烟草核酸管理系统源程序Word下载.doc

烟草核酸管理系统源程序Word下载.doc

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//allowsABITracetohandlethatinawaythat

//isinvisibletotheuser.

PrivateSharedAbsIndexBaseAsInteger=26'

//ThefilelocationoftheIndexpointer

PrivateIndexBase,PLOCAsInteger

PrivateATraceStart,CTraceStart,GTraceStart,TTraceStartAsInteger

//thenextdeclarationisfortheactualfilepointers

PrivateDATA9,DATA10,DATA11,DATA12,PBAS2,FWOAsInteger

PrivatestremtempfileAsString="

stream"

DimBasecalls（）AsInteger

DimacolorAsColor=Color.DarkGreen

DimccolorAsColor=Color.Blue

DimgcolorAsColor=Color.Black

DimtcolorAsColor=Color.Red

DimncolorAsColor=Color.Pink

DimabrushAsBrush=Brushes.Blue

DimcbrushAsBrush=Brushes.Red

DimgbrushAsBrush=Brushes.DarkGreen

DimtbrushAsBrush=Brushes.Black

DimnbrushAsBrush=Brushes.Pink

DimbackcolorAsColor=Color.White

DimdffontAsFont=NewFont（"

TimesNewRoman"

10）

PrivatemyRund,mydate,myDYEP,myMACH,myMODL,myBCALAsString

PubliclableAsString

Privateerrstring

PublicFunctionABITrace（ByValABIFile（）AsByte）AsBoolean

initData（ABIFile）

Iferrstring<

>

"

"

Then

ReturnFalse

Else

ReturnTrue

EndIf

EndFunction

PublicFunctionABITrace（ByValABIFileAsString）AsBoolean

IfABIFile="

errstring="

请输入文件！

ExitFunction

Dimbytes（）AsByte

DimfsAsFileStream

DimreaderAsBinaryReader

Try

fs=NewFileStream（ABIFile,FileMode.Open）

reader=NewBinaryReader（fs）

bytes=reader.ReadBytes（fs.Length）

reader.Close（）

fs.Close（）

fs=Nothing

CatchexAsException

errstring=ex.ToString

EndTry

IfIsNothing（bytes）Then

无效文件！

errstring="

initData（bytes）

PrivateSubinitData（ByValfileData（）AsByte）

TraceData=fileData

IfisABI（）Then

setIndex（）

setBasecalls（）

setSeq（）

setTraces（）

EndSub

PublicSubgetImage（ByRefoutAsPictureBox,ByValwidthScaleAsInteger）

out.Image=CType（getImage（out.Height,widthScale）,Image）

PublicFunctiongetImage（ByValheightAsInteger,ByValwidthScaleAsDouble）AsBitmap

DimoutAsBitmap

out=NewBitmap（CInt（TraceLength*2*widthScale）,height）

'

out.Width

out.Width=TraceLength*widthScale

DimimageHeightAsInteger=out.Height

out.Height=imageHeight

DimgdAsSystem.Drawing.Graphics

DimmypenAsPen

DimscaleAsDouble

scale=calculateScale（out.Height）

Dimbc（）AsInteger=Basecalls'

bc可能是定义nt所在的坐标位置

Dimseq（）AsChar

DimdfcolorAsColor=Color.Black

Dimdfbrush=Brushes.Black

DimaaAsBrush

seq=sequence.ToCharArray

gd=Graphics.FromImage（out）

gd.Clear（backcolor）

Dimhere,basenumAsInteger

here=0

basenum=0

ForqAsInteger=1To5

ForxAsInteger=0To2*TraceLength-2

Ifq=1Then'

画A的轨迹

'

g.setColor（acolor）

gd.DrawLine（NewPen（acolor）,2*x,transmute（A（x）,imageHeight,scale）,_

2*（x+1）,transmute（A（x+1）,imageHeight,scale））

EndIf

Ifq=2Then

gd.DrawLine（NewPen（ccolor）,2*x,transmute（C（x）,imageHeight,scale）,_

2*（x+1）,transmute（C（x+1）,imageHeight,scale））

Ifq=3Then

gd.DrawLine（NewPen（tcolor）,2*x,transmute（T（x）,imageHeight,scale）,_

2*（x+1）,transmute（T（x+1）,imageHeight,scale））

Ifq=4Then

gd.DrawLine（NewPen（gcolor）,2*x,transmute（G（x）,imageHeight,scale）,_

2*（x+1）,transmute（G（x+1）,imageHeight,scale））

Ifq=5Then'

画其他内容的

If（（here>

bc.Length-1）Or（basenum>

seq.Length-1））ThenExitFor

IfxMod30=0Then

'

gd.DrawString（2*x,dffont,Brushes.Black,_

（2*x-3）,transmute（-27,imageHeight,1.0））

EndIf

If（bc（here）=x）Then

gd.DrawLine（NewPen（dfcolor）,2*x,transmute（-2,imageHeight,1.0）,_

2*x,transmute（-7,imageHeight,1.0））

If（（basenum+1）Mod10=0）Then'

//ifthebasecountisdivisiblebyten//addanumber

gd.DrawLine（NewPen（dfcolor）,2*x,transmute（-20,imageHeight,1.0）,_

2*x,transmute（-25,imageHeight,1.0））

gd.DrawString（basenum+1,dffont,Brushes.Black,_

（2*x-3）,transmute（-36,imageHeight,1.0））

EndIf

SelectCaseseq（basenum）

Case"

A"

"

a"

dfbrush=abrush

C"

c"

dfbrush=cbrush

G"

g"

dfbrush=gbrush

T"

t"

dfbrush=tbrush

CaseElse

dfbrush=nbrush

EndSelect

gd.DrawString（seq（basenum）,dffont,dfbrush,（2*x-3）,transmute（-18,imageHeight,1.0））

dfbrush=Brushes.Black

here+=1

basenum+=1

Next

Next

Returnout

PublicFunctiongetabasebyid（ByValxAsInteger）AsChar

输入一个位图坐标，得到相应的一个base

Ifx>

sequence.Length-1Then

Return"

R"

ReturnCType（sequence.Chars（x）,Char）

PublicFunctiongetsiglebase（ByValxAsInteger）AsChar

DimbasenumAsInteger=getbaseX（x）

MsgBox（basenum）

Ifbasenum>

ReturnCType（sequence.Chars（basenum）,Char）

PublicFunctiongetbaseX（ByValxAsInteger）AsInteger

根据输入的坐标得到最近base的索引（x方向）

Dimxidx,xs,xsminAsInteger

2*TraceLengthThen

坐标越界！

Return-1

Dimbc（）AsInteger=Basecalls

xsmin=2*TraceLength-2

ForiAsInteger=0Tobc.Length-1

xs=（x-bc（i）*2）^2

Ifxs<

xsminThen

xsmin=xs

xidx=i

EndIf

MsgBox（xsmin）

MsgBox（bc（xidx））

bc=Nothing

Returnxidx

PublicFunctiongetbaseLX（ByValseqAsString,ByValcountAsInteger,ByValislastAsBoolean）AsInteger

得到要查找询列的

DimidxAsInteger

idx=getbaseX（seq,count,islast）

Ifidx=-1ThenReturn-1

ReturnBasecalls（idx）*2

PublicFunctiongetbaseLX（ByValidxAsInteger）AsInteger

得到要查找询列的坐标

Ifidx<

=-1ThenReturn-1

Ifidx>

=Basecalls.LengthThenReturn-1

PublicFunctiongetbaseY_cf（ByValidxAsInteger）AsInteger

得到该序列的置信度

transmute（A（x+1）,imageHeight,scale）

DimbaseAsChar=sequence.Chars（idx）

DimYYAsInteger（）

SelectCasebase

Case"

YY=A

lable="

YY=T

YY=C