DNAMAN使用方法Word格式文档下载.docx

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Channel中。

本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。

1（将待分析序列装入Channel

（1）通过File|Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。

（初始为channel1）可以通过激活不同的channel（例如:

channel5）来改变序列装入的Channel。

（2）通过Sequence|LoadSequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。

可以通过Sequence|CurrentSequence|AnalysisDefination命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

2（以不同形式显示序列

通过Sequence|DisplaySequence命令打开对话框，如下图所示:

根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。

对话框选项说明如下:

Sequence&

Composition显示序列和成分

ReverseComplementSequence显示待分析序列的反向互补序列

ReverseSequence显示待分析序列的反向序列

ComplementSequence显示待分析序列的互补序列

DoubleStrandedSequence显示待分析序列的双链序列

RNASequence显示待分析序列的对应RNA序列

参数说明如下:

Results分析结果显示

其中包括:

Showsummary（显示概要）Showsitesonsequence（在结果中显示酶切位点）Drawrestrictionmap（显示限制性酶切图）Drawrestrictionpattern（显示限制性酶切模式图）Ignoreenzymeswithmorethan（忽略大于某设定值的酶切位点）

Ignoreenzymeswithlessthan（忽略小于某设定值的酶切位点）

TargetDNA（目标DNA特性）

circular（环型DNA），dam/dcmmethylation（dam/dcm甲基化）allDNAinSequenceChannel（选择此项，在SequenceChannel

中的所有序列将被分析，如果选择了Drawrestrictionpattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，则只能选择两个

酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。

选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框:

Enzyme

代表（enzymedatafile），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。

其中restrict.enz数据文件包含180种限制酶，dnamane.enz数据文件包含2524种限制酶。

选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。

要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18multiplecloningsites），然后点击按钮出现下列对话框:

输入要保存酶列表的文件名，点击按钮即可保存。

自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。

Cutter酶切识别序列长度

End酶切产生的末端其中包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang（3’突出粘性末端）系统根据cutter和end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。

最后，点击按钮执行操作。

4（DNA序列比对分析（DotMatrixComparision）

要比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具DotMatrixComparision（点矩阵比较）通过Sequense|Dotmatrixcomparision命令打开比对界面，如下图:

点击对比界面左上角的按钮，出现下列对话框:

Sequencetype序列类型

Sequence1参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下:

如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一序列;

也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框上点击即可。

通过Length选择参加比对的序列片段。

Sequence2参加比对的第二序列选择框;

选项说明同上ShowSequence选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性;

（此功能未见）

Annotations是否显示注释

Comparision比对参数，其中Window代表Windowsize（单位比对长度），Mismatch代表Mismatchsize（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。

Bothstran代表Bothstrand（双链比对）选择此项，是指用Sequence2中的序列的正链和负链分别和Sequence1比较。

Sequence2正链与Sequence1比较结果用黑色点表示，Sequence2负链比对结果用红色点表示。

Plotbox点阵图表显示参数，Position（起点坐标）Width（宽度值）Height（高度值）Frame

size（边框线粗度值）Dotsize（点粗度值）Gridline（虚线框数）。

参数设定好后，点击按钮执行操作

5（序列同源性分析

（1）两序列同源性分析

通过Sequence|TwoSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示:

Alignmentmethod比对方法，通常可选Quick（快速比对）或Smith&

Waterman（最佳比对），当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值。

（dna序列:

k-tuple值可选范围2—6;

蛋白质序列:

k-tuple值可选范围1—3。

其它参数说明从略。

（2）多序列同源性分析

通过打开Sequence|MultipleSequenceAlignment命令打开对话框，如下所示:

File从文件中选择参加比对的序列

Folder从文件夹中选择参加比对的序列

Channel从channel中选择参加比对的序列

Dbase从数据库中选择参加比对的序列

Remove清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）Clear清除全部序列

点击按钮，出现方法选择对话框:

按钮，出现下列对话框:

选择其中一种方法，点击

选择其中一种方法，点击按钮，出现下列对话框:

如果在前一对话框选择的是Fastalignment,则在此对话框中选择Quickalignment,否则选择Dynamicalignment即可。

其它参数不必改变，点击对话框中间的使其它参数取原始默认值。

点击按钮，出现下列对话框:

点击对话框中间的，然后点击执行操作。

结果如下所示:

点击左上角按钮，可以从弹出的对话框中选择不同的结果显示特性选项。

点击按钮下的按钮，出现下列选择项:

可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree|homologytree命令）。

显示蛋白质二级结构（ProteinSecondaryStructure命令），绘制限制性酶切图（RestrictionAnalysis命令）等。

同源关系图举例如下:

（Tree|HomologyTree命令）

6.PCR引物设计

首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。

点击主菜单栏中的Primer主菜单，出现下拉菜单，如下所示:

点击DesignPCRPrimersforDNA命令，出现下列对话框:

Primerlocationsontarget引物定位

其中包括下列选项:

Productsize（扩增目的片段大小）

Senseprimer（正向引物选择区）

Antisenseprimer（反向引物选择区）

Primer引物特性包括Length（引物长度），Tm值,GC含量等参数;

Rejectprimer引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）包括下列选项:

3’dimer（可形成3’端自我互补的碱基数）

Hairpinstem（可形成发卡颈环结构的碱基数）PolyN（多聚碱基）3’Uique（3’端严格配对碱基数）

Primer-Primer（含义未知）

Allmatches（引物互补配对百分数）

Consentrations浓度设定

Productforhybridyzat（ion）PCR产物用于SouthernBlot探针杂交点击按钮，出现下列对话框:

.选择需要的选项，点击按钮，出现:

点击按钮，完成操作。

7（画质粒模式图

我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。

DNAMAN提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。

通过Restriction|Drawmap命令打开质粒绘图界面:

将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成“I”时，单击鼠标左键，出现如下菜单:

7（画质粒模式图

菜单说明如下:

Position当前位置

AddSite添加酶切位点

AddElement添加要素

AddText添加文字

InsertFragment插入片断

CopyFragment复制片断

CutFragment剪切片断

RemoveFragment清除片断

FrameThickness边框线粗细调节

点击AddSite选项，出现如下对话框:

Name要添加的酶切位点的名称（例如HindIII）Position位置（以碱基数表示）

点击AddElement选项，出现如下对话框:

Type要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换）（c）olor/Pattern填充色（共有16种颜色供选择）Name要素名称

Start/End/Size要素起点/终点/粗细

点击AddText选项，出现如下对话框:

输入要添加的文字，点击Font按钮设置字体和格式，选择Horizontal（水平显示）或Vertical（垂直显示），点击按钮即可。

在绘图界面空白处，双击鼠标，出现:

通过此对话框，你可以完成各种添加项目的操作，也可以修改已添加的项目。

注意:

你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来修改已添加的任何项目，可以通过鼠标移动任何项目。

你可以通过帮助文件获取更多信息。

示例: