Clustalx多重序列比对图解教程图解使用.docx

Clustalx多重序列比对图解教程图解使用.docx

《Clustalx多重序列比对图解教程图解使用.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《Clustalx多重序列比对图解教程图解使用.docx（11页珍藏版）》请在冰点文库上搜索。

Clustalx多重序列比对图解教程图解使用

Clustalx-多重序列比对图解教程（图解使用）

D

　　　　　　　　　　　　　图2

　　2.编辑序列：

对标尺（Ruler）上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences（剪切序列）、Pastesequences（粘贴）、SelectAllsequences（选定所有序列），ClearsequenceSelection（清除序列选定）、Searchforstring（搜索字串）、RemoveAllgaps（移除序列空位）、RemoveGap-OnlyColumns（仅移除选定序列的空位）

　　　　　　　　　　　　　图3

　　3.参数设置：

可以根据分析要求设置相对的比对参数。

通常情况下，我们可以使用默认参数。

比对参数主要有六个，分别是ResetNewGapsbeforeAlignment（比对前重置新的空位参数），ResetAllGapsbeforeAlignment（比对前重置所有空位参数），PairwiseAlignmentParameters（两两序列比对参数），MultipleAlignmentParameters（多重序列比对参数），ProteinGapParameters（蛋白空位参数），SecondarystructureParameters（二级结构参数），如图4所示：

　　　　　　　　　　　　　图4

　　修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“MultipleAlignmentParameters”弹出参数设置窗口，如图5所示：

　　　　　　　　　　　　　图5

　　4.完全比对：

返回菜单栏选择“CompleteAlignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口，设置GuideTreeFile（向导树或指导树文件）、AlignmentFile（比对文件）的保存位置（存放路径），点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异，如图6-8所示：

　　　　　　　　　　　　　图6

　　　　　　　　　　　　　图7

　　　　　　　　　　　　　图8

　　当主界面的左下状态栏会提示“CLUSTAL-AlignmentFilecreated[]”时说明比全完毕，这时文件保存位置的目录下会生成生成两个文件，分别是*.aln和*.dnd，aln是序列比对的文件，可以进一步用于构树系统发育树，dnd是向导树文件（指导树），这两个文件可以用Windows系统中的“记事本”或第三方程序“UltraEdit”等打开，如：

　　　　　　　　　　　　　图9ALN文件

　　　　　　　　　　　　　图10dnd文件

　　5.后续分析：

　　1）Clustalx比对生成的结果可读性不是太好，一般需要专业的序列着色软件处理，如Boxshade、ESPript，这两个工具都是在线进行，其中Boxshade图解教程详见本Blog日志。

Boxshade在线网址：

http:

//www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html

ESPript在线网址：

http:

//espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

　　2）转换ALN文件，进一步构建系统发育树，转换格式依不同软件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要将ALN格式转换为PHY格式方可...

注意事项：

1）dnd是向导树文件，可以用TreeViews软件查看树图。

注意：

向导树不是系统发育树，两者区别敬请关注近期－系统发育分析专题。

2）多重比对文件推荐要求为规范的FASTA格式，文件扩展名不限，格式大致如下：

引用:

>RGDV_BAA02676

MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_ABC75537

MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_AAO64253

MSRQAWIETSALIERISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_AAY14576

常见问题：

正在整理中，欢迎大家将使用过程存在的问题在此提出，以便于解答...