高斯错误修改总结.docx

高斯错误修改总结.docx

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高斯错误修改总结

Gaussiancalculationscanfailwithvariouserrormessages.Someerrormessagesfrom.outand.logfiles-andpossiblesolutions-havebeencompiledheretofacilitateproblemsolving.

Thesearedividedinto:

Syntaxandsimilarerrors语法类错误

Memoryandsimilarerrors内存类错误

Convergenceproblems不收敛错误

Errorsinsolventcalculations溶剂中的计算错误

Errorsinlogfiles错误文件

ERRORMESSAGESINOUTPUTFILES

Syntaxandsimilarerrors:

EndoffileinZSymb.

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/:

Theblanklineafterthecoordinatesectioninthe.inpfileismissing.（输入文件空行丢失）

Unrecognizedlayer"X".（不识别层X）

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/:

Errorduetosyntaxerror（s）incoordinatesection（checkcarefully）.Iferroris"^M",itiscausedbyDOSend-of-linecharacters.ifcoordinateswerewrittenunderWindows）.Remove^Mfromlineendsusing.emacs.Toprocess.inpfilesfromcommandline,usesed-i's/^M

QPERR---ASYNTAXERRORWASDETECTEDINTHEINPUTLINE.

Solution:

Check.inpcarefullyforsyntaxerrorsinkeywords

RdChkP:

UnabletolocateIRWF=0Number=522.

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/or

FileIOoperationonnon-existentfile.

[...]ErrorterminationinNtrErr:

NtrErrCalledfrom:

Operationon.chkfilewasspecified.geom=check,opt=restart）,but.chkwasnotfound.Checkthat:

%chk=wasspecifedin.inp

.chkhasthesamenameas.inp

.chkisinthesamedirectoryas.inp

runscripttransports.chktotemporaryfolderuponjobstart.Runscriptsdownloadedhereshoulddothis.

ThecombinationofmultiplicityNandMelectronsisimpossible.（多重性）

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/:

Eitherthechargeorthemultiplicityofthemoleculewasnotspecifiedcorrectlyin.inp.（电荷和多重性指定错误）

Memoryandsimilarerrors:

Out-of-memoryerrorinroutineRdGeom-1（IEnd=1200001MxCore=2500）

Use%mem=NMWtoprovidetheminimumamountofmemoryrequiredtocompletethisstep

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/or

NotenoughmemorytorunCalDSu,shortby1000000words.

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/or

[...]allocationfailure:

（表示配分失败）

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/:

Specifymorememoryin.inp（%mem=Nmb）.Possibly,alsoincreasepvmemvalueinrunscript.Especiallysolventcalculationscanexhibitallocationfailuresandexplicitamountsofmemoryshouldbespecified.

galloc:

couldnotallocatememory.（无法分配内存）

Solution:

The%memvaluein.inpishigherthanpvmemvalueinrunscript.Increasepvmemordecrease%mem.

Probablyoutofdiskspace（磁盘空间）.WriteerrorinNtrExt1Solution:

/scratchspaceismostlikelyfull.Deleteoldfilesintemporaryfolder.

Convergenceproblems:

DensitymatrixisnotchangingbutDIISerror=CofLast=.（收敛问题）

TheSCFisconfused.ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/linda-exe/:

ProblemwithDIIS.Turnitoffcompletely,.usingSCF=qc,orpartlybyusingSCF=（maxconventionalcycles=N,xqc）,whereNisthenumberofstepsDIISshouldbeused（seeSCFkeyword）.

Convergencecriterionnotmet.SCFDone:

E（RHF）=NNNNNNN.after129cycles

[...]Convergencefailure--runterminated.ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/linda-exe/:

OneSCFcyclehasadefaultofmaximum128steps,andthiswasexceededwithoutconvergenceachieved.Possiblesolution:

Intheroutesectionofinputfile,specifySCF=（MaxCycle=N）,whereNisthenumberofstepsperSCFcycles.Alternatively,turnofDIIS.bySCF=qc）（seeSCFkeyword）.

Problemwiththedistancematrix.（距离矩阵）

ErrorterminationviaLnk1ein/pkg/gaussian/g03/Solution:

Trytorestartoptimizationfromadifferentinputgeometry.（重新不同几何异构体的输入优化）

Newcurvilinearstepnotconverged（新曲线步骤不收敛）.Errorimposingconstraints

ErrorterminationviaLnk1ein/pkg/gaussian/g03/

Solution:

Problemwithconstrainedcoordinates.inOPT=modreduncalculation）.Trytorestartoptimizationfromaslightlydifferentinputgeometry.（一种稍微不同的输入几何）

Optimizationstopped.--Numberofstepsexceeded,NStep=N

[..]Errorterminationrequestprocessedbylink9999.

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/Solution:

Maximumnumberofoptimizationstepsistwicethenumberofvariablestobeoptimized.TryincreasingthevaluebyspecifyingOPT=（MaxCycle=N）in.inpfile,whereNisthenumberofoptimizationsteps（seeOPTkeyword）.Alternatively,trytostartoptimizationfromdifferentgeometry.

Errorsinsolventcalculations:

AdVTs1:

ISph=2543isengulfedbyJSph=2544butAe（2543）isnotyetzero!

ErrorterminationviaLnk1ein/global/apps/gaussian/g03/:

Problemisrelatedtobuildingofthecavityinsolventcalculations（溶剂效应优化计算错误）.Onepossiblesolutionistochangethecavity（腔）model（defaulting03isUAO,canbechangedbyaddingRADIIkeywordinsectionbelowcoordinatesinthe.inpfile,.RADII=UFF,seeSCRFkeyword）.

HydrogenXhas2bounds.Keepitexplicitatallpointonthe

potentialenergysurfacetogetmeaningful:

InUAOcavitymodel,spheresareplacedongroupsofatoms,withhydrogensassignedtotheheavyatom,theyareboundto.Ifassignmentfails.becauseheavyatom-Hbondiselongated）,cavitybuildingfails.Possiblesolutions:

a）usecavitymodelthatalsoassignsspherestohydrogens.RADII=UFF）orb）AssignasphereexplicityonproblematicHatom（useSPHEREONH=N,seeSCRFkeyword）

ERRORMESSAGESINLOGFILES=>>PBS:

jobkilled:

walltimeNexceededlimitM

signalnumber15received.Solution:

Jobdidnotfinishwithinspecifiedwalltime.Retrieve.outand.chkfilesfromtemporaryfolder/global/work/$USER/$JOB（or$PBS_JOBID）andrestartcalculationifpossible（using.opt=restartorscf=restart）.

cp:

cannotstat$:

NosuchfileordirectorySolution:

The.inpfileisnotinthedirectoryfromwherethejobwassubmitted（oritsnamewasmisspelledduringsubmission.Iferrorreads:

cp:

cannotstat$JOB.inp.inp,the.inpfilewassubmittedwithextension）.

ntsnet:

unabletoscheduletheminimumNworkersSolution:

Thevalueof%NprocLinda=Ninthe.inpfileishigherthanthenumberofnodesaskedforduringsubmission.Makesurethesevaluesmatch.

Connectionrefused[...]diedwithouteversigningin

Signintimedoutafter0workerconnections.Didnotreachminimum（N）,shuttingdownSolution:

Errorappearsifyourunparallelcalculationsbutdidnotaddthisfiletoyour$HOMEdirectory:

.containingonlytheline:

ssh（seealsoguidelinesforsubmission）.

DensitymatrixisnotchangingbutDIISerror-Suggestedsolutions

1/

-SCF=qcwillprobablysolvetheproblem,albeitatacost

-ChangetheSCFconvergertoeitherSD,QuadraticorFermi

2/

-lowerthesymmetryofoptimizewithandoptimize

withthe"nosymm"keyword

Isolvedtheproblemusingavariationonthefirstsuggestion.Normallythescftooklessthan80cyclestoconverge.Soiusedscf=（Maxconventionalcycles=100,xqc）whichresultedinagoodcompromisebetweenusingscf=qcandoptimisationspeed.InthecaseoftheDIISerrorthescfalwaystookmorethan100cyclesbeforetheerror,sobyaddingscf=（Maxconventionalcycles=100,xqc）thescfswitchedtoqcafter100cyclesinthestandardDIISmode.

l9999错误是优化圈数不够，把out文件保存成gjf，修改后接着优化。

这样比较省事。

或者在原来输入文件opt中加入maxcyc=500,把优化圈数加大到500

L1002错误贋势基组不对，换基组，或者用guess=Indo

L9999

Optimizationstopped.

  --WrongnumberofNegativeeigenvalues:

Desired=  1Actual=  3

  --Flagresettopreventarchiving.

这是你原来贴的出错信息。

显然，gaussian检测了虚频个数，发现是3个而非1个——过渡态有且只有一个虚频，从而终止，显示出错。

加上noeigentest的意思是在优化过程中不必每步都去检测虚频个数，而是按照最可能的方式继续寻找下去，到跑完为止，所以如果你对过渡态的初始构型不是非常有把握的情况下，加上noeigen是比较不错的选择。

但你现在继续出状况，却没有贴新的出错信息，我没法猜这次是什么问题。

。

。

同时你那个命令行#b3lyp/6-31++g（d,p）opt=（ts,calcfc,noeigen）freqtest  

改成#pb3lyp/6-31++g（d,p）opt=（ts,calcfc,noeigen）freq

也就是任何时候#后面都要加一个p，结尾那个test不要写，被人笑话的。

InaccuratequadratureinCalDSu错误解决方法

已有3175次阅读 2012-7-416:

27 |个人分类:

Gaussian|系统分类:

科研笔记

InaccuratequadratureinCalDSu错误解决方法

g09/g03输出文件最后几行大致如下：

Spuriousintegrateddensityorbasisfunction:

NE=149NElCor=0Elerror=rel=Tolerance=

Shell67absoluteerror=Tolerance=

Shell67signederror=Tolerance=

InaccuratequadratureinCalDSu.

ErrorterminationviaLnk1ein/home/soft/g03/atMonFeb2309:

42:

552009.

Jobcputime:

0days0hours0minutesseconds.

Filelengths（MBytes）:

RWF=13Int=0D2E=0Chk=13Scr=1

解决方法

1.对某些分子，可以设置guess=indo。

（Guess=indo的意思是：

使用Gaussian98的默认初始猜测：

对第一行元素是INDO，第二行元素是CNDO，第三行及以后的元素是Huckel。

如果不写Guess=indo，则使用Gaussian03的默认初始猜测：

全部使用Huckel初始猜测。

Guess=indo的用处：

使比较差的初始构型，能比较顺利地通过初始猜测。

）

2.对于对称分子，设置scf（dsymm）强制使用密度对称。

3.对于对称分子，设置全局nosymm，降低对称性。

4.使用scf（novaracc）也可能会产生或消除这个错误。

5.加上int（untrafine），不过这个改变了积分网格，这个计算出的能量不能与同类计算直接比较。

6.最佳解决方法：

加关键词int（NoXCTest）网格问题（G09默认的精度检测方法不适用,加上Int=NoXCTest）,SkiptestsofnumericalaccuracyofXCquadrature（g09手册）。

需要检测结果波函数是否正确。

可同时加guess=indo。

Errorininternalcoordinatesystem.

可在opt中加入cartesian

例如：

%chk=

%mem=45000MB

%NProcShared=8

#B3LYP/6-31G**iop（5/13=1）iop（2/11=1）

#scf=（maxcycle=200）

#opt=（cartesian,TS,calcfc,noeigen,maxcycle=200）freq

#geom=allcheck

Errorininternalcoordinates

Thistopiccovershowtosolvethe"Errorininternalcoordinates"problem.

SometimesGaussianquitsattheBernyoptimizationstagewiththe"Errorininternalcoordinates"message.ThishappensasBernyoptimizationbydefaultusesredundantinternalcoordinates.Cartesiancoordsareeasytodefineandusebutcanbestronglycoupledtooneanother.Interalcoordsdescribemolecularproperties（bondlengths,angle...）naturallyandthusinvolvelesscoupling.Thereareafewtypesofredundantinternalcoordswhichcanaccelerateoptprocess.Butwhenamoleculehasflatgeometry,itcouldbehardtocalculatethereversematri