FlowJo-中文实用手册.pdf

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IFlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527FlowJo中文实中文实用手册用手册（软件版本：

（软件版本：

FlowJo7.6.52012/06/20更更新新）第一章FlowJo简介.1一、FlowJo对电脑配置的要求.1二、FlowJo的安装过程（Windows）.1三、FlowJo的工作台.5第二章FlowJo分析单标样本.6一、由原始数据生成单参数直方图的过程.6二、图形的输出和保存.10第三章FlowJo分析多色标记样本.13一、由原始数据生成二维点图的过程.13二、二维点图的设门原则.16三、多色标记分析说明.16第四章FlowJo软件荧光补偿.18一、用FlowJo做荧光补偿并进行数据分析的步骤.18二、FlowJo荧光补偿的具体步骤.18三、双指数转换.24第五章FlowJo的批处理功能.27一、设门分析的批处理.27二、表格分析的批处理.32三、图形分析的批处理.35第六章FlowJo分析细胞凋亡样本.43一、细胞凋亡概述.43二、FlowJo分析凋亡数据的过程.44三、凋亡数据结果分析.45IIFlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527第七章FlowJo软件分析细胞周期样本.47一、细胞周期分析概述.47二、FlowJo分析细胞周期数据的过程.48三、细胞周期拟合的调整方法和步骤.51四、细胞周期结果分析.53IIIFlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55271FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527第一章第一章FlowJo简介简介FlowJo是美国斯坦福大学LeonardHerzenberg（FACS机器的发明者）实验室在90年代研发的一款流式数据分析软件。

FlowJo由于功能强大，简单易用，已经被领域内的科学家、实验室广泛引用；同时FlowJo也是各高影响力核心期刊引用最多的流式数据分析软件。

一、一、FlowJo对电脑配置的要求对电脑配置的要求1.PC电脑：

操作系统：

WindowsXP，Vista，Windows7内存：

512MB及以上网络连接：

使用试用序列号及联网序列号必需要有网络连接；加密狗无需网络2.苹果电脑：

操作系统：

OSX10.3或者更高版本内存：

512MB及以上网络连接：

使用试用序列号及联网序列号必需要有网络连接加；密狗无需网络二二、FlowJo的安装过程的安装过程（Windows）请到我们的网站上下载最新版本：

http:

/2FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527在此，我们下载V7.6.5为例http:

/将文件下载到桌面之后，就可以看到FlowJo安装程序图标。

双击FlowJo安装程序屏幕上出现解压进程窗口：

解压完成后出现安装窗口：

选择“NEXT”3FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527选择“NEXT”选择“NEXT”选择“Install”软件自动安装。

软件安装完成后显示选择“Done”进入软件版权信息窗口4FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527根据不同软件的授权方法，进行以下操作：

a.购买的加密狗：

先在电脑上插入加密狗（Dongle），然后启动FlowJo。

b.购买的序列号：

在序列号栏输入序列号（SerialNumber），然后点击UseSerialNumber按钮。

c.如果是初次试用，需要申请序列号：

点击GetTrialLicense按钮，在FlowJo官方网站申请试用序列号。

收到注册邮箱里的序列号之后，将试用序列号输入序列号栏，点击UseSerialNumber按钮。

5FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527d.使用Demo模式：

如果试用序列号已经过期，而且需要继续学习FlowJo，点击RuninDemoMode按钮，在Demo模式下使用FlowJo提供的Demo数据进行数据分析。

三、三、FlowJo的工作台的工作台双击桌面FlowJo软件图标，进入软件工作台。

或者软件工作台由菜单栏、常用工具栏、组空间和样本空间组成。

6FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527第二章第二章FlowJo分析单标分析单标样本样本单标记样本数据常用的显示方式是单参数直方图。

单参数直方图是一维数据用的最多的图形显示形式，既可以用于定性分析，又可以用于定量分析。

横坐标可以是线性标度或对数标度，单位用“通道数”或者“道数”来表示，在流式检测中的含义是代表所检测的荧光或散射光的强度。

纵坐标表示的是横坐标某一特定荧光强度的细胞数，有时也用相对百分比来表现。

一、一、由原始数据生成单参数直方图的过程由原始数据生成单参数直方图的过程原始数据原始数据：

手册中提到的演示数据,可以在flowjochina的网站上下载选择3colorcomp文件夹中的Cy5PEcomp.fcs进行分析演示。

将此文件夹存放到桌面。

1.双击桌面FlowJo软件图标，进入软件工作台。

2.把“3colorcomp”数据文件夹从桌面上拖入FlowJo。

7FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527在组空间中单击选中“3colorcomp”组，此时在样本空间里显示“3colorcomp”组中的所有样本。

在样本空间中双击“Cy5PEcomp.fcs”，出现图形窗口。

图形窗口显示为二维点图。

8FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55271）X轴选择SSC（侧向散射，侧向散射的含义：

它对细胞膜、细胞质和核膜的折射更为敏感，其散射强度几乎与细胞内颗粒结构的质量成近似直线关系，也就是说，细胞内颗粒结构越复杂，质量越大，其SSC越大；反之则越小）2）Y轴选择FSC（前向散射，前向散射的含义：

该值的大小与细胞的直径近似直线关系，也就说，对于不同的细胞，细胞越大，其FSC就越大；反之则越小）3）然后选择设门工具（矩形门、椭圆门、多边形门、自动门）中任意一个，在二维点图中选中淋巴细胞。

如下图所示:

图中用圆圈所选中区域为淋巴细胞9FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527在图形窗口中双击选中的淋巴细胞，生成新的图形窗口。

1）在X轴选择Cy5PE:

CD4，Y轴选择Histogram，2）选择设门工具（区域门、双分门）中任意一个，在单参数直方图中设门。

a.双分门设门如下图所示：

左边区域为CD4阴性细胞，右边区域为CD4阳性细胞10FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527b.区域门设门如下图所示：

左边区域为CD4阴性细胞，右边区域为CD阳性细胞二、二、图形的输出和保存图形的输出和保存a.在单参数图上点击鼠标右键选择复制图片，可以把图片粘贴到WORD或PPT中。

b.在图形分析窗口菜单栏中选择“文件”并单击，选择下拉菜单中的“另存为”，选择保存位置、重新命名文件名以及保存的文件类型（SVG、PNG、EMF、JPG）。

11FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527c.在FlowJo工作台单击打开布局编辑器。

d.在样本空间中，把淋巴细胞的节点拖入到布局编辑器中。

淋巴细胞节点如下图所示：

布局编辑器显示的单参数直方图如下图所示：

12FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527e.在布局编辑器中点击保存按钮，在弹出的对话框中选择保存的路径，更改保存的图片名称以及图片格式。

备注：

备注：

可以在图片名称后面直接输入需要保存的格式，比如命名并保存为：

data001.JPG。

可以保存的图片格式有：

JPG,PNG,GIF,EMF,SVG,PDF。

FlowJo默认的图片格式为PNG格式f.更改布局编辑器输出的默认图片格式的步骤：

到工作台的菜单栏中点击“编辑”菜单，在下拉列表中选择“偏好设置”，在偏好设置对话框中选择“文件格式”点击在布局编辑器项目下拉按钮，选择需要的图片格式：

13FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527第三章第三章FlowJo分析多色标记分析多色标记样本样本多色标记样本，包含双标记、三标记及以上的样本。

多色标记样本分析的原则是把多色标记简化为单标记或双标记。

多色标记样本在采集或数据处理过程中需要做荧光补偿。

在FlowJo中的数据显示方式是二维点图。

二维点图能够显示两个独立参数与细胞相对数之间的关系，横坐标和纵坐标分别代表与细胞有关的两个独立参数，平面上的每一个点表示具有相应坐标值的细胞。

一般来说可以由一个二维点图得到两个一维直方图，但是由于多个细胞具有相同二维坐标现象的存在，所以二维点图的信息量要大于两个一维直方图的信息量。

二维点图在设十字门之后被分成四个区域，实验目的不同，各个区域所代表的含义不同。

本手册提供参考的是三标记样本的分析步骤。

只要灵活掌握分析技巧，根据实验需求学会把多色分析简化，这样就可以做到事半功倍的效果。

一、一、由原始数据生成二维点图的过程由原始数据生成二维点图的过程原始原始数据数据：

为FlowJo演示数据，选择3-color-experiment文件夹中的931115-B02-Sample01.FCS进行分析演示。

1.打开软件，将“3-color-experiment”文件夹拖入FlowJo工作台。

2.在样本空间中双击“931115-B02-Sample01.FCS”样本，出现图形窗口，显示为二维点图。

X轴选择FSC，Y轴选择SSC。

然后选择多边形设门工具，在二维点图中选中淋巴细胞。

如下图所示：

14FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55273.双击淋巴细胞门，出现图形窗口，X轴选择Fluor:

CD3，Y轴选择FSC。

使用矩形设门工具选中CD3阳性细胞，设门并命名为T细胞15FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55274.双击T细胞门，出现图形窗口，在X轴选择Cy5PE:

CD4，Y轴选择PhyEry:

CD8，使用十字门工具设门，如下图所示：

Q1：

CD8单阳性细胞，为CD8+T细胞Q2：

双阳性细胞Q3：

CD4单阳性细胞，为CD4+T细胞Q4：

双阴性细胞四分门更改门位置的方法：

四分门更改门位置的方法：

单击四分门“十字”的交点选中这个四分门，如下图所示。

拖动鼠标将四分门移到目标位置。

16FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527二、二维点图的设门原则二、二维点图的设门原则二维点图常用四分门来设门，四分门设门要根据阴性对照界定阴性区。

根据细胞分群的趋势，四分门的界定线可设在阴性、阳性细胞的分群处。

三、多色标记分析说明三、多色标记分析说明多色样本分析在实验中具有重要的地位，很多用户对多色分析感觉无从下手。

其实，流式分析中结果的显示一般都是一维和二维的。

因此，在流式分析中无论是几色标记的样本，只要把多色的分析简化为单标记和双标记的分析，问题就会迎刃而解。

17FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527比如：

检测TREG需要标记CD4/CD25/FOXP3，可以用SSCvs.CD4的二维点图，把CD4+的细胞圈出来。

然后用CD25vs.FOXP3的二维点图，把CD25+/FOXP3+的细胞表示出来。

这样就可以把CD4+/CD25+/FOXP3+的TREG细胞辨别出来。

上面的实例就是把三标记的样本转化为两个二维的点图进行分析。

18FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527第四章第四章FlowJo软件荧光补偿软件荧光补偿在做多色流式实验的时候，荧光补偿是必需进行的步骤。

FlowJo可以根据荧光补偿单染对照管的数据生成补偿矩阵，并可以对补偿矩阵进行调整。

一、用一、用FlowJo做荧光补偿并进行数据分析的步骤做荧光补偿并进行数据分析的步骤1.在补偿编辑器中导入单染管的数据并生成荧光补偿矩阵2.将补偿矩阵应用到组，对组里面的所有数据进行荧光补偿3.对补偿过的参数轴启用双指数转换功能二、二、FlowJo荧光补偿的具体步骤荧光补偿的具体步骤如果荧光补偿单染对照的数据很好，阴性细胞群和阳性细胞群的分群很明显，只需要将单染管的数据导入FlowJo的补偿编辑器里，FlowJo能自动设门，界定出阴性细胞群和阳性细胞群，并计算出荧光补偿矩阵。

操作非常简单，下面的4个步骤便可完成荧光补偿：

视频教程可以在线观看：

http:

/1.将数据拖入FlowJo工作台。

演示数据为：

3colorcomp数据，为三色实验的数据。

Cy5PEcomp.fcs,FITCcomp.fcs,PEcomp.fcs为单染对照管数据；3-COLOR.FCS为样本数据，同时染了Cy5PE,FITC,PE19FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55272.到工作台菜单栏的“窗口”栏选择“打开补偿编辑器”，打开后如下图所示。

点击单染管对应的Sample列，在弹出的下拉列表中选择对应的单染管数据。

比如在下图的例子中，在Flour单染管中导入FITCcomp.fcs20FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55273.按照步骤2中的方法，在3个单染管中都导入对应的数据之后，FlowJo能自动进行设门，界定出阳性细胞群和阴性细胞群，并计算出荧光补偿矩阵。

如下图所示：

4.将补偿矩阵应用到所有样本进行荧光补偿：

在工作台的组空间中选中需要进行荧光补偿的组，到补偿编辑器的菜单栏中选择“补偿添加到组”，对该组的所有数据进行荧光补偿，补偿过的数据前面带有标志，如下图所示：

21FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527如果某个单染管的数据不是很理想（poorcontrol），FlowJo不能自动界定出阴性细胞群和阳性细胞群，比如下面的实例：

操作步骤：

操作步骤：

1.按照上面的步骤1,2,3操作之后，如果出现一些设门的意外情况的话，如此组数据中：

FlowJo没能自动界定出PE单染管的阴性细胞群和阳性细胞群。

22FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55271）单击选中工作台样本空间中PE单染管下的cw_Size节点，将其删除2）右键单击补偿编辑器中的单染管出，点击“Clear”，将错误添加进去的单染管数据清除，如下图所示：

2.将错误界定的细胞群以及错误添加到补偿编辑器的数据清除之后，我们需要自己手动设门，界定出单染管的阴性细胞群和阳性细胞群，并手动将其添加到补偿编辑器。

按以下步骤操作：

1）在工作台样本空间中双击PE单染管，在FSC/SSC点图中，界定出目标细胞群（淋巴细胞）23FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55272）双击淋巴细胞群，打开图形窗口，X轴选择PhyEry:

aCD8，Y轴选择Histogram，选择区域门工具，界定出PE阳性和PE阴性细胞群，如下图所示：

备注：

备注：

a.在设门的时候，选择区域门工具，阴性门和阳性门尽量设在细胞群分布的中心区域b.如果单染管的直方图没有明显的双峰，在设门的时候，阴性门和阳性门之间的距离应尽可能远一些3）将工作台样本空间的“PE-”节点拖到补偿编辑器里PE单染管的阴性孔，“PE+”节点拖到阳性孔里24FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55273.当所有单染管的数据都被添加到补偿编辑器后，FlowJo自动计算出补偿矩阵。

在工作台组空间中选择3-colorcomp组，然后到补偿编辑器的菜单栏中选择“补偿添加到组”，对该组的所有样本进行荧光补偿。

三、双指数转换三、双指数转换补偿过的数据，由于减去了荧光溢漏值，会产生“0”和“负值”。

如果使用Log轴（只能显示正值），“0”和“负值”会被压在坐标轴上。

这时，我们需要采用“Logical”参数轴来显示。

在FlowJo中，可以通过双指数转换功能实现。

继续使用上一步骤产生的工作台，操作步骤如下（演示数据为3-colorcomp组中的3-COLOR.FCS）：

1.在3-COLOR数据中设淋巴细胞门，双击淋巴细胞门，在打开的图形窗口中X轴选择CD3，Y轴选择CD8，会发现有细胞压在坐标轴上，如下图所示：

图中gate1的范围很小，但却显示里面的细胞比例达到了35.1%，表明有很多细胞压在坐标轴上。

25FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55272.在X轴和Y轴点击坐标轴边上的T按钮，在弹出的下拉列表中选择“用双指数转换”，如下图所示：

3.如果启用双指数转换之后，发现还有细胞压在坐标轴上，点击T按钮，选择“Changetransformvalues”，打开设置转化值对话框。

通过将“附加负十位”的值变大，或者将“宽度基底”的值变小，能将压在坐标轴上的细胞显示出来。

26FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527比如上面的例子中，将X轴的“宽度基底”值从“-10”调为“-30”，使压轴的细胞完全显示出来，如下图所示：

备注：

备注：

a.双指数转换只是更改了数据呈现的方式，不会对数据本身做任何更改。

b.任何FCS3.0数据都可以在FlowJo上做双指数转换，如果是FCS2.0的数据的话，如果不在机器上进行补偿操作，而是在FlowJo里补偿的话，也可以进行双指数转换。

27FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527第五章第五章FlowJo的批处理功能的批处理功能演示数据：

演示数据：

TitrationData，一个抗体滴定实验的数据，CD8单染。

Sample1为对照组，Sample2Sample8所加的抗体浓度按照2倍的梯度递减。

一、设门分析的批处理一、设门分析的批处理1.设门设门在工作台中双击阴性对照的数据Sample1，用自动门工具设淋巴细胞门，28FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527双击淋巴细胞门，在X轴选择FL1-H，Y轴选择Histogram；Sample1是未染色的阴性对照，用来确定抗体染色的阴性和阳性的界限。

用双分门工具设门，门的位置如下图所示。

设门完成后，在工作台中右键单击FL1-H+节点，在下拉菜单中选择“Rename”，将其重命名为CD8+；同样的方法将FL1-H-节点重命名为CD8-2.添加统计数据添加统计数据29FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527在工作台中单击选中CD8+节点，到常用工具栏中点击添加统计数据按钮，打开添加统计数据对话框。

选择Median（中位数），在Parameter（参数）栏中选择FL1-H，点击添加。

这样就给CD8阳性细胞群添加了FL1-H荧光强度的中位数。

如下图所示：

30FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527在工作台中单击选中（FL1-H）:

Median节点，将其拖到CD8-节点上，给CD8阴性细胞群添加FL1-H荧光强度的中位数。

如下图所示：

3.设门分析的批处理设门分析的批处理在工作台中单击选中Sample1样本下的“淋巴细胞”节点，将其拖到Sample2样本上，这样就对Sample2设了一个“淋巴细胞”门。

这个淋巴细胞门的位置与Sample1中淋巴细胞门的位置相同。

如下图所示：

31FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527在工作台中单击选中Sample1样本下的“淋巴细胞”节点，将其拖到组空间的“TitrationData”组上，这样就对该组中的所有样本都设了一个“淋巴细胞”门，这个淋巴细胞门的位置与Sample1中淋巴细胞门的位置相同。

如下图所示：

按住ALT键，在工作台中单击Sample1样本下的“淋巴细胞”节点，能够将淋巴细胞节点及其以下的所有节点全部选中，然后将其拖到组空间的TitrationData组上。

这样就对该组中的所有样本都进行了与Sample1样本中一样的设门和添加统计数据。

如下图：

32FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527二、表格分析的批处理二、表格分析的批处理1.在表格编辑器中导入需要进行表格分析的统计数据在表格编辑器中导入需要进行表格分析的统计数据：

在工作台的常用工具栏点击表格编辑器按钮，打开表格编辑器在工作台的样本空间中，将Sample1样本的CD8+节点和CD8-节点及其下方的（FL1-H）:

Median节点拖到表格编辑器中，如下图所示：

33FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55272.在表格编辑器中添加新的列在表格编辑器中添加新的列：

在表格编辑器中点击添加列按钮，打开“列信息”对话框，选择“Keyword”选项卡，在“文件关键词”中选择“AntibodyConcentration”，将列标题命名为“抗体浓度”，点击OK3.在表格编辑器中添加公式列在表格编辑器中添加公式列：

在表格编辑器中点击添加列按钮，打开“列信息”对话框，选择“函数”选项卡。

编辑公式“CD8+（FL1-H）MedianCD8-（FL1-H）Median”，计算CD8阳性细胞荧光强度中位数与CD8阴性细胞荧光强度中位数之比。

将列标题命名为MFI比率。

点击OK34FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527在经过上述操作之后，表格编辑器如下图所示：

35FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55274.表格分析的批处理表格分析的批处理：

点击表格编辑器右上角的批处理按钮，得到批处理的结果。

从结果中可以看出，随着抗体浓度的增加，MFI的比率不断增加，当抗体浓度增加到1之后，MFI的比率没有明显的增加，可以判定最佳的抗体浓度为1.三、图形分析的批处理三、图形分析的批处理及及图图像像叠叠加加1.图形分析的批处理图形分析的批处理点击工作台常用工具栏中的布局编辑器按钮，打开布局编辑器，将工作台中Sample1样本下的淋巴细胞节点拖入布局编辑器36FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527点击布局编辑器右上角的批处理按钮，得到批处理的结果，选择输出到FlowJo里，点击“创建”，将“TitrationData”组中的所有样本的淋巴细胞的直方图都输出到FlowJo的布局页里，如下图所示：

37FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-55272.图形的叠加图形的叠加（Overlay）：

例例1：

将TitrationData中的所有实验样本的直方图分别与对照样本的直方图进行叠加，以显示出实验样本与对照样本之间的差别。

操作步骤如下：

（1）先将Sample1样本的淋巴细胞节点拖入布局页，再将Sample2样本的淋巴细胞节点拖到布局页的Sample1的直方图上，此时鼠标指针显示为，松开鼠标之后，两个图形便重叠在一起。

此时右上角的批处理按钮未启用

（2）双击重叠之后的图形，打开图形定义窗口，选择“Specify”选项卡，在“Control”选项中双击Sample1，将Sample1设为对照，其前面会显示打钩。

点击OK。

38FlowJo中文实用手册杭州艾米绿生物科技有限公司400-680-5527