
计算结果为：
二、筛选适宜的ENCUT大小：
〔一〕输入文件：
1、用脚本程序optencut.sh代替INCAR文件：
rmWAVECAR
foriin300350400450500
do
cat>
INCAR<
<
!
SYSTEM=Cu
ENCUT=$i
ISTART=0;
ICHARG=2
ISMEAR=-5
PREC=Accurate
echo"
ENCUT=$ieV"
;
timempirun-np2vasp>
E=$（grep"
TOTEN"
OUTCAR|tail-1|awk'
{printf"
%12.6f\n"
$5}'
）
echo$i$E>
>
ment
done
每个任务2核，5个截断能，共要10核。
Cucell
3.61470007900.00000000000.0000000000
0.00000000003.61470007900.0000000000
0.00000000000.00000000003.6147000790
0.0000000000.0000000000.000000000
0.0000000000.5000000000.500000000
0.5000000000.0000000000.500000000
0.5000000000.5000000000.000000000
A
888
0.00.00.0
〔二〕计算任务执行方法：
dos2unixoptencut.sh
bashoptencut.sh
〔三〕判别标准：
计算完成后得到ment文件，它列出了在每个ENCUT时计算得到的相应的总能，只要总能变化在0.001eV左右就足够了。
三、选择适宜的k点数目：
ISTART=0;
3、用脚本程序optkpoints.sh代替KPOINTS文件：
foriin678910
KPOINTS<
Automaticgeneration
Monkhorst-pack
$i$i$i
kmesh=$ix$ix$i"
timempirun-np8vasp>
KP=$（grep"
irreducible"
%5i\n"
$2}'
echo$i$KP$E>
dos2unixoptkpoints.sh
bashoptkpoints.sh
计算完成后得到ment文件，它列出了在k点数目与总能的对应值，只要总能变化在0.001eV左右就非常足够了。
四、优化选择适宜的SIGMA值〔展宽σ值〕：
〔一〕为什么要优化SIGMA值？
假设展宽σ太小，那么计算难以收敛；
假设展宽σ太大，那么会产生多余的熵（entropy），因此必须选择适宜的σ值。
（Toolargesmearing-parametersmightresultinawrongtotalenergy,smallsmearingparametersrequirealargek-pointmesh.）
〔二〕ISMEAR和SIGMA：
1、ISMEAR和SIGMA这两个关键词要联合起来使用，前者用来指定smearing的方法，后者用来指定smearing的展宽——σ值。
2、ISMEAR和SIGMA的默认值分别为1和0.2。
3、ISMEAR可能的取值为-5，-4，-3，-2，-1，0，N（N表示正整数）：
ISMEAR＝-5，表示采用Blochl修正的四面体方法；
ISMEAR＝-4，表示采用四面体方法，但是没有Blochl修正；
ISMEAR＝-1，表示采用Fermi-Diracsmearing方法；
ISMEAR＝0，表示采用Gaussiansmearing方法；
ISMEAR＝N，表示采用Methfessel-Paxtonsmearing方法，其中N是表示此方法中的阶数，一般情况下N取1或2,但是Inmostcases
and
leadstoverysimilarresults。
4、σ值一般在0.1～0.3eVX围内。
5、ISMEAR取值的一些经历：
〔1〕一般说来，无论是对何种体系，进展何种性质的计算，采用ISMEAR＝0并选择一个适宜的SIGMA值，都能得到合理的结果。
〔2〕在进展静态计算〔能量单点计算,norelaxationinmetals〕或态密度计算且k点数目大于4时，取ISMEAR＝-5。
〔3〕当原胞较大而k点数目较小〔小于4个〕时，取ISMEAR＝0，并选择一个适宜的SIGMA值。
（Ifthecellistoolarge（orifyouuseonlyasingleortwok-points）useISMEAR=0inbinationwithasmallSIGMA=0.05）
〔4〕对半导体或绝缘体，不管是静态还是构造优化计算，都取ISMEAR＝-5。
（Mind:
AvoidtouseISMEAR>
0forsemiconductorsandinsulators,sinceitmightcauseproblems.ForinsulatorsuseISMEAR=0orISMEAR=-5.）
〔5〕对金属体系（forrelaxationsinmetals），取ISMEAR＝1或2，并选择一个适宜的SIGMA值。
〔三〕当采用ISMEAR＝0或N时，如何优化选择适宜的SIGMA值？
1、用脚本程序optsigma.sh代替INCAR文件：
foriin0.100.120.140.160.180.200.220.240.260.280.30
SYSTEM=bccFe
ENCUT=450
ISMEAR=0;
SIGMA=$i
SIGMA=$ieV"
timevasp
TS=$（grep"
EENTRO"
OUTCAR|tail-1|awk'
echo$i$TS>
999
dos2unixoptsigma.sh
bashoptsigma.sh
〔五〕判断标准：
熵（entropy）越小越好，选择entropyT*SEENTRO值中最小的那个所对应的SIGMA。
（SIGMAshouldbeaslargeaspossiblekeepingthedifferencebetweenthefreeenergyandthetotalenergy（i.e.theterm'
entropyT*S'
）intheOUTCARfilenegligible（1meV/atom）.）
〔五〕注意：
1、当k点的数目发生变化后，要重新优化选择SIGMA值。
4.2.2晶胞优化（Cu）
INCAR
PREC=Medium
EDIFF=5E-6
EDIFFG=-0.01
GGA=91
ISYM=1
LREAL=.FALSE.
ISTART=0
ICHARG=2
INIWAV=1
ISMEAR=2
SIGMA=0.1
IBRION=2
ISIF=3
NSW=200
POTIM=0.5
NELMIN=4
NELM=200
NELMDL=-5
ALGO=F
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
POSCAR
KPOINTS
888
POTCAR〔略〕
mpirun–np8vasp>
计算结果：
查看CONTCAR，获取晶胞参数a=b=c=3.629误差=0.4%
优化后的构造为CONTCAR，导出保存为***.vasp，通过Vesta翻开输出为.cif格式的文件，可用MS翻开。
4.2.3Cu（100）外表的能量
从MS构建模型，直到获得POSCAR。
SYSTEM=Cu100
PREC=Medium
LREAL=.FALSE.
ICHARG=2
ISIF=2
NSW=200
NELM=200
5.11199998860.00000000000.0000000000
0.00000000005.11199998860.0000000000
0.00000000000.000000000015.4221000671
16
0.0000000000.0000000000.117190003TTT
0.0000000000.0000000000.351579994TTT
0.2500000000.2500000000.234390005TTT
0.5000000000.0000000000.117190003TTT
0.5000000000.0000000000.351579994TTT
0.7500000000.2500000000.000000000FFF
0.7500000000.2500000000.234390005TTT
0.0000000000.5000000000.117190003TTT
0.0000000000.5000000
升级会员 