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一、新《企业所得税法》及其后续配套政策在执行中存在的问题
（一）房地产开发企业相关政策问题
为加强房地产开发企业所得税管理，国家税务总局出台了《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号，以下简称“国税发[2009]31号”），使基层在管理上有据可依，但有一些政策规定需进一步探讨。
1.以预售合同作为确认收入和征税的标准问题。
国税发[2009]31号文件以预售合同作为判定收入的重要依据。
实际中，很多房地产企业为了取得必要的现金流，在未取得预售许可证时，就开始了预售行为。
由此可见，单纯以取得预售合同作为确认收入和征税的标准，会给企业留下作弊空间，造成预售收入延期纳税的情况，也不符合收入确认的基本原则。
2.房地产企业迟滞取得合法凭证后对计税成本的调整问题。
国税发[2009]31号文件第三十四条规定，“企业在结算计税成本时其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的，不得计入计税成本，待实际取得合法凭据时，再按规定计入计税成本。
”目前，对该规定有两种不同的理解：
一种认为，当企业取得合法凭据后，应作为发生年度的成本予以税前扣除，相应调整其单位可售面积成本。
这种理解，符合权责发生制的要求，但在实际操作中难度较大。
因其以前年度的汇算清缴已结束，再追溯调整前一个或几个年度的纳税申报，征管系统操作较为复杂，而且合法凭证的取得可能是一个持续的过程，调整工作量大，计算繁琐。
另一种认为，将后期取得的合法凭证作为后续支出，直接在取得年度的成本费用中列支。
这种方法操作上简便易行，但有可能违背了配比原则。
此两种理解，各有利弊，如何在合理性与可操作性之间找到一个平衡点，既考虑税法的公正合理，又便于企业和基层税务机关的执行，是摆在管理人员面前的一个难题。
3.房地产企业清算缴纳的土地增值税，缺乏销售收入与之配比。
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）下发以来，房地产企业纷纷进行了土地增值税清算，但是由于土地增值税清算年度往往是在开发产品全部售出后的年度，税法虽然规定土地增值税可以作为税金及附加在企业所得税前扣除，但是缺乏销售收入与之配比，由此造成项目公司的亏损既得不到抵顶、又不能退税的不合理情形。
（二）汇总纳税管理办法使征收与管理脱节
国家税务总局于2008年3月份下发了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号，以下简称《办法》），对跨省总、分支机构企业所得税征收管理进行了规范，经过实践检验，该《办法》在执行中还存在以下突出问题：
1.分支机构主管税务机关监管职责不清。
办法赋予分支机构主管税务机关的监管职责非常有限，除了“三因素”查验核对和监督申报预缴外，并无其他监管责任，尤其是对分支机构汇总申报是否具有审核权和稽查权未作出明确规定。
由于职责模糊，基层税务机关对分支机构如何管理、管理到何种程度感到茫然，管少了怕失职，管多了怕越权，容易产生管理漏洞。
2.对不按规定分配税款的处罚措施形同虚设。
《办法》下发后，为了解决执行中存在的问题，国家税务总局又陆续制定和出台了一些后续跟进措施，但对于应分未分、应提供分配表而未提供等问题的解决收效甚微。
国家税务总局《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2008]747号）虽然对总机构不向分支机构提供企业所得税分配表、导致分支机构无法正常就地申报预缴企业所得税的处理予以了明确，但对总机构税务机关的回函时间无具体要求，使得“总机构主管税务机关未尽责的，由上级税务机关对总机构主管税务机关依照税收执法责任制的规定严肃处理”这一要求在实际征管中很难落实。
3.《办法》中规定了不适用此办法的14类企业，形成政策执行真空地带，容易造成税款流失。
《办法》中规定，14类未纳入中央和地方企业所得税分享范围的企业，不适用此办法，而这些企业及其下属的非法人分支机构如何申报缴税，分支机构所在地税务机关是否需要管理以及如何管理等等，尚未明确，形成政策执行真空地带，容易造成税款流失。
（三）优惠政策设计存在一定缺陷
1.有选择的过渡期税收优惠政策设计不合理。
新《企业所得税法》实施后，对旧法框架下的一些优惠政策采取了过渡期办法，但执行过渡期优惠办法的范围却有限。
《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）出台后，将未在文件中列举的优惠政策排除在过渡期之外，即使企业已经税务机关核准，如老、少、边、穷地区的新办企业享受三年减税或免税的优惠也必须从2008年1月1日起停止执行。
这种做法有损政府的公信力，加大了企业的经营风险和纳税风险。
2.公共基础设施项目投资优惠政策存在缺陷。
新《企业所得税法》第二十七条第二款规定：
企业从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得，可以免征、减征企业所得税。
财政部和国家税务总局后续颁布的《关于执行公共基础设施项目企业所得税优惠目录有关问题的通知》（财税[2008]46号）规定，只有2008年1月1日后批准的公共基础设施项目才可以享受企业所得税优惠。
这种限定导致同样是从事国家鼓励的公共基础设施项目的企业，由于批准立项时间的不同而出现不同的税收待遇，有悖税收公平原则，使同行业企业拉开了政策差距，不利于企业的长远发展。
3.部分优惠政策规定不明确。
如环境保护、节能节水项目享受优惠的具体条件和范围尚未明确；农作物新品种选育、农技推广、农机作业等项目的具体内容如何界定，税法都未作出细化规定，不利于基层税务部门在征管中运用把握。
（1）现行两套税制在税收优惠、税前扣除等政策上对外资企业偏松、对内资企业偏紧，使得内资企业的实际平均税负远远大于外资企业的实际平均税负，内外资企业税负差异巨大，以致削弱内资企业竞争力、危及内资企业生存。
随着我国加入世贸组织、对外开放的力度日益加大，外资进入的种种限制，诸如地域限制、市场准入限制、股权份额限制等等逐步被取消，税负的巨大差异使得内资企业将真正面临严峻的生存挑战。
（2）税收优惠政策存在漏洞，有相当一部分外资企业在优惠期结束前不是撤资就是改头换面，注册新企业，将原企业业务注入新企业，照常享受政策优惠，继续钻政策的空子，并让原企业“亏损”歇业或直接注销；另一方面不少内资企业大肆效仿外资企业避税，许多假外资企业也应运而生，比如一些内资企业通过将资金转到境外再投资境内的“返程投资”方式，从而享受外资企业所得税优惠政策。
所得税优惠政策的漏洞使企业经营行为扭曲、财政收入减少。
（3）现行所得税制度在涉外税收上实行以区域性优惠为主的企业所得税优惠政策，这种具有区域性普惠制性质的优惠政策，一方面加剧了区域间经济发展的不平衡，另一方面由于其更多体现的是规模刺激、而缺乏规模结构引导力，使得其并没有对资本密集型和技术密集型产业产生明显的引力作用,反而为那些劳动密集型、技术含量不高的投资项目带来大量利润，甚至一些外国企业把污染重、能耗高的产业转移到我国，严重影响我国利用外资结构的优化和产业结构的调整。
一、应纳税所得额的计算存在问题
《企业所得税法》第二章应纳税所得额第五条规定：
“企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
”
第四章税收优惠第二十六条规定：
“企业的下列收入为免税收入：
（一）国债利息收入；
（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；（三）在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益；（四）符合条件的非营利组织的收入。
”
第四章税收优惠第三十三条规定：
“企业综合利用资源，生产符合国家产业政策规定的产品所取得的收入，可以在计算应纳税所得额时减计收入。
”
因此，《企业所得税法》第二章应纳税所得额的计算考虑了第四章税收优惠中的免税收入，但没有考虑第四章税收优惠中的减计收入。
二、“收入”概念混乱
1、应税收入与收入总额的区别
企业所得税法及实施条例中应纳税所得额的计算存在问题，是“收入”概念混乱造成的。
应纳税所得额是企业所得税的税基，根据笔者税额计算的通项公式（详见贺飞跃《税收筹划理论与实务》西南财经大学出版社2006.8）：
税基b=应税收入i-扣除d
在企业所得税中，
应税收入=收入总额-不征税收入-免税收入-减计收入
扣除=本年扣除+上年结转扣除（即允许弥补的以前年度亏损）
2、“收入”概念混乱
企业所得税法及实施条例，在应纳税所得额计算公式中未能考虑减计收入，并且“收入”概念混乱。
《企业所得税法》第二章应纳税所得额第二十条规定：
“本章规定的收入、扣除的具体范围、标准和资产的税务处理的具体办法，由国务院财政、税务主管部门规定。
”
《企业所得税法实施条例》第二章应纳税所得额分为四节：
第一节一般规定，第二节收入，第三节扣除，第四节资产的税务处理。
企业所得税及实施条例中的“收入”，既与“收入总额”混淆，也与会计中的“收入”混淆，企业所得税及实施条例中的“收入”准确表述是应税收入。
三、应纳税额的计算存在问题
《企业所得税法》第三章应纳税额第二十二条规定：
“企业的应纳税所得额乘以适用税率，减除依照本法关于税收优惠的规定减免和抵免的税额后的余额，为应纳税额。
”
第三章应纳税额第二十三条规定：
“企业取得的下列所得已在境外缴纳的所得税税额，可以从其当期应纳税额中抵免，抵免限额为该项所得依照本法规定计算的应纳税额；超过抵免限额的部分，可以在以后五个年度内，用每年度抵免限额抵免当年应抵税额后的余额进行抵补：
（一）居民企业来源于中国境外的应税所得；
（二）非居民企业在中国境内设立机构、场所，取得发生在中国境外但与该机构、场所有实际联系的应税所得。
”
第三章第二十四条规定：
“居民企业从其直接或者间接控制的外国企业分得的来源于中国境外的股息、红利等权益性投资收益，外国企业在境外实际缴纳的所得税税额中属于该项所得负担的部分，可以作为该居民企业的可抵免境外所得税税额，在本法第二十三条规定的抵免限额内抵免。
”
《企业所得税法实施条例》第三章应纳税额第七十六条规定：
“企业所得税法第二十二条规定的应纳税额的计算公式为：
“应纳税额＝应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额
“公式中的减免税额和抵免税额，是指依照企业所得税法和国务院的税收优惠规定减征、免征和抵免的应纳税额。
”
因此，《企业所得税法》应纳税额的计算考虑了第四章税收优惠中的减免和抵免，但没有考虑第三章的已缴境外所得税的减除。
四、“抵扣”、“抵免”概念混乱
1、抵扣与扣除、减免的区分
企业所得税法及实施条例中应纳税额的计算存在问题，是“抵扣”、“抵免”概念混乱造成的。
根据笔者税额计算的通项公式（详见贺飞跃《税收筹划理论与实务》西南财经大学出版社2006.8）：
实缴税额T=（应税收入i-扣除d）*税率t-税额抵扣c-税额减免r
抵扣与扣除容易区分，抵扣是在税额中减除，而扣除是在税基中减除。
税额抵扣和税额减免的共同点都使税额减少。
但税额减免与税额抵扣不同，税额抵扣其目的在于避免重复纳税和多纳税，使过重的税负下降到正常水平；而税额减免是为了鼓励或照顾纳税人而给予的优惠，使税负水平低于正常水平。
增值税为了避免重复征税，采用购进扣税法，进项税额可以抵扣。
显然抵扣进项税额并不是减免优惠，而是为了避免重复征税。
同样抵扣境外已缴所得税，也不是减免优惠，而是为了避免重复征税。
因此，抵扣与减免是两码事，在计算公式中应加以区分。
企业所得税法及实施条例，在应纳税额计算公式中未能考虑已缴境外所得税的抵扣，并且“抵扣”、“抵免”概念混乱。
2、“抵扣”概念混乱
《企业所得税法》第三十一条规定：
“创业投资企业从事国家需要重点扶持和鼓励的创业投资，可以按投资额的一定比例抵扣应纳税所得额。
”
《企业所得税法实施条例》第九十七条规定：
“企业所得税法第三十一条所称抵扣应纳税所得额，是指创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，可以按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。
”
《企业所得税法实施条例》第三十一条规定：
“企业所得税法第八条所称税金，是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。
”
《企业所得税法实施条例》第三十一条所称“抵扣”，才是为了避免增值税重复征税的真正抵扣；而《企业所得税法》第三十一条和《企业所得税法实施条例》第九十七条所称“抵扣”准确表述是“扣除”，不是在税额中抵扣，而是在税基中扣除。
3、“抵免”概念混乱
《企业所得税法》第三章应纳税额第二十二条中的“抵免”应包含在减免之内。
《企业所得税法》第三章应纳税额第二十三条、第二十四条中的“抵免”准确表述是抵扣。
《企业所得税法》第四章税收优惠第三十四条规定：
“企业购置用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的投资额，可以按一定比例实行税额抵免。
”
《企业所得税法实施条例》第四章税收优惠第一百条规定：
“企业所得税法第三十四条所称税额抵免，是指企业购置并实际使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》和《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备的投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
“享受前款规定的企业所得税优惠的企业，应当实际购置并自身实际投入使用前款规定的专用设备；企业购置上述专用设备在5年内转让、出租的，应当停止享受企业所得税优惠，并补缴已经抵免的企业所得税税款。
”
《企业所得税法》第三十四条和《企业所得税法实施条例》第一百条中的“税额抵免”准确表述是税额减免。
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