LAMMPS手册中文版讲解Word格式.docx
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粒子和模拟的类型：
（atomstyle命令）
原子
粗粒化粒子
全原子聚合物，有机份子，蛋白质，DNA
联合原子聚合物或有机份子
金属
粒子资料
粗粒化介不雅模型
延伸球形与椭圆形粒子
点偶极粒子
刚性粒子
所有上面的杂化类型
力场：
（命令：
pairstyle,bondstyle,anglestyle,dihedralstyle,improperstyle,kspacestyle）
对相互作用势：
L-J,Buckingham,Morse,Yukawa,soft,class2（COMPASS）,tabulated.
带点对相互作用势：
Coulombic,point-dipole.
多体作用势：
EAM,Finnis/SinclairEAM,modifiedEAM（MEAM）,Stillinger-Weber,Tersoff,AIREBO,ReaxFF
粗粒化作用势：
DPD,GayBerne,Resquared,Colloidal,DLVO
介不雅作用势：
granular,Peridynamics
键势能：
harmonic,FENE,Morse,nonlinear,class2,quartic
键角势能：
harmonic,CHARMM,cosine,cosine/squared,class2（COMPASS）
二面角势能：
harmonic,CHARMM,multi-harmonic,helix,OPLS,class2（COMPASS）
不合理势能：
harmonic,CVFF,class2（COMPASS）
聚合物势能：
all-atom,united-atom,bead-spring,breakable
水势能：
TIP3P，TIP4P，SPC
隐式溶剂势能：
hydrodynamiclubrication,Debye
长程库伦与分离：
Ewald,PPPM,Ewald/N（针对长程L-J作用）
可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场
可以采取GPU加快的成对类型
杂化势能函数：
multiplepair,bond,angle,dihedral,improperpotentials（多对势能处于更高的优先级）
原子创建：
read_data,lattice,create-atoms,delete-atoms,displace-atoms,replicate）
从文件中读入各个原子的坐标
在一个或多个晶格中创建原子
删除几何或逻辑原子基团
复制已存在的原子多次
替换原子
系综，约束条件，鸿沟条件：
fix）
二维和三维体系
正角或非正角模拟空间
常NVE，NVT，NPT，NPH积分器
原子基团与几何区域可选择不合的温度控制器
有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）
模拟合子的变形（扭曲与剪切）
简谐（unbrella）束缚力
刚体约束
摇摆键与键角约束
各类鸿沟情况
非平行太份子动力学NEMD
各类附加鸿沟条件和约束
积分器：
Velocity-verlet积分器
Brown积分器
rRESPA承继时间延化积分器
刚体积分器
共轭梯度或最束下降算法能量最小化器
输出：
dump,restart）
热力学信息日志
原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件
二进制重启文件
各原子量包含：
能量，压力，中心对称参数，CAN等
用户自定义系统宽度或各原子的计较信息
每个原子的时间与空间平均
系统宽量的时间平均
原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格局
数据的前处理与后处理：
包里提供了一系列的前处理与后处理东西
另外，可以使用独立刊行的东西组pizza.py,它可以进行LAMMPS模拟的设置，阐发，作图和可视化任务.
特别功效：
实时的可视化与交互式MD模拟
与有限元办法结合进行原子-连续体模拟
在POEMS库中提供了刚体积分东西
并行裉火
并行复制动力学
对低密度液体直接使用MC模拟
Peridynamic介不雅建模
目标型与无目标型份子动力学
双温度电子模型
LAMMPS不具备的功效：
由于LAMMPS是对牛顿运动方程积分的东西，所以良多需要的数据前处理与后处理功效是LAMMPS焦点不具备的.其原因为：
包管LAMMPS的小巧性
前处理与后处理不克不及进行并交运算
这些功效可以有其它东西来完成
原代码开发的局限性
特别地，LAMMPS不克不及：
通过图形用户界面来任务
创建份子体系
自动的加上力场系数
为MD模拟提供智能化的数据阐发
MD的可视化
为输出数据作图
我们需要为LAMMPS输入一系列的原子类型，原子坐标，份子拓朴信息和所有原子与键的力场参数.LAMMPS不会自动的为我们创建份子体系与力场参数.
对与原子体系，LAMMPS提供了creat-atoms命令来为固态晶格加上原子.可以能过paircoeff,bondcoeff,anglecoeff等命来加上小数目的力场参数.对于份子体系或更庞杂的模拟体系，我们通常会用其它东西来创建或是转换LAMMPS输出文件来做到这些事情.有的还会写一些自已的代码来完成这项任务.
对于一个庞杂的份子体系（如，蛋白质），我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场参数.所以我们建议用CHARMM或AMBER或其它的份子建模器来完成这些任务，并把之输到一个文件中去.然后，改动其格局以达到LAMMPS所允许的输入格局.
同样，LAMMPS的输出文件是一种复杂的文本格局，我们也可以通过其它的东西来换专这些格局.
我们可以用以下几个软件来完成高质量的可视任务：
VMD
AtomEye
Pymol
Raster3d
RasMol
最后要说一下的是，以下这些也是自由份子动力学包，它们大多数是并行的，可能也适合来完成你的研究任务，当然也可以与LAMMPS联合起来使用以完成模拟任务.
CHARMM
AMBER
NAMD
NWCHEM
DL_POLY
Tinker
CHARMM，AMBER，NAMD，NWCHEM，Tinker是专们用于模拟生物份子的.
二、开始
本部分主要描述如何创建和运行LAMMPS.
1．在LAMMPS刊行包理含有：
README
LICENSE
Bench：
测式任务
Doc：
文本
Examples：
复杂的测试任务
Potentials：
嵌入原子办法与力场文件
Src：
源代码
Tools:
前处理与后处理东西
假设你下载的是windows可执行文件的话，你里面只有一个文件（并行与非并行两种）
L
2.编译LAMMPS
之前的任务：
编译LAMMPS不是一个繁琐的任务.首先你可能要写一个makefile文件，里面要选择编译器，附加的一些将要用到的库等.事先装上MPI或FFT等库.
编译出一个可执行LAMMPS：
在SRC目录里头含有C++源文件和头文件.当然也包含一个高水平的Makefile，在MAKE目录里头有几个低水平的Makefile.*files辨别适有不合的平台.进入SRC目录，输入make或gmake，你将会看到一列的可选项.假设其中有一种合适你的机械，你可以输入像下面一样的命令：
Makelinux
Gmakemac
注意，在一个多处理器或多核处理器的平台上你可以进行平行编译，在make命令中使用“-j”选项就可以，这样编译起来会更快一些.
在此进程中不产生错误的话，你可以得到一个类似于lmp-linux的可执行文件.
在编译进程当中将会产生的罕有错误：
（1）如果编译进程当中产生错误，并提示不克不及找到一个含有通配符*为名的文件的话，说明你机械上的make器允许makefile中使用通配符.那就偿式使用gmake.如还不成的话，就试试参加-f选项，用Makefile.list作为make对像.如：
Makemakelist
Make–fmakefile.listlinux
Gmake–fmakefile.lstmac
（2）当你使用低水平的makefile时，可能由于对机械的设置不正确，会导致一些错误.假设你的平台叫“foo”,的话，你将要在MAKE目录中创建一个Makefile.foo.使用任何一个与你机械相近的文件作为开始总是一个不错的选择.
（3）如你在链接的时候出现库丢失或少了依赖关系的话，可能是由于：
你编译的包需要一个附加的库，但却没有事先编译需要的packagelibaray.
你要链接的库在你的系统中不存在.
没有连接到需要的系统库
后两种问题出现，你就需要修改你的低水平makefile.foo.
编辑一个新的低水平makefile.foo:
（1）在#后的句子中，替换foo，不管你写成什么，这一即将会出现在屏幕上，如果你只输入make命令的话.
（2）在“complier/linkersettings”部分为你的C++编译器列出编译器与链接器的设置，包含优化符号.你可以在任何UNIX系统中使用G++编译器.当然你也可以用MPICC，如果你的系统中装置了MPI的话.
如过在编译进程当中需要符加的库的话，你必须在LIB变量中列出来.
DEPFLAGS设置可以让C++编译器创建一个源文件的依赖关系列表，当源文件或头文件改动的时候可以放慢编译速度.有些编译器不克不及创建依赖关系列表，或你可以用选项—D来实现.G++可以使用-D.如果你的编译器不克不及创建依赖关系文件的话，那么你就需要创建一个Makefile.foo来与Makefile.storm（它用一系列的不需要依赖文件的计划）相对应.
（3）“system-specificsettings”部分有四个小部分：
ALMP—INC变量，包含一些与系统相关的条件选项.
B3个MPI变量用于指定MPI库.
如你要进行并行计较的话，那么你必须在你的平台上安上MPI库.如你想用MPI内置C++编译器的话，你可以让这三个变量空着，如你不必MPICC的话，那么，你要指定MPI.h（MPI_INC）文件在哪，MPI（MPI_PATH）库在哪，还有库名（MPI_LIB）.
如果你想自已装置MPI的话，我们建议用MPICH1.2或2.0.LAMMPI也可以.如果我的是大平始的话，你的供给商已经为你装上了MPI，其可能比MPICH或LAM更快，你可以把找出来并与之链接.如你用LAM或MPICH，你必须要设置他并编译他使之适合你的平台.
如果你想在单处理器的机械上运行的话，你可以用STIBS库，这样你就可以不必在你的系统中装置MPI库.防照makefile.serial，看是如果设置这三个变量的.当然你在编译LAMMPS之前你必须创建STUBS库.在STUBS目录中，输入make，不出错的话你将会得到一个libmpi.a文件可供链接到LAMMPS.当出错，你则要修改STUBS下的MAKEFILE.
STUBS/MPI.CPP有一个CPU计时器MPI_Wtime（）可以调用gettimeofday（）.如你的系统不支持gettimeofday（），则你就要拔出一句代码来调用另一个计时器，要注意的是，clock（）函数在一个小时之后会归0，所以对于一个长时间的LAMMPS模拟来说这是不敷用的.
CFTT变量用于指定FFT库，当要用到kspace-style命令来计较长程库伦作用时使用PPPM选项时要用到.
要使用此选项，你必须要在你的机械上装置一个一维的FFT库.可以能过开关—DFFT—XXX来指定，其中XXX=INTEL，DEC，SGI，SCSL，或FFTW.没有办法的情况下可以用供给商提供的库.FFTW是一个快速的，可移植性的库，它可以在任何一个平台上运行.最好2.1.X本.编译FFTW库时只要用./configure;
make就可以.不任你是用哪一种FFT库，你都要在makefile.foo中正确的设置咱们的FFT_INC,FFT_PATH,FFT_LIB.
当然，你如果不必PPPM的话，你将没有需要装置FFT库.这种情况下，你可以把FFT_INC设成-DFFT-NONE并让其它几个变量空着.你也可以在编译LAMMPS时把KSPACE包剔除.
D几个SYSLIB和SYSPATH变量你可以疏忽，除非你在编译LAMMPS时其中有一个或几个包要用到附加的系统库.所有这些包都的的名称都将会是SYSLIB和SYSPATH变量的前辍.SYSLIB变量将列出系统库.SYSPATH则是路径，只有当这些库为非默认路径时才有设定.
最后，当你正确的写好了makefile.foo和预编译好了所有的其它库（MPI,FFT,包库等）之后，你只要在SRC目录下输入下面其中一个命令就可以了
Makefoo
Gmakefoo
不出意外，你将会得到lmp_foo的可执行文件.
附加建义
（1）为多平台编译LAMMPS
你可以在同一个SRC目录下为多平台编译LAMMPS.每一个目标都有他自已的目标路径，Obj_name用于存贮指定系统的目标文件.
（2）清理
输入makeclear-all或makeclean-foo将会清理LAMMPS在编译时创建的目标文件.
（3）为windows编译LAMMPS
在LAMMPS下载页面上可以下载已经编译好了的windows可执行文件.
如已经编译好了的windows可执行文件不克不及满足你的要求的时候，你可以在windows平台上从源文件编译LAMMPS.但是不建义这么做.见./src/MAKE/Windows.
3如何有选择性的编译LAMMPS
参加/剔除包
在LAMMPS编译之前可以参加或剔除所有或部分包.
只有两种况下是列外，GPU和OPT包.这此包中相互联系关系的包必须包含在一起.如果不是这样，那么在GPU和OPT子目录下的所有包都不克不及装置.要装置GPU包里的全部文件，asphere包须装置.要装置OPT下的所有文件，那么kspace与manybody包须首先装置.
当然，由于某些模拟用不到其中的某些包，那么你想把这些包剔除这是可以的.这样你就可以不必编译一些额定的库，当然你的可执行文件也将会更小，运行起来也会更快.
默认情况下，LAMMPS只包含kspace,manybody,molecule这三个包.
可以通过如makeyes-name,makeno-name来参加和剔除一些包，当然你也可以用makeyes-standard,makeno-standard,makeyes–user,makeno-user,makeyes-all,makeno-all参加或剔除各类包.Makepackage可以看到多个选项.
3运行LAMMPS
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