单晶结构解析常见问题问答.doc

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1.为什么要提高空间群的对称性？

有时候在对称性较高的空间群内不容易解得初结构，在这种情况下可以降低对称性来解，但是解完以后还要把空间群转换回去。

1．1先安装Platon

从其主页上下载http:

//www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/

http:

//www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/pwt_setup.zip

http:

//www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/platon.zip

DownloadthePLATONforWindowsTaskbar和DownloadthePLATONexecutable.

然后解压安装，首先安装pwt，安装时需设定系统环境变量，安装后再将platon解压后复制到pwt的安装目录内即可。

1.2运行pwt.exe

点击File－－SelectDataFile，选择要升高对称性的结构文件*.res或者*.ins。

再点击Publish－addsym系统显示检查画面，如提示有更高对称性的空间群，则原先空间群有误，需要进行转化。

再点击Publish－addsymshelx，可以生成一个新的同名*.res文件，此res文件会将原先的res文件覆盖，在此文件的基础上继续精修即可。

应该没有任何问题，已经试过很多次了！

最好用xp打开此res文件，然后再file一次，再作经修

2.在xp中,用mpln定义平面,仔细看那个方程（大家用xp操作时不要太快,因为那个方程第一个出来,一块就找不到了）,方程的等号右边有一个常数,你算第一个平面时将它记下,不过最好将望着的方程记下,然后再算第二个平面,又有一个方程,记下常数项,然后二者一减就是二者的距离,不过平面越是完全平行这个值越接近他俩的真实距离,平行与否可以看大家都能看到的那个夹角,另外也可以看刚才的方程的系数,系数相同或者成线形比例,就平行.

3．我的CIF文件里的对称代码2_5561_545请问这些对称代码是如何算出来的？

？

　　在考虑对称单元的时候，在ShelxTl里面考虑x，y，z均为9个单胞的范围，并且把N_555规定为最初的单胞，即此单胞内的原子坐标均小于1，如果一个对称单元出现的下（x＋1，y，z）的那个那个单胞内，则相应的堆成码就变成了N_655，其他的如此类推，比如在（x－2，y＋1，z＋2）的单胞内，对称码就为N_367，总之都是以N_555为最中心做相应的加减，这应该比较好理解。

在那么大的范围内，我们希望长出来的对称单元应该都可以长出来了。

我们常见的对称码都在N_555附近，很少有大于N_777的和小于N_333的。

　　下面再来说前面的N_555中的“N”的含义，它表示对称操作（symmetryoperators）的类型，它可以在XP界面下由SYMM命令得到，第几个对称操作，N就相应是几了。

N在不同空间群内代表的对称操作是不一样的。

　　欢迎大家继续讨论。

4.（１）画堆积图是是按什么原则的？

　（２）在堆积图中我找到两个分子有堆积作用，但是我如何知道这两个分子是按什么对称代码得到的。

也就是说我要得到这样的两个分子，采用什么代码画出来？

在xp中用

envi##找出与第一个分子有作用的原子

sgen/mgen##生长

5.我看见一些高手在解晶体时，时不时地查一下国际表。

我是个新手，请问哪位高人告诉我国际表究竟能给出啥信息？

对解晶体到底有什么帮助？

严格意义上，解晶体要知道等效位置的分布情况。

高手会手工导出，但推导很费时，所以才有捷径--查表。

常用的目的有三：

一是等效位置点，对一个晶体，不对称单元的原子一般要位于晶胞内靠近原点的等效点上，这是经常查表的理由之一。

不过，现在这一工作可在解完后交由PLATON协助处理，但高手是在解的过程中就将这一问题解决了。

二是空间群的合理性，这要结合LST得知的衍射反常点情况进行判断。

这点程序XPREP尽管有提供，但程序常常不尽合理，它只取前N个数据点处理。

不过，由消光规律得出可能的空间群所需的知识很少。

大家应该掌握！

三是空间群的提高和降低问题，就是子群、同构群和母群问题。

这点即便是非常的高手也是要经常查表的原因。

另外，从子群、同构群和母群的关系也可以解释U因子为什么在某方向大、在某方向小，同时也可预期晶体可能具有的功能性。

建议在你开始时，补充一下这方面的知识。

这是解结构应该要尽可能具备的技能。

6.C1　　1　0.121652　0.246027　0.44207621.000000　0.069420

C2　　1　0.060125　0.250156　0.50259021.000000　0.089850

O1　　4　0.741193　0.420737　0.92108611.000000　0.097190　0.042270=

　　　　　0.043310　0.034400　0.003990　0.026710

O2　　4　0.568563　0.291549　0.81012611.000000　0.061080　0.056650=

　　　　　0.044460　0.023300-0.000630　0.023610

如上是INS文件中的数据,请问第六列的21.000000何解,多谢

通常21与-21成对出现，这表示一个原子统计在两个位置上，期占有率之和为1。

比如

FVAR　0.16832　0.7534

PART1

C2A　1　　0.255905　　0.173582　-0.001344　　21.00000　　0.04351

PART2

C2B　1　　0.299373　　0.178166　-0.015708　-21.00000　　0.03516

PART0

这表示C2占据A和B两个位置，PART1的部分一般为21，PART2的部分为－21，FVAR变量的第二个数字（0.7534）表示A位置（21）的实际占有率，而（1－0.7534）则表示B位置（－21）的实际占有率。

7.哦，看来是我是用Xshell时产生的

可不可以设置让一个PART的占有率自动精修，怎样实现，谢谢

如果想对某个原子的占有率进行精修，可以把它的占有率改为1.000，然后精修，Xl以后会发现1.000有所改变.

8.我是这样做的，可是发现本应该占位几率一样的一组原子被精修的占位不一样了，虽然相差不是很大，但R值下不去，所以我想可能就是因为这个不一样所导致的。

不知道是不是有让这一组原子在占位大小一样的情况下精修占位度。

可能说不不太明白，是这样：

As1As2As3As4

As5As6As7As8

这是赤道皇冠形宠状多酸球里的二组As占位序列，每组里的As占位应该是一样的，但不确定各组占位是多少，最理想当然是各组0.50000，但是好象不是这样的

你也可以把精修后的占有率固定，比较接近的占有率固定成一样的，但是要保证2个原子的占有率之和要等于1，试试看，统计和无序是最难精修的，可以参见如下网页：

http:

//shelx.uni-ac.gwdg.de/~peterm/tutorial/do-intro.htm

9.如何根据对称代码来画图？

？

我画了C-H...O氢键图，可编辑说我图画的不对！

，提了如下意见：

ThefirstproblemisthatthemoleculesdrawnintheFigure

doesnotcorrespondtothesymmetrycodesgiveninTable2.

InTable2,C-H...Ohydrogenbondsareshownbetweenthemoleculeswithsymmetry

codes,

1_555and2_576,andbetweenthemoleculeswithsymmetrycodes,1_555and2_577,

whileyoudrewtheC-H...Ohydrogenbonds

between2_666and1_645,andbetween2_666and1_644.

Ofcourse,relativepositionsbetween1_555and2_576andbetween2_666and

1_645areequal,

butforreaderofyourmanuscript,

I　IthinkthattheFigureshouldbedrawnaccordingtothesymmetrycodesgiven

inTable2.

ThesecondproblemisthatnotallC-H...Ohydrogenbondsaredrawninthe

Figure.

Forexample,youdrewaC-H...Ohydrogenbond,

C23（2_666）-H27A（2_666）...O5（1_645）.

Thiscausesautomatically（throughsymmetryrelation）anotherC-H...Ohydrogen

bond,

C23（1_645）-H27A（1_645）...O5（2_666）,

thatyoufailedtodraw.

该如何解决！

！

求大家帮忙！

！

第一,所有的质子给体的对称代码一般都应该为1555.

第二,然后才能根据给体划受体.

最后,所有的氢键都可以从不对称单元中找到给体,不然就不叫不对称单元.

从你的问题看,主要的原因好像就是没有把所有的给体的对称代码给成1555.

10.那怎样把给体的对称代码给成1555,我的图只是在XP中画的,没有考虑什么对称代码!

!

我用proj作图,删掉多余的分子形成的!

!

谢谢!

!

在XP下,先用ENVI找出对称原子,然后用SGEN命令完成对称原子都把对称码转化为1555

11.关于对称代码代表的操作？

作图时，用了sgen4565，但不知4565对应的具体坐标是什么，如#11/2-x,3/2-y,-z;#2x,1+y,　z;如何才能得到这样的具体坐标形式？

谢谢！

http:

//www.facstaff.bucknell.edu/kastner/xp/xp.htm

谢谢，明白了不少

12.芳环堆积平面间距离计算

如果两个平面完全平行，他们的方程系数应该一样或者成比例变化（这是数学上的），那么既然这一方程表示的是你选的原子的最小二乘面，而且系数相同，从数学知识可以肯定它们的常数项差的绝对值应该是两个平面间的距离，这勿庸置疑。

　至于俩个平面有夹角，它们就不存在平面间的距离，只能说一个大概的数值，因为如果俩个平面有夹角，那么它肯定会相交的，就不存在距离，这是数学上的说法，而现在为晶体学，我们讨论的平面是有限的，而不是无限的，所以我觉得可以按平行的那样去处理，不过要加一些参数，比如说两个平面的夹角。

因为，我们之所以说有芳香堆积，那么俩个环的平面夹角应该比较小。

所以可以按平行处理。

若夹角太大，那么就不是F型的芳香堆积，可以考虑T型的。

完全平行，勿庸置疑？

这只有在方程系数为方向余弦的倒数才成立。

否则，？

？

如

10X+11Y+12Z=14和10X+11Y+12X=15,此处二方程也可表示为5X+5.5Y+6Z=7和5X+5.5Y+6Z=7.5

两种情况的常数项差分别为1和0.5，哪一个正确？

不置疑只能是方程系数为方向余弦的倒数。

计算一下，SHELXL好像不是这一情况。

不知怎么回事？

至于俩个平面有夹角，只能说一个大概的数值。

我建议是采用点到平面的距离计算，或者从图中看出大致哪两个点（包括芳环中心）连线垂直于环平面，后计算两点距。

当然，两平面的二面角是要计算一下的。

至于F型和T型，很容易从画上看出

不平行的我建议还是算他们的心心间距离，然后将二面角和心心之间的错位距离表征出来最好。

不过心与心间的错位距离还不会算，请教高手如何计算？

13.如何计算面间距

p-pp-p两个苯环间存在相互作用力,应如何计算他们之间的距离

我没有使用PLATON的经验。

下面是用SHELXL计算时的问题：

在INS中加入命令

MPLA6C11C12C13C14C15C16C21C22C23C24C25C26（不能超过80个字符，超过时用“=”续行）

　　打开LST文件，可找到C21--C26到C11-C16确定平面的6个偏差，它们的平均值即为两苯环平面的距离。

　考虑计算平面性，在INS文件增入一命令：

MPLA6C21C22C23C24C25C26

　打开LST文件，得到上下这两个平面的平面方程（我的实例中两平面是绝对平行的）

　　　AX+BY+CZ=D1

　　　AX+BY+CZ=D2

其中，A、B和C均大于1。

有趣的是，前一方法（平均偏差）的值刚好等于后一方法的D1-D2的绝对值。

可查一下数学手册，对后一种方法的平面距的公式为

　　　|D1-D2|/[（A^2+B^+C^2）^（1/2）]

如果按这一公式计算，两种方法的答案就不一样了。

而前一方法应该说是比较可以接受的，它是计算平面性的依据，其值为3.5A，而|D1-D2|也等于3.5A。

但按数学公式计算为0.32A，显然错误。

可数学上的这一公式是经得起推敲的啊！

出了什么问题了？

应该不是SHELXL97出问题，是SHELXL的平面方程与数学上的平面方程定义上不一样？

　以前我们实验室在计算面间距都是采用前一方法。

最近看到大家对这一问题讨论比较热，我们才想是不是可以采用别的方法计算，才出现了这一问题。

请大家帮助指出其中的错误。

xp命令下：

cent/xc1c4

程序会确定两个原子的中心位置x1

cent/xc1ac2a

程序会确定两个原子的中心位置x2

然后连接两个中心位置

linkx1x2

然后

bangx1orx2

platon下：

你可以用那里的calcall，然后你在生成的.lis文件里找你要的那两个平面的距离

我推荐你用platon，xp里计算太麻烦，还有我感觉我用xp计算的不准确，

14.关于对称代码

在xp中有好多对称代码，如4566，6564，4555等，但是并不是所有的都有，可能让大家见笑了，我想问的是一般给那些原子才会有这些代码？

是不是晶胞中的所有原子就可以通过mgen这一操作长全？

谢谢了？

只要有对称操作都可以通过ENVI,SGEN命令来长出需要的对称原子

ENVI得对称号,通过SGEN4566O2长出需要的对称原子

15.如何将占有率修好后固定？

谢谢！

在INS文件中把占为度数据的十位数加1

16.关于对称代码

最近写了一篇文章,在cif文件中有对称操作代码,其中有三个是别人给的,有_geom_hbond_site_symmetry_A一栏的代码.但是我自己找了俩个氢键,不知该如何找,我的晶体属于MonoclinicP2

（1）/n.最后俩个的对称代码我也知道,分别是（0.5+x,0.5-y,0.5+z）和（1.5-x,1.5+y,1.5-z）在cif文件中如何表示?

就像第二条氢键一样用3_666来表示（1-x,1-y,1-z）.

loop_

_geom_hbond_atom_site_label_D

_geom_hbond_atom_site_label_H

_geom_hbond_atom_site_label_A

_geom_hbond_distance_DH

_geom_hbond_distance_HA

_geom_hbond_distance_DA

_geom_hbond_angle_DHA

_geom_hbond_site_symmetry_A

O2H2OO3　0.821.862.5903（16）148.1.

C4H4O4　0.932.543.459

（2）170.8　　　　　3_666

C14H14O2　0.930（5）　2.581（3）　3.398（7）147.01（10）　1_455

C11H11O3　0.932.563.4640（18）163.5

C16H16BO50.961

（2）　2.637（10）3.199（14）117.69（11）

你可以用platon软件计算一下氢键，它会给出你所有想要的，

或者让platon生成一个cif表，然后把你要的那一部分贴到你的文章上对应的那一部分，

命令是tabacc，它会生成一个文件，你用写字板打开就行了。

在ins中写htab命令就可以吧？

还有eqiv不就有了

你写两条就是了，没什么得

我建议你看看说明书关于

eqiv

htab

17.在发文章时常会看到在一副图片下边有这样的东西：

symmetrycode-x,-yz+1之类的东西，我们改如何找呀，谢谢！

！

！

查国际表

谢谢李老师的帮助,谢谢各位建议,我发现直接可以用diamond找到它的代码,在测量键长及键角那一栏就有.谢谢各位,希望大家有什么拿手好戏,不要隐藏,那出来大家共享,共同提高.不是有一句名言:

你有一个思想,我也有一个,通过交流,那么我们每人会有俩个.不是原话,但意思就是这样.

18.如何得到堆积图中每一个分子的symmetrycode？

可以用diamond查找

用diamond将其打开，选中你想要知道的元素后，点击上面的带有!

号的图标，就可以了

19.处理无序的心得

无序问题任谁都讨厌

三个解决办法

1。

将U值改小。

2。

用　ISOR命令

3，用simu命令

以上三个都是用处理热椭球形状来投机取巧，无助于re1的降低。

实际上裂分是正确的方法,part1part2art0注意：

将11改为21-21还有是查找LIST里面的系统建议的裂分数值。

这样虽然更加符合晶体的实际情况使R1降低，但作图有点难看，注意作图时修正一下。

http:

//shelx.uni-ac.gwdg.de/~peterm/tutorial/disord.htm