水稻单片段代换系SSSL的构建修回稿Word文档下载推荐.docx

水稻单片段代换系SSSL的构建修回稿Word文档下载推荐.docx

《水稻单片段代换系SSSL的构建修回稿Word文档下载推荐.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《水稻单片段代换系SSSL的构建修回稿Word文档下载推荐.docx（24页珍藏版）》请在冰点文库上搜索。

类型

受体亲本

华粳籼74

W0

中国

籼稻

供体亲本

Amol3（Sona）

W2

伊朗

苏御糯

W7

粳稻

IR64

W8

IRRI

Basmati370

W11

巴基斯坦

联鉴33

W14

美国茉莉香稻

W15

美国

IRAT261

W18

尼日利亚

成龙水晶米

W20

Khazar

W22

Lemont

W23

IAPAR9

W27

巴西

1.2方法

1.2.1亲本多态性的检测和微卫星标记检测方法

本实验选用520个微卫星标记对各个供体亲本与华粳籼74之间的多态性进行检测，利用有明显多态性的微卫星标记进行代换片段的检测。

微卫星标记引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成；

Tris、EDTA和SDS等购自SIGMA公司，其余试剂是国产分析纯产品。

PCR扩增按照Panaud等[17]的方法进行。

PCR产物用6％聚丙烯酰胺变性胶电泳。

电泳完毕后，银染成像后记录结果。

1.2.2水稻单片段代换系的选育与供体残留片段的检测方法

本研究采用回交和分子标记辅助选择相结合的方法建立染色体单片段代换系[18]。

杂交方法采用离体穗杂交技术[19]，杂交和回交都以华粳籼74为母本。

水稻种子为前期选育的含有一个杂合片段或2个杂合片段的BC5F1种子，共计92份。

每个材料种植40株，提取10株的叶片DNA进行分子标记检测。

所选用的标记为早期世代（BC4F1）检测到的代换片段上的有多态性的SSR标记。

每个株系选择10株进行片段检测，选出一批纯合的单片段代换系。

1.2.3遗传背景中供体残留片段的检测方法

用亲本间有多态的标记对BC5F2选到的单片段代换系的候选单株进行遗传背景中供体残留片段的检测。

随后在BC5F3对筛选到的单片段代换系做第2次的背景检测。

1.2.4代换片段长度的计算方法参照水稻微卫星标记图谱上标记间的距离[16,20]

，按照Paterson等[21]的方法计算代换片段的长度。

如图1所示。

LMAX

2结果与分析

2.1供体亲本与华粳籼74之间的多态性

对11个供体亲本与受体亲本华粳籼74之间的微卫星标记多态性进行了检测与分析（表2）。

在水稻的微卫星遗传图谱上，按照等间距的原则，选用了520对SSR进行亲本的多态性筛选。

表211个供体亲本与华粳籼74的微卫星标记多态性

标记

总数

多态

标记数

多态率/%

平均多态标记

间距/cM1）

Amol3（Sona）

520

179

34.42

8.52

290

55.77

5.26

186

35.77

8.20

261

50.19

5.84

218

41.92

7.00

180

34.62

8.47

298

57.31

5.12

160

30.77

9.53

292

56.15

5.22

278

53.46

5.49

282

54.23

5.41

平均

239

45.87

6.73

1）按RGP图谱的全基因组的总长度（1528.1cM）/多态标记数来计算

11个供体亲本的平均多态标记数为239个，其中IRAT261和Khazar与华粳籼74之间的多态率较高，分别为57.31%和56.15%，而成龙水晶米和Amol3（Sona）较低，分别为30.77%和34.42%。

对照表1中的资料可以看出，多态性高的供体均为粳稻，多态性低的供体均为籼稻，而受体华粳籼74为籼稻。

说明籼粳稻之间的遗传差异大，标记多态率高；

籼稻之间的遗传差异小，标记的多态率低。

各供体亲本平均标记距离均在10cM以下，11个供体亲本的平均标记距离为6.73cM，其中最大的为9.53cM，最小的为5.12cM。

2.2遗传背景中供体亲本的残留片段

将跟踪检测的片段称为目的片段，将遗传背景中供体的其余片段称为残留片段。

分别在BC5F2和BC5F3代进行2次背景检测（表3）。

表3BC5F2和BC5F3代遗传背景中的残留片段

亲本代号

选用标记数

PCR样品总数

残留片段样品数

残留片段样品率/%*

BC5F2

BC5F3

36

396

4

1.01

108

1

2

0.93

1.85

324

0.31

144

72

0.56

216

3

2.08

576

252

8

1.39

0.4

360

288

1.11

792

720

0.25

0.28

合计

3420

2556

23

9

0.67

0.35

*残留片段样品率等于残留片段PCR样品数除以总的背景检测的PCR样品数。

在BC5F2世代进行第一次残留片段检测，选用36个亲本间有多态性的SSR标记，对95个单片段代换系的候选单株进行了背景检测，共完成3420个PCR样品的检测工作，残留片段上的PCR样品数为23个，残留片段样本率为0.67%。

在

BC5F3代对71个BC5F3单片段代换系的候选单株进行背景检测，共完成2556个PCR样品的检测工作，残留片段上的PCR样品数为9个，残留片段样本率为0.35%。

2.3单片段代换系群体的代换片段

经过微卫星标记的检测、选择及严格的遗传背景残留片段的分析，本实验在BC5F3共选到59个单片段代换系（表4）。

表459个单片段代换系的代换片段

编号

代换片段

染色体

最短长度/cM

估计长度/cM

最长长度/cM

W02-10-7-6-03-2-3

PSM174--RM32-RM167-RM409-PSM410-RM202-RM536-PSM412-PSM413-PSM414-PSM415-RM209-RM229-PSM416--RM21

11

54.6

58.5

62.4

W02-10-7-6-03-2-4

PSM409--PSM410-RM202-RM536-PSM412-PSM413-PSM414

39.3

46.6

53.8

W02-10-7-6-03-5-10

PSM415--RM209-RM229-PSM416--RM21PSM415-RM209-RM229-PSM416--RM21

4.6

7.7

10.7

W02-10-7-6-12-1-2

PSM413--PSM415-RM209-RM229-PSMP416--PSM365

18.1

25.4

W02-15-1-8-14-5-1

RM195--RM556-RM210-PSM395-RM502-RM447-RM352-RM264--PSM396

39.2

39.9

40.5

W07-07-4-1-3-3-5

PSM139--PSM140-PSM141-PSM436-PSM481--PSM142

7

14.1

23.5

W07-07-4-1-6-2-7

RM125--RM2-PSM146--RM214

0.3

4.2

W07-11-2-1-3-1-2

PSM416--RM206-RM254-PSM346--PSM346

10

17.6

25.1

W07-11-6-4-7-2-5

RM49--RM6--RM530

3.7

7.4

W07-19-2-1-2-1-3

RM218--RM232-RM7-RM251--RM563

4.3

8.2

W08-16-3-4-146-5-6

PSM301--PSM305--PSM304

0.8

W11-06-1-6-4-4-1

PSM374--RM183-RM263-RM526--PSM525

21.1

27.8

34.5

W11-06-1-6-4-4-3

PSM374--RM183--RM263

10.2

20.3

W11-07-2-1-8-2-2

PSM304--RM132-RM569-RM489--RM545

17.8

22.8

W11-07-2-1-8-5-9

RM132--RM569-RM489-RM545-OSR16--PSM429

16.8

25.2

33.6

W11-09-3-9-8-7-1

RM275--RM528-RM30--RM400

6

13.9

W11-18-1-6-09-1-6

RM449--RM24--RM09

11.5

W11-18-1-6-09-1-8

RM562--RM449-RM24--RM09

4.9

23.3

W11-18-1-6-16-2-4

R09--RM5--RM488

3.1

6.2

W14-01-5-6-2-5-7

PSM407--RM228-RM333-RM591--RM590

9.8

W14-12-3-6-4-4-3

RM111--RM253-RM350-RM402-RM50--RM136

15.2

23.4

31.6

W15-02-7-6-1-05-7

OSR10--RM286-PSM175-RM332-RM167--RM120

20

25.3

30.5

W15-02-7-6-1-07-2

RM286--PSM175-RM332-RM167--RM120

0.5

15.4

30.2

W15-02-7-6-1-10-4

PSM408--OSR0-RM286-PSM175-RM332--RM167

19.8

20.1

W15-12-3-2-2-3-5

RM589--RM170-RM190-RM587-RM225--RM217

7.5

8.5

9.5

W18-18-7-2-1-30-5

PSM27--PSM13-PSM12-RM84-RM86-RM220-RM1-RM283--RM272

13.7

18.7

23.6

W22-03-6-1-19-2-6

RM136--RM527-PSM388-RM3-RM541-PSM136--PSM162

17.5

27

36.5

W20-10-4-5-6-1-6

RM257--RM288-RM242-RM160-OSR28-RM201-RM215--RM340

19.4

25

W20-15-1-9-1-4-4

短臂末端--PSM156-RM444--RM219

3.2

12

20.7

W20-20-4-7-3-1-7

RM222--RM216-PSM163--RM269

25.9

43.3

W22-09-2-10-4-9-4

PSM158--PSM160-PSM161-RM409--PSM400-PSM337--RM410

22.6

27.4

32.1

W22-12-5-1-18-3-5

RM332--RM167-PSM409-RM120--PSM410

12.9

15.6

W22-12-7-4-16-7-4

RM131--RM127-RM124-RM280--RM559

1.1

W22-17-4-3-5-3-5

RM470--RM451--RM317

7.3

W22-17-4-9-10-2-6

RM218--RM232-RM251-RM282--PSM52

11.7

16

W23-03-8-8-9-5-2

PSM158--PSM159-RM105-PSM161-RM410-RM257-RM228--RM242

33.5

36.3

39.1

W23-07-6-01-04-1-7

RM508--RM589-RM190--RM587

1.4

5.2

W23-07-6-10-10-3-7

RM50--RM539-RM136-PSM388-RM3-RM541-RM162-RM275--PSM431

46.4

56.2

W23-07-6-10-14-4-1

RM217--RM111-RM253-RM50-RM402--RM539

35.5

W23-09-4-1-3-1-10

RM135--RM504-RM168-RM186--RM55

6.4

W23-09-4-6-1-1-5

RM504--RM504-RM186-RM168-RM55-RM132-RM520--RM293

14.8

W27-03-5-1-5-9-1

PSM27--RM24-PSM13-RM428-PSM12-RM84-RM86--RM220

13.2

W27-03-5-2-4-3-9

短臂末端--RM462--PSM27-RM24-PSM13-RM428-PSM12-RM84-RM86--RM220

17.4

24

W27-04-1-2-1-7-4

PSM399--PSM157-PSM158--RM105

2.4

10.9

19.3

W27-04-5-9-2-2-2

RM190--RM204-RM225-RM217-RM314-RM111-RM253--RM217

7.2

8.1

W27-05-4-2-3-4-7

RM44--RM339--RM515

14.7

W27-05-4-3-4-2-8

rm502--RM447--PSM352

5.9

W27-05-7-3-4-03-9

短臂末端--RM508-RM589--RM217

10.1

15.5

W27-05-7-3-4-10-4

RM508--RM589-RM190-RM204-RM225--RM217

10.8

W27-05-7-5-5-08-9

RM164--RM440-RM161-PSM384-RM188-RM421--RM26

5

28.9

34.8

W27-05-7-5-5-09-7

PSM384--RM188-RM421-RM26-RM274--RM31

15.9

21.4

26.9

W27-05-7-5-5-10-3

RM274--RM31-RM334-PSM385--PSM123

2.5

7.6

12.6

W27-08-7-1-2-2-3