《生物医学文献与网络资源》教学大纲.docx
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《生物医学文献与网络资源》教学大纲
《生物医学文献与网络资源》
教学大纲
一、前言
【教学目的】
《生物医学文献与网络资源》是一门研究各类生物医学信息资源包括图书、期刊等各种出版物以及互联网上医学信息资源的学科。
是信息管理与信息系统（医学）系学生的必修课。
学习生物医学文献，不仅能使学生全面了解世界的医学信息资源概况，特别是权威医学信息资源（包括印刷型的和国际互联网上的），还能使学生掌握世界医学文献的发展规律和互联网上信息资源的分布规律，认识医学信息资源在医学发展过程中的巨大作用,为今后的信息服务工作做好文献与信息资源储备，同时为培养强烈的信息意识和信息观念开辟良好的开端。
【教学对象】
本大纲适用于信息管理与信息系统（医学）系本科学生。
【教学内容】
本大纲将教学内容分成理论与应用两个模块：
理论模块包括总论与各论（以学科为框架，以资源类型为主线讲授）二个部分，应用模块为模拟实践部分（采用PBL模式），并提出各章节的教学目的和要求，力求使学生既掌握文献学基本理论、网络资源与文献资源分布的基本规律，又具备信息搜集、分析和利用的基本技能，初具为读者做基本的信息服务工作的能力。
【教学原则与方法】
贯彻理论联系实际的原则，发挥教师的主导作用，充分调动学生学习的积极性，促其发挥主动性和创造性。
利用计算机辅助教学（课堂用笔记本电脑和投影仪演示课件和虚拟网页，实习利用CAI教室）和书刊实物（课堂展示和印刷版文献实习）辅助教学，讲授与实习相结合，实习题设计难易适中，着眼于锻炼学生综合利用各类型资源解决实际问题的能力。
这一主导教学方法贯穿于本课程各章的教学中。
根据教学内容的特点和重要程度，在各章教学过程中穿插利用提问、讨论等手段调动学生的学习热情，使其积极参与到教与学的活动当中，以期达到最佳的教学效果。
二、教学时数分配
《生物医学文献与网络资源》课程学时数为66学时，其中总论部分8学时、各论部分20学时，模拟实践部分38学时。
理论课与实验课时比例为1:
1.4。
章（节）
授课内容
学时数
理论模块：
总论
第一章
卫生信息资源概述
2
第二章
生物医学互联网指南与重要大型目录
2
第三章
生物医学综合性教育与研究信息资源
2
第四章
重要政府机构的信息资源（WHO和美国NIH、CDC、FDA）
2
小计
8
理论模块：
各论
第五章
形态与机能学科信息资源
2
第六章
生物化学、分子生物学、细胞生物学、医学遗传学和免疫学信息资源
2
第七章
药/毒（理）学、病原生物学和神经科学信息资源
2
第八章
预防医学信息资源
2
第九章
内科学信息资源（含综合内科及各分支内科学）
2
第十章
外科学信息资源（含综合外科及各分支外科学）
2
第十一章
传染病学信息资源
2
第十二章
老年医学与老年病学信息资源
2
第十三章
循证医学信息资源
2
第十四章
肿瘤学信息资源
2
小计
20
应用模块：
模拟实践（PBL）
基本实验
生物医学综合性核心网站、基础医学与临床医学核心网站
实验二
网络资源学科或专题信息门户构建
18
实验三
网络资源案例解析
20
小计
38
总计
66
三、教学内容与要求
理论部分
第一章卫生信息资源概述
【目的和要求】
1．掌握精选文献，利用文献的方法，增强信息敏感性。
2．了解互联网上信息资源的类型及各类型信息资源的特点。
3．学习如何在网络开始搜索信息资源。
4．初步掌握网络期刊、政府机构及学术团体网页等核心网上信息资源。
【教学内容】
1.卫生信息资源的含义、类型与特征。
2.生物医学核心信息资源网络（导航图）。
3.网络搜索引擎的分类及各自的优缺点。
4.卫生信息资源评价优选的必要性与方法。
【授课学时】2学时
第二章生物医学互联网指南与重要大型目录
【目的和要求】
1．要求学生掌握各搜索引擎与大型目录的内容特色、学科覆盖。
2.了解各网站重要栏目内容，Internet网址。
【教学内容】
1.瑞士卫生网（HealthontheNet，HON）（http:
//www.hon.ch/）
a）HONselect，从检索框输入主题词，或者从疾病Diseases、病毒与药物VirusesandDrugs、解剖Anatomy、精神病与心理学PsychiatryandPsychology，选取医学主题词。
b）MedHunt（http:
//www.hon.ch/MedHunt），在检索框输入自由词。
c）HONmedia（http:
//www.hon.ch/cgi-bin/HONmedia/），医学影像（录像）。
2.INTUTE（http:
//www.intute.ac.uk/healthandlifesciences/）
a）重点Medicine和Bioresearch两大部分，比较检出站点的不同。
b）利用医学主题词浏览（BrowseMeSHHeadings）功能收集网址。
3.瑞典卡洛林斯卡学院（KI）医学信息中心（http:
//www.mic.ki.se/Diseases/index.html）
a）NewsinBiomedicine（http:
//www.mic.ki.se/Diseases/Mednews.html），综览（瑞典）诺贝尔生理或医学奖获得者成就信息，（美国）NIH，CDC，FDA，WHO，美国、英国医学会，Nature杂志及一些重要生物医学网站的新闻。
b）Diseases&Disorders，BiomedicalLinks，MedicalImages，ClinicalCaseStudies，等栏目信息资源。
4.科学出版物国际网络（InternationalNetworkfortheAvailabilityofScientificPublications，INASP）（http:
//www.inasp.info/health/links/contents.shtml）
a）综合卫生资源（GeneralHealthResources）大类下的19个类目中，展示词典与专业词汇、全文电子图书fulltextE-Books、全文电子杂志FulltextE-journals、影像集ImageCollections、医学教育与临床技能MedicalEducationandClinicalSkills等五类内容。
b）Highwire、PubMedCentral查免费期刊全文。
c）Freebook4doctors、NCBIBooklist查免费的图书。
5.MedicalStudent（
6.eMedicine（
7.MDLinx（
8.Doctors’Guide，学科或专题的最近期刊论文，医学新闻信息，病例讨论，国际会议消息等。
9.Medscape（
a）Conferences（学术会议内容概述）
b）ResourceCenters（资源中心）
c）Journals&Reference（杂志与参考工具）
d）相关药物信息
10.日内瓦医学教育与研究基金会（GenevaFoundationforMedicalEducationandResearch，GFMER）（http:
//www.gfmer.ch/Medical_journals/Free_medical.php）。
【授课学时】2学时
第三章生物医学综合性教育与研究信息资源
【目的和要求】
1．要求学生掌握中、美、英、日文综合性生物医学期刊的学术特色，栏目内容及各刊的Internet网址。
2．掌握国际、国内著名的，可免费利用的图书、讲义及图谱，辞典工具和影响较大的学会协会信息资源。
3．掌握网络版内容的丰富性、时效性及链接特性。
【教学内容】
1.生物医学综合性期刊杂志：
《中国科学（C辑）生命科学》、《中华医学杂志》中英文版、《Nature》及其姊妹刊、《Science》、《Cell》、《ProcNationalAcademyofSciencesofU.S.A，》、《FASEBJournal》、《JournalofClinicalInvestigation》、《NewEnglJMed》、《Lancet》、《JAMA》、《BMJ》、《医学のあゆみ》及综述系列杂志等刊的学术背景，沿革，学科特色（有影响的经典学术论文）及其主要栏目,网络版的内容特色及链接特性、特点。
2.著作与讲义：
INASP与NCBI免费图书、临床检查指南、临床医师手册（GPNoteBook）、在线实验检验（Labtestsonline）、ARUP临床实验检验指南，掌握内容特色、使用方法，以及同类型资源的比较。
3.综合性指南
4.数据库：
NCBI、英国临床数据库指南、英国卫生科学电子图书馆、医学算法数据库
5.辞典与百科全书：
中国医学百科全书、汉英医学大词典、英汉医学辞典、Dorland’sIllustratedMedicalDictonary、Stedman医学辞典、Onelook、在线医学辞典、A.D.A.M.、MeSH词表
6.图谱与影像
7.学术机构：
介绍AAMC、RCP，讲述学会网页的内容特点，特别是在提供医学教育、继续医学教育及病人教育方面的特点及在了解学术机构、学科带头人等信息方面的独特功效。
【授课学时】2学时
第四章WHO、NIH、CDC、FDA的信息资源
【目的和要求】
1．了解四个重要机构的概况，学术内容重要性、特殊性与特色，初步形成权威、核心机构类型信息源的思路。
2．掌握四个重要机构网站的特色栏目，特别是各自的特征性数据库特点。
3．体会权威机构信息资源的丰富性、权威性及前沿性。
【教学内容】
1.了解世界卫生组织（WHO）的宗旨与使命、历史变化、成员国家等概况，掌握所提供的，WHO独有的重要信息资源，特别是其7种出版物和统计信息系统（WHOSIS）等。
2.讲述美国国立卫生研究院（NIH）及下属各研究所的宗旨与使命、历史变化等概况，掌握所提供的重要信息资源，特别是其健康专题、数据库（如Clinicaltrials.gov）、科研资助等。
3.讲述国疾病控制与预防中心（CDC）概况、下设机构，出版杂志，基因组学，CDCWonder数据库，以及深入获取CDC信息资源的途径。
4.讲述美国食品与药品监督管理局（FDA）概况、指导性文件（GuidanceDocuments）、手册，以及深入获取FDA信息资源的途径。
【授课学时】2学时
第五章形态与机能学科信息资源教学大纲
【目的和要求】
1.掌握各学科重要学术机构网站提供的信息特色；
2.掌握各学科重要学术期刊及其载文内容特色；
3.掌握各学科重要著作和知识库；
4.掌握形态学科重要图谱和影像资料库；
5.掌握PhysioBank等重要信号记录文本库的内容特色；
6.了解各学科相关标准、指南、工具书等资源。
【教学内容】
unit_5_1_解剖学、组织学和胚胎发育学信息资源
1.以AmericanAssociationofAnatomists（AAA）（http:
//www.anatomy.org/）学会提供了解剖学经典学术资源，它先后主办三种期刊：
目前主办期刊《AnatomicalRecord》和《DevelopmentalDynamics》，后者前身是《AmericanJournalofAnatomy》。
这三种期刊的历史和沿革关系应予厘清，沿革的意义应予深刻认识。
AmericanAssociationofAnatomists（AAA）（http:
//www.anatomy.org/）创建有虚拟器官库VirtualOrganLibrary（http:
//www.anatomy.org/Education/virtual_organ_image_library/default.asp）。
该库包含丰富的解剖学、组织学、发育学、脑、以及其它图库和电影资料，是极为有价值的学习资源和学术参考资料。
2.英国发育生物学会（BritishSocietyforDevelopmentalBiology（BSDB）-TheProfessionalOrganisationforDevelopmentalBiologyintheUK，http:
//www.bms.ed.ac.uk/services/webspace/bsdb/welcome.htm）主办在线发育生物学数据库以及发育生物学期刊《Development》和《JournalofAnatomy》。
3.美国国立卫生研究院国立医学图书馆的人类可视化计划TheVisibleHumanProject®（http:
//www.nlm.nih.gov/research/visible/visible_human.html）及其M先导计划（NLMInitiatives，http:
//www.nlm.nih.gov/research/visible/visible_human.html）任务、目标、意义和网站内容。
4.《格氏解剖学》的内容和评价及其系列版本的变革。
unit_5_2_生理学信息资源
1.美国生理学会（AmericanPhysiologicalSociety，APShttp:
//www.the-aps.org/）及其主办的期刊：
+美国生理学杂志（AmericanJournalofPhysiology），应用生理学杂志（JournalofAppliedPhysiology），+神经生理学杂志（JournalofNeurophysiology），生理基因组学（PhysiologicalGenomics），生理（Physiology），*生理学教育进展（AdvancesinPhysiologyEducation），生理学家（ThePhysiologist），生理学评论（PhysiologicalReviews）。
其中综述杂志是：
生理（Physiology）和生理学评论（PhysiologicalReviews），最新创刊的是《生理基因组学（PhysiologicalGenomics），生理（Physiology）》。
2.英国生理学会（http:
//www.physoc.org/）及其主办的期刊《+英国生理学杂志》（TheJournalofPhysiology，http:
//jp.physoc.org/misc/about.shtml）和《*生理学新闻》（PhysiologicalNews，http:
//www.physoc.org/publications/pn/）。
3.PhysioNet的内容和组成部分，PhysioBank的内容及其意义。
unit_5_3_病理与临床检验学信息资源
1.病理与临床检验学学术机构：
（1）美国临床病理学家协会（TheAmericanSocietyforClinicalPathology，ASCP）（http:
//www.ascp.org）
（2）美国病理学家学会（CollegeofAmericanPathologists，CAP）（http:
//www.cap.org/）
（3）国际临床化学联合会（AmericanAssociationforClinicalChemistry，AACC）（http:
//ifcc.org）
（4）美国临床实验室科学学会（AmericanSocietyforClinicalLaboratoryScience）（http:
//www.ascls.org）
2.病理与临床检验学学术期刊：
（1）美国病理学杂志（TheAmericanJournalofPathology）（http:
//ajp.amjpathol.org）
（2）临床病理学杂志（JournalofClinicalPathology）（http:
//intl-）
（3）临床化学（ClinicalChemistry）（http:
//www.clinchem.org）
（4）实验和临床医学杂志（美）TheJournalofLaboratory&ClinicalMedicine（
3.三种经典病理学专著的内容、编排特色：
1）安德逊病理学
2）罗宾斯基础病理学
3）艾克曼外科病理学
【授课学时】2学时
第六章生物化学、生物物理学、分子与细胞生物学、医学遗传学和免疫学信息资源大纲
【目的和要求】
1.掌握各学科重要学术机构网站提供的信息特色；
2.掌握各学科重要学术期刊办刊风格、特色栏目、载文内容特色；
3.掌握各学科重要著作如Harper氏生物化学内容特色；
4.掌握各学科重要知识库如OMIM；
5.掌握各学科重要数据库及其内容特色；
6.了解各学科相关标准、指南、工具书等资源。
【教学内容】
unit_6_1_生物化学、分子与细胞生物学和生物物理学信息资源
1.学术机构与其主办期刊、创建数据库相对接：
1）NCBI及其系列生物信息库。
2）TheAmericanSocietyforBiochemistryandMolecularBiology（ASBMB，http:
//www.asbmb.org/ASBMB/site.nsf）美国生物化学与分子生物学会始主办《生物化学杂志（JournalofBiologicalChemistry，JBC）》，《MolecularandCellularProteomics（分子与细胞蛋白质组学）》（http:
//www.mcponline.org）
3）TheAmericanSocietyforCellBiology（ASCB，http:
//www.ascb.org/）美国细胞生物学会出版《细胞的分子生物学（MolecularBiologyoftheCell，MBC，http:
//www.molbiolcell.org/）》。
4）ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformatics（RCSB，http:
//www.rcsb.org/index.html）结构生物信息学研究联合会创建了一系列蛋白质与核酸数据库和软件工具PDB等。
5）BiophysicalSociety（http:
//www.biophysics.org/）生物物理学会主办以《BiophysicalJournal》为代表的出版物。
6）美国化学会（AmericanChemicalSociety）主办《生物化学-美国（Biochemistry-US）》（http:
//pubs.acs.org/journals/bichaw/）。
7）英国生物化学学会（TheBiochemicalSociety,http:
//www.biochemistry.org/）主办《生物化学杂志（TheBiochemicalJournal）》（http:
//www.biochemj.org/）。
8）欧洲生物化学会联合会（FederationofEuropeanBiochemicalSocieties，FEBS）主办《欧洲生物化学会联合会快报（FEBSLetters）》。
9）欧洲分子生物学组织（EuropeanMolecularBiologyOrganization,http:
//www.embo.org/）的机关刊《EMBO杂志（TheEMBOJournal）》（
10）美国生物物理学会（TheBiophysicalSociety）主办《生物物理杂志（BiophysicalJournal）》（http:
//www.biophysj.org/）。
2.两种“自然”杂志：
《自然综述-分子细胞生物学（NatureReviewsMolecularCellBiology）》（CellBiology）》（
3.两种方法学刊：
《分析生物化学（AnalyticalBiochemistry）》和《酶学方法（MethodsinEnzymology）》。
4.其它杂志：
著名杂志Cell、NatureMedicine、FASEBJournal等。
《分子生物学杂志（JournalofMolecularBiology）》，《细胞生物学杂志（JournalofCellBiology）》（http:
//www.jcb.org/，http:
//www.jcb.org/contents-by-date.0.shtml），《细胞科学杂志（JournalofCellScience）》（http:
//jcs.biologists.org/，http:
//jcs.biologists.org/contents-by-date.0.shtml）。
5.两种快报性刊：
1）《欧洲生物化学会联合会快报（FEBSLetters）》
2）《生物化学与生物物理学报（BBA-BiochimicaetBiophysicaActa）》。
6.哈帕氏生物化学（Harper’sBiochemistry）等专著介绍。
7，据库和软件工具：
ProteinDataBank,PDBhttp:
//www.rcsb.org/pdb/
ExPASyProteomicsServerhttp:
//us.expasy.org/
UniProt（UniversalProteinResource）http:
//us.expasy.org/sprot/
DatabaseofMacromolecularMovementswithAssociatedToolsforFlexibilityandGeometricAnalysishttp:
//molmovdb.mbb.yale.edu/molmovdb/
unit_6_2_医学遗传学信息资源
1.医学遗传学学术机构及其学术资源：
美国国立人类基因组研究所前身是国立人类基因组研究中心（theNationalCenterforHumanGenomeResearch，NCHGR，http:
//www.genome.gov/）与国际人类基因组计划
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