HiSeq 数据上传流程Word文件下载.docx
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4，BioProject和BioSample创建完成后，再到SRA的网页，点击“CreatenewSubmission”，并完成信息填写；
5，完成4步骤后，网页上NCBI会给出一个登陆FTP的账号和网址链接；
6，登陆后用账号可直接上传（复制粘贴），或用软件FileZilla上传；
7，上传后会生成相应的编号，供发文章使用。
（上传数据请理清思路）
附：
上传的数据格式是根据测序平台不同而不同，文件格式（Illumina_native、bam、fastq、srf）都可以的。
创建好后，NCBI会提供数据上传的FTP的账号，压缩后上传到FTP。
至于文章中的sra格式，是我们将数据上传后，NCBI数据库压缩的的格式。
整理数据、生成MD5校验
（a）交付的结果中，rawreads或cleanreads序列文件（*.fq.gz）是可以直接提交SRA的数据。
在交付结果中找到对应文件，无需解压，即可直接上传。
（b）如果数据交付时您有保留有对应文件的MD5校验和的话可以直接使用。
如果没有保存MD5码可上网下载任意的MD5校验工具，重新生成一下MD5值。
（c）一定要明白该数据的测序策略，不同的测序方法，数据的格式和填写的类容是不一样的，这需要先了解好，生物信息学知识XX提前补。
1、注册NCBI账号
登入NCBI主页右上角Signintoncbi注册（http:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/）
NCBI主页
2、开始注册：
1，BioSample的注册
登陆后：
进入提交界面，点击提交Submit（https:
//submit.ncbi.nlm.nih.gov/）
点击Newsubmission后按照提示填写完相应的信息，成功后会生成BioSample号。
2，BioProjiect的注册
按照提示填写
2，SRA的注册，关联BioSample,BioProjiect（https:
在返回到NCBI主页中点击submit后界面如下
点击红色框全出来的地方即可进入，下面界面
点击Home即可进入下面界面
点击SRA，界面如下
完成信息填写：
点击SRA即进入下面页面，创建一个新的submission
点击CreateNewsubmission，填写信息
填写好后，点击保存，进入下面界面，点击NewExperiment用已将上面创建好的BioProject、BioSample关联进来
点击NewExperiment的界面，填写信息后保存，进入下一个界面
3、数据上传
到这里，我们网页上的填写信息就完成了。
利用NCBI中给的网址链接，账号和密码，我们就可以直接登录NCBI。
方法一：
（该方法简单，但传输较慢）
打开我的电脑复制FTP网址进入，如图：
回车后界面（下面这真的是NCBI服务器的界面，如果你用过你们学校的服务器资源，FTP应该知道）
然后右键选择登录：
在里面输入NCBI给的账号和密码就可以进入NCBI服务器，即可打开远程FTP站点，将需要上传的文件复制粘贴或者拖入其中即可开始上传。
为了与其他提交者的文件进行区分，建议您在上传前，在该远程FTP站点上首先新建一个文件夹，并以区别于其他提交者的方式命名（建议使用BioProject编号命名），然后打开该文件夹，将数据上传到其中（Ctrl+C和Ctrl+V）。
方法二：
（软件：
FileZilla）
安装后打开的界面：
本地站点为你的电脑，远程找点为服务器可视化界面
主机：
NCBI给你的FTP链接，账号：
sra密码：
NCBI给端口：
FTP数据传输默认为21
登录：
登录后只需要在右边右键创建一个文件并命名，然后在左边你的电脑上找到你要上传的的文件，从左边拖到右边文件夹里就OK了，接下来就等吧。
4、上传完成、检查状态。
登陆SRA提交页面，打开本次的Submission，可查看每一条SRA记录的状态。
请您仔细检查上传的每一条记录是否Completed，是否所有的Sample、Experiment、Run信息对应无误。
另外还可以看到记录对应的Accession编号，编号主要有SRP、SRS、SRX、SRR分别对应Study、Sample、Experiment、Run。
文章中可以根据上下需要引用这些编号。
如果您在在提交过程中遇到技术问题，您可以随时向SRA的工作人员寻求帮助。
上传完成后，在登录到SRA
进入sra结果：
XX帮助文档链接：
http:
//www.plob.org/2012/08/25/3195.html
整理时间：
5个小时。
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